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公開番号2024030846
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-03-07
出願番号2022134028
出願日2022-08-25
発明の名称肺腺がん及び/又は肺扁平上皮がんの発症リスクを判定する方法
出願人静岡県
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C12Q 1/6869 20180101AFI20240229BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】本発明は、性別や喫煙の有無等に制限されない多様な被験者を対象として、被験者由来の検体からより高感度、高効率、かつ低コストに遺伝子変異を検出し、高精度に肺腺がん及び/又は肺扁平上皮がんの発症リスクを判定することを課題とする。
【解決手段】被験者から採取した生体試料中の、生殖細胞系列におけるCYP2A6遺伝子のホモ全遺伝子欠失変異の有無を検出すること、及び前記変異が有る場合、前記被験者は肺扁平上皮がんの発症リスクよりも肺腺がんの発症リスクを高く有すると判定すること、を含む方法によって、肺腺がん及び/又は肺扁平上皮がんの発症リスクを判定する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
肺腺がん及び／又は肺扁平上皮がんの発症リスクを判定する方法であって、
被験者から採取した生体試料中の、生殖細胞系列におけるＣＹＰ２Ａ６遺伝子のホモ全遺伝子欠失変異の有無を検出すること、及び
前記変異が有る場合、前記被験者は肺扁平上皮がんの発症リスクよりも肺腺がんの発症リスクを高く有すると判定すること、
を含む、前記方法。
続きを表示（約 580 文字）【請求項２】
変異が有る場合、被験者は肺扁平上皮がんの発症リスクを有しない又はほとんど有しないと判定すること、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
被験者が、非喫煙者を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
被験者が、女性を含む、請求項１又は３に記載の方法。
【請求項５】
変異の有無を検出することが、次世代シークエンサーを用いることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
変異の有無を検出することが、座位特異的なロングレンジＰＣＲ法を用いることを含む、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法に使用するためのキットであって、生殖細胞系列におけるＣＹＰ２Ａ６遺伝子のホモ全遺伝子欠失変異の有無を検出することに使用するための試薬を含む、前記キット。
【請求項８】
試薬が、座位特異的プライマー又は座位特異的プローブである、請求項７に記載のキット。
【請求項９】
試薬が、配列番号１３に示す塩基配列からなるプライマー、配列番号１４に示す塩基配列からなるプライマー、配列番号１５に示す塩基配列からなるプライマー、及び配列番号１６に示す塩基配列からなるプライマーである、請求項７に記載のキット。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、肺腺がん及び／又は肺扁平上皮がんの発症リスクを判定する方法、並びに該方法に使用するためのキットに関する。
続きを表示（約 2,000 文字）【背景技術】
【０００２】
抗がん剤をはじめとする治療薬の副作用の発現には、個人差や人種差が存在する。そのため、薬物代謝酵素をコードする遺伝子のバリアントを検出することは、薬物反応のばらつきや副作用の個人リスクを理解する上で重要である。
【０００３】
さらに、内因性化合物や環境化学物質等の外因性ハザードによって引き起こされる様々な遺伝子損傷が、がんの病因に寄与していると考えられている。薬物代謝酵素基質の約３０％は代謝亢進が可能であるといわれている。薬物代謝酵素の遺伝的バリアントの中には、発がんリスクと相関するものがあるが、矛盾する知見も報告されている。Ｐ４５０遺伝子にコードされるシトクロムＰ４５０（ＣＹＰ）等の第Ｉ相薬物代謝酵素は、前発がん物質を遺伝毒性のある求電子性中間体に代謝する。第II相薬物代謝酵素は、中間体を水溶性誘導体に結合させ、解毒サイクルを完結させる。したがって、第Ｉ相及び第II相薬物代謝酵素をコードする遺伝子の活性と発現は、発がん感受性や喫煙作用等、環境化学物質の毒性や発がん性を規定する重要な因子である。
【０００４】
肺がんは、喫煙や排気ガス等の環境曝露と最も強く関連するがんの一つである。薬物代謝酵素の遺伝的バリアントは、その相対的な活性に大きく影響し、肺がんへの感受性に影響を与える可能性がある。肺がん患者の約８５％は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）と総称される組織学的サブタイプに分類され、そのうち腺がんと扁平上皮がんが最も一般的である。
【０００５】
肺腺がん及び肺扁平上皮がんの体細胞におけるゲノム異常の全体像は明らかになりつつある。喫煙者の肺がん細胞における変異は、主にタバコの変異原性作用によって生じるシトシン－アデニン（Ｃ＞Ａ）のヌクレオチドのトランスバージョンである。一方、非喫煙者では通常、シトシン－チミン（Ｃ＞Ｔ）のトランジションが優勢で、体細胞変異やゲノム切断点が少なく、染色体不安定性のあるゲノムの割合が喫煙者より少ないことが知られている。喫煙は、腺がんよりも扁平上皮がんと強く関連している。しかし、遺伝的素因という点では、薬物代謝酵素の生殖細胞系列バリアントにおける肺腺がんと肺扁平上皮がんとの違いは十分に解明されていない。
【０００６】
なお、肺がんには腺がんと扁平上皮がんの混在した症例も散見され、それらを特定するにはより詳細な病理組織学的検査が必要である。しかし、これまでの報告では、詳細な臨床情報なしに大まかに組織型が記録されていた可能性もあり、臨床情報の信頼性が低いと疑われる例もあった。
【０００７】
次世代シークエンスの普及に伴い、全ゲノムシークエンス（ＷＧＳ）や全エクソンシークエンス（ＷＥＳ）を用いて、薬物代謝酵素等の遺伝的バリアントを網羅的に解析することが可能となった。しかし、ホモロジーの高いＣＹＰのような遺伝子には、依然として解析不能な遺伝的バリアントが存在する。例えば、ＣＹＰ２Ａ６遺伝子はＣＹＰ２Ａ７遺伝子やＣＹＰ２Ａ１３遺伝子と９０％以上のホモロジーを有し、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子はＣＹＰ２Ｄ７遺伝子と９０％以上のホモロジーを有する。そのようなＣＹＰ遺伝子の多型を検出する方法はこれまで貧弱であり、詳細な解析は困難であった。
【０００８】
ＣＹＰ２Ａ６遺伝子多型と肺がんリスクとの関連性については、これまで度々報告されている。例えば、ＣＹＰ２Ａ６遺伝子の全欠失型アレル（ＣＹＰ２Ａ６
＊
４）を有する場合、肺がんのリスクが低下することが報告されている（例えば、非特許文献１～４）。しかし、過去の報告は、その多くが喫煙男性を対象としたものであり、タバコ由来の物質（ニコチンやニトロソアミン等）の代謝低下との関係から肺がんリスクの低下について論じられる傾向にあった。一方で、非喫煙者や女性を対象とした知見は圧倒的に不足していた。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
Carcinogenesis, 2004, 25(12), 2451-2458.
Drug Metab. Pharmacokinet., 2011, 26(5), 516-522.
Carcinogenesis, 2017, 38(4), 411-418.
J.Biol.Chem., 2021, 296, 100722.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
本発明は、性別や喫煙の有無等に制限されない多様な被験者を対象として、被験者由来の検体からより高感度、高効率、かつ低コストに遺伝子変異を検出し、高精度に肺腺がん及び／又は肺扁平上皮がんの発症リスクを判定することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
（【００１１】以降は省略されています）

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