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公開番号2025011269
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-23
出願番号2024181001,2021515465
出願日2024-10-16,2019-11-25
発明の名称単一アッセイを使用した複数の分析物の分析
出願人イルミナインコーポレイテッド
代理人個人
主分類C12M 1/34 20060101AFI20250116BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】単一アッセイを使用した複数の分析物の分析の提供。
【解決手段】本出願において提供されるシステム、方法、及び組成物の実施形態は、単一のアッセイを使用して単一の試料中の複数の分析物を同時に分析する方法に関する。いくつかの実施形態は、単一の試料中のDNA及びRNAの同時分析、例えば、DNA及びRNAライブラリの同時作製に関する。いくつかの実施形態では、cDNAライブラリはmRNA分子に由来し、第1のバーコードを含む第1のタグを有する核酸を含む。いくつかの実施形態では、gDNAライブラリはゲノムDNAに由来し、第2のバーコードを含む第2のタグを有する核酸を含む。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
フローセル装置であって、
ＲＮＡの３’ポリＡ尾部と、ＤＮＡへとタグメント化されている３’ポリＡ尾部にハイブリダイズするように構成され、かつ、前記ＤＮＡ及びＲＮＡを同時に捕捉するように構成されたポリＴ捕捉プローブ
を備え、
前記ポリＴ捕捉プローブが、第１の共通配列（ＣＳ１）を含み、
前記ポリＴ捕捉プローブは、前記ＲＮＡ及び前記ＤＮＡを単一コンパートメントに閉じ込めることにより、試料からの前記ＲＮＡ及び前記ＤＮＡの同時分析を可能にするように構成され、
前記ＲＮＡがｃＤＮＡに変換される、
フローセル装置。
続きを表示（約 700 文字）【請求項２】
前記ポリＴ捕捉プローブが前記フローセル装置に固定化される、請求項１に記載のフローセル装置。
【請求項３】
前記ＣＳ１が、下流増幅、分子インデックス化、又は分子逆多重化に使用するために構成される、請求項１に記載のフローセル装置。
【請求項４】
前記試料が、細胞の集団、単一の細胞、細胞核の集団、又は単一の細胞核である、請求項１に記載のフローセル装置。
【請求項５】
前記ＲＮＡが逆転写酵素によってｃＤＮＡに変換される、請求項１に記載のフローセル装置。
【請求項６】
カラム精製により細胞核から精製されたｃＤＮＡ及びｇＤＮＡをさらに含む、請求項１に記載のフローセル装置。
【請求項７】
第２の共通配列（ＣＳ２）をさらに含む、請求項１に記載のフローセル装置であって、
前記ＣＳ２が、前記ｃＤＮＡ及び前記ＤＮＡ内に組み込まれ、全長ＲＮＡを生成し、かつ、分子インデックスを組み込むように構成される、フローセル装置。
【請求項８】
前記全長ＲＮＡが、逆転写酵素及び鋳型スイッチングオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）の鋳型スイッチング活性を使用して生成される、請求項７に記載のフローセル装置。
【請求項９】
タグメンテーションが前記ＤＮＡを差別的にタグ付けすることを含む、請求項１に記載のフローセル装置。
【請求項１０】
タグメンテーションがトランスポゾン特異的配列を導入することを含む、請求項１に記載のフローセル装置。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本明細書で提供されるシステム、方法、及び組成物は、単一試料中の複数の分析物を同時に分析するためのアッセイに関する。具体的には、本明細書に開示される態様は、単一のアッセイにおいて単一の試料由来のＤＮＡ及びＲＮＡを分析する方法に関する。
続きを表示（約 2,600 文字）【背景技術】
【０００２】
生物学的試料中に存在する特定の核酸配列の検出は、例えば、微生物を同定及び分類する、感染症を診断する、遺伝子異常を検出及び特徴付ける、癌に関連する遺伝的変化を同定する、疾患に対する遺伝的感受性を調べる、並びに様々な種類の治療に対する応答を測定するための方法として使用されてきた。生物学的試料中の特定の核酸配列を検出するための一般的な技術は、核酸配列決定である。
【０００３】
全ゲノムシーケンシング、遺伝子型決定、標的リシーケンシング、遺伝子発現、単一細胞ゲノミクス、エピゲノミクス、及び組織試料のタンパク質発現分析は、疾患のバイオマーカを識別し、疾患を正確に診断及び予後判定し、患者のための適切な治療を選択するために非常に重要であり得る。多くの場合、これは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はタンパク質などの関心対象の特定の分析物を別々に分析するための複数のアッセイを必要とする。これらの分析物を別々に及び個々に分析するための様々なアッセイが確立されている。しかしながら、複数の分析物の包括的な分析は時間がかかり、且つ面倒である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本開示は、単一のアッセイを使用して試料中の複数の分析物を同時に分析するためのシステム、方法、及び組成物に関する。
