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公開番号2024160183
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-11-12
出願番号2024112088,2022057870
出願日2024-07-12,2013-11-15
発明の名称組換えアデノウイルスおよびその使用
出願人ベスイスラエルデアコネスメディカルセンターインコーポレイテッド,ワシントンユニバーシティー
代理人弁理士法人平木国際特許事務所
主分類C12N 15/861 20060101AFI20241105BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】低い血清有病率および強力な免疫原性を有する代替性のアデノウイルスベクターを提供する。
【解決手段】本発明は、組換えアデノウイルスおよびそのベクターに関する。特に、アデノウイルスは、他のアデノウイルスおよびそのベクターに対して、低い血清有病率および高い免疫原性を有する新規なサルアデノウイルスである。本発明はまた、アデノウイルスの作製、およびアデノウイルスベクターを被験体(例えばヒト)に投与することによる疾患の処置のための方法を提供する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
配列番号１～３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一であるか、または相補的であるヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
続きを表示（約 740 文字）【請求項２】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号１～３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９５％同一であるか、または相補的である、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号１～３のいずれか１つの全部または一部に対して、１００％同一であるか、または相補的である、請求項２に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号４～１２のいずれか１つの全部または一部、またはその相補配列を含む、請求項３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号１３～１８のいずれか１つの全部または一部を含む、請求項４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
請求項１～５のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えベクター。
【請求項７】
前記ベクターが、配列番号３４～３９のいずれか１つを含むｓＡｄ４２９７アデノウイルスベクターである、請求項６に記載の組換えベクター。
【請求項８】
前記ベクターが、配列番号４０～４５のいずれか１つを含むｓＡｄ４３１０Ａアデノウイルスベクターである、請求項６に記載の組換えベクター。
【請求項９】
前記ベクターが、配列番号４６～５１のいずれか１つを含むｓＡｄ４３１２アデノウイルスベクターである、請求項６に記載の組換えベクター。
【請求項１０】
請求項１～５のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えアデノウイルス。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【背景技術】
【０００１】
連邦政府の資金提供による研究に関する陳述
本発明は、米国国立衛生研究所（ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｏｆＨｅａｌｔｈ）（ＮＩＨ）によって授与された助成金番号ＡＩ０７８５２６、ＡＩ０９６０４０、およびＯＤ０１１１７０の下で、政府の支援を受けて行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。
続きを表示（約 6,200 文字）【０００２】
組換えアデノウイルスベクターは、ワクチンの開発において使用されている。現在まで、約５５の異なるアデノウイルス血清型が、同定されている。サブグループＣのアデノウイルスが、ワクチン接種および遺伝子治療などの用途において、最も広く研究されている。特に、アデノウイルス血清型２および５（Ａｄ２およびＡｄ５）は、同分野において広く使用されている。重要なことには、Ａｄ５ベクターに基づくワクチンは、種々の動物モデルにおいて強力かつ防御的な免疫応答を誘発することが示されている。さらに、Ａｄ５に基づく組換えベクターを用いたＨＩＶワクチン接種についての大規模臨床試験が進行中である（例えば、国際公開第０１／０２６０７号パンフレット；国際公開第０２／２２０８０号パンフレット；Ｓｈｉｖｅｒｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．４１５：３３１－３３５，２００２；Ｌｅｔｖｉｎｅｔａｌ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：７３－９９，２００２；およびＳｈｉｖｅｒａｎｄＥｍｉｎｉ，ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５５：３５５，２００４を参照）。
【０００３】
しかし、ＨＩＶおよび他の病原体に対する、組換えＡｄ５ベクターに基づくワクチンの有用性は、ヒト集団における既存の高い抗－Ａｄ５免疫が原因で制限される場合がある。抗－Ａｄ５免疫の存在は、マウスおよびアカゲザルにおける試験において、Ａｄ５に基づくワクチンの免疫原性の低下と相関している。第１相臨床試験から得られた早期データによると、この問題がヒトにおいても生じうることが示されている。Ａｄ５に特異的な中和抗体（ＮＡｂ）およびＣＤ８
＋
Ｔリンパ球の双方が抗－Ａｄ５免疫に寄与するが、Ａｄ５に特異的なＮＡｂは、このプロセスにおいて主要な役割を果たすようにみられている（Ｓｕｍｉｄａｅｔａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，１７４：７１７９－７１８５，２００４）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
したがって、同分野においては、低い血清有病率および強力な免疫原性を有する代替性のアデノウイルスベクターについて、まだ満たされていない需要がある。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
