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公開番号2024122964
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-09-10
出願番号2024072703,2021552722
出願日2024-04-26,2020-03-05
発明の名称拘束され、条件的に活性化された結合タンパク質
出願人武田薬品工業株式会社
代理人個人,個人,個人
主分類C07K 16/28 20060101AFI20240903BHJP(有機化学)
要約【課題】がんの治療に有用なプロドラッグ組成物に含まれる単一ドメイン抗原結合ドメイン(sdABD)を提供する。
【解決手段】本発明は、活性プロドラッグ形式で投与される条件付き二重特異性再方向付け活性化構築物またはCOBRAに関する。腫瘍プロテアーゼに曝露されると、構築物は開裂及び活性化され、これにより構築物は、腫瘍標的抗原(TTA)ならびにCD3の両方に結合し、したがって、CD3を発現させるT細胞を腫瘍に動員し、治療につながることができる。いくつかの実施形態では、腫瘍標的抗原はB7H3である。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
融合タンパク質であって、Ｎ末端からＣ末端に、
ａ）第１のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、
ｂ）第１のドメインリンカーと、
ｃ）拘束Ｆｖドメインであって、
ｉ）ｖｈＣＤＲ１、ｖｈＣＤＲ２、及びｖｈＣＤＲ３を含む第１の可変重ドメイン、
ｉｉ）拘束非開裂性リンカー（ＣＮＣＬ）、ならびに
ｉｉｉ）ｖｌＣＤＲ１、ｖｌＣＤＲ２、及びｖｌＣＤＲ３を含む第１の可変軽ドメイン、を含む、前記拘束Ｆｖドメインと、
ｄ）第２のドメインリンカーと、
ｅ）第２のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、
ｆ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、
ｇ）拘束偽Ｆｖドメインであって、
ｉ）第１の偽軽可変ドメイン、
ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及び
ｉｉｉ）第１の偽重可変ドメイン、を含む、前記拘束偽Ｆｖドメインと、
ｈ）第３のドメインリンカーと、
ｉ）ヒト血清アルブミンに結合する第３のｓｄＡＢＤと、を含み、
前記第１の可変重ドメイン及び前記第１の可変軽ドメインが、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、前記拘束Ｆｖドメインが、ＣＤ３に結合せず、
前記第１の可変重ドメイン及び第１の偽可変軽ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記第１の可変軽ドメイン及び第１の偽可変重ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡのうちの少なくとも１つが、配列番号４１、配列番号４５、配列番号４９、配列番号５３、及び配列番号５７から選択される配列を有するｓｄＡＢＤ－Ｂ７Ｈ３である、前記融合タンパク質。
続きを表示（約 2,700 文字）【請求項２】
Ｐｒｏ６６４であり、配列番号２８２を有する、請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項３】
融合タンパク質であって、Ｎ末端からＣ末端に、
ａ）ヒト腫瘍標的抗原（ＴＴＡ）に結合する第１の単一ドメイン抗原結合ドメイン（ｓｄＡＢＤ）（ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡ）と、
ｂ）第１のドメインリンカーと、
ｃ）拘束Ｆｖドメインであって、
ｉ）ｖｈＣＤＲ１、ｖｈＣＤＲ２、及びｖｈＣＤＲ３を含む第１の可変重ドメイン、
ｉｉ）拘束非開裂性リンカー（ＣＮＣＬ）、ならびに
ｉｉｉ）ｖｌＣＤＲ１、ｖｌＣＤＲ２、及びｖｌＣＤＲ３を含む第１の可変軽ドメイン、を含む、前記拘束Ｆｖドメインと、
ｄ）第２のドメインリンカーと、
ｅ）第２のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、
ｆ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、
ｇ）拘束偽Ｆｖドメインであって、
ｉ）第１の偽軽可変ドメイン、
ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及び
ｉｉｉ）第１の偽重可変ドメイン、を含む、前記拘束偽Ｆｖドメインと、
ｈ）第３のドメインリンカーと、
ｉ）ヒト血清アルブミンに結合する第３のｓｄＡＢＤと、を含み、
前記第１の可変重ドメイン及び前記第１の可変軽ドメインが、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、前記拘束Ｆｖドメインが、ＣＤ３に結合せず、
前記第１の可変重ドメイン及び第１の偽可変軽ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記第１の可変軽ドメイン及び第１の偽可変重ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡのうちの少なくとも１つが、配列番号６９及び配列番号７３から選択される配列を有するｓｄＡＢＤ－ＥｐＣＡＭである、前記融合タンパク質。
【請求項４】
融合タンパク質であって、Ｎ末端からＣ末端に、
ａ）第１のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、
ｂ）第１のドメインリンカーと、
ｃ）拘束Ｆｖドメインであって、
ｉ）ｖｈＣＤＲ１、ｖｈＣＤＲ２、及びｖｈＣＤＲ３を含む第１の可変重ドメイン、
ｉｉ）拘束非開裂性リンカー（ＣＮＣＬ）、ならびに
ｉｉｉ）ｖｌＣＤＲ１、ｖｌＣＤＲ２、及びｖｌＣＤＲ３を含む第１の可変軽ドメイン、を含む、前記拘束Ｆｖドメインと、
ｄ）第２のドメインリンカーと、
ｅ）第２のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、
ｆ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、
ｇ）拘束偽Ｆｖドメインであって、
ｉ）第１の偽軽可変ドメイン、
ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及び
ｉｉｉ）第１の偽重可変ドメイン、を含む、前記拘束偽Ｆｖドメインと、
ｈ）第３のドメインリンカーと、
ｉ）ヒト血清アルブミンに結合する第３のｓｄＡＢＤと、を含み、
前記第１の可変重ドメイン及び前記第１の可変軽ドメインが、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、前記拘束Ｆｖドメインが、ＣＤ３に結合せず、
前記第１の可変重ドメイン及び第１の偽可変軽ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記第１の可変軽ドメイン及び第１の偽可変重ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡのうちの少なくとも１つが、配列番号７７、配列番号８１、配列番号８５、配列番号８９、配列番号９３、及び配列番号９７から選択される配列を有するｓｄＡＢＤ－Ｔｒｏｐ２である、前記融合タンパク質。
【請求項５】
融合タンパク質であって、Ｎ末端からＣ末端に、
ａ）第１のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、
ｂ）第１のドメインリンカーと、
ｃ）拘束Ｆｖドメインであって、
ｉ）ｖｈＣＤＲ１、ｖｈＣＤＲ２、及びｖｈＣＤＲ３を含む第１の可変重ドメイン、
ｉｉ）拘束非開裂性リンカー（ＣＮＣＬ）、ならびに
ｉｉｉ）ｖｌＣＤＲ１、ｖｌＣＤＲ２、及びｖｌＣＤＲ３を含む第１の可変軽ドメイン、を含む、前記拘束Ｆｖドメインと、
ｄ）第２のドメインリンカーと、
ｅ）第２のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、
ｆ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、
ｇ）拘束偽Ｆｖドメインであって、
ｉ）第１の偽軽可変ドメイン、
ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及び
ｉｉｉ）第１の偽重可変ドメイン、を含む、前記拘束偽Ｆｖドメインと、
ｈ）第３のドメインリンカーと、
ｉ）ヒト血清アルブミンに結合する第３のｓｄＡＢＤと、を含み、
前記第１の可変重ドメイン及び前記第１の可変軽ドメインが、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、前記拘束Ｆｖドメインが、ＣＤ３に結合せず、
