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公開番号2024149508
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-10-18
出願番号2024116857,2021563336
出願日2024-07-22,2020-04-23
発明の名称新規アデノ随伴ウイルス(AAV)バリアント及び遺伝子治療のためのその使用
出願人アンスティチュート、ナシオナル、ドゥ、ラ、サンテ、エ、ドゥ、ラ、ルシェルシュ、メディカル,INSTITUT NATIONAL DELA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE,アシスタンスピュブリック-オピトドゥパリ,ジェネトン,ソルボンヌ・ユニヴェルシテ,SORBONNE UNIVERSITE,ユニヴェルシテ・パリ・シテ,UNIVERSITE PARIS CITE,ユニヴェルシテ・デヴリ・ヴァル・デソンヌ,ユニヴェルシテパリトレーズパリ-ノールヴィルタヌーズ
代理人個人,個人,個人
主分類C07K 14/015 20060101AFI20241010BHJP(有機化学)
要約【課題】本発明は、新規アデノ随伴ウイルス(AAV)バリアント及び遺伝子治療のためのその使用に関する。
【解決手段】R447K、T200S、N201T、T233Q、M235L、T410Q、S446N、N449Q、T450S、P451N、T455L、T456Q、Q461L、A467P、S468T、D469S、I470M、R471S、D472L、S474A、R475K、V488L、T491Q、A493N、E499N、Y500F、S501P、G504A、Q536M、S537H、V539T、S547T、E548N、K549A、T550N、N551D、V552A、I554L、E555D、K556N、S578Y、T581N、R585N、G586S、Q589G、A590P、A591T、A593G、D594T、T597H、V600A、L647M、S658P、T660N及びA663Sからなる群から選択される少なくとも1つの変異を含む、配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるバリアントVP1カプシドタンパク質により、上記課題を解決する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
R447K、T200S、N201T、T233Q、M235L、T410Q、S446N、N449Q、T450S、P451N、T455L、T456Q、Q461L、A467P、S468T、D469S、I470M、R471S、D472L、S474A、R475K、V488L、T491Q、A493N、E499N、Y500F、S501P、G504A、Q536M、S537H、V539T、S547T、E548N、K549A、T550N、N551D、V552A、I554L、E555D、K556N、S578Y、T581N、R585N、G586S、Q589G、A590P、A591T、A593G、D594T、T597H、V600A、L647M、S658P、T660N及びA663Sからなる群から選択される少なくとも1つの変異を含む、配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるバリアントVP1カプシドタンパク質。
続きを表示（約 3,700 文字）【請求項２】
R447K、T200S、N201T、T233Q、M235L、T410Q、S446N、N449Q、T450S、P451N、T455L、T456Q、Q461L;A467P、S468T、D469S、I470M、R471S、D472L、S474A、R475K、V488L、T491Q、A493N、E499N、Y500F、S501P、G504A、Q536M、S537H、V539T、S547T、E548N、K549A、T550N、N551D、V552A、I554L、E555D、K556N、S578Y、T581N、R585N、G586S、Q589G、A590P、A591T、A593G、D594T、T597H、V600A、L647M、S658P、T660N及びA663Sからなる群から選択される少なくとも1つの変異を含む、配列番号2における位置138のアミノ酸から最後のアミノ酸までの範囲のアミノ酸配列からなるバリアントVP2カプシドタンパク質。
【請求項３】
