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公開番号2024156700
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-11-06
出願番号2024112087,2022581672
出願日2024-07-12,2021-05-07
発明の名称ダウン症候群診断用後成的バイオマーカー組成物及びその用途
出願人スンクワンメディカルファウンデーション
代理人弁理士法人平木国際特許事務所
主分類C12Q 1/6883 20180101AFI20241029BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】高価な検査機器または特殊アルゴリズムを活用する必要なしに、ダウン症候群を効果的に検査することを可能とする、ダウン症候群診断用組成物を提供する。
【解決手段】母体の血液及び胎児から単離された生物学的試料における遺伝子のメチル化レベルを測定するダウン症候群診断用組成物、組成物を含むキット及び診断方法、並びに診断のための情報提供方法を提供する。ダウン症候群を高い正確度で早期診断が可能であるので、ダウン症候群診断分野の核心技術に応用されうる。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
ＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＩＧＨＭＢＰ２、ＭＲＧＰＲＤ、ＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ、ＰＲＭＴ２及びＩＴＳＮ１によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化レベルを測定する製剤を含む、ダウン症候群診断用組成物。
続きを表示（約 2,500 文字）【請求項２】
前述のＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＩＧＨＭＢＰ２及びＭＲＧＰＲＤの遺伝子は、２１番染色体を除いた他の染色体に存在するものである、請求項１に記載のダウン症候群診断用組成物。
【請求項３】
前述のＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ、ＰＲＭＴ２及びＩＴＳＮ１の遺伝子は、２１番染色体に存在するものである、請求項１に記載のダウン症候群診断用組成物。
【請求項４】
前述のＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ及びＰＲＭＴ２によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化レベルは、正常の胎児または母体の血液に比べ、ダウン症候群胎児において過メチル化されたものである、請求項１に記載のダウン症候群診断用組成物。
【請求項５】
前述のＩＧＨＭＢＰ２、ＭＲＧＰＲＤ及びＩＴＳＮ１によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化レベルは、正常の胎児または母体の血液に比べ、ダウン症候群胎児で低メチル化されたことである、請求項１に記載のダウン症候群診断用組成物。
【請求項６】
請求項１ないし５のうちいずれか１項に記載の組成物を含む、ダウン症候群診断用キット。
【請求項７】
前記キットは、ＲＴ－ＰＣＲキット、マイクロアレイチップキット、ＤＮＡキットによってなる群のうちから選択されるいずれか一つである、請求項６に記載のダウン症候群診断用キット。
【請求項８】
（ａ）胎児から分離された生物学的試料から、ＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＩＧＨＭＢＰ２、ＭＲＧＰＲＤ、ＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ、ＰＲＭＴ２及びＩＴＳＮ１によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化レベルを測定する段階と、
（ｂ）前記測定されたメチル化レベルを、正常対照群試料のレベルと比較する段階と、を含む、ダウン症候群の診断方法。
【請求項９】
前記生物学的試料は、胎盤に由来するものである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記（ｂ）段階において、胎児から分離された生物学的試料から測定されたＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ及びＰＲＭＴ２によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化レベルが正常対照群に比べて増加された場合、ダウン症候群と判断する段階をさらに含むものである、請求項８に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、ダウン症候群診断用バイオマーカー組成物及びその用途に関する。
続きを表示（約 2,900 文字）【背景技術】
【０００２】
染色体の構造異常による突然変異は、非正常的な発達、及び胚芽の死亡をもたらす。しかしながら、最も一般的な染色体異常によって示される疾病の一種類であるダウン症候群（ＤＳ（downsyndrome））の場合、胚芽が生存する。世界保健機関（ＷＨＯ）によれば、発達障害の最も一般的な遺伝的原因であるダウン症候群の発病率は、大体のところ、全世界１，１００名のうち１～１００人の間である。ダウン症候群は、精神遅滞、顔構造上の特徴、劣悪な筋肉発達、及び短身長を含む８０種以上の臨床特徴を示し、先天性心臓疾患、糖尿病、白血病、及びその他疾病の危険性上昇と関連性がある。