前記第１の可変重ドメイン及び第１の偽可変軽ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記第１の可変軽ドメイン及び第１の偽可変重ドメインが、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、
前記ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡのうちの少なくとも１つが、配列番号１０１、配列番号１０５、配列番号１０９、及び配列番号１１３から選択される配列を有するｓｄＡＢＤ－ＣＡ９である、前記融合タンパク質。
【請求項６】
前記第１の可変重ドメインが、前記第１の可変軽ドメインのＮ末端にあり、前記偽軽可変ドメインが、前記偽可変重ドメインのＮ末端にある、請求項１及び３～５のいずれかに記載の融合タンパク質。
【請求項７】
前記第１の可変重ドメインが、前記第１の可変軽ドメインのＮ末端にあり、前記偽可変重ドメインが、前記偽可変軽ドメインのＮ末端にある、請求項１及び３～５のいずれかに記載の融合タンパク質。
【請求項８】
前記第１の可変軽ドメインが、前記第１の可変重ドメインのＮ末端にあり、前記偽軽可変ドメインが、前記偽可変重ドメインのＮ末端にある、請求項１及び３～５のいずれかに記載の融合タンパク質。
【請求項９】
前記第１の可変軽ドメインが、前記第１の可変重ドメインのＮ末端にあり、前記偽可変重ドメインが、前記偽可変軽ドメインのＮ末端にある、請求項１及び３～５のいずれかに記載の融合タンパク質。
【請求項１０】
前記第１及び前記第２のＴＴＡが同じである、請求項１及び３～９のいずれかに記載の融合タンパク質。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年３月５日出願の米国仮出願第６２／８１４，２１０号、２０１９年３月６日出願の米国仮出願第６２／８１４，７４４号、及び２０１９年３月２９日出願の米国仮出願第６２／８２６，５２３号の優先権を主張し、これらの開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 4,100 文字）【背景技術】
【０００２】
個々の細胞または特定の細胞型の選択的破壊は、様々な臨床環境において望ましい場合が多い。例えば、腫瘍細胞を特異的に破壊しながら、健康な細胞及び組織を可能な限り無傷及び非損傷の状態で残すことが、がん療法の主要目的である。１つのそのような方法は、腫瘍に対する免疫応答を誘発して、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞または細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）などの免疫エフェクター細胞に腫瘍細胞を攻撃及び破壊させることによる。
【０００３】
腫瘍関連抗原に優れた結合特異性及び親和性を提供する無傷モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の使用は、がん治療及び診断の分野でうまく適用されてきた。しかしながら、無傷ｍＡｂの大きいサイズ、それらの不十分な生体内分布、低い効力、及び血液プール中の長い持続性は、無傷ｍＡｂの臨床用途を制限してきた。例えば、無傷抗体は、腫瘍範囲内の特定の蓄積を示し得る。生体内分布研究において、周辺領域内の一次蓄積を伴う不均質な抗体分布は、腫瘍を精密に調査するときに顕著である。腫瘍壊死、不均質な抗体分布、及び間質組織圧力の増大により、無傷抗体構築物で腫瘍の中心部分に到達することは不可能である。対照的に、より小さい抗体フラグメントは、迅速な腫瘍局在を示し、腫瘍内へとより深く浸透し、また血流から比較的迅速に除去される。しかしながら、ｓｃＦｖ及び他の構築物を含む多くの抗体は、分子が非腫瘍細胞上で活性であり、副作用を引き起こし、その一部が毒性であり得る、「オン標的／オフ腫瘍」効果を示す。本発明は、腫瘍プロテアーゼの存在下で選択的に活性化される新規の構築物に関する。
【発明の概要】
【０００４】