R447K、T233Q、M235L、T410Q、S446N、N449Q、T450S、P451N;T455L、T456Q、Q461L、A467P、S468T、D469S、I470M、R471S、D472L、S474A、R475K、V488L、T491Q、A493N、E499N、Y500F、S501P、G504A、Q536M、S537H、V539T、S547T、E548N、K549A、T550N、N551D、V552A、I554L、E555D、K556N、S578Y、T581N、R585N、G586S、Q589G、A590P、A591T、A593G、D594T、T597H、V600A、L647M、S658P、T660N及びA663Sからなる群から選択される少なくとも1つの変異を含む、配列番号2における位置203のアミノ酸から最後のアミノ酸までの範囲のアミノ酸配列からなるバリアントVP3カプシドタンパク質。
【請求項４】
配列番号23(すなわちカプシド#1343)、配列番号56(すなわちカプシド#163)、配列番号53(すなわちカプシド#790)、配列番号3(すなわちカプシド#2497)、配列番号4、配列番号19、配列番号24、配列番号27から配列番号55、配列番号57から配列番号59、配列番号61からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項１に記載のバリアントVP1カプシドタンパク質。
【請求項５】
配列番号23(すなわちカプシド#1343)、配列番号56(すなわちカプシド#163)、配列番号53(すなわちカプシド#790)、配列番号4、配列番号19、配列番号24、配列番号27から配列番号55、配列番号57から配列番号59、配列番号61における、位置138のアミノ酸から最後のアミノ酸までの範囲のアミノ酸配列を有する、請求項２に記載のバリアントVP2カプシドタンパク質。
【請求項６】
配列番号23(すなわちカプシド#1343)、配列番号56(すなわちカプシド#163)、配列番号53(すなわちカプシド#790)、配列番号4、配列番号19、配列番号24、配列番号27から配列番号55、配列番号57から配列番号59、配列番号61における、位置203のアミノ酸から最後のアミノ酸までの範囲のアミノ酸配列を有する、請求項３に記載のバリアントVP3カプシドタンパク質。
【請求項７】
請求項１から６のいずれか一項に記載のバリアントカプシドタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項８】
配列番号1における位置2203のヌクレオチドから位置4410のヌクレオチドまでの範囲の、3542GA>AG、2800A>T、2804A>C、2899AC>CA、2905A>C、3430ACC>CAG、3539G>A、3547AAC>CAA、3550ACT>TCA、3553CCA>AAT、3565ACC>CTT、3568AC>CA、3584A>T、3597C>T、3601GCG>CCC、3605GT>CC、3607GA>AG、3612T>G、3613CGG>TCT、3616GAC>CTT、3622T>G、3626GG>AA、3664GTA>CTG、3672ACA>CAG、3679GCG>AAC、3697GAA>AAC、3701AC>TT、3703TCG>CCC、3713GA>CG、3808CA>AT、3811AGC>CAT、3817GTT>ACC、3840C>A、3841T>A、3844GAG>AAT、3847AAA>GCT、3851CA>AC、3853AAT>GAC、3857T>C、3862ATT>TTG、3867A>C、3870>T A、3935C>A、3944CC>AT、3956GA>AC、3958GGC>TCA、3967CAA>GGT、3970G>C、3973G>A、3980C>G、3982GA>AC、3991ACA>CAC、4001TT>CG、4141CTC>ATG、4174TCG>CCC、4181C>A、4189GCG>TCTからなる群から選択される少なくとも1つの変異を含む核酸配列からなる、請求項１または４に記載のバリアントVP1カプシドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項９】
配列番号82(すなわちカプシド#1343)、配列番号115(すなわちカプシド#163)、配列番号112(すなわちカプシド#790)、配列番号62(すなわちカプシド#2497)、配列番号63、配列番号78、配列番号83、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号113、配列番号114、配列番号116、配列番号117、配列番号118または配列番号120における、位置2203のヌクレオチドから位置4410のヌクレオチドまでの範囲の核酸配列からなる、請求項8に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
