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公開番号2024163117
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-11-21
出願番号2024124909,2020538906
出願日2024-07-31,2019-01-09
発明の名称改変タンパク質
出願人ニューマゲンリミテッド
代理人個人,個人,個人,個人,個人
主分類C07K 14/315 20060101AFI20241114BHJP(有機化学)
要約【課題】新規のシアル酸結合分子およびその使用(医学的使用を含む)の提供。
【解決手段】本開示は、1つ以上の改変炭水化物結合モジュール(CBM)を含むシアル酸結合分子の群を提供する。改変CBMは、宿主免疫応答および/または抗薬物抗体(ADA)の産生と関連する有害事象のリスクを低下させる。改変CBMは、治療にまたは薬剤として使用することができ、免疫応答および/または細胞成長の調節のための分子として特定の用途を見出すことができる。改変CBMはまた、アジュバント、例えば、粘膜アジュバントとして、さらにがん、敗血症および/または細胞表面シアル酸含有レセプターと結合する病原体によって引き起こされるか、もしくはもたらされる疾患の処置および/または予防にも使用することもできる。
【選択図】図6
特許請求の範囲【請求項１】
１つ以上の改変ファミリー４０炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ４０）を含む、シアル酸結合分子。
続きを表示（約 1,900 文字）【請求項２】
１つ以上の改変ＣＢＭ４０が、参照配列に対して１つ以上の変異を含む、請求項１に記載のシアル酸結合分子。
【請求項３】
参照配列が、
（ｉ）野生型ファミリー４０ＣＢＭ配列；
（ｉｉ）Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅの野生型ＣＢＭ４０配列；
（ｉｉｉ）ＶｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅのＮａｎＨシアリダーゼ配列；
（ｉｖ）Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの野生型ＣＢＭ４０配列；
（ｖ）ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＮａｎＡシアリダーゼ配列；
（ｖｉ）配列番号１の配列；
（ｖｉｉ）配列番号２の配列；
（ｖｉｉｉ）配列番号３の配列；および
（ｉｘ）配列番号４の配列
からなる群から選択される、請求項１または２に記載のシアル酸結合分子。
【請求項４】
変異が、
（ｉ）１つ以上のアミノ酸置換；
（ｉｉ）１つ以上のアミノ酸除去；
（ｉｉｉ）１つ以上のアミノ酸付加／挿入；
（ｉｖ）１つ以上のアミノ酸／配列反転；および
（ｖ）１つ以上のアミノ酸／配列重複
からなる群から選択される、請求項１～３のいずれか１項に記載のシアル酸結合分子。
【請求項５】
シアル酸結合分子が、改変オリゴマー形成ドメインを含む、請求項１～４のいずれか１項に記載のシアル酸結合分子。
【請求項６】
改変オリゴマー形成ドメインが、参照配列に対して１つ以上の変異を含む、請求項５に記載のシアル酸結合分子。
【請求項７】
参照配列が、
（ｉ）野生型Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａシュードアミニダーゼ配列；
（ｉｉ）受託番号Ｑ９Ｌ６Ｇ４として寄託されたＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａシュードアミニダーゼアミノ酸配列；
（ｉｉｉ）配列番号１３の配列；および
（ｉｖ）配列番号１４の配列
からなる群から選択される、請求項５または６に記載のシアル酸結合分子。
【請求項８】
以下の構造：
CBM1(V239A V246G A162P)--CBM2(V239A V246G A162P)--TD(S342D R403K)
を含み、CBM1およびCBM2はCBM40配列由来であり、TDは三量体形成ドメイン由来である、請求項１～７のいずれか１項に記載のシアル酸結合分子。
【請求項９】
以下の配列を含む、シアル酸結合分子。
GAMVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDPKAPAFYNLFSVSSATKKDEYFTMAVYNNTATLEGRGSDGKQFYNNYNDAPLKVKPGQWNSVTFTVEKPTAELPKGRARLYVNGGLSRTSLRSGNFIKDMPDVTHVQIGATKRANNTVWGSNLQIRNLTVYNRALTPEEVQKRSGGGSGVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDPKAPAFYNLFSVSSATKKDEYFTMAVYNNTATLEGRGSDGKQFYNNYNDAPLKVKPGQWNSVTFTVEKPTAELPKGRARLYVNGGLSRTSLRSGNFIKDMPDVTHVQIGATKRANNTVWGSNLQIRNLTVYNRALTPEEVQKRSGGSLGVPDFESDWFDVSSNSLYTLSHGLQRSPRRVVVEFARSSSPSTWNIVMPSYFNDGGHKGSGAQVEVGSLNIKLGTGAAVWGTGYFGGIDNSATTRFATGYYRVRAWI
【請求項１０】
（ｉ）治療に
（ｉｉ）疾患の処置および／または予防を必要とする対象における疾患の処置および／または予防に；
（ｉｉｉ）（ヒトまたは動物対象における）免疫応答の調節に；
（ｉｖ）細胞成長、増殖および／または分化の調節に
（ｖ）アジュバントとして；
（ｖｉ）医薬として；
（ｖｉｉ）がんの処置に；および
（ｖｉｉｉ）細胞表面シアル酸含有レセプターと結合する病原体によって引き起こされるか、またはもたらされる疾患の処置および／または予防に、
使用するための、請求項１～９のいずれか１項に記載のシアル酸結合分子。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、新規のシアル酸結合分子および同じものの（医学的使用を含む）使用を提供する。
続きを表示（約 5,400 文字）【背景技術】
【０００２】
シアル酸結合炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）（ＶｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のものならびにそれらの多価型を含む）は、有効な抗菌剤であることが示されており、一部は、マウスをＨ７Ｎ９インフルエンザウイルスの致死的攻撃から守ることが示されている。生物学的製剤、Ｓｐ２ＣＢＭＴＤは、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａシュードアミニダーゼ（ｐｓｅｕｄａｍｉｎｉｄａｓｅ）（ＰａＴＤ）の三量体形成ドメインと遺伝的に融合したＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅノイラミニダーゼＡ（ＳｐＣＢＭ）のＣＢＭファミリー４０ドメインの２コピーを含む。タンパク質は、三量体形成ドメインにより組み合わされて、６コピーのＳｐＣＢＭを含むオリゴマーを形成する。
しかしながら、いかなるタンパク質ベースの治療薬（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ）を用いる場合も、生物学的製剤に対する患者の免疫応答と関連する有害作用のリスクがある。ある場合には、生物学的製剤は、抗薬物抗体（ＡＤＡ）と薬物の間の免疫複合体（ＩＣ）の形成をもたらす可能性のあるＡＤＡの産生を誘導することもある。そのような複合体の存在は、有効性を低下させるか、もしくは治療薬の半減期を変えることもあり、または過敏症反応などの有害作用を引き起こす可能性もあるであろう。
タンパク質の免疫原性に影響を与える多くの因子が存在する。１つの重要な決定因子は、抗体産生につながるＴ細胞依存的な事象を誘発する可能性がある固有のエピトープの存在である。Ｔ細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）内に生じるタンパク質抗原のプロセシングに由来する短いペプチドフラグメントを認識する。これらのフラグメントの一部は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）／主要組織適合抗原複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ分子と複合体を形成することになり、十分に安定して結合していれば、ＡＰＣの表面に運ばれ、Ｔ細胞に提示されることになる。Ｔ細胞レセプターによる非自己ペプチドの認識は、続いて起こる免疫応答を誘発する。
【発明の概要】
【０００３】
本開示は、シアル酸結合分子の新規の群を提供する。
本明細書に記載されているシアル酸結合分子は、１つ以上の改変炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）を含んでもよい。
明記したとおり、いかなるタンパク質ベースの治療薬を用いる場合も、生物学的製剤に対する患者の免疫応答と関連する有害作用のリスクがある。生物学的製剤は、抗薬物抗体（ＡＤＡ）と薬物の間の免疫複合体（ＩＣ）の形成をもたらす可能性のあるＡＤＡの産生を誘発する場合もある。そのような複合体の存在は、有効性を低下させるか、もしくは治療薬の半減期を変えることもあり、または過敏症反応などの有害作用を引き起こす可能性もあるであろう。本開示のＣＢＭは、こうした有害作用のリスクを低下させるために改変された。
