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公開番号2023113888
公報種別公開特許公報(A)
公開日2023-08-16
出願番号2023094901,2022200549
出願日2023-06-08,2017-12-20
発明の名称多量体ポリペプチド、ホモ二量体及び医薬組成物
出願人キュー バイオファーマ, インコーポレイテッド
代理人個人,個人
主分類C07K 19/00 20060101AFI20230808BHJP(有機化学)
要約【課題】変異免疫調節ポリペプチド、及び変異免疫調節ペプチドを含む融合ポリペプチドを提供する。
【解決手段】多量体ポリペプチドであって、i)ヒトパピローマウイルス(HPV)エピトープ、及びii)β2-マイクログロブリン(β2M)ポリペプチドである、第1のクラスI/主要組織適合抗原複合体(MHC)ポリペプチドを含む第1のポリペプチドと、i)MHCクラスI/HLA-A重鎖ポリペプチドである、第2のクラスI/MHCポリペプチド、ii)少なくとも1つの免疫調節ポリペプチド、及びiii)免疫グロブリン(Ig)Fcポリペプチドを含む第2のポリペプチドとを含むヘテロ二量体を含んでいる、多量体ポリペプチドである。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項1】
多量体ポリペプチドであって、
i)ヒトパピローマウイルス(HPV)エピトープ、及び
ii)β2-マイクログロブリン(β2M)ポリペプチドである、第1のクラスI 主要組織適合抗原複合体(MHC)ポリペプチド
を含む第1のポリペプチドと、
i)MHCクラスI HLA-A重鎖ポリペプチドである、第2のクラスI MHCポリペプチド、
ii)配列番号44に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも98%のパーセントアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む少なくとも1つの免疫調節ポリペプチドであって、アミノ酸16はAlaであり、アミノ酸42はAlaであり、パーセント配列同一性はBLASTを用いてなされる配列のアライメントにより決定可能である、少なくとも1つの免疫調節ポリペプチド、及び
iii)免疫グロブリン(Ig)Fcポリペプチド
を含む第2のポリペプチドと
を含むヘテロ二量体を含んでいる、
多量体ポリペプチド。
続きを表示(約 1,100 文字)【請求項2】
前記HPVエピトープは、HPV E7エピトープである、請求項1に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項3】
前記β2Mポリペプチドは、配列番号95のアミノ酸21~119に対して少なくとも95%のパーセントアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項4】
前記β2Mポリペプチドは、配列番号17に示されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項5】
前記HLA-A重鎖ポリペプチドは、配列番号19に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも95%のパーセントアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでおり、パーセント配列同一性はBLASTを用いてなされる配列のアライメントにより決定可能である、請求項1に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項6】
前記HLA-A重鎖ポリペプチドは、配列番号19に示される番号付けに基づくと、前記MHCクラスI HLA-A重鎖ポリペプチドの残基236にCysを含む、請求項1に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項7】
前記Ig Fcポリペプチドは、配列番号57に対して少なくとも95%のパーセントアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでおり、パーセント配列同一性はBLASTを用いてなされる配列のアライメントにより決定可能である、請求項1に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項8】
前記Ig Fcポリペプチドは、配列番号57に示されるアミノ酸の番号付けに基づいたL14A置換及びLI5A置換を含む、請求項7に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項9】
