特許ウォッチ

公開番号2025094125
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-06-24
出願番号2025045333,2022513609
出願日2025-03-19,2020-08-26
発明の名称肺がんの診断のためのバイオマーカー
出願人リキッドラングディーエックス
代理人個人,個人,個人,個人
主分類C12Q 1/6851 20180101AFI20250617BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法を提供する。
【解決手段】対象は、特定のmRNA、miRNAの発現、または血液、血清、もしくは血漿中の核酸、タンパク質、ペプチド、もしくは他の生体分子の検出に基づいて、肺がんについてスクリーニングされ得る。実施形態は、肺がんを含む疾患に罹患している個体から健康な個体をスクリーニングまたは区別するためのバイオマーカーとして使用するための29の特定のmiRNA、ならびに肺がんを含む疾患に罹患している個体から健康な個体をスクリーニングまたは区別するためのバイオマーカーとして使用するための81の追加の核酸、タンパク質またはペプチドを含む。mRNA、miRNA、またはタンパク質のうちの1つより多くのレベルのスコア付けを行い、1つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するかまたは肺がんの予後を決定することができる。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも２つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータを用いて前記発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記発現レベルをコンパイルして、スコアを生成するステップと、
ｄ）前記スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
続きを表示（約 2,500 文字）【請求項２】
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも２つのｍｉＲＮＡが、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３１、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１およびｈｓａ－ｍｉＲ－９３５から構成される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも２つのｍｉＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のバイオマーカーから構成される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも２つのｍｉＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４以下のバイオマーカーから構成される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも２つのｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータを用いて前記発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記発現レベルをコンパイルして、スコアを生成するステップと、
ｄ）前記スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
【請求項７】
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、遺伝子ＴＣＴＮ３、ＤＥＮＮＤ１Ａ、ＦＯＳ、ＭＦＳＤ１１、ＰＲＰＳ１Ｌ１、Ｆ１３Ａ１、ＫＬＨＬ２４、ＳＳＲＰ１、ＤＤＸ２４、ＫＩＦ１Ｂ、ＲＲＰ７Ａ、ＭＩＣＡＬＬ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＳＥＰＨＳ１、ＤＭＡＣ２Ｌ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＰＵＲＡ、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＰＤＸＫ、ＡＲＡＦ、ＴＢＣＤ、ＵＢＡ１、ＥＥＤ、ＰＡＲＶＢ、ＲＣＮ２、ＰＧＡＰ３、ＲＥＸ１ＢＤ（別名６１９ｏｒｆ６０）、ＭＥＤ２７、ＰＩＫ３ＩＰ１、ＹＴＨＤＦ３、ＢＨＭＴ２、ＡＳＦ１Ａ、ＡＮＸＡ８、ＥＴＦＡ、ＮＭＴ１、ＥＰＨＢ３、ＫＩＦ３Ｃ、ＬＯＨ１１ＣＲ２Ａ（別名ＶＷＡ５Ａ）、ＳＬＣ４８Ａ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ｂ、ＣＡＬＨＭ２、ＳＥＮＰ５、ＳＩＤＴ２、Ｒ３ＨＤＭ４、ＭＡＲＫ４、ＳＳＨ３、ＡＴＯＨ１、ＡＸＩＮ２、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＰＣＤＨＢ１、ＶＷＡ７、ＴＲＩＭ４９、ＣＮＴＤ２、ＴＳＨＺ２、ＣＤＨＲ５、ＫＩＦ２６Ｂ、ＰＡＤＩ４、ＴＲＩＭ３６、ＬＧＩ２、ＫＣＮＭＢ４、ＴＴＴＹ１４、ＥＬＡＶＬ３、ＰＡＧＥ４、ＰＥＲ２、ＺＮＦ１４２、ＣＤ４、ＣＣＳ、ＮＥＬＬ２、ＲＮＦ４４、ＫＬＨＬ２１、ＤＮＡＪＢ１２、ＣＤＣ１２３、ＧＮＡＩ３、ＴＲＡＤＤおよび／またはＴＨＲＡによってコードされる、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項６に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、バイオマーカーを使用する疾患の診断、より具体的には、変化した発現レベルを同定する特定のｍｉＲＮＡまたは他のヌクレオチドもしくはポリペプチドハイブリダイゼーションに基づいて腺癌を診断するシステムおよび方法に関する。
