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公開番号2025031706
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-03-07
出願番号2024156719,2023134891
出願日2024-09-10,2023-08-22
発明の名称非侵襲的出生前親子鑑定方法
出願人株式会社seeDNA
代理人弁理士法人みなとみらい特許事務所
主分類C12Q 1/68 20180101AFI20250228BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】血縁鑑定におけるサンプルの取違いによる誤判定を検証する新たな技術を提供する。
【解決手段】鑑定対象である特定人の擬血族と、前記特定人と、を含む一組の特定の鑑定対象ファミリーより採取したサンプルに基づく、特定人と擬血族の血縁鑑定におけるサンプルの取違いによる誤判定を検証する方法であって、以下に定義する検証工程を含む検証方法。(検証パターン1)特定の鑑定対象ファミリーに属する特定人のジェノタイピングの結果と、前記別の鑑定対象ファミリーに属する擬血族のジェノタイピングの結果と、に基づき、この擬血族と特定人の組み合わせにおいて血縁鑑定を行う。(検証パターン2)別の鑑定対象ファミリーに属する特定人のジェノタイピングの結果と、前記特定の鑑定対象ファミリーに属する擬血族のジェノタイピングの結果と、に基づき、この擬血族と特定人の組み合わせにおいて血縁鑑定を行う。
【選択図】図3
特許請求の範囲【請求項１】
生物学的血縁関係の存否の鑑定対象である特定人の擬血族と、前記特定人と、任意に前記特定人の生物学的な血族と、を含む、一組の特定の鑑定対象ファミリーより採取したサンプルに基づく、前記特定人と前記擬血族の血縁鑑定におけるサンプルの取違いによる誤判定を検証する方法であって、以下に定義する検証工程を含むことを特徴とする検証方法。
＜検証工程＞
前記特定の鑑定対象ファミリーとは別の鑑定対象ファミリーより採取したサンプルとの取違いによる誤判定を検証するため、以下に定義する検証パターン１及び／又は検証パターン２に従った検証を行う。
（検証パターン１）
前記特定の鑑定対象ファミリーに属する前記特定人のジェノタイピングの結果と、
任意に、前記特定の鑑定対象ファミリーに属する前記特定人の生物学的な血族のジェノタイピングの結果と、
前記別の鑑定対象ファミリーに属する擬血族のジェノタイピングの結果と、
に基づき、この擬血族と特定人の組み合わせにおいて血縁鑑定を行う。
（検証パターン２）
前記別の鑑定対象ファミリーに属する特定人のジェノタイピングの結果と、
任意に、前記別の鑑定対象ファミリーに属する前記特定人の生物学的な血族のジェノタイピングの結果と、
前記特定の鑑定対象ファミリーに属する前記擬血族のジェノタイピングの結果と、
に基づき、この擬血族と特定人の組み合わせにおいて血縁鑑定を行う。
続きを表示（約 1,600 文字）【請求項２】
前記擬血族が擬親であり、
前記特定人が子であり、
前記特定人の生物学的な血族が、前記擬親とは異なる性別である、前記子の生物学的な親であり、
前記血縁鑑定が親子鑑定であり、
生物学的親子関係の存否の鑑定対象である前記擬親と、前記子と、任意に前記生物学的な親と、を含む、一組の特定の鑑定対象ファミリーより採取したサンプルに基づく、前記擬親と前記子の親子鑑定におけるサンプルの取違いによる誤判定を検証する方法であって、以下に定義する検証工程を含むことを特徴とする、請求項１に記載の検証方法。
＜検証工程＞
前記特定の鑑定対象ファミリーとは別の鑑定対象ファミリーより採取したサンプルとの取違いによる誤判定を検証するため、以下に定義する検証パターン１及び／又は検証パターン２に従った検証を行う。
（検証パターン１）
前記特定の鑑定対象ファミリーに属する前記子のジェノタイピングの結果と、
任意に、前記特定の鑑定対象ファミリーに属する前記生物学的な親のジェノタイピングの結果と、
前記別の鑑定対象ファミリーに属する擬親のジェノタイピングの結果と、
に基づき、この擬親と子の組み合わせにおいて親子鑑定を行う。
（検証パターン２）
前記別の鑑定対象ファミリーに属する子のジェノタイピングの結果と、
任意に、前記別の鑑定対象ファミリーに属する、当該子の生物学的な親のジェノタイピングの結果と、
前記特定の鑑定対象ファミリーに属する前記擬親のジェノタイピングの結果と、
に基づき、この擬親と子の組み合わせにおいて親子鑑定を行う。
【請求項３】
前記血縁鑑定が、
生物学的血縁関係の存否の鑑定対象である前記擬血族と前記特定人の２名のジェノタイピングの結果に基づき行われる鑑定、又は
生物学的親子関係の存否の鑑定対象である前記擬血族と、前記特定人と、前記生物学的な血族と、の３名のジェノタイピングの結果に基づき行われる鑑定
を含む、請求項１に記載の検証方法。
【請求項４】
前記検証工程において、
１又は２以上の前記別の鑑定対象ファミリーに属する、擬血族と、特定人と、のジェノタイピンの結果を格納しているデータベースを参照することで、前記検証パターン１及び／又は前記検証パターン２に従った検証を行う、請求項１に記載の検証方法。
【請求項５】
前記検証工程において、
１又は２以上の前記別の鑑定対象ファミリーに属する、擬親と、子と、任意に当該子の前記生物学的な親と、のジェノタイピンの結果を格納しているデータベースを参照することで、前記検証パターン１及び／又は前記検証パターン２に従った検証を行う、請求項２に記載の検証方法。
