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公開番号2024180610
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-12-26
出願番号2024181463,2021522870
出願日2024-10-17,2020-05-28
発明の名称大腸癌に対する薬物療法の感受性の検査方法
出願人国立大学法人東北大学,株式会社理研ジェネシス
代理人弁理士法人三枝国際特許事務所
主分類C12Q 1/6827 20180101AFI20241219BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】大腸癌の薬物療法に対する応答性の指標となることが従来知られていなかったメチル化部位を指標とする、新たな大腸癌に対する薬物療法の感受性の検査方法を提供すること。
【解決手段】大腸癌患者から採取されたDNAにおける領域(i)～(xvi)に含まれるCpGサイトからなる群より選択される少なくとも1箇所におけるメチル化を指標とする、大腸癌に対する薬物療法の感受性の検査方法(領域(i)～(xvi)は本明細書に記載の通り)。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
大腸癌患者から採取されたDNAにおける下記領域（ｉ）～（ｘｖｉ）に含まれるCpGサイトからなる群より選択される少なくとも１箇所におけるメチル化を指標とする、大腸癌に対する薬物療法の感受性の検査方法。
領域（ｉ）第２番染色体207307150～207309004番目の領域
領域（ｉｉ）第２番染色体241758282～241760510番目の領域
領域（ｉｉｉ）第３番染色体150802997～150805168番目の領域
領域（ｉｖ）第４番染色体141347993～141348489番目の領域
領域（ｖ）第４番染色体186048714～186050048番目の領域
領域（ｖｉ）第５番染色体17216679～17219240番目の領域
領域（ｖｉｉ）第６番染色体37663982～37664539番目の領域
領域（ｖｉｉｉ）第６番染色体39281183～39282332番目の領域
領域（ｉｘ）第７番染色体42273390～42277951番目の領域
領域（ｘ）第１０番染色体13039715～13043422番目の領域
領域（ｘｉ）第１０番染色体81664401～81665076番目の領域
領域（ｘｉｉ）第１０番染色体88126287～88127189番目の領域
領域（ｘｉｉｉ）第１１番染色体61595807～61596627番目の領域
領域（ｘｉｖ）第１４番染色体23820337～23822266番目の領域
領域（ｘｖ）第１７番染色体44895317～44896749番目の領域
領域（ｘｖｉ）第１９番染色体39520228～39523159番目の領域。
続きを表示（約 6,000 文字）【請求項２】
第２番染色体の207307150番目、207307490番目、207307544番目、207307622番目、207307732番目、207308004番目、207308087番目、207308244番目、207308375番目、207308829番目、207309003番目、241758282番目、241758399番目、241758805番目、241758901番目、241759279番目、241759414番目、241760025番目、241760164番目、241760190番目、241760509番目、
第３番染色体の150802997番目、150803295番目、150803307番目、150803666番目、150803669番目、150804058番目、150804063番目、150804313番目、150804490番目、150804696番目、150804719番目、150805167番目、
第４番染色体の141347993番目、141348043番目、141348167番目、141348307番目、141348488番目、186048714番目、186048907番目、186049687番目、186049926番目、186050047番目、
第５番染色体の17216679番目、17216922番目、17217093番目、17217877番目、17218089番目、17218278番目、17218308番目、17218547番目、17218778番目、17219020番目、17219128番目、17219226番目、17219239番目、
第６番染色体の37663982番目、37664451番目、37664538番目、39281183番目、39281421番目、39281450番目、39281541番目、39281694番目、39281885番目、39282164番目、39282316番目、39282331番目、
第７番染色体の42273390番目、42275601番目、42275813番目、42275870番目、42275872番目、42276004番目、42276814番目、42276816番目、42276819番目、42276848番目、42276881番目、42276890番目、42276941番目、42276981番目、42277044番目、42277066番目、42277071番目、42277347番目、42277375番目、42277394番目、42277410番目、42277807番目、42277950番目、
第１０番染色体の13039715番目、13041989番目、13043313番、13043421番目、81664401番目、81664567番目、81664583番目、81664698番目、81664955番目、81665075番目、88126287番目、88126291番目、88126299番目、88126306番目、88126853番目、88127188番目、
第１１番染色体の61595807番目、61595956番目、61596068番目、61596307番目、61596333番目、61596405番目、61596626番目、
