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公開番号2025179843
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-12-10
出願番号2025133056,2022520976
出願日2025-08-08,2020-10-05
発明の名称オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法
出願人ウェイブライフサイエンシズリミテッド,WAVE LIFE SCIENCES LTD.
代理人個人,個人,個人,個人
主分類C12N 15/113 20100101AFI20251203BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】C9orf72オリゴヌクレオチド、組成物、及びその使用方法を提供する。
【解決手段】糖、塩基、又は、ヌクレオチド間結合の少なくとも1つの修飾を含むオリゴヌクレオチドにおいて、前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、C9orf72遺伝子、又は、その転写物の塩基配列と少なくとも80%同一であるか、又は、相補的である塩基配列の少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は、25隣接塩基であるか、又は、それを含み、且つ、前記オリゴヌクレオチドの3’末端上の核酸塩基は、I、A、T、U、G、及び、Cから選択される置き換え核酸塩基によって任意選択で置き換えられていることを特徴とするオリゴヌクレオチドが提供される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
糖、塩基又はヌクレオチド間結合の少なくとも１つの修飾を含むオリゴヌクレオチドにおいて、前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子又はその転写物の塩基配列と少なくとも８０％同一であるか又は相補的である塩基配列の少なくとも１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５隣接塩基であるか又はそれを含み、且つ前記オリゴヌクレオチドの３’末端上の核酸塩基は、Ｉ、Ａ、Ｔ、Ｕ、Ｇ及びＣから選択される置き換え核酸塩基によって任意選択で置き換えられていることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
続きを表示（約 1,200 文字）【請求項２】
請求項１に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、糖、塩基又はヌクレオチド間結合の少なくとも１つの修飾を含み、前記オリゴヌクレオチドの前記塩基配列は、Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子又はその転写物の塩基配列と同一であるか又は相補的である塩基配列の少なくとも１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５隣接塩基を含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
請求項２に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記オリゴヌクレオチドの前記塩基配列は、ＡＣＴＣＡＣＣＣＡＣＴＣＧＣＣＡＣＣＧＣであることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項４】
請求項３に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記Ｃ９ｏｒｆ７２転写物を含む系に投与されたとき、リピート伸長含有Ｃ９ｏｒｆ７２転写物のレベルを低減し、前記リピート伸長含有Ｃ９ｏｒｆ７２転写物は、少なくとも３０、５０、１００、１５０、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００又は１０００個のＧＧＧＧＣＣリピートを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項５】
請求項４に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、パーセンテージによって測定されるときの前記リピート伸長含有Ｃ９ｏｒｆ７２転写物のレベルの低減は、パーセンテージによって測定されるときの非リピート伸長含有Ｃ９ｏｒｆ７２転写物のレベルの低減の少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９又は１０倍であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
請求項３に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、５’－ウィング－コア－ウィング－３’構造を含むか又はそれからなり、各ウィング糖は、独立に２’－ＯＲ修飾を含み、式中、Ｒは、任意選択で置換されたＣ
１～６
脂肪族であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項７】
請求項６に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記５’－ウィングは、１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合と１つ以上の非負電荷ヌクレオチド間結合とを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
請求項７に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記３’－ウィングは、１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合と１つ以上の非負電荷ヌクレオチド間結合とを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
請求項８に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、５’－ウィング及び前記３’－ウィングの各々は、独立に３、４、５、６、７、８、９又は１０個の核酸塩基を含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