本発明は、がんの治療のための多くの異なるタンパク質組成物を提供する。したがって、一態様では、本発明は、Ｎ末端からＣ末端に、ヒト腫瘍標的抗原（ＴＴＡ）に結合する第１の単一ドメイン抗原結合ドメイン（ｓｄＡＢＤ）（ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡ）と、ｂ）ドメインリンカーと、ｃ）ｉ）ｖｈＣＤＲ１、ｖｈＣＤＲ２、及びｖｈＣＤＲ３を含む可変重ドメイン、ｉｉ）拘束非開裂性リンカー（ＣＮＣＬ）、ならびにｉｉｉ）ｖｌＣＤＲ１、ｖｌＣＤＲ２、及びｖｌＣＤＲ３を含む可変軽ドメイン、を含む、拘束Ｆｖドメインと、ｄ）第２のドメインリンカーと、ｅ）第２のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、ｆ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、ｇ）ｉ）偽軽可変ドメイン、ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及びｉｉｉ）偽重可変ドメイン、を含む、拘束偽Ｆｖドメインと、ｈ）第３のドメインリンカーと、ｉ）ヒト血清アルブミンに結合する第３のｓｄＡＢＤと、を含む「形式２」タンパク質を提供し、可変重ドメイン及び可変軽ドメインは、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、拘束Ｆｖドメインは、ＣＤ３に結合せず、可変重ドメイン及び偽可変軽ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、可変軽ドメイン及び偽可変重ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成する。いくつかの実施形態では、ヒト腫瘍標的抗原はＢ７Ｈ３である。
【０００５】
さらなる態様では、本発明は、Ｎ末端からＣ末端に、ｓｄＦＲ１－ｓｄＣＤＲ１－ｓｄＦＲ２－ｓｄＣＤＲ２－ｓｄＦＲ３－ｓｄＣＤＲ３－ｓｄＦＲ４を含む、ヒト腫瘍標的抗原（ＴＴＡ）に結合する第１の単一ドメイン抗原結合ドメイン（ｓｄＡＢＤ）（ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡ）と、ｂ）第１のドメインリンカーと、ｃ）ｉ）ｖｈＦＲ１－ｖｈＣＤＲ１－ｖｈＦＲ２－ｖｈＣＤＲ２－ｖｈＦＲ３－ｖｈＣＤＲ３－ｖｈＦＲ４を含む可変重ドメイン、ｉｉ）拘束非開裂性リンカー（ＣＮＣＬ）、及びｉｉｉ）ｖｌＦＲ１－ｖｌＣＤＲ１－ｖｌＦＲ２－ｖｌＣＤＲ２－ｖｌＦＲ３－ｖｌＣＤＲ３－ｖｌＦＲ４を含む可変軽ドメイン、を含む、拘束Ｆｖドメインと、ｄ）第２のドメインリンカーと、ｅ）第２のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、ｆ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、ｇ）ｉ）ｓｄＦＲ１－ｓｄＣＤＲ１－ｓｄＦＲ２－ｓｄＣＤＲ２－ｓｄＦＲ３－ｓｄＣＤＲ３－ｓｄＦＲ４を含む偽軽可変ドメイン、ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及びｉｉｉ）ｖｌＦＲ１－ｖｌＣＤＲ１－ｖｌＦＲ２－ｖｌＣＤＲ２－ｖｌＦＲ３－ｖｌＣＤＲ３－ｖｌＦＲ４を含む偽重可変ドメイン、を含む、拘束偽Ｆｖドメインと、ｈ）第３のドメインリンカーと、ｉ）ｓｄＦＲ１－ｓｄＣＤＲ１－ｓｄＦＲ２－ｓｄＣＤＲ２－ｓｄＦＲ３－ｓｄＣＤＲ３－ｓｄＦＲ４を含む、ヒト血清アルブミンに結合する第３のｓｄＡＢＤと、を含むタンパク質を提供し、可変重ドメイン及び可変軽ドメインは、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、拘束Ｆｖドメインは、ＣＤ３に結合せず、可変重ドメイン及び偽可変軽ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、可変軽ドメイン及び偽可変重ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成する。いくつかの実施形態では、ヒト腫瘍標的抗原はＢ７Ｈ３である。
【０００６】
形式２タンパク質のいくつかの実施形態では、可変重ドメインは、可変軽ドメインのＮ末端にあり、偽軽可変ドメインは、偽可変重ドメインのＮ末端にある。いくつかの実施形態では、可変重ドメインは、可変軽ドメインのＮ末端にあり、偽可変軽ドメインは、偽可変重ドメインのＣ末端にある。いくつかの実施形態では、可変重ドメインは、可変軽ドメインのＣ末端にあり、偽可変軽ドメインは、偽可変重ドメインのＮ末端にある。いくつかの実施形態では、可変重ドメインは、可変軽ドメインのＣ末端にあり、偽可変軽ドメインは、偽可変重ドメインのＣ末端にある。
【０００７】
