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公開番号2025029006
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-03-05
出願番号2024207179,2022567144
出願日2024-11-28,2021-05-04
発明の名称メラノーマの検出
出願人マヨファウンデーションフォアメディカルエデュケーションアンドリサーチ,Mayo Foundation for Medical Education and Research,エグザクトサイエンシーズコーポレーション
代理人弁理士法人 HARAKENZO WORLD PATENT & TRADEMARK
主分類C12N 15/11 20060101AFI20250226BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】原発性皮膚メラノーマスクリーニングのための技術であり、原発性皮膚メラノーマの存在を検出するための方法、組成物、及び関連する用途を提供する。
【解決手段】ヒト個体の生体試料における1つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定することを、前記生体試料中のゲノムDNAを、メチル化特異的な形でDNAを修飾する試薬で処理すること;選択された前記1つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記処理したゲノムDNAを増幅すること;ならびにポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、前記1つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定すること、を通じて行うことを含む、方法である。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定することを、
前記生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬で処理すること；
選択された前記１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、前記１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定すること、を通じて行うことを含む、方法であって；
前記１つ以上の遺伝子が以下の群：
●ｃ１０ｏｒｆ５５、ｃ２ｏｒｆ８２、ＦＯＸＬ２ＮＢ、ＣＬＩＣ５、ＦＡＭ１７４Ｂ＿Ｂ、ＦＬＪ２２５３６＿Ａ、ＦＯＸＰ１、ＧＡＬＮＴ３＿Ａ、ＨＯＰＸ、ＨＯＸＡ９＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＫＣＮＱ４＿Ａ、ＬＭＸ１Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１１０６２７０９６－１１０６２７３６４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２５４１８６９－２２５４１９５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．６２４９２６９０－６２４９２８１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１３．２９１０６８１２－２９１０６９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８３０、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．７１１１６０３３－７１１１６１２２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．２１０８０９５８－２１０８１０３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９２６５５－４２９９２７６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．６０９２１６２７－６０９２１８５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．２９５２１５３７－２９５２１６９６、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５５２５９５９７－１５５２５９７６３、ＭＥ３、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＮＦＡＴＣ２＿Ａ、ＯＣＡ２、ＯＸＴ、ＲＮＦ２０７＿Ａ、ＲＵＮＸ２、ＳＩＸ４＿Ａ、ＳＴＸ１６、ＴＡＬ１、ＴＭＥＭ３０Ｂ、及びＴＳＰＡＮ３３；または