【０００４】
炭水化物結合モジュールは、複数のファミリーに分類され、ファミリー４０ＣＢＭ（ＣＢＭ４０）のメンバーと分類されるＣＢＭは、本明細書に記載されている改変分子の製造に有用な場合もある。ファミリー４０ＣＢＭは、およそ２００残基の分子を含み、ＧＨ３３シアリダーゼのＮ末端に見られることが多い。それらがＧＨ３３シアリダーゼのβ－プロペラに挿入されているのが見つかる場合がある。
したがって、本明細書に記載されているシアル酸結合分子は、１つ以上の改変ファミリー４０炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ４０）を含んでもよい。
本明細書全体をとおして、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、実施形態が言及された特徴を「含み」、そのように他の特徴を含んでもよいことを示すよう使用される。ただし、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語はまた、関連する特徴「から本質的になる」または関連する特徴「からなる」実施形態を包含する場合もある。
【０００５】
上記に鑑み、本開示は、シアル酸結合要素を含む分子、例えば、シアル酸結合要素を含むより大きな分子を含んでもよい。明記したとおり、そのシアル酸結合要素（すなわち、シアル酸結合分子）自体は、改変ＣＢＭ、例えば、改変ＣＢＭ４０を含んでもよい（それからなるか、またはそれから本質的になってもよい）。（非限定）例として、本開示の分子は、シアル酸と結合する能力を示すことができるだけでなく、１つ以上の他の機能を有してもよい。例えば、本分子は、酵素活性を有してもよい。例えば、有用な分子は、（本明細書に記載される）改変ＣＢＭを含み、いくらかのシアリダーゼ活性を示してもよい。
一実施形態において、ＣＢＭは、酵素（例えば、シアリダーゼ）活性を有する分子の一部として提供されなくても、またはその分子内に含まれなくてもよい。
有用なシアル酸結合分子は、酵素部分およびシアル酸結合部分を含む融合タンパク質であってもよく、この場合、シアル酸結合部分は、本明細書に記載される改変ＣＢＭを含む。そのような場合には、酵素部分は、シアル酸結合部分と融合されてもよい。明記したとおり、任意の有用な融合タンパク質の酵素部分は、シアリダーゼ活性を含んでもよい（もしくはそれを有するか、またはそれを示してもよい）。
「改変された」という用語は、参照配列に対して１つ以上の変異を含む分子を包含する。
【０００６】
「参照配列」は、任意の野生型ＣＢＭ配列であってもよい。例えば、参照配列は、野生型ファミリー４０ＣＢＭ配列、例えば、ＶｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅＮａｎＨシアリダーゼまたはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＮａｎＡシアリダーゼの野生型ＣＢＭ配列を含んでも、それから本質的になっても、またはそれからなってもよい（その他の微生物に存在する類似または一致するＣＢＭ（ＣＢＭ４０を含む）が「ＣＢＭ」および／またはＣＢＭ参照配列という用語の範囲内に包含されることが認識されるべきである）。
したがって、改変ＣＢＭ配列は、一定のまたは特定の野生型ＣＢＭ由来であってもよい。
改変ＣＢＭ配列は、１つ以上の変異を含む野生型ＣＢＭ配列を含んでもよい。
【０００７】
１つ以上の変異は、機能的であってもよく、すなわち、それらは個々に（および／または独立して）あるいはまとめて（例えば、相乗的に）野生型ＣＢＭ（例えば、改変ＣＢＭが由来する野生型ＣＢＭ）の生理的、生物学的、免疫学的および／または薬理学的特性の１つ以上を調節しても（変えても、向上させても、または抑制／阻害しても）よい。特に、１つ以上の変異は、以下であってもよい。
（ｉ）ＣＢＭの免疫原性（もしくは抗原性）を変えてもよく；および／または
（ｉｉ）（ＣＢＭもしくは改変ＣＢＭを含む任意の多量体分子の）効力を変えてもよく（例えば、向上させてもよく）および／または
（ｉｉｉ）それらは、ＣＢＭの熱安定性を調節してもよい（例えば、向上させてもよい）；および／または
（ｉｖ）それらは、ＣＢＭの溶解性を調節してもよい（例えば、向上させてもよい）；および／または
（ｖ）それらは、分子の生体内半減期を調節してもよい（例えば、向上させてもよい）
【０００８】
「変異」は、野生型ＣＢＭ分子に対するいかなる変更を含んでもよい。例えば、「変異」という用語は、例えば、以下を含んでもよい。
（ｉ）１つ以上のアミノ酸置換（ここでは、１つ以上の野生型アミノ酸が別の（異なる）アミノ酸で置き換えられるか、または変えられ、「置換」という用語は、保存的アミノ酸置換を含むであろう）；および／または