続きを表示（約 2,000 文字）【背景技術】
【０００２】
肺癌腫としても知られる肺がんは、肺組織における制御されていない細胞の成長を特徴とする悪性肺腫瘍である。この成長は、近くの組織または身体の他の部分への転移の過程によって肺を越えて拡大し得る。肺がんのサブタイプとしては、腺癌肺がん、扁平上皮細胞肺がん、および小細胞肺がんが挙げられる。肺がんの治療は、がんのサブタイプによって異なる。
【０００３】
腺がんは、身体のいくつかの部分に発生し得るがん性腫瘍の一種である。これは、腺起源、腺特性、またはその両方を有する上皮組織の新生物として定義される。肺がんの約４０％は腺がんであり、通常は、末梢肺組織を起源とする。このがんは通常、いずれもより中心に位置する傾向がある小細胞肺がんおよび肺扁平上皮がんとは対照的に、肺の末梢に見られる。
【０００４】
肺腺癌（非小細胞肺がんまたはＮＳＣＬＣとも呼ばれる）のほとんどの症例は、喫煙に関連している。しかし、肺がんは、非喫煙者において最も一般的な肺がんの形態である。肺腺癌は、突然変異の数が最も多い腫瘍タイプのうちの１つである。肺腺癌における一般的な体細胞変異は、多くのがん遺伝子および腫瘍抑制遺伝子に影響を及ぼす。
【０００５】
扁平上皮がんは、肺の気道の内側に並ぶ薄い平らな細胞である扁平上皮細胞から始まる。全肺がんの約３０％が扁平上皮がんに分類される。このがんは、他のいずれのタイプの非小細胞肺がんよりも喫煙と強く関連する。肺扁平上皮がんの他の危険因子としては、年齢、家族歴、副流煙、ミネラルおよび金属粉、アスベスト、またはラドンへの曝露が挙げられる。扁平上皮癌は、多くの場合、肺を通る体液（例えば、血液およびリンパ液）が絶えず流れるため、身体の他の部分に拡大する（すなわち、転移する）。
【０００６】
小細胞肺がんは、全肺がんの約１５％を占め、喫煙歴のある人に最も多く見られる。小細胞肺がんは、通常、肺につながる胸部中央の主要な気道である気管支から始まるが、肺の周辺にも見ることができる。小細胞肺がんは、神経内分泌腫瘍の一種であり、急速に成長して拡大し得る。
【０００７】
肺がんは、胸部Ｘ線写真およびコンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンで検出することができる。診断は、典型的には、疑わしい組織の生検によって確認される。生検はまた、肺がんのサブタイプも決定できる。腺癌などの肺がんに罹患しているほとんどの患者は、生存率が低い疾患の後期段階で診断される。がんが身体の遠位部分に拡大している場合（すなわち、転移性肺がん）、５年生存率は、約６％である。肺がんがその初期段階で検出されると、より多くの治療選択肢が利用できることから、生存率はより長くなる。したがって、転移前のその初期段階での疾患の検出を可能にする方法が必要である。
【０００８】
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、ＲＮＡサイレンシングおよび遺伝子発現の転写後調節で機能する非コードＲＮＡ低分子である。ｍｉＲＮＡは、進化的に保存され、内因性に発現される、サイズが２０～２５ヌクレオチドの非コード低分子ＲＮＡである。ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡ分子内の相補的配列との塩基対形成を介して機能する。結果として、これらのｍＲＮＡ分子は、以下の１つ以上のプロセスによってサイレンシングされる：ｍＲＮＡ鎖の２つの部分への切断、そのポリ（Ａ）テールの短縮によるｍＲＮＡの不安定化、および／またはｍＲＮＡのタンパク質への翻訳効率の低下。ｍｉＲＮＡは、細胞の発達、分化、増殖、およびアポトーシスにおける重要な機能に関与している。
【０００９】
近年の研究では、がんを有する患者におけるｍｉＲＮＡの異常な発現パターンのエビデンスが提供されている。これは、診断および予後のバイオマーカーとしての潜在的な使用の可能性を示している。肺がんの発症に関連を有する遺伝子のゲノム配列の変化を特定するためにも使用できる他の生体分子またはマーカーとしては、ｓｎｐまたはｓｎｐｓとしても知られる短いヌクレオチド多型が挙げられる。さらに、遺伝子の単一または複数の点突然変異または遺伝子の領域における突然変異を含む、遺伝子のゲノム配列の変化もまた、同定され、肺がんの発症に関連し得る。
【００１０】
しかし、バイオマーカーの発現の変動性のために、診断アッセイは、一部、効果がなかったか、信頼できなかった。さらに、従来のアッセイは、典型的には、単一の分子マーカーに依存する。これらの制限のために、診断方法は、がんまたは腫瘍の進行の存在を信頼可能に予測することができていない。したがって、これらの制限を克服する代替分子マーカーの同定が必要である。
【発明の概要】
（【００１１】以降は省略されています）

関連特許