配列番号1における位置2614のヌクレオチドから位置4410のヌクレオチドまでの範囲の、3542GA>AG、2800A>T、2804A>C、2899AC>CA、2905A>C、3430ACC>CAG、3539G>A、3547AAC>CAA、3550ACT>TCA、3553CCA>AAT、3565ACC>CTT、3568AC>CA、3597C>T、3601GCG>CCC、3605GT>CC、3607GA>AG、3612T>G、3613CGG>TCT、3616GAC>CTT、3622T>G、3626GG>AA、3664GTA>CTG、3672ACA>CAG、3679GCG>AAC、3697GAA>AAC、3701AC>TT、3703TCG>CCC、3713GA>CG、3808CA>AT、3811AGC>CAT、3817GTT>ACC、3840C>A、3841T>A、3844GAG>AAT、3847AAA>GCT、3851CA>AC、3853AAT>GAC、3857T>C、3862ATT>TTG、3867A>C、3870>T、3935C>A、3944CC>AT、3956GA>AC、3958GGC>TCA、3967CAA>GGT、3970G>C、3973G>A、3980C>G、3982GA>AC、3991ACA>CAC、4001TT>CG、4141CTC>ATG、4174TCG>CCC、4181C>A、4189GCG>TCTからなる群から選択される少なくとも1つの変異を含む核酸配列からなる、請求項2または5に記載のバリアントVP2カプシドをコードするポリヌクレオチド。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、新規アデノ随伴ウイルス(AAV)バリアント及び遺伝子治療のためのその使用に関する。
続きを表示（約 4,600 文字）【背景技術】
【０００２】
アデノ随伴ウイルス(AAV)は、4.7kbの直鎖状の一本鎖ゲノムを含有する正二十面体のカプシドによって構成される小型の非エンベロープDNAウイルスである
1、2
。AAVゲノムは、非構造タンパク質(Rep78、68、52及び40)、カプシドタンパク質(VP1、VP2、VP3)及びアセンブリー活性化タンパク質(assembly-activating protein)(AAP)をコードする
3、4
。末端における、逆方向タンデムリピート(ITR)は、宿主ゲノム内への組込みにとって重要である
5、6
。AAVは、活動性感染のためにヘルパーウイルスの存在を必要とする欠損ウイルスであり、それが存在しないと宿主ゲノムへの組込み又は環状エピソーム形態として存続することにより潜伏感染を確立する
7-9
。AAVの血清有病率により、感染はヒト集団(35～80%)において特有であり幼児期の間に起こることが示された
10-12
。12種の異なる血清型及び100を超える天然のバリアントが同定されており、それらの中でAAV2がヒトにおいて最も頻繁に見られる型である
13-16
。
【０００３】
この小型のウイルスは、同定可能な関連疾患がないこと、並びに高い効率、長期にわたる導入遺伝子の発現、低い免疫原生及び特異的組織指向性を伴う、分裂及び非分裂細胞を形質導入するための組換えAAV(rAAV)ベクターの際立った能力により、遺伝子治療分野から注目されてきた
17
。AAVは1965年に発見されたが、AAV感染に関する多くの疑問が未解決のままである
2、18
。ベクターが持続的なRNA発現を伴うエピソーム形態として主に核内に存続することは周知であり、野生型感染におけるエピソーム形態AAVの存在の可能性について疑問を投げかけている
8
。複数のヘルパーウイルスが同定されてきたが、野生型の肝臓AAV感染とそれらの正確な関連は不明なままである。集団における特定のAAV遺伝子型及び一次感染後のAAV存続頻度に関する利用可能なデータはほとんどない
19
。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
国際特許公開WO00/28061
国際特許公開WO99/61601
国際特許公開WO98/11244
米国特許第6,156,303号
米国特許第6,566,118号
米国特許第6,723,551号
米国特許第6,989,264号
米国特許第6,995,006号
米国特許第8,137,948号
WO2010/148143
【非特許文献】
【０００５】
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【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
