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公開番号2024164138
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-11-26
出願番号2024140657,2021564747
出願日2024-08-22,2020-05-01
発明の名称CLEC12a結合性ポリペプチド及びその使用
出願人インヒブルクス バイオサイエンシズ インコーポレイテッド
代理人弁理士法人三枝国際特許事務所
主分類C07K 16/18 20060101AFI20241119BHJP(有機化学)
要約【課題】CLEC12a結合性ポリペプチド、及びCLEC12a結合性ポリペプチドを使用して、例えば白血病を治療する方法を提供する。
【解決手段】CLEC12aに結合するVHH含有ポリペプチド、およびVHH含有ポリペプチドの使用を提供する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項1】
配列番号47、配列番号32、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号19、配列番号23、配列番号35、配列番号38、配列番号41、又は配列番号44のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48、配列番号33、配列番号4、配列番号8、配列番号12、配列番号16、配列番号20、配列番号24、配列番号36、配列番号39、配列番号42、又は配列番号45のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49、配列番号34、配列番号5、配列番号9、配列番号13、配列番号17、配列番号21、配列番号25、配列番号37、配列番号40、配列番号43、又は配列番号46のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、CLEC12aに結合する少なくとも1つのVHHドメインを含むポリペプチド。
続きを表示(約 1,500 文字)【請求項2】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号47又は配列番号23のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48又は配列番号24のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49又は配列番号25のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項3】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号32又は配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号33又は配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号34又は配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1又は2に記載のポリペプチド。
【請求項4】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号7又は配列番号35のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号8又は配列番号36のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号9又は配列番号37のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項5】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号11又は配列番号38のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号12又は配列番号39のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号13又は配列番号40のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項6】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号15又は配列番号41のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号16又は配列番号42のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号17又は配列番号43のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~5のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項7】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号19又は配列番号44のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号20又は配列番号45のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号21又は配列番号46のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~6のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項8】
少なくとも1つのVHHドメインは、それぞれ配列番号32、配列番号33、及び配列番号34;配列番号47、配列番号48、及び配列番号49;配列番号3、配列番号4、及び配列番号5;配列番号7、配列番号8、及び配列番号9;配列番号11、配列番号12、及び配列番号13;配列番号15、配列番号16、及び配列番号17;配列番号19、配列番号20、及び配列番号21;配列番号23、配列番号24、及び配列番号25;配列番号35、配列番号36、及び配列番号37;配列番号38、配列番号39、及び配列番号40;配列番号41、配列番号42、及び配列番号43;配列番号44、配列番号45、及び配列番号46のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む
、請求項1~7のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項9】
少なくとも1つのVHHドメインは、ヒト化されている、請求項1~8のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項10】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号26、配列番号94、配列番号31、配列番号99、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号95、配列番号96、配列番号97、又は配列番号98のアミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1~9のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(【請求項11】以降は省略されています)