形式２タンパク質のいくつかの実施形態では、第１のｓｄＡＢＤＴＴＡ及び第２のｓｄＡＢＤＴＴＡは同じである。いくつかの実施形態では、第１のｓｄＡＢＤＴＴＡ及び第２のｓｄＡＢＤＴＴＡは異なる。これらの実施形態では、ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号９、配列番号１３、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２５、配列番号２９、配列番号３３、配列番号３７、配列番号４１、配列番号４５、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５７、配列番号６１、配列番号６５、配列番号６９、配列番号７３，７７、配列番号８１、配列番号８５、配列番号８９、配列番号９３、配列番号９７、配列番号１０１、配列番号１０５、配列番号１０９、及び配列番号１１３を含む、図５に示されるものから選択される。
【０００８】
形式２タンパク質のいくつかの実施形態では、拘束偽Ｆｖドメインの偽重可変ドメインは、図５に示されるように、配列番号１４６（Ｖ
Ｈｉ
）、配列番号１５０（Ｖ
Ｈｉ２
）、及び配列番号１５４（ＶＨｉＧＬ４）の群から選択される。いくつかの実施形態では、拘束偽Ｆｖドメインの偽軽可変ドメインは、図５に示されるように、配列番号１３０（Ｖ
Ｌｉ
）、配列番号１３４（Ｖ
Ｌｉ２
）、及び配列番号１３８（Ｖ
ＬｉＧＬ
）の群から選択される。
【０００９】
さらなる態様では、本発明は、Ｎ末端からＣ末端に、ａ）第１のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、ｂ）第１のドメインリンカーと、ｃ）ｉ）ｖｈＣＤＲ１、ｖｈＣＤＲ２、及びｖｈＣＤＲ３を含む第１の可変重ドメイン、ｉｉ）拘束開裂性リンカー（ＣＣＬ）、ならびにｉｉｉ）ｖｌＣＤＲ１、ｖｌＣＤＲ２、及びｖｌＣＤＲ３を含む第１の可変軽ドメイン、を含む、拘束Ｆｖドメインと、ｄ）第２のドメインリンカーと、ｅ）第２のｓｄＡＢＤ－ＴＴＡと、ｆ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、ｇ）ｉ）第１の偽軽可変ドメイン、ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及びｉｉｉ）第１の偽重可変ドメイン、を含む、拘束偽Ｆｖドメインと、ｈ）第３のドメインリンカーと、ｉ）ヒト血清アルブミンに結合する第３のｓｄＡＢＤと、を含む「形式１」タンパク質を提供し、該第１の可変重ドメイン及び該第１の可変軽ドメインは、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、該拘束Ｆｖドメインは、ＣＤ３に結合せず、該第１の可変重ドメイン及び該第１の偽可変軽ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、該第１の可変軽ドメイン及び該第１の偽可変重ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成する。追加の態様では、本発明は、Ｎ末端からＣ末端に、ａ）ヒト腫瘍標的抗原（ＴＴＡ）に結合する単一ドメイン抗原結合ドメイン（ｓｄＡＢＤ）（ｓｄＡＢＤ－ＴＴＡ）と、ｂ）第１のドメインリンカーと、ｃ）ｉ）ｖｈＣＤＲ１、ｖｈＣＤＲ２、及びｖｈＣＤＲ３を含む第１の可変重ドメイン、ｉｉ）拘束非開裂性リンカー（ＣＮＣＬ）、ならびにｉｉｉ）ｖｌＣＤＲ１、ｖｌＣＤＲ２、及びｖｌＣＤＲ３を含む第１の可変軽ドメイン、を含む、拘束Ｆｖドメインと、ｄ）開裂性リンカー（ＣＬ）と、ｅ）ヒト血清アルブミンに結合する第２のｓｄＡＢＤと、ｆ）ドメインリンカーと、ｇ）ｉ）第１の偽軽可変ドメイン、ｉｉ）非開裂性リンカー（ＮＣＬ）、及びｉｉｉ）第１の偽重可変ドメイン、を含む、拘束偽Ｆｖドメインと、を含む「形式４」タンパク質を提供し、該第１の可変重ドメイン及び該第１の可変軽ドメインは、ヒトＣＤ３に結合することが可能であるが、該拘束Ｆｖドメインは、ＣＤ３に結合せず、該第１の可変重ドメイン及び該第１の偽可変軽ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成し、該第１の可変軽ドメイン及び該第１の偽可変重ドメインは、分子内で会合して不活性Ｆｖを形成する。
【００１０】
上記に列挙した形式１、形式２、及び形式４タンパク質のさらなる態様では、該第１の可変重ドメインは、該第１の可変軽ドメインのＮ末端にあり、該偽軽可変ドメインは、該偽可変重ドメインのＮ末端にある。
（【００１１】以降は省略されています）

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