【０００５】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、核酸ライブラリに関する。いくつかの実施形態では、ライブラリは、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）ライブラリ及びゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）ライブラリを含む。いくつかの実施形態では、ｃＤＮＡライブラリはｍＲＮＡ分子に由来し、第１のバーコードを含む第１のタグを有する核酸を含む。いくつかの実施形態では、ｇＤＮＡライブラリはゲノムＤＮＡに由来し、第２のバーコードを含む第２のタグを有する核酸を含む。いくつかの実施形態では、第１のバーコード及び第２のバーコードは同じであるか又は異なり、第１のバーコード及び第２のバーコードは、ｃＤＮＡライブラリ及びｇＤＮＡライブラリの共通の供給源を識別する。いくつかの実施形態では、ｃＤＮＡ及びｇＤＮＡライブラリは、共コンパートメント化され、同じ環境で調製される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ用のタグとＲＮＡ用のタグは同じである。
【０００６】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、フローセル装置に関する。いくつかの実施形態では、フローセル装置は、第１のバーコードと第１の基質認識配列を含む、ＲＮＡを捕捉するための第１のプローブ、及び第２のバーコードと第２の基質認識配列を含む、ＤＮＡを捕捉するための第２のプローブを含む。いくつかの実施形態では、第１のバーコード及び第２のバーコードは同じであるか又は異なり、第１のバーコード及び第２のバーコードは、ＲＮＡとＤＮＡの共通の供給源を識別する。いくつかの実施形態では、第１のプローブ及び第２のプローブは、試料由来のＲＮＡ及びＤＮＡを単一コンパートメントにおいて同時に分析するように構成される。第１及び第２の捕捉プローブが固体支持体上に固定化されている、請求項１９に記載の方法。
【０００７】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、試料からのＤＮＡ及びＲＮＡを単一コンパートメントにおいて同時に分析する方法に関する。いくつかの実施形態では、本方法は、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む試料を提供することであって、ＲＮＡは第１のタグを含み、ＤＮＡを第２のタグで差別的にタグ付けすることと、単一コンパートメント中の試料を、ＲＮＡを捕捉するための第１の捕捉プローブ及びタグ付けされたＤＮＡを捕捉するための第２の捕捉プローブと接触させることと、第１の捕捉プローブをＲＮＡに、及び第２の捕捉プローブをＤＮＡにハイブリダイズし、それによってＲＮＡとＤＮＡを捕捉することと、及びＤＮＡ及びＲＮＡを分析することと、を含む。いくつかの実施形態では、第１の捕捉プローブは第１のバーコードを含み、第２の捕捉プローブは第２のバーコードを含み、第１のバーコードと第２のバーコードは、ＲＮＡとＤＮＡの共通の供給源を識別する。
【０００８】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、ｇＤＮＡ及びｃＤＮＡを含む核酸ライブラリを単一コンパートメントにおいて同時に作製する方法に関する。いくつかの実施形態では、本方法は、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む試料を提供することであって、ＲＮＡは第１のタグを含み、ＤＮＡを第２のタグで差別的にタグ付けすることと、単一コンパートメントにおいて試料を、ＲＮＡを捕捉するための第１の捕捉プローブ及びタグ付けされたＤＮＡを捕捉するための第２の捕捉プローブと接触させることと、ＲＮＡとＤＮＡをそれぞれ第１と第２のプローブにハイブリダイズすることと、並びにハイブリダイズしたＲＮＡとＤＮＡからｃＤＮＡライブラリ及びｇＤＮＡライブラリを同時に作製することと、を含む。いくつかの実施形態では、第１のプローブは第１のバーコードを含み、第２のプローブは第２のバーコードを含み、第１のバーコード及び第２のバーコードは、ＲＮＡとＤＮＡの共通の供給源を識別する。
【０００９】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、試料中のＤＮＡ及びＲＮＡを単一コンパートメントにおいて同時に分析するためのキットに関する。いくつかの実施形態では、キットは、転位試薬並びに第１のタグに相補的な第１のプローブ及び第２のタグに相補的な第２のプローブを含み、第１のプローブ及び第２のプローブは固体支持体上に固定化されており、第１のプローブは第１のバーコードを含み、第２のプローブは第２のバーコードを含み、第１及び第２のバーコードは、ＤＮＡとＲＮＡの共通の供給源を識別する。
【００１０】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、単一細胞ＡＴＡＣ－ｓｅｑ解析を実施する方法に関する。いくつかの実施形態では、本方法は、細胞又は核の集団を含む試料を提供することと、標的核酸上で連続性保存転位を実施することと、細胞又は核の集団を個々の液滴に分配することであって、単一の細胞又は核は単一の液滴に分配される、標的核酸をインデックス化すること、及びインデックス付き核酸を分析する、分配することを含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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