変異IL-2ポリペプチドの2つのコピーを含んでおり、各コピーは配列番号84のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の多量体ポリペプチド。
【請求項10】
前記第1のポリペプチドは、前記HPVエピトープと前記β2Mポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含んでおり、
前記第2のポリペプチドは、
a)前記変異IL-2ポリペプチドの第1のコピー、及び前記変異IL-2ポリペプチドの第2のコピー、
b)前記変異IL-2ポリペプチドの2つのコピーのうちの1つ、及び前記MHCクラスI重鎖ポリペプチド、並びに、
c)前記MHCクラスI重鎖ポリペプチド、及び前記Ig Fcポリペプチド、
の1つまたは複数の間に独立的に選択されたペプチドリンカーを含む、
請求項9に記載の多量体ポリペプチド。
(【請求項11】以降は省略されています)

発明の詳細な説明【背景技術】
【0001】
適応免疫応答は、T細胞の表面に存在するT細胞受容体(TCR)と、主要組織適合抗原複合体(MHC;ヒトにおいてはヒト白血球抗原(HLA)複合体とも称される)によって抗原提示細胞(APC)の表面に非共有結合で存在する小さなペプチド抗原との結合を伴う。この結合は、免疫系の標的化機構に相当するものであり、T細胞の調節(活性化または抑制)及びエフェクター機能に必要な分子相互作用である。エピトープ特異的な細胞標的化に続き、APCに見られる共刺激タンパク質と、T細胞の対応する共刺激タンパク質との結合を介して標的化T細胞が活性化される。
続きを表示(約 7,100 文字)【0002】
T細胞の特異性及び活性化または抑制を誘導するためには、エピトープ/TCR結合と、APCの共刺激タンパク質及びT細胞の共刺激タンパク質の結合との両方のシグナルが必要である。TCRは所与のエピトープに特異的であるが、共刺激タンパク質はエピトープ特異的ではなく、代わりに、すべてのT細胞または大きなT細胞サブセットに一般に発現する。
【発明の概要】
【0003】
本開示は、変異免疫調節ポリペプチド、及び変異免疫調節ペプチドを含む融合ポリペプチドを提供する。本開示は、T細胞調節多量体ポリペプチド、及びT細胞調節多量体ポリペプチドを含む組成物を提供し、T細胞調節多量体ポリペプチドは、本開示の変異免疫調節ポリペプチドを含む。
【0004】
本開示は、T細胞調節多量体ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸、及び核酸を含む宿主細胞を提供する。本開示は、T細胞の活性の調節方法を提供し、この方法は、T細胞と、本開示のT細胞調節多量体ポリペプチドとの接触を含む。
【図面の簡単な説明】
【0005】
A~Dは、本開示のT細胞調節多量体ポリペプチドのさまざまな実施形態を模式的に示す。これらの実施形態では、別々のポリペプチドに存在するMHC(例えば、HLA)ポリペプチドの間にジスルフィド結合が形成される。
A~Dは、野生型ヒトIL-2のアミノ酸配列(A)、及び変異IL-2ポリペプチドのアミノ酸配列(B~D)を示す。
E~Hは、変異IL-2ポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
I~Lは、変異IL-2ポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
M~Pは、変異IL-2ポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
Qは、変異IL-2ポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
A及びBは、IL-2受容体のアルファ鎖、及びIL-2受容体のベータ鎖のアミノ酸配列を示す。
Cは、IL-2受容体のガンマ鎖のアミノ酸配列を示す。
免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
A及びBは、ヒト白血球抗原(HLA)クラスI重鎖ポリペプチドのアミノ酸配列を示す。シグナル配列には下線が引かれている。
Cは、ヒト白血球抗原(HLA)クラスI重鎖ポリペプチドのアミノ酸配列を示す。シグナル配列には下線が引かれている。
