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公開番号2024157553
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-11-07
出願番号2024071280
出願日2024-04-25
発明の名称固形がん患者の予後を予測するための方法
出願人静岡県,株式会社エスアールエル
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C12Q 1/6886 20180101AFI20241030BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】本発明は、固形がん患者由来のctDNAにおける遺伝子変異を高感度に検出し、固形がんの有用なバイオマーカーを見いだすとともに、患者の予後予測や、治療法の有効性予測に役立てることを課題とする。
【解決手段】患者由来の血液試料に含まれるctDNAにおける、対象とする遺伝子のドライバー変異の数を確認すること、及び前記ドライバー変異の数と前記患者の予後との関連付けをすること、を含み、前記関連付けにおいて、ドライバー変異の数が1以上である場合、ドライバー変異の数が0である場合と比較して予後不良の可能性が高いと関連付け、ドライバー変異の数が2以上である場合、ドライバー変異の数が1以下である場合と比較して予後不良の可能性がさらに高いと関連付ける方法により、固形がん患者の予後を予測する。
【選択図】図5
特許請求の範囲【請求項１】
固形がん患者の予後を予測するための方法であって、
前記患者由来の血液試料に含まれるｃｔＤＮＡにおける、対象とする遺伝子のドライバー変異の数を確認すること、及び
前記ドライバー変異の数と前記患者の予後との関連付けをすること、
を含み、
前記関連付けにおいて、ドライバー変異の数が１以上である場合、ドライバー変異の数が０である場合と比較して予後不良の可能性が高いと関連付け、ドライバー変異の数が２以上である場合、ドライバー変異の数が１以下である場合と比較して予後不良の可能性がさらに高いと関連付ける、
前記方法。
続きを表示（約 1,300 文字）【請求項２】
対象とする遺伝子が、ＴＰ５３、ＫＲＡＳ、ＫＩＴ、ＡＰＣ、ＥＧＦＲ、ＳＭＡＤ４、ＣＳＤＥ１、ＮＲＡＳ、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫＮ２Ａ－ＡＳ１、ＧＮＡＳ、ＩＤＨ２、ＫＥＡＰ１、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＴＯＲ、ＢＲＣＡ２、ＥＧＦＲ－ＡＳ１、ＥＲＢＢ４、及びＰＩＫ３ＣＡからなる群から選択される１又は２以上を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ドライバー変異が、ＴＰ５３Ｇ２４５Ｓ、ＴＰ５３Ｒ１５８Ｃ、ＴＰ５３Ｒ１７５Ｈ、ＴＰ５３Ｒ２１３
＊
、ＴＰ５３Ｒ２７３Ｃ、ＴＰ５３Ｒ３０６
＊
、ＴＰ５３Ｙ２２０
＊
、ＴＰ５３Ｉ２５５Ｆ、ＴＰ５３Ｎ２３９Ｄ、ＴＰ５３Ｐ２７８Ａ、ＴＰ５３Ｑ１９２ＹｆｓＴｅｒ１４、ＴＰ５３Ｒ２７３Ｈ、ＴＰ５３Ｓ２４１Ｆ、ＫＲＡＳＧ１２Ｄ、ＫＲＡＳＧ１２Ｒ、ＫＲＡＳＧ１２Ｖ、ＫＲＡＳＧ１２Ｃ、ＫＲＡＳＧ１３Ｄ、ＫＲＡＳＧ１３Ｒ、ＫＩＴＧ５９２Ｗ、ＫＩＴＫ５５８Ｎ、ＫＩＴＬ５８９Ｒ、ＡＰＣＥ１３０６
＊
、ＡＰＣＲ８７６
＊
、ＡＰＣＳ１４３６ｆｓ、ＥＧＦＲＧ７１９Ｃ、ＥＧＦＲＳ４９２Ｒ、ＥＧＦＲＥ７０９Ｇ、ＥＧＦＲＥ７４６＿Ａ７５０ｄｅｌ、ＥＧＦＲＧ７１９Ａ、ＥＧＦＲＬ８５８Ｒ、ＥＧＦＲＴ７９０Ｍ、ＥＧＦＲ，ＥＧＦＲ－ＡＳ１Ｓ７６８Ｉ、ＳＭＡＤ４Ｒ３６１Ｃ、ＳＭＡＤ４Ｒ３６１Ｈ、ＮＲＡＳＧ１３Ｖ、ＮＲＡＳＱ６１Ｋ、ＡＬＫＧ１１２３Ｄ、ＢＲＡＦＧ４６９Ｒ、ＢＲＡＦＶ６００Ｅ、ＢＲＣＡ２Ｐ１５１９ｆｓ、ＣＤＫＮ２ＡＲ８０
＊
、ＧＮＡＳＲ８４４Ｃ、ＧＮＡＳＲ２０１Ｃ、ＧＮＡＳＲ２０１Ｈ、ＩＤＨ２Ｒ１４０Ｑ、ＫＥＡＰ１Ｇ４２３Ｖ、ＭＡＰ２Ｋ１Ｐ１２４Ｌ、ＭＡＰ２Ｋ１Ｆ１２９Ｌ、ＭＴＯＲＣ１４８３Ｙ、ＥＲＢＢ４Ｒ８４７Ｈ、ＰＩＫ３ＣＡＤ３５２Ｙ、ＰＩＫ３ＣＡＨ１０４７Ｒ、及びＰＩＫ３ＣＡＱ５４６Ｋからなる群から選択される１又は２以上を含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
