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公開番号2025175288
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-12-01
出願番号2025136683,2023193393
出願日2025-08-20,2018-10-09
発明の名称抗CD38抗体および使用方法
出願人サノフイ,SANOFI
代理人個人,個人
主分類C07K 16/30 20060101AFI20251121BHJP(有機化学)
要約【課題】CD38ポリペプチド、例えば、ヒトおよびカニクイザルCD38ポリペプチドに結合する結合タンパク質を提供する。
【解決手段】例えば、結合タンパク質は、CD38ポリペプチドに結合する少なくとも1つの抗原結合ドメインを有する単一特異性、二重特異性、または三重特異性結合タンパク質である。本開示は、CD38ポリペプチドに結合する結合タンパク質を作製するための方法およびこのような結合タンパク質の使用も提供する。
【選択図】図3A
特許請求の範囲【請求項1】
CD38ポリペプチドに結合する抗原結合部位を含む結合タンパク質であって、抗原結合部位は:
(a)GYTFTSFN(配列番号31)またはGYTFTSYA(配列番号37)のアミノ酸配列を含むCDR-H1配列、IYPGNGGT(配列番号32)またはIYPGQGGT(配列番号38)のアミノ酸配列を含むCDR-H2配列、およびARTGGLRRAYFTY(配列番号33)のアミノ酸配列を含むCDR-H3配列を含む抗体重鎖可変(VH)ドメイン;ならびに
(b)ESVDSYGNGF(配列番号34)またはQSVSSYGQGF(配列番号39)のアミノ酸配列を含むCDR-L1配列、LAS(配列番号35)またはGAS(配列番号40)のアミノ酸配列を含むCDR-L2配列、およびQQNKEDPWT(配列番号36)のアミノ酸配列を含むCDR-L3配列を含む抗体軽鎖可変(VL)ドメイン
を含む前記結合タンパク質。
続きを表示(約 1,300 文字)【請求項2】
抗原結合部位は、
(a)GYTFTSFN(配列番号31)のアミノ酸配列を含むCDR-H1配列、IYPGNGGT(配列番号32)のアミノ酸配列を含むCDR-H2配列、およびARTGGLRRAYFTY(配列番号33)のアミノ酸配列を含むCDR-H3配列を含む抗体重鎖可変(VH)ドメイン;ならびに
(b)ESVDSYGNGF(配列番号34)のアミノ酸配列を含むCDR-L1配列、LAS(配列番号35)のアミノ酸配列を含むCDR-L2配列、およびQQNKEDPWT(配列番号36)のアミノ酸配列を含むCDR-L3配列を含む抗体軽鎖可変(VL)ドメイン
を含む、請求項1に記載の結合タンパク質。
【請求項3】
VHドメインは、N末端からC末端に向かって、配列FR1-CDR-H1-FR2-CDR-H2-FR3-CDR-H3-FR4を含み;FR1は、配列QVQLVQSGAEVVKPGASVKVSCKAS(配列番号86)、QVQLVQSGAEVVKSGASVKVSCKAS(配列番号87)、またはQVQLVQSGAEVVKPGASVKMSCKAS(配列番号88)を含み;FR2は、配列MHWVKEAPGQRLEWIGY(配列番号90)またはMHWVKEAPGQGLEWIGY(配列番号91)を含み;FR3は、配列NYNQKFQGRATLTADTSASTAYMELSSLRSEDTAVYFC(配列番号93)またはNYNQKFQGRATLTADTSASTAYMEISSLRSEDTAVYFC(配列番号94)を含み;FR4は、配列WGQGTLVTVSS(配列番号96)を含む、請求項1または2に記載の結合タンパク質。
【請求項4】
VHドメインは、配列番号5のアミノ酸配列を含み、VLドメインは、配列番号6のアミノ酸配列を含む、請求項1または2に記載の結合タンパク質。
【請求項5】
配列番号7のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号8のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む、請求項4に記載の結合タンパク質。
【請求項6】
VHドメインは、配列番号17のアミノ酸配列を含み、VLドメインは、配列番号18のアミノ酸配列を含む、請求項1または2に記載の結合タンパク質。
【請求項7】
配列番号19のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号20のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む、請求項6に記載の結合タンパク質。
【請求項8】
VHドメインは、配列番号21のアミノ酸配列を含み、VLドメインは、配列番号18のアミノ酸配列を含む、請求項1または2に記載の結合タンパク質。
【請求項9】
配列番号22のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号20のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む、請求項8に記載の結合タンパク質。
【請求項10】
VHドメインは、配列番号23のアミノ酸配列を含み、VLドメインは、配列番号18のアミノ酸配列を含む、請求項1または2に記載の結合タンパク質。
(【請求項11】以降は省略されています)

