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公開番号2025004644
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-15
出願番号2023104468
出願日2023-06-26
発明の名称標的核酸を特異的に検出するオリゴヌクレオチド及びその用途
出願人東洋紡株式会社,国立大学法人筑波大学
代理人弁理士法人三枝国際特許事務所
主分類C12N 15/11 20060101AFI20250107BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】特異的に標的核酸を検出する手法を提供すること。
【解決手段】本発明の標的核酸を検出する方法は、少なくとも1対のプライマーセットによる標的核酸増幅工程を含み、前記少なくとも1対のプライマーセットの少なくとも1つのプライマーは、標的核酸の塩基配列Aと塩基配列Aに対応する非標的核酸の塩基配列Bとの間で異なる3個以上の塩基を含む標的核酸の部分的な塩基配列Cに対して相補的な塩基配列Dにおいて標的核酸の塩基配列Aと非標的核酸の塩基配列Bとの間で共通する1～5個の塩基に対応する位置においてミスマッチ塩基が存在する塩基配列を含むことを特徴とする。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
標的核酸を検出する方法であって、少なくとも１対のプライマーセットによる標的核酸増幅工程を含み、前記少なくとも１対のプライマーセットの少なくとも１つのプライマーは、標的核酸の塩基配列Ａと塩基配列Ａに対応する非標的核酸の塩基配列Ｂとの間で異なる３個以上の塩基を含む標的核酸の部分的な塩基配列Ｃに対して相補的な塩基配列Ｄにおいて標的核酸の塩基配列Ａと非標的核酸の塩基配列Ｂとの間で共通する１～５個の塩基に対応する位置においてミスマッチ塩基が存在する塩基配列を含むことを特徴とする、方法。
続きを表示（約 670 文字）【請求項２】
標的核酸及び非標的核酸が同じ属の異なる種にそれぞれ由来し、標的核酸を種特異的に検出する方法である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
標的核酸の塩基配列Ｃと塩基配列Ｃに対応する非標的核酸の塩基配列Ｅとの間の塩基配列同一性が６０％以上１００％未満である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１つのプライマーの長さが１５塩基以上である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つのプライマーの長さが１５～３５塩基である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
標的核酸の塩基配列Ｃが、標的核酸の塩基配列Ａと非標的核酸の塩基配列Ｂとの間で異なる３～７個の塩基を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つのプライマーにおける少なくとも１つのミスマッチ塩基が、該プライマーの中央よりも３’末端側に存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つのプライマーにおけるミスマッチ塩基の数が１～３個である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記標的核酸増幅工程で増幅された標的核酸に特異的に結合するプローブによる標的核酸検出工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記プローブがグアニンとの相互作用により消光する蛍光消光色素により標識されている、請求項９に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、検体試料中に含まれる標的核酸を特異的に検出するためのオリゴヌクレオチドに関する。更に、本発明は、前記オリゴヌクレオチドを用いて、検体試料中に含まれる標的核酸を特異的に検出する方法並びにその方法に用いるための試薬及びキット等に関する。
続きを表示（約 1,200 文字）【背景技術】
【０００２】
様々な感染症の中には、臨床症状が酷似しており、その鑑別が容易ではないものも多い。また、臨床症状の酷似に加え、近縁の細菌及びウイルス等においては遺伝情報が似ているものも多く存在する。例えば、生物分類学的に同じ属に属し、種が異なるような近縁種では、しばしば類似した機能及び配列の遺伝子を持つ場合がある。また、これらは同じ検体中に存在することもあり、このような近縁種の正確な鑑別は困難を極める。
【０００３】
しかしこれらを正確に鑑別して適切な治療等へと繋げるために、特異的に標的核酸を検出することが臨床上非常に重要である。そこで、ＰＣＲ法をはじめとする様々な検査法で特異的に鑑別する方法が開発されてきた。
【０００４】
ＰＣＲ法などの遺伝子検査において、標的核酸を特異的に検出することが必要な場面としては、例えば、性感染症のマイコプラズマ・ジェニタリウムと呼吸器感染症のマイコプラズマ・ニューモニエがある。これらは咽頭検体等の同一の検体から検出される場合があるが、両細菌の遺伝子情報は一部酷似しており、その鑑別は容易ではない。その他にも、性感染症の淋菌と髄膜炎菌も、同様の理由で鑑別が容易ではなく、誤判定を引き起こす可能性がある。
【０００５】
これらの感染症の誤判定は誤った診断に繋がり、適切な治療を迅速に行うことが妨げられてしまう。その結果、治療が遅れるだけでなく、周囲への感染が広がることも懸念される。このようなときに遺伝情報が酷似している感染症の高度に特異的な鑑別が可能になると早期治療ができるだけでなく、周囲への感染を防ぐことにも繋がる。
【０００６】
これまでに、標的感染症を特異的に検出する方法として、標的感染症の原因微生物のみに特有の遺伝子をターゲットにして検出を実施する方法や、ＢＮＡクランプ技術を用いて誤反応を防ぐ方法（特許文献１）等が広く行われている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
特許第６２４２３３６号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
しかしながら、標的核酸に存在する特定領域の一塩基変異を検出したり、高感度に検出する目的で１ゲノムあたり複数存在する領域を検出する場合など、標的感染症の原因微生物のみに特有の遺伝子をターゲットとすることが難しい場合もある。
【０００９】
さらに、特許文献１のようにＢＮＡクランプ技術を用いた場合、分析用試薬調製に時間がかかる他、試薬のコストが上がる等の問題がある。
【００１０】
本発明は、かかる従来技術の課題を背景になされたものである。すなわち、本発明の主な目的は、標的核酸を特異的に検出する新たな手法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
（【００１１】以降は省略されています）

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