発明の詳細な説明【技術分野】
【0001】
[関連出願の相互参照]
本願は、2019年5月4日付で出願された米国仮出願第62/843,411号及び2019年5月7日付で出願された米国仮出願第62/844,426号の優先権の利益を主張し、それぞれの全体があらゆる目的で引用することにより本明細書の一部をなす。
続きを表示(約 8,100 文字)【0002】
本発明は、CLEC12a結合性ポリペプチド、及びCLEC12a結合性ポリペプチドを使用してCLEC12aの生物学的活性を調節する方法に関する。そのような方法には、限定されるものではないが、癌を治療する方法が含まれる。
【背景技術】
【0003】
CLEC12aは、CLL-1、CLL1、DCAL-2、MICL、CD371、又はC型レクチンドメインファミリー12メンバーAとしても知られ、C型レクチン/C型レクチン様ドメイン(CTL/CTLD)スーパーファミリーのメンバーであり、骨髄細胞活性化を調節する。CLEC12aはまた、急性骨髄性白血病(AML)を伴う患者の芽球及び白血病幹細胞のマーカーである。さらに、CLEC12aは、AMLの治療後の患者において微小残存病変を検出するのに使用されている。したがって、CLEC12aを発現する癌についてのより強力な処置が治療上必要とされている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0004】
本明細書において、CLEC12a結合性ポリペプチド、及びCLEC12a結合性ポリペプチドを使用して、例えば白血病を治療する方法が提供される。幾つかの実施の形態において、CLEC12a結合性ポリペプチドは、少なくとも1つのVHHドメインを含む。幾つかの実施の形態を以下に示す。
【課題を解決するための手段】
【0005】
実施の形態1. 配列番号47、配列番号32、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号19、配列番号23、配列番号35、配列番号38、配列番号41、又は配列番号44のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48、配列番号33、配列番号4、配列番号8、配列番号12、配列番号16、配列番号20、配列番号24、配列番号36、配列番号39、配列番号42、又は配列番号45のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49、配列番号34、配列番号5、配列番号9、配列番号13、配列番号17、配列番号21、配列番号25、配列番号37、配列番号40、配列番号43、又は配列番号46のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、CLEC12aに結合する少なくとも1つのVHHドメインを含むポリペプチド。
実施の形態2. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号47又は配列番号23のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48又は配列番号24のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49又は配列番号25のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1のポリペプチド。
実施の形態3. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号32又は配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号33又は配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号34又は配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1又は実施の形態2のポリペプチド。
実施の形態4. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号7又は配列番号35のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号8又は配列番号36のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号9又は配列番号37のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態
1~3のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態5. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号11又は配列番号38のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号12又は配列番号39のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号13又は配列番号40のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~4のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態6. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号15又は配列番号41のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号16又は配列番号42のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号17又は配列番号43のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~5のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態7. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号19又は配列番号44のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号20又は配列番号45のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号21又は配列番号46のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~6のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態8. 少なくとも1つのVHHドメインは、それぞれ配列番号32、配列番号33、及び配列番号34;配列番号47、配列番号48、及び配列番号49;配列番号3、配列番号4、及び配列番号5;配列番号7、配列番号8、及び配列番号9;配列番号11、配列番号12、及び配列番号13;配列番号15、配列番号16、及び配列番号17;配列番号19、配列番号20、及び配列番号21;配列番号23、配列番号24、及び配列番号25;配列番号35、配列番号36、及び配列番号37;配列番号38、配列番号39、及び配列番号40;配列番号41、配列番号42、及び配列番号43;配列番号44、配列番号45、及び配列番号46のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む、実施の形態1~7のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態9. 