発明の詳細な説明【技術分野】
【0001】
関連出願に対する相互参照
本出願は、2017年10月10日に出願された米国仮出願第62/570,655号、2017年10月11日に出願された米国仮出願第62/570,660号、2018年5月24日に出願された米国仮出願第62/676,221号、および2018年8月3日に出願されたEP出願第EP18187186.4号の優先権の利益を主張し、これらのすべてを参照によってその全体として本明細書に組み入れる。
続きを表示(約 7,800 文字)【0002】
ASCIIテキストファイルでの配列表の提出
ASCIIテキストファイルでの以下の提出の内容を参照によってその全体として本明細書に組み入れる:配列表のコンピュータで読み込み可能な形式(CRF)(ファイル名:183952029941seqlist.TXT、記録日:2018年10月8日、サイズ:158KB)。
【0003】
本開示は、CD38ポリペプチドに結合する少なくとも1つの抗原結合ドメインを有する単一特異性、二重特異性、または三重特異性結合タンパク質を含む、CD38ポリペプチド(例えば、ヒトおよびカニクイザルCD38ポリペプチド)に結合する結合タンパク質、ならびにそれに関連するポリヌクレオチド、宿主細胞、産生方法、および使用方法に関する。
【背景技術】
【0004】
モノクローナル抗体をベースとする生物治療薬は、新薬開発のための重要な手段となっている。モノクローナル抗体技術は、特異的ターゲティング、特定の細胞集団への正確なシグナル伝達送達および/またはペイロードをもたらし、そのFc機能を介して長期間持続する生物学的効果を提供する。抗体エンジニアリングにおける努力によって、様々な生物学的適用のために複数のモノクローナル抗体の特異性を組み合わせる多重特異性抗体を開発し、抗体薬物開発の範囲を広げることが可能になった。
【0005】
CD38は、種々のリンパ系腫瘍細胞の細胞表面で発現されるため、魅力的な薬物標的である(非特許文献1を参照されたい)。DARZALEX(登録商標)(ダラツムマブ)は、多発性骨髄腫の処置において使用を承認された抗CD38抗体である。しかしながら、以下に限定されないが、CD38への高親和性結合、ヒトCD38ポリペプチドとカニクイザルCD38ポリペプチドの間の交差反応性、リンパ腫細胞(例えば、多発性骨髄腫、大細胞型B細胞リンパ腫細胞株)への結合、ならびにアポトーシスおよび/または抗体依存性細胞介在性細胞傷害(ADCC)およびT細胞介在抗腫瘍活性を誘導する能力を含む、異なる作用方式および/または改良された特性を有するCD38を標的とする治療薬に対する需要が存在する。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0006】
Stevenson,G.T.(2006) Mol.Med.12:345~346頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0007】
CD38ポリペプチドに結合する少なくとも1つの抗原結合部位を有する単一特異性、二重特異性、または三重特異性結合タンパク質を含む、CD38ポリペプチド(例えば、
ヒトおよびカニクイザルCD38ポリペプチド)に結合する結合タンパク質が、本明細書において提供される。有利なことに、これらの結合タンパク質は、がん細胞の近位へとT細胞を動員し、次に、T細胞を活性化し、グランザイム/パーフォリン機構を介して活性化T細胞による隣接がん細胞の殺滅を促進し、DARZALEX(登録商標)(ダラツムマブ)のような抗CD38抗体に由来する抗腫瘍活性とは異なる作用方式を提供する能力を有する。さらに、ヒトCD38ポリペプチドとカニクイザルCD38ポリペプチドの両方に結合する能力により、例えば、後の臨床用途のためのそれらの安全性プロファイルを評価するために、前臨床毒性学研究において結合タンパク質を容易に試験することが可能になる。
【0008】
一部の実施形態では、ヒトCD38ポリペプチドに結合する単一特異性結合タンパク質が本明細書において提供される。一部の実施形態では、結合タンパク質は、ヒトおよびカニクイザルCD38ポリペプチドと交差反応する。一部の実施形態では、結合タンパク質は、ヒトアイソフォームAおよびアイソフォームE CD38ポリペプチドに結合する。一部の実施形態では、結合タンパク質は、以下の構成のうちの1つまたはそれ以上を(任意の組合せで)有する:SPRによってアッセイされる場合、精製タンパク質としてヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;SPRによってアッセイされる場合、1.5nMまたはそれ以下のK