Homo sapiens(NP_004039.1;配列番号95)、Pan troglodytes(NP_001009066.1;配列番号96)、Macaca mulatta(NP_001040602.1;配列番号97)、Bos Taurus(NP_776318.1;配列番号98)、及びMus musculus(NP_033865.2;配列番号99)に由来するベータ-2ミクログロブリン(β2M)前駆体(すなわち、リーダー配列を含む)の複数のアミノ酸配列のアライメントを示す。アミノ酸1~20は、シグナルペプチドである。
一過性の遺伝子導入の後の本開示のIL-2/synTac(「Cue-IL-2-a」及び「Cue-IL-2-b」)の産生(未精製収量)を示す。
一過性の遺伝子導入の後の本開示のIL-2/synTac(「Cue-IL-2-a」及び「Cue-IL-2-b」)の産生(精製産物)を示す。
本開示のIL-2/synTacの産生を示し、これらのIL-2/synTacでは、IL-2ポリペプチドは、軽鎖(MHCクラスI分子の軽鎖(例えば、β2M)を含むポリペプチド鎖)または重鎖(MHCクラスI分子の重鎖を含むポリペプチド鎖)に存在する。
本開示のIL-2/synTacの産生を示し、これらのIL-2/synTacでは、IL-2ポリペプチドは、軽鎖(MHCクラスI分子の軽鎖(例えば、β2M)を含むポリペプチド鎖)または重鎖(MHCクラスI分子の重鎖を含むポリペプチド鎖)に存在する。
IL-2/syn-Tacの発現レベルを示し、これらのIL-2/syn-Tacでは、IL-2は、野生型(wt)であるか、またはF42A、D20K、Q126A、E15A、Y45A、及びH16Aのさまざまな組み合わせを含む。
本開示のIL-2/synTacの発現を示し、これらのIL-2/synTacでは、IL-2の1つのコピー(1X)、2つのコピー(2X)、または3つのコピー(3X)がsynTacに存在する。
本開示のIL-2/synTacによる抗原特異的CD8
+
T細胞及び非特異的CD8
+
T細胞のインビトロの刺激を示し、ここでは、F42A置換及びH16A置換を含むIL-2変異体の2つのコピーがsynTacに存在する。
特異的(リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV))CD8
+
T細胞または非特異的(OT1(オボアルブミン認識))CD8
+
T細胞に対するIL-2/synTacの結合を示す。
抗原特異的(LCMV)CD8
+
T細胞または非特異的(BL6)CD8

T細胞におけるIL-2/synTac介在性のシグナル伝達を示す。
本開示のIL-2/synTacをさまざまなIL-2/synTac濃度で用いてCD8
+
抗原特異的(LCMV)細胞またはCD8
+
非特異的(BL6)細胞を刺激した後のリン酸化シグナル伝達兼転写活性化因子5(pSTAT5)陽性細胞のパーセントを示す。
本開示のIL-2/synTacをさまざまなIL-2/synTac濃度で用いてCD8
+
抗原特異的(LCMV)細胞またはCD8
+
非特異的(BL6)細胞を刺激した後のリン酸化シグナル伝達兼転写活性化因子5(pSTAT5)陽性細胞のパーセントを示す。
本開示のIL-2/synTacをさまざまなIL-2/synTac濃度で用いてCD8
+
抗原特異的(LCMV)細胞またはCD8
+
非特異的(BL6)細胞を刺激した後のリン酸化シグナル伝達兼転写活性化因子5(pSTAT5)陽性細胞のパーセントを示す。
本開示のIL-2/synTacをさまざまなIL-2/synTac濃度で用いてCD8
+
抗原特異的(LCMV)細胞またはCD8
+
非特異的(BL6)細胞を刺激した後のリン酸化シグナル伝達兼転写活性化因子5(pSTAT5)陽性細胞のパーセントを示す。
本開示のIL-2/synTacをさまざまなIL-2/synTac濃度で用いてCD8
+
抗原特異的(LCMV)細胞またはCD8
+
非特異的(BL6)細胞を刺激した後のリン酸化シグナル伝達兼転写活性化因子5(pSTAT5)陽性細胞のパーセントを示す。
本開示のIL-2/synTacをさまざまなIL-2/synTac濃度で用いてCD8
+
抗原特異的(LCMV)細胞またはCD8
+
非特異的(BL6)細胞を刺激した後のリン酸化シグナル伝達兼転写活性化因子5(pSTAT5)陽性細胞のパーセントを示す。
本開示のIL-2/synTacのインビボの活性を示す。左パネルは、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)、組換えIL-2(rIL-2)、または本開示のIL-2/synTacを投与した後の抗原特異的CD8
+
T細胞の数の倍率変化を示す。右パネルは、PBS、rIL-2、または本開示のIL-2/synTacを投与した後の抗原特異的な応答及び抗原非特異的な応答を示す。
用量漸増による影響を示す。
投与経路による影響を示す。
腫瘍に対するインビボの効力に与えるIL-2のコピー数の影響を示す。