少なくとも1つのVHHドメインは、ヒト化されている、実施の形態1~8のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態10. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号26、配列番号94、配列番号31、配列番号99、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号95、配列番号96、配列番号97、又は配列番号98のアミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を含む、実施の形態1~9のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態11. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号26、配列番号94、配列番号31、配列番号99、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号95、配列番号96、配列番号97、又は配列番号98のアミノ酸配列を含む、実施の形態1~9のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態12. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号2、配列番号6、配列番号10、配列番号14、配列番号18、配列番号22、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、又は配列番号93のアミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を含む、実施の形態1~8のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態13. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号2、配列番号6、配列番号10、配列番号14、配列番号18、配列番号22、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、又は配列番号93のアミノ酸配列を含む、実施の形態1~8のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態14. 2つのVHHドメインを含む、実施の形態1~13のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態15. 3つのVHHドメインを含む、実施の形態1~13のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態16. ポリペプチドは、CLEC12a以外の抗原に結合する少なくとも1つの結合ドメインを含む、実施の形態1~15のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態17. ポリペプチドは、CD3、T細胞受容体(TCR)α、TCRβ、CD28、CD16、CD32A、CD64、CD89、NKp46、又はNKG2Dに結
合する少なくとも1つの結合ドメインを含む、実施の形態16のポリペプチド。
実施の形態18. 各VHHドメインは、CLEC12aに結合する、実施の形態14又は15のポリペプチド。
実施の形態19. 各VHHドメインは、同じCDR1、CDR2、及びCDR3のアミノ酸配列を含む、実施の形態18のポリペプチド。
実施の形態20. 各VHHドメインは、同じVHH配列を含む、実施の形態18のポリペプチド。
実施の形態21. 1つのVHHドメインを含む、実施の形態1~13のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態22. ポリペプチドは、Fc領域を含む、実施の形態1~21のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態23. Fc領域は、配列番号50~配列番号85から選択されるアミノ酸配列を含む、実施の形態22のポリペプチド。
実施の形態24. 生理学的条件下で二量体を形成する、実施の形態22又は実施の形態23のポリペプチド。
実施の形態25. CLEC12aは、ヒトCLEC12aである、実施の形態1~24のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態26. ヒトCLEC12aは、配列番号1の配列を含む、実施の形態25のポリペプチド。
実施の形態27. 実施の形態1~26のいずれか1つのポリペプチドと、細胞傷害性作用物質とを含む免疫複合体。
実施の形態28. 細胞傷害性作用物質は、カリケアマイシン、アウリスタチン、ドラスタチン、チューブリシン、メイタンシノイド、クリプトフィシン、デュオカルマイシン、エスペラマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、及びエンジイン抗生物質から選択される、実施の形態27の免疫複合体。
実施の形態29. 実施の形態1~26のいずれか1つのポリペプチド又は実施の形態27若しくは実施の形態28の免疫複合体と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
実施の形態30. 実施の形態1~26のいずれか1つのポリペプチドをコードする単離された核酸。
実施の形態31. 実施の形態30の核酸を含むベクター。
実施の形態32. 実施の形態34の核酸又は実施の形態31のベクターを含む宿主細胞。
実施の形態33. 実施の形態1~26のいずれか1つのポリペプチドを発現する宿主細胞。
実施の形態34. 実施の形態1~26のいずれか1つのポリペプチドを生産する方法であって、ポリペプチドの発現に適した条件下で実施の形態32又は実施の形態33の宿主細胞をインキュベートすることを含む、方法。
実施の形態35. ポリペプチドを単離することを更に含む、実施の形態34の方法。
実施の形態36. 癌を治療する方法であって、癌を伴う被験体に実施の形態1~26のいずれか1つのポリペプチド、実施の形態27若しくは実施の形態28の免疫複合体、又は実施の形態29の医薬組成物を薬学的有効量、投与することを含む、方法。
実施の形態37. 癌は、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、B細胞リンパ腫、低悪性度/濾胞性非ホジキンリンパ腫(NHL)、小リンパ球(SL)NHL、中悪性度/濾胞性NHL、中悪性度びまん性NHL、高悪性度免疫芽球性NHL、高悪性度リンパ芽球性NHL、高悪性度小型非分割細胞NHL、巨大病変NHL、マントル細胞リンパ腫、AIDS関連リンパ腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、有毛細胞白血病、及び慢性骨髄芽球性白血病から選択される、実施の形態36の方法。
実施の形態38. 癌は、急性骨髄性白血病(AML)である、実施の形態36又は37の方法。
実施の形態39. 追加の療法剤を投与することを更に含む、実施の形態36~38のいずれか1つの方法。