（ｉｉ）１つ以上のアミノ酸除去（ここでは、１つ以上の野生型アミノ酸残基が除去される）；および／または
（ｉｉｉ）１つ以上のアミノ酸付加／挿入（ここでは、追加のアミノ酸残基が野生型（もしくは参照）一次配列に付加される）；および／または
（ｉｖ）１つ以上のアミノ酸／配列反転（通常、ここでは、一次配列中の２つ以上連続的なアミノ酸が反転される；および／または
（ｖ）１つ以上のアミノ酸／配列重複（ここでは、一次アミノ酸配列のアミノ酸もしくはその一部（例えば、一続きの５～１０アミノ酸）が繰り返される）
明記したとおり、本開示による改変ＣＢＭは、本明細書に記載されている１つ以上の変異を含んでもよい。
【０００９】
例となる野生型ＣＢＭ（言い換えると、有用な改変ＣＢＭが由来し得る参照配列）は、ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＮａｎＡシアリダーゼであり、このアミノ酸配列は、受託番号Ｐ６２５７５として寄託され、配列番号１（１０３５アミノ酸）として下で再現されている。
配列番号１
MSYFRNRDID IERNSMNRSV QERKCRYSIR KLSVGAVSMI VGAVVFGTSP VLAQEGASEQ
PLANETQLSG ESSTLTDTEK SQPSSETELS GNKQEQERKD KQEEKIPRDY YARDLENVET
VIEKEDVETN ASNGQRVDLS SELDKLKKLE NATVHMEFKP DAKAPAFYNL FSVSSATKKD
EYFTMAVYNN TATLEGRGSD GKQFYNNYND APLKVKPGQW NSVTFTVEKP TAELPKGRVR
LYVNGVLSRT SLRSGNFIKD MPDVTHVQIG ATKRANNTVW GSNLQIRNLT VYNRALTPEE
VQKRSQLFKR SDLEKKLPEG AALTEKTDIF ESGRNGKPNK DGIKSYRIPA LLKTDKGTLI
AGADERRLHS SDWGDIGMVI RRSEDNGKTW GDRVTITNLR DNPKASDPSI GSPVNIDMVL
VQDPETKRIF SIYDMFPEGK GIFGMSSQKE EAYKKIDGKT YQILYREGEK GAYTIRENGT
VYTPDGKATD YRVVVDPVKP AYSDKGDLYK GNQLLGNIYF TTNKTSPFRI AKDSYLWMSY
SDDDGKTWSA PQDITPMVKA DWMKFLGVGP GTGIVLRNGP HKGRILIPVY TTNNVSHLNG
SQSSRIIYSD DHGKTWHAGE AVNDNRQVDG QKIHSSTMNN RRAQNTESTV VQLNNGDVKL
FMRGLTGDLQ VATSKDGGVT WEKDIKRYPQ VKDVYVQMSA IHTMHEGKEY IILSNAGGPK
RENGMVHLAR VEENGELTWL KHNPIQKGEF AYNSLQELGN GEYGILYEHT EKGQNAYTLS
FRKFNWDFLS KDLISPTEAK VKRTREMGKG VIGLEFDSEV LVNKAPTLQL ANGKTARFMT
QYDTKTLLFT VDSEDMGQKV TGLAEGAIES MHNLPVSVAG TKLSNGMNGS EAAVHEVPEY
TGPLGTSGEE PAPTVEKPEY TGPLGTSGEE PAPTVEKPEY TGPLGTAGEE AAPTVEKPEF
TGGVNGTEPA VHEIAEYKGS DSLVTLTTKE DYTYKAPLAQ QALPETGNKE SDLLASLGLT
AFFLGLFTLG KKREQ
【００１０】
配列番号１のＣＢＭ領域は、アミノ酸残基１２１～３０５であり、この配列は、配列番号２と指定されている（その配列は以下である：VIEKEDVETN ASNGQRVDLS SELDKLKKLE NATVHMEFKP DAKAPAFYNL FSVSSATKKD EYFTMAVYNN TATLEGRGSD GKQFYNNYND APLKVKPGQW NSVTFTVEKP TAELPKGRVR LYVNGVLSRT SLRSGNFIKD MPDVTHVQIG ATKRANNTVW GSNLQIRNLT VYNRALTPEE VQKRS）。
よって、本開示は、配列番号２（および／または配列番号１）の改変型を含むシアル酸結合分子を提供する。配列番号２の改変型は、１つ以上の変異した残基を含んでもよく、この変異は、例えば、配列番号２の配列に対して行われたアミノ酸置換、付加／挿入、重複、除去および／または反転である。
（【００１１】以降は省略されています）

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