発明の概要
３つの新規なサルアデノウイルス（ｓＡｄｓ）、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２の全ゲノムが同定され、またそれらの全ゲノムは決定されている。これらのアデノウイルスは、意外にも、低い血清有病率および強力な免疫原性の双方を示し、これは、これらのウイルスが、新規なワクチンベクター候補として有用でありうることを示唆している。第１の態様では、本発明は、配列番号１～３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体を含む単離されたポリヌクレオチドを特徴とする。配列番号１、２、および３は、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２の各々の完全長ゲノム配列である。本発明の単離されたポリヌクレオチドは、参照ポリヌクレオチド分子（例えば、配列番号１～３）の少なくとも５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１００００、１５０００、２００００、２５０００、３００００、または３５０００またはそれを超える隣接または非隣接ヌクレオチドを含んでもよい。
【０００６】
一部の実施形態では、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４～１２のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体を含む。配列番号４～１２は、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー１、ファイバー２、およびヘキソンタンパク質をコードするヌクレオチド配列を特徴とする。したがって、一部の実施形態では、ファイバー１タンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号４、５、および６に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、ファイバー２タンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号７、８、および９に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、ヘキソンタンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１０、１１、および１２に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のヘキソンタンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、同ヌクレオチド配列は、１つ以上のヘキソンタンパク質超可変領域（ＨＶＲｓ）（例えば、ｓＡｄ４２８７ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３～ｎｔ４８９）、ＨＶＲ２（ｎｔ５２０～ｎｔ５３７）、ＨＶＲ３（ｎｔ５９２～ｎｔ６１８）、ＨＶＲ４（ｎｔ７０６～ｎｔ７４４）、ＨＶＲ５（ｎｔ７６３～７８６）、ＨＶＲ６（ｎｔ８５６～ｎｔ８７４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１２０１～ｎｔ１２９６）（配列番号１０）；ｓＡｄ４３１０Ａヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３～ｎｔ４７７）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５～ｎｔ５１６）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７１～ｎｔ５９１）、ＨＶＲ４（ｎｔ６７９～ｎｔ６９０）、ＨＶＲ５（ｎｔ７０９～７３５）、ＨＶＲ６（ｎｔ８０５～ｎｔ８１６）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１４４～ｎｔ１２３６）（配列番号１１）；あるいはｓＡｄ４３１２ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３～ｎｔ４７４）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５～ｎｔ５２２）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７７～ｎｔ５９７）、ＨＶＲ４（ｎｔ６８５～ｎｔ７２６）、ＨＶＲ５（ｎｔ７４８～７７７）、ＨＶＲ６（ｎｔ８４７～ｎｔ８６４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１９２～ｎｔ１２８４）（配列番号１２））の全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。
【０００７】
一部の実施形態では、本発明の１つ以上のヘキソンタンパク質超可変領域（ＨＶＲｓ）をコードする１つ以上のヌクレオチド配列は、別のウイルスのそれ（例えば、ｓＡｄ４２８７ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３～ｎｔ４８９）、ＨＶＲ２（ｎｔ５２０～ｎｔ５３７）、ＨＶＲ３（ｎｔ５９２～ｎｔ６１８）、ＨＶＲ４（ｎｔ７０６～ｎｔ７４４）、ＨＶＲ５（ｎｔ７６３～７８６）、ＨＶＲ６（ｎｔ８５６～ｎｔ８７４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１２０１～ｎｔ１２９６）（配列番号１０）；ｓＡｄ４３１０Ａヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３～ｎｔ４７７）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５～ｎｔ５１６）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７１～ｎｔ５９１）、ＨＶＲ４（ｎｔ６７９～ｎｔ６９０）、ＨＶＲ５（ｎｔ７０９～７３５）、ＨＶＲ６（ｎｔ８０５～ｎｔ８１６）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１４４～ｎｔ１２３６）（配列番号１１）；あるいはｓＡｄ４３１２ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３～ｎｔ４７４）