●ＡＧＲＮ、ＢＭＰ８Ｂ、ｃ１７ｏｒｆ４６＿Ｂ、ｃ１７ｏｒｆ５７＿Ｂ、Ｃ２ＣＤ４Ａ、Ｃ２ＣＤ４Ｄ＿Ｂ、ＣＤＹＬ、ＣＭＡＨ、ＤＥＮＮＤ２Ｄ、ＤＬＥＵ２、ＤＳＣＲ６、ＦＬＪ２２５３６＿Ｂ、ＦＬＪ４５９８３、ＦＯＸＦ２、ＧＡＬＮＴ３＿Ｂ、ＨＣＧ４Ｐ６、ＨＯＸＡ９＿Ｂ、ＫＩＦＣ２、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＹ７５、ＬＹＬ１、ＬＹＮ、ＭＡＰＫ１３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１０７２４８６－１０７２５０８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．３２２３７６９３－３２２３７７８５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．６２４９２３７４－６２４９２７９３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６５３５－１４９２６７１５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．５４９７０４４４－５４９７０４６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．１６４３９３３２－１６４３９３９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．２１０８０６７０－２１０８１２８０、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１１３４３２２６４－１１３４３２２９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１２９４２５６６８－１２９４２５７１９、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８２５４３１６３－８２５４３２１３、ＰＡＲＰ１５、ＰＲＫＡＧ２、ＰＲＯＣ＿Ａ、ＰＲＯＭ１＿Ｂ、ＰＴＧＥＲ４＿Ａ、ＰＴＰ４Ａ３、ＳＤＣＣＡＧ８、ＳＨ３ＰＸＤ２Ａ、ＳＬＣ２Ａ２、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＴＢＲ１、ＴＢＸ２、ＴＣＰ１１、ＴＦＡＰ２Ａ、及びＴＲＩＭ７３；または
●ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．６２４９２６８０－６２４９２８２２、ＴＭＥＭ３０Ｂ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１：１４９２６６０２－１４９２６８３１、ＨＯＸＡ９＿９６５０、Ｃ１０ｏｒｆ５５＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８３０、ＴＳＰＡＮ３３、ＦＡＭ１７４Ｂ＿Ｃ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．６０９２１６２７－６０９２１８５３、ＳＩＸ４＿Ａ、ＫＣＮＱ４＿Ａ、ＦＯＸＰ１、Ｃ２ｏｒｆ８２＿Ｂ、ＴＡＬ１＿Ｂ、ＢＴＢＤ１９＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２５４１８７４－２２５４１９４８、ＭＥ３、ＨＯＰＸ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．３２２９１５１－３２２９７９１、ＣＬＩＣ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１３．２９１０６８１２－２９１０６９１７、ＦＯＸＬ２ＮＢ、ＦＬＪ２２５３６＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１１０６２７０９６－１１０６２７３６４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．７１１１６０３３－７１１１６１２２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．２１０８０９５８－２１０８１０３８、及びＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５５２５９５９７－１５５２５９７６３；または
●ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．２１０８０９５８－２１０８１０３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５５２５９５９７－１５５２５９７６３、ＦＯＸＬ２ＮＢ、及びＨＯＸＡ９＿Ａ；または
●表８Ａに列挙されている１つ以上のマーカー、
から選択される、前記方法。

発明の詳細な説明【発明の詳細な説明】
【０００１】
〔関連出願の相互参照〕
本出願は、２０２０年５月４日に出願された米国仮特許出願第６３／０１９，７５３号に対する優先権を主張するものであり、この仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 2,300 文字）【０００２】
〔技術分野〕