特許請求の範囲によって規定されている通り、本発明は、新規アデノ随伴ウイルス(AAV)バリアント及び遺伝子治療のためのその使用に関する。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
アデノ随伴ウイルス(AAV)は、ヒト集団(35～80%)において特有の欠損一本鎖DNAウイルスである。反復性のクローンAAV2の挿入が、正常肝内に発生するまれなヒト肝細胞癌(HCC)の病原性と関連している。本発明者らの目的は、肝臓におけるAAV感染の自然経過を特徴付けることであった。従って、1461名の患者の腫瘍及び非腫瘍肝組織において、ウイルスDNAを定量化した。DNAse/TaqManベースのアッセイ及び定量的RT-PCRを使用して、エピソーム形態の存在及びウイルスのmRNA発現を分析した。ウイルスキャプチャーデータ(viral capture data)のインシリコ解析により、ウイルスのバリアント及び新規のクローン挿入が同定された。AAVのDNAは患者の21%において検出され、それは、一方がAAV2に類似し他方がAAV2とAAV13の配列間のハイブリッドである2つの主要なウイルスのサブタイプにおいて同等に分布していた。このように、本発明者らは、ウイルスの遺伝子型、分子形態、ヘルパーウイルスの関連性及びウイルスの組込みについての同定を伴う、肝臓における野生型AAV感染の統合解析を提供した。これらの知見は、野生型AAVの生物学を理解するために重要である。本データは、肝臓標的化遺伝子治療におけるこの新規なAAVバリアントの治療可能性を考慮すると特に有意義である。
【０００８】
主な定義
本明細書で使用される場合、用語「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドのいずれかである、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を意味する。従って、この用語には、一本鎖、二本鎖若しくは多重鎖のDNA若しくはRNA、ゲノムDNA、cDNA、DNA-RNAハイブリッド、又はプリン塩基及びピリミジン塩基を含むポリマー、或いは他の天然の、化学的若しくは生化学的に改変された、非天然の、又は誘導体化されたヌクレオチド塩基が含まれるがそれらに限定されない。ポリヌクレオチドの骨格は、(一般的にRNA若しくはDNA中に見出すことができるような)糖及びリン酸基、又は修飾若しくは置換されている糖若しくはリン酸基を含み得る。或いは、ポリヌクレオチドの骨格は、ホスホロアミド酸等の合成サブユニットのポリマーを含むことができ、従ってオリゴデオキシヌクレオシドホスホロアミド酸(P-NH2)又は混合ホスホロアミド酸-リン酸ジエステルオリゴマーであり得る。更に、相補鎖を合成して適切な条件下でその鎖をアニールすることによって、又はDNAポリメラーゼを適切なプライマーと共に使用して新規に相補鎖を合成することによって、二本鎖ポリヌクレオチドを化学合成由来の一本鎖ポリヌクレオチド生成物から得ることができる。
【０００９】
本明細書で使用される場合、用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを意味するために区別なく使用され、最小の長さに限定されない。そのようなアミノ酸残基のポリマーは、天然又は非天然のアミノ酸残基を含有していてもよく、アミノ酸残基のペプチド、オリゴペプチド、二量体、三量体及び多量体を含むがこれらに限定されない。本定義には、完全長のタンパク質及びその断片の両方が包含される。本用語には、ポリペプチドの発現後修飾、例えばグリコシル化、シアリル化、アセチル化、リン酸化等も含まれる。更に、本発明の目的上、「ポリペプチド」は、タンパク質が所望の活性を維持する限り、天然の配列への修飾、例えば(通常は自然界において保存されている)欠失、付加及び置換等を含むタンパク質を意味する。これらの修飾は、部位特異的変異誘発を介してのような故意のものであってもよく、又はタンパク質を産生する宿主の変異若しくはPCR増幅が原因の誤り等による偶発的なものであってもよい。
【００１０】
本明細書で使用される場合、「発現」は、ポリヌクレオチドがDNA鋳型から(mRNA又は他のRNA転写物等に)転写されるプロセス及び/又は転写されたmRNAがその後にペプチド、ポリペプチド又はタンパク質に翻訳されるプロセスを意味する。転写物及びコードされているポリペプチドをまとめて「遺伝子産物」と呼んでもよい。
（【００１１】以降は省略されています）

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