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公開番号2025016454
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-02-04
出願番号2024169918,2022206535
出願日2024-09-30,2017-08-30
発明の名称リンパ系疾患の診断及び治療のための組成物及び方法
出願人ザ・チルドレンズ・ホスピタル・オブ・フィラデルフィア,THE CHILDREN’S HOSPITAL OF PHILADELPHIA
代理人園田・小林弁理士法人
主分類C12Q 1/68 20180101AFI20250128BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】ヒト患者におけるリンパ異常を診断するための方法を提供する。
【解決手段】a)患者から核酸を含む生物学的試料を得ること;
b)
i)EPHB4、PIK3R4、PIK3R6、mTOR、及びARAFのうちの1つ又は複数において一塩基変異体(SNV)が存在するか、又は
ii)EPHB4、PIK3R4、PIK3R6、mTOR、及びARAFのうちの1つ又は複数においてSNVと連鎖不平衡にあるSNVが存在するか
どうかを決定するために核酸をアッセイすること;並びに
c)i)若しくはii)のSNVが存在する場合、患者をリンパ異常と診断すること
を含む。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
ヒト患者におけるリンパ異常を診断するための方法であって、
ａ）患者から核酸を含む生物学的試料を得ること；
ｂ）
ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＮＶ）が存在するか、又は
ｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するか
どうかを決定するために核酸をアッセイすること；並びに
ｃ）ｉ）若しくはｉｉ）のＳＮＶが存在する場合、患者をリンパ異常と診断すること
を含む、方法。
続きを表示（約 1,800 文字）【請求項２】
ヒト患者におけるリンパ異常を診断するための方法であって、
ａ）ヒト患者から遺伝子型配列情報を得ること；
ｂ）
ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＮＶ）が存在するか、又は
ｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するか
どうかを決定するために核酸をアッセイすること；並びに
ｃ）ｉ）若しくはｉｉ）のＳＮＶが存在する場合、患者をリンパ異常と診断すること
を含む、方法。
【請求項３】
ヒト患者におけるリンパ異常を治療するための方法であって、
ａ）患者から核酸を含む生物学的試料を得ること；
ｂ）
ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＮＶ）が存在するか、又は
ｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するか
どうかを決定するために核酸をアッセイすること；並びに
ｃ）ｉ）若しくはｉｉ）のうちの１つ又は複数のＳＮＶを有すると同定された患者に前記リンパ異常の治療に適した１又は複数の薬剤を投与し、それによってリンパ異常を治療すること
を含む、方法。
【請求項４】
ヒト患者におけるリンパ異常を治療するための方法であって、
ａ）ヒト患者から遺伝子型配列情報を得ること；
ｂ）
ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＮＶ）が存在するか、又は
ｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するか
どうかを決定するために核酸をアッセイすること；並びに
ｃ）ｉ）若しくはｉｉ）のうちの１つ又は複数のＳＮＶを有すると同定された患者に、リンパ異常の治療に適した１又は複数の薬剤を単独で又は組み合わせて投与し、それによってリンパ異常を治療すること
を含む、方法。
【請求項５】
前記リンパ異常の治療に適した前記薬剤が、１又は複数のｍＴＯＲ阻害剤、１又は複数のＰＩＫ３Ｋ阻害剤、１又は複数のＭＥＫ／ＥＲＫ阻害剤、及び前記いずれの阻害剤の１つ又は複数の組み合わせの群から選択される、請求項３又は４に記載の方法。