【０００３】
従来には、ダウン症候群を診断する技術として、妊婦血漿に存在する非細胞性ＤＮＡ切片であるｃｆＤＮＡの量的差を分析する方法（ＮＧＳ based ＮＩＰＴ）があり、その方法は、ダウン症候群に対する高い検出正確性を示し、いち早く臨床に適用されているが、高価な機器と、検査消耗品とが要求され、分析方法も複雑であり、一般検査室で適用し難く、高価な検査費用により、全ての妊婦に適用し難いという限界点がある。また、ＳＮＰを利用する方法（ＰＣＲ based ＮＩＰＴ）があるが、それは、検査正確性に係わる明確な根拠がなく、各機関で提示する特殊アルゴリズムを使用しなければならないので、汎用的使用に限界がある。すなわち、前述の染色体異常疾病に対し、遺伝子分析を介し、前もって疾病いかんを知ることができる分析方法に係わる研究が活発に進められているが（韓国公開特許１０－２０１９－０００３９８７）、まだ十分ではない。
【０００４】
そのような背景下において、本発明者らは、既存の高価な検査機器または特殊アルゴリズムを活用する必要なしに、遺伝体のメチル化レベルの簡単な測定を介し、ダウン症候群を効果的に検査することができる本発明を完成するに至った。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
一態様は、ＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＩＧＨＭＢＰ２、ＭＲＧＰＲＤ、ＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ、ＰＲＭＴ２及びＩＴＳＮ１によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化レベルを測定する製剤を含むダウン症候群診断用組成物を提供するものである。
【０００６】
他の態様は、前記組成物を含むダウン症候群診断用キットを提供するものである。
【０００７】
さらに他の態様は、（ａ）胎児から分離された生物学的試料から、ＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＩＧＨＭＢＰ２、ＭＲＧＰＲＤ、ＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ、ＰＲＭＴ２及びＩＴＳＮ１によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化レベルを測定する段階と、（ｂ）前記測定されたメチル化レベルを、正常対照群試料のレベルと比較する段階と、を含む、ダウン症候群の診断方法、またはダウン症候群の診断のための情報提供方法を提供するものである。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
一態様は、ＭＸＲＡ８、ＭＩＢ２、ＫＩＦ２６Ｂ、ＳＰ５、ＺＩＣ４、ＥＮＰＥＰ、ＰＩＴＸ２、ＳＨ３ＢＰ２、ＳＥＰＰ１、ＦＬＪ３２２５５、ＳＨＲＯＯＭ１、ＬＩＮＣ００５７４、ＬＯＣ１５４４４９、ＰＲＲＴ４、ＴＭＥＭ１７６Ｂ、ＭＮＸ１、ＬＯＣ１０１９２８４８３、ＥＧＦＬ７、ＮＡＣＣ２、Ｃ９ｏｒｆ６９、ＴＬＸ１、ＦＧＦ８、ＴＡＣＣ２、ＣＰＸＭ２、ＮＫＸ６－２、ＴＬＸ１ＮＢ、ＩＱＳＥＣ３、ＰＣＤＨ８、Ｆ７、ＳＯＸ９、ＰＮＭＡＬ２、ＴＨＢＤ、ＭＡＰＫ８ＩＰ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＰＲ１４３、ＩＧＨＭＢＰ２、ＭＲＧＰＲＤ、ＣＨＯＤＬ、ＮＣＡＭ２、ＣＹＹＲ１、ＧＲＩＫ１、ＯＬＩＧ２、ＣＬＩＣ６、ＳＩＭ２、ＨＬＣＳ、ＭＸ２、ＭＸ１、ＴＭＰＲＳＳ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＰＤＥ９Ａ、ＣＢＳ、ＣＲＹＡＡ、Ｃ２１ｏｒｆ２、ＴＲＰＭ２、ＴＳＰＥＡＲ、ＬＩＮＣ００１６２、ＳＳＲ４Ｐ１、ＳＬＣ１９Ａ１、ＬＯＣ１００１２９０２７、ＭＣＭ３ＡＰ、ＹＢＥＹ、ＰＲＭＴ２及びＩＴＳＮ１によってなる群のうちから選択されたいずれか１つの遺伝子のメチル化（methylation）レベルを測定する製剤を含むダウン症候群診断用組成物を提供する。
【０００９】
本明細書内の用語「ダウン症候群」は、先天性遺伝疾患の一種であり、２１番染色体の部分あるいは全体が、正常より１個さらに多く存在して示される疾病を意味する。該ダウン症候群は、身体的発達の遅延を起こし、顔面奇形と知的障害とを伴いうる。ダウン症候群を有した親の染色体は、ほとんど正常であるが、妊娠時、生殖細胞の非分離現象による２１番染色体が１個さらに存在してしまう。発病頻度は、２０歳産婦において、０．１％を示すが、４５歳産婦の場合、４％に急増し、産婦の年齢により、発病頻度が上昇する様相を示す。該ダウン症候群は、産婦が妊娠最中に、胎児産前診断を介して確認することができ、出産後、直接の遺伝子検査を介しても判別される。
【００１０】
本明細書内の用語「診断」は、病理状態の存在または特徴を確認することを意味し、ダウン症候群疾患の発病いかん、または発病可能性いかんを確認することを含む意味でもある。
（【００１１】以降は省略されています）

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