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公開番号2024100936
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-07-26
出願番号2024083619,2021533524
出願日2024-05-22,2019-12-12
発明の名称分泌治療モダリティを送達するためのアネロソーム
出願人フラッグシップパイオニアリングイノベーションズブイ, インコーポレイテッド
代理人個人,個人,個人,個人,個人
主分類C07K 14/01 20060101AFI20240719BHJP(有機化学)
要約【課題】分泌治療モダリティを送達するためのアネロソームの提供。
【解決手段】本発明は、概してアネロソーム並びにそれらの組成物及び使用に関する。本開示は、送達ビヒクルとして、例えば、真核細胞(例えば、ヒト細胞若しくはヒト組織)に、遺伝物質を送達するための、エフェクター、例えば、ペイロードを送達するための、又は治療薬若しくは治療エフェクター(例えば、分泌タンパク質)を送達するために用いることができるアネロソーム、例えば、合成アネロソームを提供する。アネロソームを用いて、送達することができる例示的な分泌治療薬として、例えば、抗体分子、酵素、ホルモン、サイトカイン分子、補体阻害剤、増殖因子、又は増殖因子阻害剤が挙げられる。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
明細書に記載の発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年１２月１２日に出願された米国仮特許出願第６２／７７８，８６９号明細書、及び２０１８年１２月１２日に出願された米国仮特許出願第６２／７７８，８６６号明細書の利益を主張する。前述した出願の内容は、その全体を参照により本明細書に組み込む。
続きを表示（約 6,600 文字）【０００２】
配列表
本願は、ＡＳＣＩＩフォーマットに電子データとして提出された配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。前記ＡＳＣＩＩコピーは、２０１９年１２月９日に作成され、Ｖ２０５７－７００２ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔと題し、そのサイズは、８２５，８２２バイトである。
【背景技術】
【０００３】
患者に治療用遺伝物質を送達するための好適なベクターを開発するニーズが依然として存在する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本開示は、送達ビヒクルとして、例えば、真核細胞（例えば、ヒト細胞若しくはヒト組織）に、遺伝物質を送達するための、エフェクター、例えば、ペイロードを送達するための、又は治療薬若しくは治療エフェクター（例えば、分泌タンパク質）を送達するために用いることができるアネロソーム、例えば、合成アネロソームを提供する。アネロソームを用いて、送達することができる例示的な分泌治療薬として、例えば、抗体分子、酵素、ホルモン、サイトカイン分子、補体阻害剤、増殖因子、又は増殖因子阻害剤が挙げられる。
【０００５】
一部の実施形態では、アネロソーム（例えば、粒子、例えば、ウイルス粒子、例えば、アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）粒子）は、タンパク質性外層（例えば、アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）キャプシドタンパク質を含むタンパク質性外層、例えば、本明細書に記載されるような、例えばアネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）ＯＲＦ１タンパク質又はアネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）ＯＲＦ１核酸によりコードされるポリペプチド）に包膜された遺伝子エレメント（例えば、治療用ＤＮＡを含む遺伝子エレメント）を含み、これは、遺伝子エレメントを細胞（例えば、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞）内に導入することができる。一部の実施形態では、アネロソームは、アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）ＯＲＦ１核酸（例えば、アルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）、ベータトルクウイルス（Ｂｅｔａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）、又はガンマトルクウイルス（Ｇａｍｍａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）のＯＲＦ１核酸、例えば、本明細書に記載のように、例えば、アルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）クレード１、アルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）クレード２、アルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）クレード３、アルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）クレード４、アルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）クレード５、アルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）クレード６、若しくはアルファトルクウイルス（Ａｌｐｈａｔｏｒｑｕｅｖｉｒｕｓ）クレード７のＯＲＦ１核酸）によりコードされるポリペプチドを含むタンパク質性外層を含む粒子である。本開示のアネロソームの遺伝子エレメントは、典型的に、環状及び／又は一本鎖ＤＮＡ分子（例えば、環状且つ一本鎖）であり、概して、それを閉じ込めるタンパク質性外層と結合するタンパク質結合配列、又はそれに結合したポリペプチドを含み、これは、タンパク質性外層内への遺伝子エレメントの閉じ込め及び／又はタンパク質性外層内で、他の核酸に対する遺伝子エレメントの濃縮を促進し得る。一部の事例では、遺伝子エレメントは、環状又は線状である。一部の事例では、遺伝子エレメントは、例えば、細胞内で発現され得るエフェクター（例えば、ノンコーディングＲＮＡなどの核酸エフェクター、又はポリペプチドエフェクター、例えば、タンパク質）を含むか、又はコード化する。