実施の形態40. 追加の療法剤は、抗癌剤である、実施の形態39の方法。
実施の形態41. 抗癌剤は、化学療法剤、抗癌生物製剤、放射線療法、CAR-T療法薬、及び腫瘍溶解性ウイルスから選択される、実施の形態40の方法。
実施の形態42. 癌は、CLEC12aを発現する癌である、実施の形態36~39のいずれか1つの方法。
【図面の簡単な説明】
【0006】
CLEC12aに結合するVHHドメインを含むポリペプチドについてのバイオレイヤー干渉測定データを示す図である。図1Aは、本明細書に記載される他のCLEC12a結合性sdAbと比較したhzMB11v13についてのバイオレイヤー干渉測定データを示す。図1Bは、本明細書に記載される他のCLEC12a結合性sdAbと比較したhzME06v16についてのバイオレイヤー干渉測定データを示す。
HEK293細胞上に発現されたCLEC12aに対する或る特定のシングルドメイン抗体(sdAb)の結合を示す図である。「CLEC12a-HEK-293」は、実施例2に記載されるように、CLEC12aをコードするプラスミドでトランスフェクションされたHEK293細胞を示す。「HEK-293」は、トランスフェクションされていないHEK293細胞を示す。図2Aは、CLEC12aへのMB11-IgG1の結合を示す。図2Bは、CLEC12aへのhzMB11v13-IgG1の結合を示す。図2Cは、CLEC12aへのME06-IgG1の結合を示す。図2Dは、CLEC12aへのhzME06v16-IgG1の結合を示す。図2Eは、CLEC12aへのMC02-IgG1の結合を示す。図2Fは、CLEC12aへのhzMC02v6-IgG1の結合を示す。図2Gは、CLEC12aへのMH07-IgG1の結合を示す。図2Hは、CLEC12aへのhzMH07v3-IgG1の結合を示す。図2Iは、CLEC12aへのMC06-IgG1の結合を示す。図2Jは、CLEC12aへのhzMC06v2-IgG1の結合を示す。図2Kは、CLEC12aへのME02-IgG1の結合を示す。図2Lは、CLEC12aへのhzME02v4-IgG1の結合を示す。
【発明を実施するための形態】
【0007】
本明細書に示される実施形態は、CLEC12a結合性ポリペプチド、及び癌を治療する様々な方法におけるそれらの使用に関する。
【0008】
定義及び様々な実施形態
本明細書に使用されるセクションの見出しは編成のみを目的とし、記載される主題を限定すると解釈されるものではない。
【0009】
特許出願、特許公報、及びGenbankアクセッション番号を含む本明細書で引用される全ての参考文献は、各個別の参考文献が、引用することによりその全体が本明細書の一部をなすと具体的かつ個別に示されているかのように、引用することにより本明細書の一部をなす。
【0010】
本明細書に記載又は参照される技術及び手順は、一般に十分に理解されており、通常、例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd. edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.、CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (F. M. Ausubel, et al. eds., (2003))、the series METHO
DS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.)、PCR 2: A PRACTICAL APPROACH (M. J. MacPherson, B. D. Hames and G. R. Taylor eds. (1995))、Harlow and Lane, eds. (1988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL、及びANIMAL CELL CULTURE (R. I. Freshney, ed. (1987))、Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait, ed., 1984)、Methods in Molecular Biology, Humana Press、Cell Biology: A Laboratory Notebook (J. E. Cellis, ed., 1998) Academic Press、Animal Cell Culture (R. I. Freshney, ed., 1987)、Introduction to Cell and Tissue Culture (J. P. Mather and P. E. Roberts, 1998) Plenum Press、Cell and Tissue Culture Laboratory Procedures (A. Doyle, J. B. Griffiths, and D. G. Newell eds., 1993-8) J. Wiley and Sons、Handbook of Experimental Immunology (D. M. Weir and C. C. Blackwell, eds.)、Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J. M. Miller and M. P. Calos, eds., 1987)、PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis et al., eds., 1994)、Current Protocols in Immunology (J. E. Coligan et al., eds., 1991)、Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999)、Immunobiology (C. A. Janeway and P. Travers, 1997)、Antibodies (P. Finch, 1997)、Antibodies: A Practical Approach (D. Catty., ed., IRL Press, 1988-1989)、Monoclonal Antibodies: A Practical Approach (P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford
University Press, 2000)、Using Antibodies: A Laboratory Manual (E. Harlow and D. Lane, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999)、The Antibodies (M. Zanetti and J. D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995)、及びCancer: Principles
and Practice of Oncology (V. T. DeVita et al., eds., J.B. Lippincott Company, 1993)並びにそれらの最新版に記載される広く利用されている方法論等の当業者による慣例的な方法論を用いて使用される。
(【0011】以降は省略されています)

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