【請求項６】
前記１若しくは複数の薬剤又は１若しくは複数の阻害剤が、表１及び／又は２に記載される、請求項３から５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
ＳＮＶが、
ａ）ＥＰＨＢ４におけるｃ．２３３４＋１Ｇ＞Ｃ；
ｂ）ＰＩＫ３Ｒ４におけるｃ．３４８１Ａ＞Ｇ：ｐ．Ｓ１１６１Ｇ；
ｃ）ＰＩＫ３Ｒ６におけるｃ．１３９３－７Ｃ＞Ｔ；
ｄ）ｍＴＯＲにおけるｃ．６８１８Ａ＞Ｇ：ｐ．Ｐ２２７３Ｌ；
ｅ）ＡＲＡＦにおけるｃ．６４０Ｔ＞Ｃ：ｐ．Ｓ２１４Ｐ、及び
ｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）又はｅ）の前記ＳＮＶの１つ又は複数と連鎖不平衡にあるＳＮＶ
から選択される、請求項１から６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
ヒト患者におけるリンパ異常を治療するための方法であって、１又は複数のｍＴＯＲ阻害剤、１又は複数のＰＩＫ３Ｋ阻害剤、１又は複数のＭＥＫ／ＥＲＫ阻害剤、及び前記いずれの阻害剤の１つ又は複数の組み合わせから選択される薬剤の有効量を投与し、それによってリンパ異常を治療することを含む、方法。
【請求項９】
リンパ異常が、リンパ管の異常な形成及び／又は組織の異常増殖によって特徴付けられる、請求項１から８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
リンパ異常がリンパ管腫症（ＬＡＭ）である、請求項１から９のいずれか１項に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願とのクロスリファレンス
本出願は、２０１６年８月３１日に出願された米国仮特許出願第６２／３８２１４７号の優先権を主張し、その内容全体は出典明示により本明細書に援用される。
続きを表示（約 3,000 文字）【０００２】
発明の分野
本発明は、リンパ系の遺伝学、個別化医療、及び奇形の分野に関する。より具体的には、本発明は、リンパ管腫症（Lymphangiomatosis）及び他のリンパ管腫症（generalized lymphatic anomalies）（ＧＬＡ）に関連する症状を改善するための新しい遺伝的標的及び治療的処置計画を提供する。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
本発明が属する最新技術を説明するために、本明細書を通していくつかの刊行物及び特許文書が引用されている。これらの引用のそれぞれは、あたかも完全に記載されているかのように、出典明示により本明細書に援用される。
【０００４】
リンパ系は体液の循環を維持し、身体を病気から守り、小腸の脂肪を吸収するのに重要な役割を果たす（１）。複雑なリンパ管の異常は、リンパ管の異常な形成と組織の異常増殖によって特徴付けられる。患者は、重篤な肺疾患を引き起こし得る重複する症状をしばしば呈する（２、３）。リンパ異常の例には、リンパ管腫症（ＧＬＡ）、リンパ管拡張症、及び乳び性滲出液（心膜、胸膜又は腹膜）が含まれる。診断における重要な課題のために、複雑なリンパ異常の研究は分類と命名法の不一致によって妨げられてきた（３－６）。複雑なリンパ異常の分子遺伝学的病因はあまり理解されていないが、リンパ系の先天性奇形は、根底にある遺伝的病因に関連しているように見える（７－９）。実際、生殖細胞系突然変異及び体細胞突然変異の両方が、ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ及びＲａｓ／ＭＡＰＫ経路に収束する遺伝子において同定されている（１、８）。
【０００５】
ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ及びＲａｓ／ＭＡＰＫシグナル伝達経路の破壊又は異常は、成熟リンパ管ネットワークの構築中の正常な拡大及びリモデリングを損なうことが示されており、このような破壊はリンパ管疾患に関連している。哺乳類ラパマイシン標的タンパク質複合体１（ｍＴＯＲＣ１）活性の上昇をもたらす、ＡＫＴ１及びＰＩＫ３ＣＡの機能獲得型突然変異が、プロテウス症候群（ＯＭＩＭ１７６９２０）、ＣＬＯＶＥＳ症候群（ＯＭＩＭ６１２９１８）及びクリッペル・トレノネー・ウェーバー症候群（ＯＭＩＭ１４９０００）などの症候群の一部を構成するリンパ管奇形の患者で確認された（９－１１）。ＫＲＡＳ、ＨＲＡＳ、ＲＡＦ１、ＰＴＰＮ１１、ＳＯＳ１及びＲＡＳＡ１の突然変異は、ＲＡＳ経路活性の調節不全をもたらし、ヌーナン症候群（ＯＭＩＭ１６３９５０）、コステロ症候群（ＯＭＩＭ２１８０４０）、心臓・顔・皮膚症候群（ＯＭＩＭ１１５１５０）及び毛細血管奇形－動静脈奇形（ＣＭ－ＡＶＭ）症候群（ＯＭＩＭ６０８３５４）においてリンパ浮腫又はリンパ管拡張症を引き起こす（１２－１７）。