一部の実施形態では、エフェクターは、例えば、本明細書に記載のような、治療薬又は治療用エフェクター（例えば、分泌治療薬、例えば分泌ポリペプチド）である。一部の事例では、エフェクターは、例えば、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）又は標的細胞に対して、内在性エフェクター又は外性エフェクターである。一部の実施形態では、エフェクターは、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）又は標的細胞に対して、外性である。一部の実施形態では、アネロソームは、細胞と接触して、細胞によりエフェクターが生成又は発現されるように、エフェクターをコード化する遺伝子エレメントを細胞に導入することによって、エフェクターを細胞中に送達することができる。特定の事例では、エフェクターは、内在性エフェクターである（例えば、標的細胞に対して内在性であるが、例えば、アネロソームにより、増加した量で供給される）。他の事例では、エフェクターは、外性エフェクターである。エフェクターは、一部の事例では、細胞の機能を調節するか、又は細胞中の標的分子の活性若しくはレベルを調節することができる。例えば、エフェクターは、細胞中の標的タンパク質のレベルを低下させることができる（例えば、実施例３及び４に記載されるように）。別の例では、アネロソームは、エフェクター、例えば、外性タンパク質をインビボで送達及び発現することができる（例えば、実施例１９及び２８に記載されるように）。アネロソームは、例えば、遺伝物質を、標的細胞、組織若しくは被験者に送達するために；エフェクターを標的細胞、組織若しくは被験者に送達するために；又は、例えば、所望の細胞、組織、若しくは被験者に、治療薬として作用し得るエフェクターを送達することにより、疾患若しくは障害の治療のために使用することができる。
【０００６】
本発明はさらに、合成アネロソームを提供する。合成アネロソームは、野生型ウイルス（例えば、本明細書に記載のように、例えば、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））と比較して、少なくとも１つの構造的相違、例えば、欠失、挿入、置換、修飾（例えば、酵素的修飾）を有する。概して、合成アネロソームは、タンパク質性外層内に閉じ込められた外性遺伝子エレメントを含み、これは、遺伝子エレメント、又はそこでコード化されたエフェクター（例えば、外性エフェクター又は内在性エフェクター）（例えば、ポリペプチド若しくは核酸エフェクター）を真核生物（例えば、ヒト）細胞内に送達するために使用することができる。複数の実施形態において、アネロソームは、検出可能な及び／又は不要な免疫若しくは炎症性応答を引き起こさず、例えば、炎症の分子マーカ、例えば、ＴＮＦ－α、ＩＬ－６、ＩＬ－１２、ＩＦＮ、並びにＢ細胞応答、例えば、反応性若しくは中和性抗体の１％、５％、１０％、１５％を超える増加を引き起こさず、例えば、アネロソームは、標的細胞、組織又は被験者に対して実質的に非免疫原性であり得る。
【０００７】
一態様では、本発明は、（ｉ）タンパク質性外層；（ｂ）プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列（例えば、ＤＮＡ配列）と、タンパク質結合配列（例えば、外部タンパク質結合配列）と、を含む遺伝子エレメントを含む、アネロソームを特徴とし；ここで、外性エフェクターは、以下：抗体分子、酵素、ホルモン、サイトカイン分子、補体阻害剤、増殖因子、又は増殖因子阻害剤、又はそれらのいずれかの機能性変異体から選択される分泌ポリペプチドを含み；その際、遺伝子エレメントは、タンパク質性外層内に閉じ込められており；アネロソームは、遺伝子エレメントを真核細胞に送達するように構成されている。任意選択で、遺伝子エレメントは、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）（例えば、本明細書に記載の通り）と比較して、少なくとも１つの相違（例えば、突然変異、化学修飾、若しくはエピジェネティックな改変）、例えば、挿入、置換、修飾（例えば、酵素的修飾）、及び／又は欠失、例えば、特定のドメイン若しくはその部分（例えば、ＴＡＴＡボックス、キャップ部位、転写開始部位、５’ＵＴＲ、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、ポリ（Ａ）シグナル、若しくはＧＣリッチ領域のうち１つ若しくは複数）の欠失を有する。
【０００８】
一態様では、本発明は、以下：（ｉ）プロモータエレメントと、エフェクター（例えば、内在性若しくは外性エフェクター）をコード化する配列と、タンパク質結合配列（例えば、外部タンパク質結合配列、例えば、パッケージングシグナル）と、を含む遺伝子エレメント；及び（ｉｉ）タンパク質性外層を含む合成アネロソームを特徴とし；ここで、遺伝子エレメントは、タンパク質性外層（例えば、キャプシド）内に閉じ込められており；且つアネロソームは、遺伝子エレメントを真核生物（例えば、哺乳動物、例えば、ヒト）細胞内に送達することができる。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、一本鎖及び／又は環状ＤＮＡである。これに代わり、又はこれと組み合わせて、遺伝子エレメントは、下記特性の１つ、２つ、３つ、又は全部を有する：環状である、一本鎖である、細胞に進入する遺伝子エレメントの約０．０００１％、０．００１％、０．００５％、０．０１％、０．０５％、０．１％、０．５％、１％、１．５％、又は２％未満の頻度で細胞のゲノム中に組み込まれる、且つ／又はゲノム当たり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、若しくは３０コピー未満で標的細胞のゲノム中に組み込まれる。一部の実施形態では、組込み頻度は、Ｗａｎｇｅｔａｌ．（２００４，ＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ１１：７１１－７２１、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるように決定される。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、タンパク質性外層内に閉じ込められる。一部の実施形態では、アネロソームは、遺伝子エレメントを真核細胞内に送達することができる。