ドライバー変異が、体細胞変異である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
固形がんが、膵がん、肺がん、大腸がん、又は甲状腺がんである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項６】
膵がんが、切除可能膵がんである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
血液試料が、固形がんの切除術前に患者から採取されたものである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項８】
血液試料が、血漿である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項９】
予後が、固形がんの切除術後の予後である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１０】
予後不良が、全生存期間の悪化、がんの無再発生存期間の悪化、及びがんの転移からなる群から選択される１又は２以上である、請求項１又は２に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、固形がん患者の予後を予測するための方法、固形がん患者を層別化する方法、固形がん患者に対する治療法の有効性を予測するための方法、及びそれらの方法に使用するためのキットに関する。
続きを表示（約 4,900 文字）【背景技術】
【０００２】
膵がん（Pancreatic cancer：ＰＣ）は、近年、がん関連の死因の第３位となっており
、今後１０年以内にがん関連の死因の第２位になると予想されている。治癒を達成するためには根治的切除術が不可欠だが、局所進行性及び転移性疾患のエビデンスがない患者は、すべての膵がん患者の１５～２０％を占めるにすぎない。周術期の化学療法及び／又は放射線療法レジメン、手術手技、並びに周術期管理は大きく進歩しているが、膵がんは依然として極めて予後不良な疾患である。臨床の場では、がん抗原１９－９（ＣＡ１９－９）が最も有用な分子バイオマーカーであるが、膵がんの有望な潜在バイオマーカーとして報告された分子はほとんどない。近年、膵がんの遺伝子変化をターゲットとした個別化治療開発にあたり、治療に対する感受性を特定したり、予後を予測したりするためのバイオマーカーの必要性が強調されている。また、膵がんに限らず、他の固形がん全般においても同様のバイオマーカーが依然として必要とされている。
【０００３】
セルフリー核酸が末梢血中に存在することが知られている。非侵襲的な採血を用いた腫瘍の連続的な分子モニタリング、いわゆる「リキッドバイオプシー（ＬＢ）」は、がん患者にとって理想的な選択肢となり、「個別化」がん管理を発展させる可能性がある。セルフリー循環腫瘍ＤＮＡ（circulating tumor DNA：ｃｔＤＮＡ）は、腫瘍の早期発見及び
腫瘍動態のモニタリングを改善するバイオマーカーとして期待されている（非特許文献１）。
【０００４】
例えば、膵がんの主要なドライバー遺伝子のうち、ＫＲＡＳ変異は膵がん症例の多数で検出されており、そのほとんどはホットスポット（Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、又はＱ６１Ｈ）に位置している。そのため、ｃｔＤＮＡ中の低存在量の点変異を定量する主な方法は、デジタルドロップレットポリメラーゼ連鎖反応（ｄｄＰＣＲ）又はＫＲＡＳ変異のターゲットシークエンスであった。しかし、従来のｃｔＤＮＡアッセイでは検出感度が不十分であり、正常細胞で生じる変異（例えば、クローン性造血に関連する体細胞変異）が混在するため、がん特異的な変異を同定できなかった（非特許文献２）。また、切除可能膵がんを含む早期がんに特異的なゲノム変化の同定は困難であることが指摘されていた（非特許文献３）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
Nat Med. 2008;14(9):985-90.
Molecular oncology. 2020;14(8):1719-30.