で、精製タンパク質としてヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、細胞表面で発現されるヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、20nM、15nM、10nM、5nM、1nM、またはそれ以下の見かけのK

で、細胞表面で発現されるヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;SPRによってアッセイされる場合、精製タンパク質としてカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;SPRによってアッセイされる場合、3.5nMまたはそれ以下のK

で、精製タンパク質としてカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、細胞表面で発現されるカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、7.5nMまたはそれ以下の見かけのK

で、細胞表面で発現されるカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;ELISAによってアッセイされる場合、精製タンパク質としてヒトアイソフォームE CD38ポリペプチド(例えば、配列番号105のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、細胞表面で発現されるヒトアイソフォームE CD38ポリペプチド(例えば、配列番号105のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;その細胞表面でCD38を発現する細胞のアポトーシスまたは抗体依存性細胞傷害(ADCC)を誘導する;ならびに1つまたはそれ以上の変異を有さない同じ結合タンパク質と比較して、FcγRIおよび/またはFcγRIIへの結合の減少をもたらす1つまたはそれ以上の変異(例えば、Fc領域において)を有する。例示的なアッセイとして、実施例1、3、および4を参照されたい。一部の実施形態では、KDは、4℃または25℃で測定される。
【0009】
一部の実施形態では、ヒトCD38ポリペプチドに結合する三重特異性結合タンパク質が本明細書において提供される。一部の実施形態では、三重特異性結合タンパク質は、CD38ポリペプチド(例えば、細胞表面で発現される)および第2の細胞の表面で発現される1つまたはそれ以上の他の標的抗原に(例えば、同時に)結合し、それによって、CD38ポリペプチドを発現する細胞の近位に第2の細胞を動員する。一部の実施形態では
、三重特異性結合タンパク質は、CD38ポリペプチド(例えば、細胞表面で発現される)およびT細胞表面で発現される1つまたは2つの標的抗原に(例えば、同時に)結合し、それによって、CD38ポリペプチドを発現する細胞の近位にT細胞を動員する。一部の実施形態では、三重特異性結合タンパク質は、T細胞を活性化するおよび/またはT細胞にCD28介在性同時刺激シグナルをもたらす。一部の実施形態では、三重特異性結合タンパク質は、ヒトおよびカニクイザルCD38ポリペプチドと交差反応する。一部の実施形態では、三重特異性結合タンパク質は、ヒトアイソフォームAおよびアイソフォームE CD38ポリペプチドに結合する。一部の実施形態では、三重特異性結合タンパク質は、以下の構成のうちの1つまたはそれ以上を(任意の組合せで)有する:SPRによってアッセイされる場合、精製タンパク質としてヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;SPRによってアッセイされる場合、1.5nMまたはそれ以下のK

で、精製タンパク質としてヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、細胞表面で発現されるヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、20nM、15nM、10nM、5nM、1nM、またはそれ以下の見かけのK

で、細胞表面で発現されるヒトCD38ポリペプチド(例えば、配列番号1のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;SPRによってアッセイされる場合、精製タンパク質としてカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;SPRによってアッセイされる場合、3.5nMまたはそれ以下のK

で、精製タンパク質としてカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、細胞表面で発現されるカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、7.5nMまたはそれ以下の見かけのK