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）の配列（例えば、野生型トルク・テノウイルス（ＴｏｒｑｕｅＴｅｎｏｖｉｒｕｓ）（ＴＴＶ）、トルク・テノミニウイルス（ＴｏｒｑｕｅＴｅｎｏｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）（ＴＴＭＶ）、又はＴＴＭＤＶ配列、例えば、表Ａ１、Ａ３、Ａ５、Ａ７、Ａ９、Ａ１１、Ｂ１～Ｂ５、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、若しくは１７のいずれかに挙げる野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）配列）に対して少なくとも７５％（例えば、少なくとも７５、７６、７７、７８、７９、８０、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、若しくは１００％）の配列同一性を有する核酸配列（例えば、３００～４０００ヌクレオチド、例えば、３００～３５００ヌクレオチド、３００～３０００ヌクレオチド、３００～２５００ヌクレオチド、３００～２０００ヌクレオチド、３００～１５００ヌクレオチドの核酸配列）を含む。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）の配列（例えば、表Ａ１、Ａ３、Ａ５、Ａ７、Ａ９、Ａ１１、Ｂ１～Ｂ５、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、若しくは１７のいずれかに挙げる、本明細書に記載の野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）配列）に対して少なくとも７５％（例えば、少なくとも７５、７６、７７、７８、７９、８０、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、若しくは１００％）の配列同一性を有する核酸配列（例えば、少なくとも３００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、１０００ヌクレオチド、１５００ヌクレオチド、２０００ヌクレオチド、２５００ヌクレオチド、３０００ヌクレオチド以上の核酸配列）を含む。一部の実施形態では、核酸配列は、例えば、哺乳動物（例えば、ヒト）細胞での発現のために、コドン最適化される。一部の実施形態では、核酸配列中のコドンの少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％が、例えば、哺乳動物（例えば、ヒト）細胞での発現のためにコドン最適化される。
【０００９】
一態様では、本発明は、アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）キャプシド（例えば、アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）ＯＲＦ、例えば、ＯＲＦ１，ポリペプチドを含むキャプシド）を含む感染性（ヒト細胞に対して）粒子を特徴とし、キャプシドは、キャプシドに結合するタンパク質結合配列と、治療用エフェクターをコード化する異種（アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）に対して）配列と、を含む遺伝子エレメントを包膜する。一部の実施形態では、粒子は、哺乳動物、例えば、ヒトの細胞内に遺伝子エレメントを送達することができる。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）に対して約６％未満（例えば、６％、５．５％、５％、４．５％、４％、３．５％、３％、２．５％、２％、１．５％未満）の同一性を有する。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）に対して１．５％、２％、２．５％、３％、３．５％、４％、４．５％、５％、５．５％又は６％以下の同一性を有する。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、野生型アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）に対して少なくとも約２％～少なくとも約５．５％（例えば、２～５％、３％～５％、４％～５％）の同一性を有する。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、非ウイルス配列（例えば、非アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）ゲノム配列）の約２０００、３０００、４０００、４５００、若しくは５０００超のヌクレオチドを有する。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、非ウイルス配列（例えば、非アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）ゲノム配列）の約２０００～５０００、２５００～４５００、３０００～４５００、２５００～４５００、３５００、又は４０００、４５００（例えば、約３０００～４５００）超のヌクレオチドを有する。一部の実施形態では、遺伝子エレメントは、一本鎖、環状ＤＮＡである。これに代わり、又は組み合わせて、遺伝子エレメントは、下記特性の１つ、２つ若しくは３つを有する：環状である、一本鎖である、細胞に進入する遺伝子エレメントの約０．００１％、０．００５％、０．０１％、０．０５％、０．１％、０．５％、１％、１．５％、又は２％未満の頻度で細胞のゲノム中に組み込まれる、ゲノム当たり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、若しくは３０コピー未満で標的細胞のゲノム中に組み込まれる、又は細胞に進入する遺伝子エレメントの約０．０００１％、０．００１％、０．００５％、０．０１％、０．０５％、０．１％、０．５％、１％、１．５％、又は２％未満の頻度で組み込まれる。一部の実施形態では、組込み頻度は、Ｗａｎｇｅｔａｌ．（２００４，ＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ１１：７１１－７２１、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるように決定される。
【００１０】
本明細書にはまた、アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）に基づくウイルスベクター及びウイルス粒子も記載され、これらを用いて、薬剤（例えば、外性エフェクター若しくは内在性エフェクター、例えば、治療用エフェクター）を細胞（例えば、治療又は予防目的で処置しようとする被験者の細胞）に送達することができる。一部の実施形態では、アネロウイルス（Ａｎｅｌｌｏｖｉｒｕｓ）は、本明細書に記載のエフェクターなどの薬剤を、標的細胞、例えば、治療又は予防目的で処置しようとする被験者の標的細胞に導入するための有効な送達ビヒクルとして使用することができる。
（【００１１】以降は省略されています）

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