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公開番号2025013862
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-28
出願番号2024181935,2021521350
出願日2024-10-17,2019-10-21
発明の名称関節リウマチ自己抗体レパートリーのプロファイリング及びそのためのペプチド分類子
出願人エフ. ホフマン-ラロシュアーゲー,F. HOFFMANN-LA ROCHE AKTIENGESELLSCHAFT
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C07K 14/47 20060101AFI20250121BHJP(有機化学)
要約【課題】ペプチド分類子を特定するための組成物及び方法を提供する。
【解決手段】一実施形態において、関節リウマチを診断するためのペプチド分類子は、複数の分子を含む組成物を含む。各分子は、特定の配列群から選択される配列を有するペプチドを含み、前記複数の分子は、関節リウマチについての分類子を規定する。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
複数の分子を含む組成物であって、各分子が、配列番号１～８８６１から選択される配列を有するペプチドを含み、前記複数の分子が、関節リウマチについての分類子を規定する、前記組成物。
続きを表示（約 920 文字）【請求項２】
前記分類子が、第１の集団に由来する試料と第２の集団に由来する試料とを区別する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記第１の集団が、第１の病態に関連する少なくとも１つのマーカーを有する対象によって規定され、前記第２の集団が、前記第１の病態に関連する前記少なくとも１つのマーカーを欠いている対象によって規定される、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記第１の病態が関節リウマチである、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
第１の病態に関連する前記マーカーが、抗体及び血清マーカーのうちの１つである、請求項３に記載の組成物。
【請求項６】
前記分類子が、第１の集団に由来する試料と第２の集団に由来する試料とを区別し、
前記第１の集団に由来する前記試料が、第１の病態に関連する少なくとも１つのマーカーを含み、前記第２の集団に由来する試料が、前記第１の病態に関連する前記少なくとも１つのマーカーを欠いている、
請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記分類子が、第１の集団に由来する試料と第２の集団に由来する試料とを区別し、
第１の病態に関連する少なくとも１つのマーカーが、前記第１の集団に由来する前記試料に存在し、前記少なくとも１つのマーカーが、前記第２の集団に由来する前記試料に存在しない、
請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
前記マーカーが、抗シトルリン化ペプチド抗体、及び抗ホモシトルリン化ペプチド抗体、自己抗体、抗環式シトルリン化ペプチド抗体、及び抗環式ホモシトルリン化ペプチド抗体のうちの１つである、請求項３に記載の組成物。
【請求項９】
前記複数の分子が、少なくとも３つの異なる分子を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記分類子が、第１の病態によって規定される第１の群に由来する試料と第２の病態によって規定される第２の群に由来する試料とを識別する、請求項１に記載の組成物。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本開示は、概して、バイオマーカーを調べるためのペプチドの設計及び選択に関し、より詳細には、診断的及び予想的適用のための１つ以上のバリアントペプチドを含む分類子を特定し、実施するためのシステム及び方法に関する。
続きを表示（約 3,000 文字）【背景技術】
【０００２】
関節リウマチ（ＲＡ）は、関節軟骨及び骨組織の炎症及び進行性びらんを特徴とする進行性自己免疫疾患である。Ｓｃｈｅｌｌｅｋｅｎｓら（ＪＣｌｉｎＩｎｖｅｓｔ．１９９８；１０１（１）：２７３－８１）（非特許文献１）及びＳｈｉら（ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ．２０１１；１０８：１７３７２－７）（非特許文献２）の影響力の強い研究によって、翻訳後修飾タンパク質がＲＡ滑膜から単離され、続く研究では、シトルリン化及びホモシトルリン化タンパク質の両方に対する抗体がＲＡ病理発生に関与していることが実証された。抗シトルリン化タンパク質抗体（ＡＣＰＡ）血液試験が結果として発展し、いまや、ＲＡの診断において、米国リウマチ学会（ＡＣＲ）及び欧州リウマチ学会（ＥＵＬＡＲ）の２０１０年基準の一部になっている（ＡｒｔｈｒｉｔｉｓＲｈｅｕｍ．２０１０；６２：ｐｐ．２５６９－２５８１（非特許文献３））。ＲＡ患者のＡＣＰＡ陽性サブセットは、一般的に、より進行性の疾病経過（ＡｒｔｈｒｉｔｉｓＲｅｓＴｈｅｒ２００５；７：Ｒ９４９－５８（非特許文献４））をたどり（ＡｒｔｈｒｉｔｉｓＲｅｓＴｈｅｒ２００５；７：Ｒ９４９－５８（非特許文献４））、したがって、ＲＡ患者の関節のびらんを最小限に抑え、その後の関節運動性を維持するための早期介入に向けた早期診断が重要となる。
【０００３】