第１４番染色体の23820337番目、23821149番目、23821229番目、23821435番目、23821445番目、23821570番目、23821596番目、23821902番目、23822017番目、23822265番目、
第１７番染色体の44895317番目、44896017番目、44896080番目、44896147番目、44896162番目、44896166番目、44896168番目、44896212番目、44896223番目、44896424番目、44896748番目、
第１９番染色体の39520228番目、39521931番目、39522418番目、39522548番目、39522747番目、39522944番目、39523083番目、及び39523158番目の塩基からなる群より選択される少なくとも１箇所のメチル化の検出を行い、その検出結果を大腸癌に対する薬物療法の感受性の指標とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
下記領域（ｉ’）～（ｉｖ’）、領域（ｖｉｉｉ’）～（ｘ’）、領域（ｘｉｉ’）～（ｘｖｉ’）に含まれるCpGサイトからなる群より選択される少なくとも１箇所におけるメチル化を指標とする、請求項１又は２に記載の方法：
領域（ｉ’）第２番染色体207307490～207308376番目の領域
領域（ｉｉ’）第２番染色体241758805～241760510番目の領域
領域（ｉｉｉ’）第３番染色体150802997～150804720番目の領域
領域（ｉｖ’）第４番染色体141348167～141348308番目の領域
領域（ｖｉｉｉ’）第６番染色体39281541～39282165番目の領域
領域（ｉｘ’）第７番染色体42275870～42276817番目の領域
領域（ｘ’）第１０番染色体13041989～13043422番目の領域
領域（ｘｉｉ’）第１０番染色体88126287～88126307番目の領域
領域（ｘｉｉｉ’）第１１番染色体61595807～61596334番目の領域
領域（ｘｉｖ’）第１４番染色体23821596～23822266番目の領域
領域（ｘｖ’）第１７番染色体44895317～44896425番目の領域
領域（ｘｖｉ’）第１９番染色体39520228～39523084番目の領域。
【請求項４】
第２番染色体の207308141番目、207308149番目、207308153番目、207308172番目、207308177番目、207308181番目、207308185番目、207308244番目、207308247番目、207308267番目、241758885番目、241758889番目、241758896番目、241758901番目、241758919番目、241758922番目、241758931番目、241758936番目、241758940番目、241759003番目、241759005番目、241759009番目、
第３番染色体の150804417番目、150804420番目、150804474番目、150804479番目、150804486番目、150804490番目、150804496番目、150804504番目、150804507番目、
第４番染色体の141348224番目、141348232番目、141348272番目、141348282番目、141348289番目、141348307番目、141348318番目、141348324番目、186049623番目、186049636番目、186049659番目、186049670番目、186049685番目、186049687番目、186049689番目、186049705番目、
第５番染色体の17216904番目、17216916番目、17216922番目、17216940番目、17216949番目、17216952番目、17217003番目、17217011番目、17217017番目、17217023番目、
第６番染色体の37664352番目、37664366番目、37664419番目、37664424番目、37664451番目、37664460番目、39281692番目、39281694番目、39281723番目、39281729番目、39281735番目、39281738番目、39281797番目、39281806番目、39281808番目、39281813番目、
第７番染色体の42276764番目、42276767番目、42276769番目、42276783番目、42276810番目、42276814番目、42276816番目、42276819番目、42276825番目、42276852番目、42276862番目、42276874番目、
第１０番染色体の13043231番目、13043247番目、13043285番目、13043288番目、13043313番目、13043321番目、13043333番目、81664567番目、81664573番目、81664583番目、81664598番目、81664600番目、81664606番目、81664614番目、81664636番目、81664656番目、88126243番目、88126250番目、88126259番目、88126285番目、88126287番目、88126291番目、88126299番目、88126306番目、88126310番目、
第１１番染色体の61595796番目、61595807番目、61595815番目、61595818番目、61595820番目、61595829番目、61595843番目、61595852番目、
第１４番染色体の23822015番目、23822017番目、23822043番目、23822054番目、23822073番目、23822075番目、23822079番目、
第１７番染色体の44896314番目、44896316番目、44896324番目、44896386番目、44896390番目、44896401番目、44896424番目、44896443番目、44896450番目、