Gastroenterology. 2019;156(1):108-18.e4.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
このように、ｃｔＤＮＡの最適な検出方法についてのコンセンサスは得られておらず、切除可能膵がん等の固形がんにおけるｃｔＤＮＡの体細胞変異をパネルベースで網羅的に研究した例は報告されていない。そこで、本発明は、膵がん等の固形がんの患者由来のｃｔＤＮＡにおける遺伝子変異を高感度に検出し、固形がんの有用なバイオマーカーを見いだすとともに、患者の予後予測や、治療法の有効性予測に役立てることを課題とする。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明者らは、膵がん等の固形がん患者において術前血漿から抽出したセルフリーＤＮＡを用いて、４１０遺伝子を対象としたパネルベースの網羅的研究を行い、バリアントコールとペア解析（腫瘍と正常）を実施した。また、セルフリーＤＮＡで検出されたドライバー変異の数が予後に及ぼす影響について検討した。その結果、セルフリーＤＮＡで検出されたドライバー変異の数が膵がん等の固形がんの予後バイオマーカーであり、早期再発の予測因子であることを初めて見いだした。これらの知見に基づき、本発明を完成するに至った。
【０００８】
すなわち、本発明は、以下の事項により特定されるとおりのものである。
〔１〕
固形がん患者の予後を予測するための方法であって、
前記患者由来の血液試料に含まれるｃｔＤＮＡにおける、対象とする遺伝子のドライバー変異の数を確認すること、及び
前記ドライバー変異の数と前記患者の予後との関連付けをすること、
を含み、
前記関連付けにおいて、ドライバー変異の数が１以上である場合、ドライバー変異の数が０である場合と比較して予後不良の可能性が高いと関連付け、ドライバー変異の数が２以上である場合、ドライバー変異の数が１以下である場合と比較して予後不良の可能性がさらに高いと関連付ける、
前記方法。
〔２〕
対象とする遺伝子が、ＴＰ５３、ＫＲＡＳ、ＫＩＴ、ＡＰＣ、ＥＧＦＲ、ＳＭＡＤ４、ＣＳＤＥ１、ＮＲＡＳ、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫＮ２Ａ－ＡＳ１、ＧＮＡＳ、ＩＤＨ２、ＫＥＡＰ１、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＴＯＲ、ＢＲＣＡ２、ＥＧＦＲ－ＡＳ１、ＥＲＢＢ４、及びＰＩＫ３ＣＡからなる群から選択される１又は２以上を含む、上記〔１〕に記載の方法。
〔３〕
ドライバー変異が、ＴＰ５３Ｇ２４５Ｓ、ＴＰ５３Ｒ１５８Ｃ、ＴＰ５３Ｒ１７５Ｈ、ＴＰ５３Ｒ２１３
＊
、ＴＰ５３Ｒ２７３Ｃ、ＴＰ５３Ｒ３０６
＊
、ＴＰ５３Ｙ２２０
＊
、ＴＰ５３Ｉ２５５Ｆ、ＴＰ５３Ｎ２３９Ｄ、ＴＰ５３Ｐ２７８Ａ、ＴＰ５３Ｑ１９２ＹｆｓＴｅｒ１４、ＴＰ５３Ｒ２７３Ｈ、ＴＰ５３Ｓ２４１Ｆ、ＫＲＡＳＧ１２Ｄ、ＫＲＡＳＧ１２Ｒ、ＫＲＡＳＧ１２Ｖ、ＫＲＡＳＧ１２Ｃ、ＫＲＡＳＧ１３Ｄ、ＫＲＡＳＧ１３Ｒ、ＫＩＴＧ５９２Ｗ、ＫＩＴＫ５５８Ｎ、ＫＩＴＬ５８９Ｒ、ＡＰＣＥ１３０６
＊
、ＡＰＣＲ８７６
＊
、ＡＰＣＳ１４３６ｆｓ、ＥＧＦＲＧ７１９Ｃ、ＥＧＦＲＳ４９２Ｒ、ＥＧＦＲＥ７０９Ｇ、ＥＧＦＲＥ７４６＿Ａ７５０ｄｅｌ、ＥＧＦＲＧ７１９Ａ、ＥＧＦＲＬ８５８Ｒ、ＥＧＦＲＴ７９０Ｍ、ＥＧＦＲ，ＥＧＦＲ－ＡＳ１Ｓ７６８Ｉ、ＳＭＡＤ４Ｒ３６１Ｃ、ＳＭＡＤ４Ｒ３６１Ｈ、ＮＲＡＳＧ１３Ｖ、ＮＲＡＳＱ６１Ｋ、ＡＬＫＧ１１２３Ｄ、ＢＲＡＦＧ４６９Ｒ、ＢＲＡＦＶ６００Ｅ、ＢＲＣＡ２Ｐ１５１９ｆｓ、ＣＤＫＮ２ＡＲ８０
＊
、ＧＮＡＳＲ８４４Ｃ、ＧＮＡＳＲ２０１Ｃ、ＧＮＡＳＲ２０１Ｈ、ＩＤＨ２Ｒ１４０Ｑ、ＫＥＡＰ１Ｇ４２３Ｖ、ＭＡＰ２Ｋ１Ｐ１２４Ｌ、ＭＡＰ２Ｋ１Ｆ１２９Ｌ、ＭＴＯＲＣ１４８３Ｙ、ＥＲＢＢ４Ｒ８４７Ｈ、ＰＩＫ３ＣＡＤ３５２Ｙ、ＰＩＫ３ＣＡＨ１０４７Ｒ、及びＰＩＫ３ＣＡＱ５４６Ｋからなる群から選択される１又は２以上を含む、上記〔１〕又は〔２〕に記載の方法。
〔４〕