で、細胞表面で発現されるカニクイザルCD38ポリペプチド(例えば、配列番号30のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;ELISAによってアッセイされる場合、精製タンパク質としてヒトアイソフォームE CD38ポリペプチド(例えば、配列番号105のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;フローサイトメトリーによってアッセイされる場合、細胞表面で発現されるヒトアイソフォームE CD38ポリペプチド(例えば、配列番号105のアミノ酸配列を含む)の細胞外ドメインに結合する;その細胞表面でCD38を発現する細胞のアポトーシスまたは抗体依存性細胞傷害(ADCC)を誘導する;ならびに1つまたはそれ以上の変異を有さない同じ結合タンパク質と比較して、FcγRIおよび/またはFcγRIIへの結合の減少をもたらす1つまたはそれ以上の変異(例えば、Fc領域において)を有する;T細胞(例えば、CD4+および/またはCD8+T細胞)の増殖を誘導する;Bcl-xLのT細胞(例えば、CD4+および/またはCD8+T細胞)による発現を誘導する;CD38+細胞のアポトーシスを誘導する;細胞表面で発現されるCD38およびT細胞表面で発現される1つまたはそれ以上のT細胞標的抗原に結合する;細胞表面で発現されるCD38、T細胞表面で発現されるCD28、およびT細胞表面で発現されるCD3に結合する;T細胞受容体の活性化を刺激する;T細胞受容体のシグナル伝達の同時刺激を誘導する(例えば、CD28によって介在される場合);ならびに1つまたはそれ以上の変異を有さない同じ結合タンパク質と比較して、PBMCによるサイトカイン放出(例えば、IFN-γ、IL-2、および/またはTNF-α)の誘導の低下をもたらす1つまたはそれ以上の変異(例えば、Fc領域に)を有する;CD38+標的細胞の存在下でPBMCによるサイトカイン放出(例えば、IFN-γおよび/またはIL-6)を誘導する。例示的なアッセイとして、実施例1、3、および4を参照されたい。一部の実施形態では、KDは、4℃または25℃で測定される。
【0010】
一部の実施形態では、CD38ポリペプチドに結合する抗原結合部位を含む結合タンパ
ク質であって、抗原結合部位が:(a)GYTFTSFN(配列番号31)もしくはGYTFTSYA(配列番号37)のアミノ酸配列を含むCDR-H1配列、IYPGNGGT(配列番号32)もしくはIYPGQGGT(配列番号38)のアミノ酸配列を含むCDR-H2配列、およびARTGGLRRAYFTY(配列番号33)のアミノ酸配列を含むCDR-H3配列を含む抗体重鎖可変(VH)ドメイン;ならびに/または(b)ESVDSYGNGF(配列番号34)もしくはQSVSSYGQGF(配列番号39)のアミノ酸配列を含むCDR-L1配列、LAS(配列番号35)もしくはGAS(配列番号40)のアミノ酸配列を含むCDR-L2配列、およびQQNKEDPWT(配列番号36)のアミノ酸配列を含むCDR-L3配列を含む抗体軽鎖可変(VL)ドメインを含む、結合タンパク質が本明細書において提供される。一部の実施形態では、抗原結合部位は:(a)GYTFTSFN(配列番号31)もしくはGYTFTSYA(配列番号37)のアミノ酸配列を含むCDR-H1配列、IYPGNGGT(配列番号32)もしくはIYPGQGGT(配列番号38)のアミノ酸配列を含むCDR-H2配列、およびARTGGLRRAYFTY(配列番号33)のアミノ酸配列を含むCDR-H3配列を含む抗体重鎖可変(VH)ドメイン;ならびに/または(b)ESVDSYGNGF(配列番号34)もしくはQSVSSYGQG(配列番号132)のアミノ酸配列を含むCDR-L1配列、LAS(配列番号35)もしくはGAS(配列番号40)のアミノ酸配列を含むCDR-L2配列、およびQQNKEDPWT(配列番号36)のアミノ酸配列を含むCDR-L3配列を含む抗体軽鎖可変(VL)ドメインを含む。一部の実施形態では、抗原結合部位は:(a)GYTFTSFN(配列番号31)のアミノ酸配列を含むCDR-H1配列、IYPGNGGT(配列番号32)のアミノ酸配列を含むCDR-H2配列、およびARTGGLRRAYFTY(配列番号33)のアミノ酸配列を含むCDR-H3配列を含む抗体重鎖可変(VH)ドメイン;ならびに/または(b)ESVDSYGNGF(配列番号34)のアミノ酸配列を含むCDR-L1配列、LAS(配列番号35)のアミノ酸配列を含むCDR-L2配列、およびQQNKEDPWT(配列番号36)のアミノ酸配列を含むCDR-L3配列を含む抗体軽鎖可変(VL)ドメインを含む。