本明細書で提供されるのは、原発性皮膚メラノーマのスクリーニングのための技術であり、限定するものではないが、特に、原発性皮膚メラノーマの存在を検出するための方法、組成物、及び関連する用途に関する。
【０００３】
〔背景技術〕
メラノーマは、ヒトの皮膚癌での重篤な形態である。これは、色素細胞（メラニン細胞）、通常は、皮膚から発生する。メラノーマの発生率は、米国でのすべてのがんの中で最も高い割合で増えており、生涯リスクは６８名に１名である。メラノーマは、すべての皮膚癌のわずか４％でしかないが、皮膚癌に起因する全死亡例の８０％を占めている。メラノーマの識別及び診断は、それが初期段階の疾患であれば、その治癒に向けて重要であることが長らく認識されていた。メラノーマには幾つかの種類があり、皮膚、及び眼のメラノーマ、そして、稀に消化管またはリンパ節など、最初に出現する箇所で定義される。
【０００４】
原発性皮膚メラノーマ（ＰＣＭ）は、皮膚癌関連死の８０％に関係する一般的に致命的な悪性腫瘍である（Ｍｉｌｌｅｒ，Ａ．Ｊ．ａｎｄＭ．Ｃ．ＭｉｈｍＪｒ，ＮｅｗＥｎｇｌａｎｄＪｏｕｒｎａｌｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅ，２００６．３５５（１）：ｐ．５１－６５を参照されたい）。ＰＣＭ診断数は、２０１７年に１５０，０００超の症例数（インサイチュ及び侵襲性）であると予測されており（ＡｍｅｒｉｃａｎＣａｎｃｅｒＳｏｃｉｅｔｙ，２０１７）、予後は診断時の疾患段階に関係しており、５年全生存率は、局所性疾患の患者で９８．１％、領域性疾患の患者で６３．６％、そして、遠隔転移のある患者で１６．１％である（ＡｍｅｒｉｃａｎＣａｎｃｅｒＳｏｃｉｅｔｙ，２０１７）。
【０００５】
非転移ＰＣＭ患者の現在の疾病監視には、医療提供者への外来訪問と、定期的なＰＥＴ／ＣＴ画像が必要である。この措置のための経費は、数多くの患者が拠出した資金をすでに凌いでおり、ＰＥＴ／ＣＴの還付を受けることができない、または、還付に懐疑的な負担者もいる。Ｍｅｄｉｃａｉｄ保険が証明しているように、社会経済的地位（ＳＥＳ）が低下すると、メラノーマの処置が大幅に遅延していることが示されている（Ａｄａｍｓｏｎ，Ａ．Ｓ．，ｅｔａｌ．，ＪＡＭＡＤｅｒｍａｔｏｌ，２０１７．１５３（１１）：ｐ．１１０６－１１１３を参照されたい）。
【０００６】
病院をベースとした高度化した画像化アプローチは、時間の経過と共に経費が上昇するだけなので、本出願に記載されているような新規の手頃な価格の外来患者監視ソリューションが必要である。実際、重篤なメラノーマ患者を減らすために、実効性のあるスクリーニング手法が至急に必要とされている。正確で、手頃な価格であり、しかも、安全である、メラノーマの初期段階、及び進行性メラノーマの発症前検出のためのスクリーニングツールを提供する技術革新が不可欠である。
【０００７】
本発明は、このような要望に応えるものである。実際に、本発明は、様々な生体試料（例えば、組織、血液）中のメラノーマ、及びその様々なサブタイプ（例えば、転移性メラノーマ、原発性メラノーマ）の症例を区別する新規メチル化ＤＮＡマーカーを提供する。
【０００８】
〔発明の概要〕
メラノーマスクリーニングのための血液検査は、典型的には、血液の透明な部分（血漿または血清）におけるマーカー検出に基づいており、また、初期段階の疾患に対して非感受性または非特異的であった。これらの歴史的欠陥に対処するために、本明細書で実施された実験は、判別的メチル化ＤＮＡマーカーに基づいた合理的な新しいアプローチを探求した。
【０００９】
マーカーの発見と検証は、高品質フラッシュ凍結バイオバンク組織の利用を通じて行われた。血液区画におけるマーカー検出の実現可能性は、絶妙に敏感な分析プラットフォーム（例えば、定量的メチル化特異的ＰＣＲ；ｑＭＳＰ）の使用によって確立された。このような結果は、この血液検査アプローチが、腫瘍部位を正確に予測し、頻繁な偽陽性を回避しながら、治療可能なステージのがんを検出する上で必要な分析感度を確立していることを示している。
【００１０】
メチル化ＤＮＡは、大部分の腫瘍タイプの組織におけるバイオマーカーの有力なクラスとして研究されている。多くの場合、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼは、遺伝子発現のエピジェネティック制御として、シトシン－リン酸－グアニン（ＣｐＧ）アイランド部位でＤＮＡにメチル基を付加する。生物学的に興味深い機序において、腫瘍抑制遺伝子のプロモーター領域における後天的なメチル化事象は、発現をサイレンシングし、それにより発がんの一因となると考えられている。ＤＮＡメチル化は、ＲＮＡまたはタンパク質発現よりも、より化学的及び生物学的に安定した診断ツールである可能性がある（Ｌａｉｒｄ（２０１０）ＮａｔＲｅｖＧｅｎｅｔ１１：１９１－２０３）。さらに、散発性結腸癌などの他のがんでは、メチル化マーカーは、優れた特異性を提供し、個別のＤＮＡ変異よりも、より広範な情報を有し、かつ感度が高い（Ｚｏｕｅｔａｌ（２００７）ＣａｎｃｅｒＥｐｉｄｅｍｉｏｌＢｉｏｍａｒｋｅｒｓＰｒｅｖ１６：２６８６－９６）。
（【００１１】以降は省略されています）

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