第１９番染色体の39522493番目、39522510番目、39522533番目、39522537番目、39522548番目、39522550番目、39522552番目、39522582番目、39522587番目、39522591番目及び39522608番目の塩基からなる群より選択される少なくとも１箇所のメチル化の検出を行い、その検出結果を大腸癌に対する薬物療法の感受性の指標とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
請求項１～４のいずれか一項に記載の方法であって、
第２番染色体207308134番目～207308268番目の領域
第２番染色体241758885番目～241759011番目の領域
第３番染色体150804402番目～150804508番目の領域
第４番染色体141348215番目～141348329番目の領域
第４番染色体186049616番目～186049706番目の領域
第５番染色体17216901番目～17217025番目の領域
第６番染色体37664344番目～37664472番目の領域
第６番染色体39281671番目～39281814番目の領域
第７番染色体42276764番目～42276875番目の領域
第１０番染色体13043227番目～13043334番目の領域
第１０番染色体81664566番目～81664662番目の領域
第１０番染色体88126243番目～88126334番目の領域
第１１番染色体61595787番目～61595864番目の領域
第１４番染色体23821996番目～23822092番目の領域
第１７番染色体44896309番目～44896451番目の領域
第１９番染色体39522493番目～39522609番目の領域
に含まれるCpGサイトからなる群より選択される少なくとも１箇所におけるメチル化を指標とする、方法。
【請求項６】
前記CpGサイトは、メチル化された前記CpGサイトを含むDNAをバイサルファイト処理して得られるDNAにおいて、配列番号１～４８からなる群より選択される少なくとも１の配列のオリゴヌクレオチドがハイブリダイズする領域内に位置する、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
請求項１～６のいずれか一項に記載の方法であって、
（１）前記領域（ｉ）～（ｘｖｉ）のうち少なくとも２領域について各領域に含まれるCpGサイトを複数検出し、検出したCpGサイトのメチル化の頻度を測定する工程
（２）上記工程（１）において測定した各領域について、メチル化の頻度があらかじめ設定された値以上だった場合、当該領域を高メチル化領域と判定する工程
（３）上記工程（１）において測定した領域のうち、あらかじめ設定された割合以上の領域が、工程（２）において高メチル化領域と判定された場合、大腸癌に対する薬物療法の感受性なしと判定する工程
を含む、方法。
【請求項８】
請求項１～６のいずれか一項に記載の方法であって、
（１）前記領域（ｉ）～（ｘｖｉ）のうち少なくとも２領域について各領域に含まれるCpGサイトを複数検出し、検出したCpGサイトのメチル化の頻度を測定する工程
（２）上記工程（１）において測定した各領域について、メチル化の頻度があらかじめ設定された値以上だった場合、当該領域を高メチル化領域と判定する工程
（３）上記工程（１）において測定した領域のうち、あらかじめ設定された割合未満の領域が、工程（２）において高メチル化領域と判定された場合、大腸癌に対する薬物療法の感受性有りと判定する工程
を含む、方法。
【請求項９】
前記工程（１）における各領域におけるメチル化の頻度の測定がリアルタイムＰＣＲにより行われ、かつリアルタイムＰＣＲにより測定されたＣｔ値と、コントロール反応のＣｔ値との差であるΔＣｔ値があらかじめ設定された値未満の場合に当該領域を高メチル化領域とする、請求項７又は8に記載の方法。
【請求項１０】
工程（１）において領域（ｉ）～（ｘｖｉ）のうち少なくとも８領域についてメチル化の頻度を測定する、請求項７～９のいずれか一項に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
［関連出願の相互参照］
本出願は、２０１９年５月３１日に出願された、日本国特許出願第２０１９－１０３２９９号明細書（その開示全体が参照により本明細書中に援用される）に基づく優先権を主張する。本発明は、大腸癌に対する薬物療法の感受性の検査方法に関する。
続きを表示（約 6,000 文字）【背景技術】
【０００２】
大腸癌は、大腸(結腸、直腸、肛門)に発生する癌腫の総称である。大腸癌は、癌のなかでも罹患数及び死亡数が多く、その治療方法について研究が続けられている。また癌治療の研究の試みの一つとして、治療の効果を最大にし、副作用をできるだけ少なくするために、「個別化医療」の検討がされている。
【０００３】
例えば、特許文献１には、下記Target IDで表される２４の遺伝子cg01791410、cg01802453、cg02484469、cg02916312、cg03839709、cg05218346、cg07005523、cg01068327、cg07258916、cg01360792、cg09767602、cg11092616、cg12646649、cg13261931、cg16041660、cg16958716、cg11188046、cg18412834、cg20012008、cg20265733、cg20339230、cg21787291、cg24792289、cg27628784をマーカー遺伝子とし、これらのマーカー遺伝子の特定の位置の塩基がメチル化されているか否かを指標に、大腸癌患者の抗ＥＧＦＲ抗体を用いたがん薬物療法に対する応答性を予測する方法が記載されている（引用文献１、実施例８等）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
WO2016/060278A1