【請求項６】
前記特定の鑑定対象ファミリーに属する前記擬血族と、前記特定人と、のジェノタイピングが完了した後、その結果を前記データベースに格納して更新することを含む、請求項４又は５に記載の検証方法。
【請求項７】
前記検証工程は、
前記更新後の前記データベースを参照することで、前記検証工程を実行すること、及び
前記データベースに反映された前記特定の鑑定対象ファミリーのジェノタイピングの結果を、前記別の鑑定ファミリーのジェノタイピングの結果とみなして、前記検証パターン１及び／又は前記検証パターン２に従った検証を行うことを含む、請求項６に記載の検証方法。
【請求項８】
前記擬血族のジェノタイピングと、前記特定人のジェノタイピングが、
それぞれ異なる場所及び／又は異なる時間に実行されるか、及び／又は
それぞれ別の作業者により実行されるものである、請求項１～５の何れか一項に記載の検証方法。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は非侵襲的出生前親子鑑定技術に関する。
続きを表示（約 1,900 文字）【背景技術】
【０００２】
血液に混入した循環無細胞ＤＮＡ（ｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡ，ｃｆＤＮＡ）の解析結果に基づき、出生前に胎児と擬父の親子鑑定する技術が知られている。母親の血液循環に混入した胎児由来の遺伝物質である胎児循環無細胞ＤＮＡ（Ｃｅｌｌ－ｆｒｅｅｆｅｔａｌＤＮＡ，ｃｆｆＤＮＡ）の分析を行うことにより、非侵襲的出生前親子鑑定（Ｎｏｎ－ＩｎｖａｓｉｖｅＰｒｅｎａｔａｌＰａｔｅｒｎｉｔｙＴｅｓｔ，ＮＩＰＰＴ）を実施することが可能となる（例えば特許文献１）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００３】
特表２０１４－５０２８４５号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
非侵襲的出生前親子鑑定ではｃｆＤＮＡサンプルの解析結果に基づき胎児の遺伝型を特定する。しかし、ｃｆＤＮＡは母親由来のＤＮＡと胎児由来のＤＮＡが混在しているため、一つの多型座位より測定される信号には、母親由来のアレルに起因する信号と胎児由来のアレルに起因する信号が混じっている。胎児のジェノタイピングを行うためには、混在した信号のうち胎児由来のアレルの信号を推定しなければならない。よって、本発明は、簡便な基準をもって胎児のジェノタイピングを行い得る、新規の非侵襲的出生前親子鑑定方法を提供することを第１の課題とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
上記第１の課題を解決する本発明は以下の通りである。
［１］非侵襲的出生前親子鑑定方法であって、
以下に定義する２サンプル鑑定工程及び／又は３サンプル鑑定工程を含む、非侵襲的出生前親子鑑定方法。
【０００６】
＜２サンプル鑑定工程＞
複数の多型座位における、擬父と胎児の２名のジェノタイピングの結果に基づいて、擬父と胎児の生物学的親子関係の存否を鑑定する工程。
但し、前記胎児のジェノタイピングは、以下に定義する基準ａ判定法に従って行われる。
【０００７】
（基準ａ判定法）
妊娠中の母親より採取した循環無細胞核酸サンプルの分析によって得られたデータに含まれる、特定の多型座位に由来する、
最も強い信号強度で検出されるアレルをアレルＡ、
アレルＡの信号強度と同一又は２番目に強い信号強度で検出されるアレルをアレルＢ、
と表記したとき、当該特定の多型座位に由来する信号強度の総和に対する、アレルＡの信号強度の割合（Ｆａ）とアレルＢの信号強度の割合（Ｆｂ）を指標として、以下の基準ａで行う。
【０００８】
＜基準ａ＞
・０％≦Ｆｂ｛≦，＜｝Ｌ％を満たす場合には、胎児の前記特定の多型座位における遺伝型はＡＡのホモであると判定
・Ｍ％｛≦，＜｝Ｆｂ｛≦，＜｝Ｎ％を満たす場合には、胎児の前記特定の多型座位における遺伝型はＡＢのヘテロであると判定
・Ｆａ＝Ｆｂを満たす場合には、当該特定の多型座位のジェノタイピングを行わずにスキップ
・Ｆｂが上の何れの条件も満たさない場合には、当該特定の多型座位のジェノタイピングを行わずにスキップ
（Ｎは５０未満の数値であり、０｛≦，＜｝Ｌ＜Ｍ｛≦，＜｝Ｎの関係式を満たす。なお、｛≦，＜｝との表記は、≦と＜の何れかの不等号を任意に選択できることを示す。）
【０００９】
＜３サンプル鑑定工程＞
複数の多型座位における、生物学的な母親、擬父及び胎児の３者のジェノタイピングの結果に基づいて、擬父と胎児の生物学的親子関係の存否を鑑定する工程。
但し、前記胎児のジェノタイピングは、前記基準ａ判定法、及び／又は以下に定義する基準ｂ判定法に従って行われる。
【００１０】
（基準ｂ判定法）
前記循環無細胞核酸サンプルの分析によって得られたデータに含まれる、前記母親においてホモ接合であると判定された、特定の多型座位に由来する、
最も強い信号強度で検出されるアレルをアレルＡ、
アレルＡの信号強度と同一又は２番目に強い信号強度で検出されるアレルをアレルＢ、
と表記したとき、当該特定の多型座位に由来する信号強度の総和に対する、アレルＡの信号強度の割合（Ｆａ）とアレルＢの信号強度の割合（Ｆｂ）を指標として、以下の基準ｂで行う。
（【００１１】以降は省略されています）

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