腫瘍に対するインビボの効力に与えるIL-2のコピー数の影響を示す。
本開示のIL-2/synTacを10mg/kgのIL-2/synTac量で腹腔内投与した後の、その血清半減期を示す。
本開示のIL-2/synTacを10mg/kgのIL-2/synTac量で腹腔内投与してから2時間後の、その安定性を示す。
本開示のIL-2/synTacを4℃または37℃で5日間保持した後のIL-2/synTacに関するサイズ排除クロマトグラフィーのデータを示す。
リーダーペプチドを含む本開示のIL-2/synTacの重鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac重鎖は、N297A置換を有するIgG1 Fcを含む。
リーダーペプチドを含まない本開示のIL-2/synTacの重鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac重鎖は、N297A置換を有するIgG1 Fcを含む。
図21に示されるIL-2/synTac重鎖をコードするヌクレオチド配列を示す。
図23Aの配列に対する説明を示す。
リーダーペプチドを含む本開示のIL-2/synTacの重鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac重鎖は、L234A置換及びL235A置換を有するIgG1 Fcを含む。
リーダーペプチドを含まない本開示のIL-2/synTacの重鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac重鎖は、L234A置換及びL235A置換を有するIgG1 Fcを含む。
図24に示されるIL-2/synTac重鎖をコードするヌクレオチド配列を示す。
図26Aの配列に対する説明を示す。
リーダーペプチドを含む本開示のIL-2/synTacの重鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac重鎖は、L234F置換、L235E置換、及びP331S置換を有するIgG1 Fcを含む。
リーダーペプチドを含まない本開示のIL-2/synTacの重鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac重鎖は、L234F置換、L235E置換、及びP331S置換を有するIgG1 Fcを含む。
図27に示されるIL-2/synTac重鎖をコードするヌクレオチド配列を示す。
図29Aの配列に対する説明を示す。
リーダーペプチドを含む本開示のIL-2/synTacの軽鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac軽鎖は、ヒトパピローマウイルス(HPV)E7エピトープを含む。
リーダーペプチドを含まない本開示のIL-2/synTacの軽鎖のアミノ酸配列を示し、IL-2/synTac軽鎖は、HPV E7エピトープを含む。
図30に示されるIL-2/synTac軽鎖をコードするヌクレオチド配列を示す。
A~Dは、野生型ヒトIgG1 Fcのアミノ酸配列(A)、L234F置換、L235E置換、及びP331S置換を有するIgG1 Fcのアミノ酸配列(B)、N297A置換を有するIgG1 Fcのアミノ酸配列(C)、ならびにL234A置換及びL235A置換を有するIgG1 Fcのアミノ酸配列(D)を示す。
A~Cは、β2-ミクログロブリン(R12C)ポリペプチドのアミノ酸配列(A)、変異IL-2(H16A、F42A)ポリペプチドのアミノ酸配列(B)、及びクラスI MHC-H鎖A0201(Y84A、A236C)のアミノ酸配列(C)を示す。
ヒトCMV特異的CD8
+
T細胞のIL-2/synTac介在性の増殖を示す。
変異IL-2ポリペプチドを含むsynTacの発現データ及び受容体結合データを示す。
HPV16 E7(11~20)特異的初代ヒトCD8
+
T細胞に対するIL-2/synTacの結合をフローサイトメトリーによって検出したものを示す。
HPV16 E7(11~20)特異的初代ヒトCD8
+
T細胞に対する変異IL-2/synTacの結合がSLP76のリン酸化に与える影響を示す。
HPV16 E7(11~20)特異的初代ヒトT細胞に対する変異IL-2/synTacの結合がCD25、グランザイムB、及びCD107αの産生に与える影響を示す。
HPV16 E7(11~20)特異的初代ヒトCD8
+
T細胞に対する変異IL-2/synTacの結合がIFN-γの産生に与える影響を示す。
【発明を実施するための形態】
【0006】