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
本発明は、大腸癌の薬物療法に対する応答性の指標となることが従来知られていなかったメチル化部位を指標とする、新たな大腸癌に対する薬物療法の感受性の検査方法を提供することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
かかる状況の下、本発明者らは鋭意研究した結果、後述する領域（ｉ）～（ｘｖｉ）に含まれるCpGサイトからなる群より選択される少なくとも１箇所におけるメチル化を指標とすることにより、大腸癌に対する薬物療法の感受性を効率的に検査できることを見出した。本発明はかかる新規の知見に基づく。
【０００７】
従って、本発明は以下の項を提供する：
項１．大腸癌患者から採取されたDNAにおける下記領域（ｉ）～（ｘｖｉ）に含まれるCpGサイトからなる群より選択される少なくとも１箇所におけるメチル化を指標とする、大腸癌に対する薬物療法の感受性の検査方法。
領域（ｉ）第２番染色体207307150～207309004番目の領域
領域（ｉｉ）第２番染色体241758282～241760510番目の領域
領域（ｉｉｉ）第３番染色体150802997～150805168番目の領域
領域（ｉｖ）第４番染色体141347993～141348489番目の領域
領域（ｖ）第４番染色体186048714～186050048番目の領域
領域（ｖｉ）第５番染色体17216679～17219240番目の領域
領域（ｖｉｉ）第６番染色体37663982～37664539番目の領域
領域（ｖｉｉｉ）第６番染色体39281183～39282332番目の領域
領域（ｉｘ）第７番染色体42273390～42277951番目の領域
領域（ｘ）第１０番染色体13039715～13043422番目の領域
領域（ｘｉ）第１０番染色体81664401～81665076番目の領域
領域（ｘｉｉ）第１０番染色体88126287～88127189番目の領域
領域（ｘｉｉｉ）第１１番染色体61595807～61596627番目の領域
領域（ｘｉｖ）第１４番染色体23820337～23822266番目の領域
領域（ｘｖ）第１７番染色体44895317～44896749番目の領域
領域（ｘｖｉ）第１９番染色体39520228～39523159番目の領域。
【０００８】
項２．第２番染色体の207307150番目、207307490番目、207307544番目、207307622番目、207307732番目、207308004番目、207308087番目、207308244番目、207308375番目、207308829番目、207309003番目、241758282番目、241758399番目、241758805番目、241758901番目、241759279番目、241759414番目、241760025番目、241760164番目、241760190番目、241760509番目、
第３番染色体の150802997番目、150803295番目、150803307番目、150803666番目、150803669番目、150804058番目、150804063番目、150804313番目、150804490番目、150804696番目、150804719番目、150805167番目、
第４番染色体の141347993番目、141348043番目、141348167番目、141348307番目、141348488番目、186048714番目、186048907番目、186049687番目、186049926番目、186050047番目、
第５番染色体の17216679番目、17216922番目、17217093番目、17217877番目、17218089番目、17218278番目、17218308番目、17218547番目、17218778番目、17219020番目、17219128番目、17219226番目、17219239番目、
第６番染色体の37663982番目、37664451番目、37664538番目、39281183番目、39281421番目、39281450番目、39281541番目、39281694番目、39281885番目、39282164番目、39282316番目、39282331番目、
第７番染色体の42273390番目、42275601番目、42275813番目、42275870番目、42275872番目、42276004番目、42276814番目、42276816番目、42276819番目、42276848番目、42276881番目、42276890番目、42276941番目、42276981番目、42277044番目、42277066番目、42277071番目、42277347番目、42277375番目、42277394番目、42277410番目、42277807番目、42277950番目、
第１０番染色体の13039715番目、13041989番目、13043313番、13043421番目、81664401番目、81664567番目、81664583番目、81664698番目、81664955番目、81665075番目、88126287番目、88126291番目、88126299番目、88126306番目、88126853番目、88127188番目、
第１１番染色体の61595807番目、61595956番目、61596068番目、61596307番目、61596333番目、61596405番目、61596626番目、
第１４番染色体の23820337番目、23821149番目、23821229番目、23821435番目、23821445番目、23821570番目、23821596番目、23821902番目、23822017番目、23822265番目、
第１７番染色体の44895317番目、44896017番目、44896080番目、44896147番目、44896162番目、44896166番目、44896168番目、44896212番目、44896223番目、44896424番目、44896748番目、