ドライバー変異が、体細胞変異である、上記〔１〕～〔３〕のいずれかに記載の方法。
〔５〕
固形がんが、膵がん、肺がん、大腸がん、又は甲状腺がんである、上記〔１〕～〔４〕のいずれかに記載の方法。
〔６〕
膵がんが、切除可能膵がんである、上記〔５〕に記載の方法。
〔７〕
血液試料が、固形がんの切除術前に患者から採取されたものである、上記〔１〕～〔６〕のいずれかに記載の方法。
〔８〕
血液試料が、血漿である、上記〔１〕～〔７〕のいずれかに記載の方法。
〔９〕
予後が、固形がんの切除術後の予後である、上記〔１〕～〔８〕のいずれかに記載の方法。
〔１０〕
予後不良が、全生存期間の悪化、がんの無再発生存期間の悪化、及びがんの転移からなる群から選択される１又は２以上である、上記〔１〕～〔９〕のいずれかに記載の方法。
〔１１〕
無再発生存期間の悪化が、切除術後６か月以内の早期再発である、上記〔１０〕に記載の方法。
〔１２〕
がんの転移が、肝転移である、上記〔１０〕に記載の方法。
〔１３〕
固形がん患者を層別化する方法であって、
前記患者由来の血液試料に含まれるｃｔＤＮＡにおける、対象とする遺伝子のドライバー変異の数を確認すること、及び
前記ドライバー変異の数が０である群、１である群、及び２以上である群を含むいずれかの群に前記患者を層別化すること、
を含む、前記方法。
〔１４〕
固形がん患者に対する治療法の有効性を予測するための、上記〔１３〕に記載の方法。
〔１５〕
固形がん患者に対する治療法の有効性を予測するための方法であって、
上記〔１３〕に記載の方法で前記患者を層別化すること、及び
前記患者由来の血液試料に含まれるｃｔＤＮＡにおける、対象とする遺伝子のアクショナブル変異を評価すること、
を含む、前記方法。
〔１６〕
対象とする遺伝子のアクショナブル変異を評価することが、
【発明の効果】
【０００９】
本発明によれば、固形がん患者の血液試料に含まれるｃｔＤＮＡをドライバー変異の検出対象とすることで、検出対象を腫瘍組織とする場合と比べて、簡易かつ非侵襲的に試料を採取できる上に、高感度にドライバー変異を検出することができる。また、本発明によれば、ドライバー変異の数をバイオマーカーとすることで、高精度に患者の予後を予測することができ、さらに、治療法の有効性を予測することができる。そのため、層別化医療及び個別化医療の発展に資することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
患者登録及び試料採取の流れを示す図である。
体細胞変異のドライバビリティの評価法を示す図である。
体細胞変異のアクショナビリティの評価法を示す図である。
（ａ）膵がん患者のＬＢで同定されたtier １及びtier ２変異の頻度を示す図である。（ｂ）膵がん患者の腫瘍組織解析で同定されたtier １及びtier ２変異の頻度を表す図である。
膵がん患者のＬＢと腫瘍組織解析におけるドライバー変異の同定結果を示す図である。各患者の血漿ｃｔＤＮＡと腫瘍組織で同定された特定の変異を比較している。
（ａ）膵がん患者のｃｔＤＮＡ陽性度による全生存期間（overall survival：ＯＳ）の解析結果を示す図である。（ｂ）膵がん患者のｃｔＤＮＡ陽性度による無再発生存期間（Recurrence-free survival：ＲＦＳ）の解析結果を示す図である。
（ａ）膵がん患者のｃｔＤＮＡで検出されたtier １変異を定量化した結果を示す図である。（ｂ）膵がん患者のドライバー変異の数によってＯＳを層別化した結果を示す図である。（ｃ）膵がん患者のドライバー変異の数によってＲＦＳを層別化した結果を示す図である。
（ａ）肺がん患者、大腸がん患者、及び甲状腺がん患者のｃｔＤＮＡで検出されたtier １変異を定量化した結果を示す図である。（ｂ）肺がん患者、大腸がん患者、及び甲状腺がん患者のドライバー変異の数によってＯＳを層別化した結果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
（【００１１】以降は省略されています）

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