【０００６】
これらの理解にもかかわらず、リンパ管腫症／リンパ管拡張症（ＬＡＭ）、リンパ管腫症（ＧＬＡ）、乳び性滲出液などのリンパ管疾患及びリンパ異常を有する患者の同定に使用するための遺伝的バイオマーカーが欠如しており、これらの疾患に関連する遺伝的マーカーを標的とする治療薬も同様である。
【発明の概要】
【０００７】
発明の概要
３世代家族のうち６人がＧＬＡを含むリンパ異常、及び重大な静脈うっ血に罹患したため、その家族のメンバーを、新規生殖細胞系列突然変異を探索するためにエクソーム配列決定（ＥＳ）を使用して分析した。ＥＰＨＢ４のヘテロ接合生殖細胞系列突然変異が同定された。ゼブラフィッシュにおけるＥＰＨＢ４ノックダウン研究は、ＥＰＨＢ４がリンパ管の発達と分岐、ｍＴＯＲシグナル伝達を含むプロセスに役割を果たしていることを確認した。
【０００８】
ＧＬＡ又はリンパ管拡張症と診断された１３家族のコホートが、そのすべてが乳び性滲出液を有する少なくとも１人の家族のメンバーを有しており、配列決定された。ＰＩ３Ｋ複合体の調節サブユニットをコードするＰＩＫ３Ｒ６におけるホモ接合変異体、ＭＴＯＲにおけるヘテロ接合突然変異、ＰＩＫ３Ｒ４におけるヘテロ接合突然変異、及びｍＴＯＲ経路の相互作用因子であるＲａｓ／ＭＡＰＫ経路に関与するＡＲＡＦにおける反復性新規機能獲得型突然変異が同定された。
【０００９】
したがって、本発明の一実施態様において、ヒト患者におけるリンパ異常を診断するための方法が提供される。例示的な方法は、患者から核酸を含む生物学的試料を得ること、ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＮＶ）が存在するか、又はｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するかどうかを決定するために核酸をアッセイすること；及びｉ）又はｉｉ）のＳＮＶが存在する場合、患者をリンパ異常と診断することを含む。別の態様において、ヒト患者におけるリンパ異常を診断するための方法は、ヒト患者から遺伝子型配列情報を得ること、ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＮＶ）が存在するか、又はｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するかどうかを決定するために核酸をアッセイすること；及びｉ）又はｉｉ）のＳＮＶが存在する場合、患者をリンパ異常と診断することを伴う。
【００１０】
本発明はまた、ヒト患者におけるリンパ異常を治療するための方法を提供する。例示的な方法は、患者から核酸を含む生物学的試料を得ること；ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＡＮＶ）が存在するか、又はｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するかどうかを決定するために核酸をアッセイすること；及びｉ）又はｉｉ）のうちの１つ又は複数のＳＮＶを有すると同定された患者に前記リンパ異常の治療に適した１つ又は複数の薬剤を投与し、それによってリンパ異常を治療することを含む。この方法の代替の実施態様において、遺伝子型情報は患者から得られ、ｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数において一塩基変異体（ＳＮＶ）が存在するか、又はｉｉ）ＥＰＨＢ４、ＰＩＫ３Ｒ４、ＰＩＫ３Ｒ６、ｍＴＯＲ、及びＡＲＡＦのうちの１つ又は複数においてＳＮＶと連鎖不平衡にあるＳＮＶが存在するかどうかを決定するためにアッセイされ；及びｉ）又はｉｉ）のうちの１つ又は複数のＳＮＶを有すると同定された患者に前記リンパ異常の治療に適した１つ又は複数の薬剤を投与し、それによってリンパ異常を治療する。この方法の代替の実施態様において、遺伝子型情報は患者から得られる。
（【００１１】以降は省略されています）

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