第１９番染色体の39520228番目、39521931番目、39522418番目、39522548番目、39522747番目、39522944番目、39523083番目、及び39523158番目の塩基からなる群より選択される少なくとも１箇所のメチル化の検出を行い、その検出結果を大腸癌に対する薬物療法の感受性の指標とする、項１に記載の方法。
【０００９】
項３．下記領域（ｉ’）～（ｉｖ’）、領域（ｖｉｉｉ’）～（ｘ’）、領域（ｘｉｉ’）～（ｘｖｉ’）に含まれるCpGサイトからなる群より選択される少なくとも１箇所におけるメチル化を指標とする、項１又は２に記載の方法：
領域（ｉ’）第２番染色体207307490～207308376番目の領域
領域（ｉｉ’）第２番染色体241758805～241760510番目の領域
領域（ｉｉｉ’）第３番染色体150802997～150804720番目の領域
領域（ｉｖ’）第４番染色体141348167～141348308番目の領域
領域（ｖｉｉｉ’）第６番染色体39281541～39282165番目の領域
領域（ｉｘ’）第７番染色体42275870～42276817番目の領域
領域（ｘ’）第１０番染色体13041989～13043422番目の領域
領域（ｘｉｉ’）第１０番染色体88126287～88126307番目の領域
領域（ｘｉｉｉ’）第１１番染色体61595807～61596334番目の領域
領域（ｘｉｖ’）第１４番染色体23821596～23822266番目の領域
領域（ｘｖ’）第１７番染色体44895317～44896425番目の領域
領域（ｘｖｉ’）第１９番染色体39520228～39523084番目の領域。
【００１０】
項４．第２番染色体の207308141番目、207308149番目、207308153番目、207308172番目、207308177番目、207308181番目、207308185番目、207308244番目、207308247番目、207308267番目、241758885番目、241758889番目、241758896番目、241758901番目、241758919番目、241758922番目、241758931番目、241758936番目、241758940番目、241759003番目、241759005番目、241759009番目、
第３番染色体の150804417番目、150804420番目、150804474番目、150804479番目、150804486番目、150804490番目、150804496番目、150804504番目、150804507番目、
第４番染色体の141348224番目、141348232番目、141348272番目、141348282番目、141348289番目、141348307番目、141348318番目、141348324番目、186049623番目、186049636番目、186049659番目、186049670番目、186049685番目、186049687番目、186049689番目、186049705番目、
第５番染色体の17216904番目、17216916番目、17216922番目、17216940番目、17216949番目、17216952番目、17217003番目、17217011番目、17217017番目、
第６番染色体の37664352番目、37664366番目、37664419番目、37664424番目、37664451番目、37664460番目、39281692番目、39281694番目、39281723番目、39281729番目、39281735番目、39281738番目、39281797番目、39281806番目、39281808番目、39281813番目、
第７番染色体の42276764番目、42276767番目、42276769番目、42276783番目、42276810番目、42276814番目、42276816番目、42276819番目、42276825番目、42276852番目、42276862番目、42276874番目、
第１０番染色体の13043231番目、13043247番目、13043285番目、13043288番目、13043313番目、13043321番目、13043333番目、81664567番目、81664573番目、81664583番目、81664598番目、81664600番目、81664606番目、81664614番目、81664636番目、81664656番目、88126243番目、88126250番目、88126259番目、88126285番目、88126287番目、88126291番目、88126299番目、88126306番目、88126310番目、
第１１番染色体の61595796番目、61595807番目、61595815番目、61595818番目、61595820番目、61595829番目、61595843番目、61595852番目、
第１４番染色体の23822015番目、23822017番目、23822043番目、23822054番目、23822073番目、23822075番目、23822079番目、
第１７番染色体の44896314番目、44896316番目、44896324番目、44896386番目、44896390番目、44896401番目、44896424番目、44896443番目、44896450番目、
第１９番染色体の39522493番目、39522510番目、39522533番目、39522537番目、39522548番目、39522550番目、39522552番目、39522582番目、39522587番目、39522591番目及び39522608番目の塩基からなる群より選択される少なくとも１箇所のメチル化の検出を行い、その検出結果を大腸癌に対する薬物療法の感受性の指標とする、項１に記載の方法。
（【００１１】以降は省略されています）

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