一部の実施形態では、VHドメインは、N末端からC末端に向かって、配列FR1-CDR-H1-FR2-CDR-H2-FR3-CDR-H3-FR4を含み;FR1は、配列QVQLVQSGAEVVKPGASVKVSCKAS(配列番号86)、QVQLVQSGAEVVKSGASVKVSCKAS(配列番号87)、またはQVQLVQSGAEVVKPGASVKMSCKAS(配列番号88)を含み;FR2は、配列MHWVKEAPGQRLEWIGY(配列番号90)またはMHWVKEAPGQGLEWIGY(配列番号91)を含み;FR3は、配列NYNQKFQGRATLTADTSASTAYMELSSLRSEDTAVYFC(配列番号93)またはNYNQKFQGRATLTADTSASTAYMEISSLRSEDTAVYFC(配列番号94)を含み;FR4は、配列WGQGTLVTVSS(配列番号96)を含む。一部の実施形態では、VHドメインは、配列番号5のアミノ酸配列を含む、および/またはVLドメインは、配列番号6のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号7のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号8のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む。一部の実施形態では、VHドメインは、配列番号17のアミノ酸配列を含む、および/またはVLドメインは、配列番号18のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号19のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号20のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む。一部の実施形態では、VHドメインは、配列番号21のアミノ酸配列を含む、および/またはVLドメインは、配列番号18のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号22のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号20のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む。一部の実施形態では、VHドメインは、配列番号23のアミノ酸配列を含む、および/またはVLドメインは、配列番号18のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号24のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号20のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む。一部の実施形態では、抗原結合部位は:(a)GYTFTSYA(配列番号37)のアミノ酸配列を含
むCDR-H1配列、IYPGQGGT(配列番号38)のアミノ酸配列を含むCDR-H2配列、およびARTGGLRRAYFTY(配列番号33)のアミノ酸配列を含むCDR-H3配列を含む抗体重鎖可変(VH)ドメイン;ならびに(b)QSVSSYGQGF(配列番号39)のアミノ酸配列を含むCDR-L1配列、GAS(配列番号40)のアミノ酸配列を含むCDR-L2配列、およびQQNKEDPWT(配列番号36)のアミノ酸配列を含むCDR-L3配列を含む抗体軽鎖可変(VL)ドメインを含む。一部の実施形態では、VHドメインは、N末端からC末端に向かって、配列FR1-CDR-H1-FR2-CDR-H2-FR3-CDR-H3-FR4を含み;FR1は、配列QVQLVQSGAEVVKPGASVKVSCKAS(配列番号86)、QVQLVQSGAEVVKSGASVKVSCKAS(配列番号87)、またはQVQLVQSGAEVVKPGASVKMSCKAS(配列番号88)を含み;FR2は、配列MHWVKEAPGQRLEWIGY(配列番号90)またはMHWVKEAPGQGLEWIGY(配列番号91)を含み;FR3は、配列NYNQKFQGRATLTADTSASTAYMELSSLRSEDTAVYFC(配列番号93)またはNYNQKFQGRATLTADTSASTAYMEISSLRSEDTAVYFC(配列番号94)含み;FR4は、配列WGQGTLVTVSS(配列番号96)含む。一部の実施形態では、VHドメインは、配列番号13のアミノ酸配列を含む、および/またはVLドメインは、配列番号14のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号15のアミノ酸配列を含む抗体重鎖および配列番号16のアミノ酸配列を含む抗体軽鎖を含む。
(【0011】以降は省略されています)

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