「ポリヌクレオチド」及び「核酸」という用語は、本明細書で互換的に使用され、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドのいずれかであり、長さが任意の重合形態のヌクレオチドを指す。したがって、この用語は、限定はされないが、一本鎖、二本鎖、または多鎖のDNAまたはRNA、ゲノムDNA、cDNA、DNAとRNAとのハイブリッド、あるいはプリン塩基及びピリミジン塩基を含むポリマー、あるいは他の天然のヌクレオチド塩基、化学的もしくは生化学的に改変されたヌクレオチド塩基、非天然のヌクレオチド塩基、または誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマーを含む。
【0007】
「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」という用語は、本明細書で互換的に使用され、化学的または生化学的に改変または誘導体化されたアミノ酸であるコードアミノ酸及び非コードアミノ酸を含み得、長さが任意の重合形態のアミノ酸と、改変されたペプチド骨格を有するポリペプチドとを指す。
【0008】
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、別のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに対してある一定パーセントの「配列同一性」を有し、このことは、アライメントがとられ、2つの配列が比較されると、その割合の塩基またはアミノ酸が同一であり、同一の相対位置に存在することを意味する。配列同一性は、多くの異なる方法において決定することができる。配列同一性を決定するために、さまざまな簡便な方法及びコンピュータープログラム(例えば、BLAST、T-COFFEE、MUSCLE、MAFFTなど)を使用して配列のアライメントをとることができ、こうした方法及びコンピュータープログラムは、ncbi.nlm.nili.gov/BLAST、ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/、ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/、mafft.cbrc.jp/alignment/software/を含む、いくつかのサイトでワールドワイドウェブを通じて利用可能である。例えば、Altschul et al.(1990),J.Mol.Bioi.215:403-10を参照のこと。
【0009】
「保存的アミノ酸置換」という用語は、同様の側鎖を有するアミノ酸残基の、タンパク質における互換性を指す。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸の一群は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンからなり、脂肪族-ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸の一群は、セリン及びスレオニンからなり、アミド含有側鎖を有するアミノ酸の一群は、アスパラギン及びグルタミンからなり、芳香族側鎖を有するアミノ酸の一群は、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなり、塩基性側鎖を有するアミノ酸の一群は、リジン、アルギニン、及びヒスチジンからなり、酸性側鎖を有するアミノ酸の一群は、グルタミン酸及びアスパラギン酸からなり、含硫側鎖を有するアミノ酸の一群は、システイン及びメチオニンからなる。保存的なアミノ酸置換群の例は、バリン-ロイシン-イソロイシン、フェニルアラニン-チロシン、リジン-アルギニン、アラニン-バリン-グリシン、及びアスパラギン-グルタミンである。
【0010】
(例えば、T細胞に存在するポリペプチド(例えば、T細胞受容体)に対する本開示のT細胞調節多量体ポリペプチドの結合に関して)本明細書で使用される「結合」は、介在する非共有結合的な相互作用を指す。結合相互作用は、解離定数(K
D
)が10
-6
M未満、10
-7
M未満、10
-8
M未満、10
-9
M未満、10
-10
M未満、10
-11
M未満、10
-12
M未満、10
-13
M未満、10
-14
M未満、または10
-15
M未満であることによって一般に特徴付けられる。「親和性」は、結合強度を指し、結合親和性の上昇は、K
D
の低下と相関する。
(【0011】以降は省略されています)

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