タンパク質又はペプチドアレイの何れかを使用した血清プロファイリングが徐々に一般的になってきている。注目すべき例として、全身性エリテマトーデス、感染疾患及び癌が挙げられる（Ｌｕｐｕｓ、２７（１０）、１６７０－１６７８（非特許文献５）、Ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓ２０１７；７（１６）：３８１４－３８２３（非特許文献６）、及びＪＰｒｏｔｅｏｍｅＲｅｓ．２０１７；１６：２０４－２１６（非特許文献７）を参照されたい）。タンパク質アレイは、未変性の３次元構造を維持する利点を有し得るが、それぞれ、組換えタンパク質におけるアルギニンのシトルリンへの完全な酵素変換、及びリジンのホモシトルリンへの完全な酵素変換は課題として残っている。一方、ペプチドアレイは、ペプチド合成過程の間に必要なモノマーを組み込むことによって、これらの問題を回避することができる。マスクレスアレイ合成（ＭＡＳ）を使用して合成されたペプチドアレイの場合、光防護されたシトルリン及びホモシトルリンが合成過程の間使用される基準のアミノ酸のカタログに加えられた。それぞれ、アルギニンのシトルリンへの置換及びリジンのホモシトルリンへの置換は、アレイ設計過程の間に達成され、カップリング反応の効率によってしか組み込み効率は制限されない。したがって、ペプチドアレイに検出されるシトルリン特異的抗体反応性は、酵素変換の場合におけるアルギニンのシトルリンへの不完全な転換によって合成されない。
【０００４】
その同族の抗原に結合する抗体は、抗原によって取り入れられた構造に対する抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）間の非共有結合性相互作用によって達成される。構造的研究はインターフェースにおける重要な残基の重要性を示したが、特にＲＡにおいて、ヒト抗体レパートリーの何割が連続するアミノ酸（直鎖状エピトープ）及び不連続アミノ酸ストレッチ（構造エピトープ、ＰＬｏＳＯＮＥ１０：ｅ０１２１６７３（非特許文献８）及びＢｉｏｍｅｄＲｅｓＩｎｔ２０１４、１２（非特許文献９）を参照されたい）によって取り入れられた構造に由来するエピトープを認識するのかは不明である。発明者らの知る限りにおいて、シトルリノーム（ｃｉｔｒｕｌｌｉｎｏｍｅ）及びホモシトルリノーム（ｈｏｍｏｃｉｔｒｕｌｌｉｎｏｍｅ）を含む全ヒトプロテオームに対するＲＡ血清試料における血清抗体の不偏かつ包括的なプロファイリングは、この技術分野において報告されていない。
【０００５】
したがって、診断的、予後的適用の両方について、新規の分類子を開発するための改善されたプロセス及びシステムが必要である。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
Ｓｃｈｅｌｌｅｋｅｎｓら（ＪＣｌｉｎＩｎｖｅｓｔ．１９９８；１０１（１）：２７３－８１）
Ｓｈｉら（ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ．２０１１；１０８：１７３７２－７）
ＡｒｔｈｒｉｔｉｓＲｈｅｕｍ．２０１０；６２：ｐｐ．２５６９－２５８１
ＡｒｔｈｒｉｔｉｓＲｅｓＴｈｅｒ２００５；７：Ｒ９４９－５８
Ｌｕｐｕｓ、２７（１０）、１６７０－１６７８
Ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓ２０１７；７（１６）：３８１４－３８２３
ＪＰｒｏｔｅｏｍｅＲｅｓ．２０１７；１６：２０４－２１６
ＰＬｏＳＯＮＥ１０：ｅ０１２１６７３
ＢｉｏｍｅｄＲｅｓＩｎｔ２０１４、１２
【発明の概要】
【０００７】
概要
本発明は、関節リウマチのための分類子を特定するためのシステム及び方法を提供することによって、前述の欠点を克服する。ＲＡ血清試料からの自己抗体のエピトープレベルの特徴化は、未変性及びシトルリン化／ホモシトルリン化ペプチドの両方を含むペプチドライブラリを使用して実行した。この特徴化は、シトルリノーム及びホモシトルリノームを含む全ヒトプロテオームに対するＲＡ血清試料における血清抗体の、最初の不偏かつ包括的なプロファイリングを提供すると考えられる。この結果は、ＲＡに関連することが以前には知られていなかったペプチド特性を含む、ＲＡについての分類子の構築に有用であるいくつかのペプチド特性を明らかにした。本開示は、得られた一式のペプチド特性（配列番号１～８８６１）が、現在市販されているゴールドスタンダード試験のそれを満足する又は上回る、実際の又は予想される特性（すなわち、感受性及び特異性）を有する複数のペプチド分類子の調製にどの程度寄与し得るのかを説明する。
【０００８】
本開示の一実施形態によると、組成物は複数の分子を含み、各分子は、配列番号１～８８６１から選択される配列を有するペプチドを含む。複数の分子は、関節リウマチについての分類子を規定する。
【０００９】
一態様において、分類子は、第１の集団に由来する試料と第２の集団に由来する試料とを区別する。別の態様において、第１の集団は、第１の病態に関連する少なくとも１つのマーカーを有する対象によって規定され、第２の集団は、第１の病態に関連するその少なくとも１つのマーカーを欠いている対象によって規定される。別の態様において、第１の病態は関節リウマチである。別の態様において、第１の病態に関連するマーカーは抗体である。別の態様において、第１の病態に関連するマーカーは血清マーカーである。
【００１０】
別の態様において、第１の集団に由来する試料は、血清試料である。
（【００１１】以降は省略されています）

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