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５～ｎｔ５２２）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７７～ｎｔ５９７）、ＨＶＲ４（ｎｔ６８５～ｎｔ７２６）、ＨＶＲ５（ｎｔ７４８～７７７）、ＨＶＲ６（ｎｔ８４７～ｎｔ８６４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１９２～ｎｔ１２８４）（配列番号１２））と置換されており、それらは１つ以上の他のウイルス、例えば、アデノウイルス、例えば、Ａｄ５の場合より低い血清有病率を有するアデノウイルス、例えばサブグループＢ（Ａｄ１１、Ａｄ３４、Ａｄ３５、およびＡｄ５０）およびサブグループＤ（Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ４８、およびＡｄ４９）のアデノウイルス、ならびにサルアデノウイルス（例えば、ＡｄＣ６８としても知られるＰａｎ９））の対応するＨＶＲ配列と置換される。他の実施形態では、同ヌクレオチド配列は、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２の上記ヘキソンＨＶＲのうちの１つ以上の全部または一部の置換を有するＡｄ５、Ａｄ１１、Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ４８、Ａｄ４９、Ａｄ５０、またはＰａｎ９／ＡｄＣ６８のアデノウイルスベクター骨格を含む。
【０００８】
一部の実施形態では、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１３～１８のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体を含む。配列番号１３～１８は、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー１およびファイバー２タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列を特徴とする。一部の実施形態では、ファイバー１のノブドメインの全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１３、１４、および１５の各々に対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、ファイバー２のノブドメインの全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１６、１７、および１８の各々に対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、本発明のファイバータンパク質（例えば、ファイバー１またはファイバー２タンパク質）のノブドメインをコードする１つ以上のヌクレオチド配列（配列番号１３～１８）は、別のウイルスのそれと置換されていてもよい。
【０００９】
第２の態様では、本発明は、本発明の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えベクターであって、配列番号３４～５１のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であるヌクレオチド配列を含む、組換えベクターを特徴とする。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号３４～３９のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４２９７アデノウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号４０～４５のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４３１０Ａアデノウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号４６～５１のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４３１２アデノウイルスベクターである。他の実施形態では、本発明の組換えアデノウイルスの作製のため、配列番号３４～５１によって示されるベクターの２つ以上（例えば、２つ、３つ、または４つ）を用いて、プラスミド系を樹立してもよい。
【００１０】
本発明の第１または第２の態様の実施形態では、単離されたポリヌクレオチドおよび／または組換えベクターを使用して、組換えアデノウイルスが作製され、ここでアデノウイルスの全部または一部は、配列番号１～３のいずれか１つに由来する。一部の実施形態では、組換えアデノウイルスは、Ｅ１領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ４７４～ｎｔ３０８５；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ４７４～ｎｔ３０８８；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ４８７～ｎｔ３１００）内または同領域の欠失を含む単離されたポリヌクレオチドを含む。この欠失を含む組換えアデノウイルスベクターは、複製欠損になる。一部の実施形態では、複製欠損ウイルスはまた、Ｅ３領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ２５９７３～ｎｔ２８５９６；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ２５９１５～ｎｔ２８４９６；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ２５９４７～ｎｔ２８５６１）内または同領域の欠失、および／またはＥ４領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ３１８５２～ｎｔ３４７５２；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ３１７５０～ｎｔ３４０４８；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ３１８１８～ｎｔ３４１１６）内または同領域の欠失を含んでもよい。他の実施形態では、組換えアデノウイルスは、Ｅ１、Ｅ３、および／またはＥ４領域の１つ以上を含み、複製可能である。
（【００１１】以降は省略されています）

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