請求項９に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、各コア糖は、独立に２つの２’－Ｈを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、各々の全体が参照によって本明細書に援用される２０１９年１０月６日に出願された同第６２／９１１，３４０号、２０２０年３月１日に出願された同第６２／９８３，７３６号、及び２０２０年８月２４日に出願された同第６３／０６９，７０４号、及び２０２０年５月８日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０３２２４４号の優先権を主張する。
続きを表示（約 4,400 文字）【背景技術】
【０００２】
オリゴヌクレオチドは、様々な適用、例えば、限定はされないが、様々な状態、障害又は疾患の治療を含め、治療、診断及び／又は研究適用において有用である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
本開示は、Ｃ９ｏｒｆ７２転写物（又はその産物）のレベルを低減することのできるオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、疾患関連Ｃ９ｏｒｆ７２転写物（又はその産物）のレベルを非疾患関連又は低疾患関連Ｃ９ｏｒｆ７２転写物に対して優先的に低減することができる（例えば、図１を参照されたい）。例示的なＣ９ｏｒｆ７２転写物には、Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子の何れか一方の鎖及び様々な起点からの転写物が含まれる。一部の実施形態において、少なくとも一部のＣ９ｏｒｆ７２転写物は、タンパク質に翻訳される。一部の実施形態において、少なくとも一部のＣ９ｏｒｆ７２転写物は、タンパク質に翻訳されない。一部の実施形態において、特定のＣ９ｏｒｆ７２転写物は、主にイントロン配列を含む。
【０００４】
Ｃ９ｏｒｆ７２におけるヘキサヌクレオチドリピート伸長（９番染色体、オープンリーディングフレーム７２）は、報告によれば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）及び前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）の遺伝的原因として最も多く見られる。このリピート伸長を含むＣ９ｏｒｆ７２遺伝子変異体及び／又はそれをコードする産物は、大脳皮質基底核変性症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、オリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）、原発性側索硬化症（ＰＬＳ）、進行性筋萎縮症（ＰＭＡ）、ハンチントン病（ＨＤ）表現型模写、アルツハイマー病（ＡＤ）、双極性障害、統合失調症及び他の非運動障害など、他のＣ９ｏｒｆ７２関連障害にも関連する。一部の実施形態において、本開示は、Ｃ９ｏｒｆ７２標的を標的とし（例えば、Ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチド）、且つＣ９ｏｒｆ７２標的遺伝子及び／又はその遺伝子産物（転写物、特にリピート伸長含有転写物、タンパク質等）をノックダウンする能力又はその発現、レベル及び／又は活性を低下させる能力を有するオリゴヌクレオチドに関する組成物及び方法を提供する。
【０００５】
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、リピート伸長を含む病的な又は疾患関連のＣ９ｏｒｆ７２突然変異又は変異体を標的とする。一部の実施形態において、Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子産物は、Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子から転写されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ、成熟ＲＮＡ又はプレｍＲＮＡ）、Ｃ９ｏｒｆ７２ＲＮＡ転写物から翻訳されたタンパク質（例えば、ヘキサヌクレオチドリピートから翻訳されたジペプチドリピートタンパク質）又はフォーカス（ｆｏｃｕｓ）（複数形：フォーカス（ｆｏｃｉ））（これは、報告によれば、ＲＮＡ結合タンパク質が結合したリピート伸長を含むＲＮＡを含む）である。一部の実施形態において、Ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドは、非リピート伸長含有Ｃ９ｏｒｆ７２ＲＮＡ（リピート伸長を含有しないＣ９ｏｒｆ７２ＲＮＡ）に対してリピート伸長含有Ｃ９ｏｒｆ７２ＲＮＡの優先的なノックダウンを媒介する能力を有す
る。一部の実施形態において、Ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドは、野生型又は非有害Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子産物の発現、活性及び／又はレベルを低下させることなく（又は非常に低い程度まで低下している間）、有害Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子産物（例えば、リピート伸長を含むＲＮＡ、ジペプチドリピートタンパク質又はフォーカス）の発現、活性及び／又はレベルを低下させる。一部の実施形態において、Ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドは、有害Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子産物の発現、活性及び／又はレベルを低下させるが、Ｃ９ｏｒｆ７２タンパク質の１つ又は複数の有益な及び／又は必須の生物学的活性を消失させるか又は大幅に抑制するほど野生型又は非有害Ｃ９ｏｒｆ７２タンパク質の発現、活性及び／又はレベルを低下させない。Ｃ９ｏｒｆ７２タンパク質の有益な及び／又は必須の活性は、広く知られており、限定はされないが、炎症の制限、自己免疫の予防及び若年死の予防が挙げられる。
【０００６】
とりわけ、本開示は、Ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドの構造要素を制御することが、Ｃ９ｏｒｆ７２標的遺伝子のノックダウンを含め、オリゴヌクレオチドの特性及び／又は活性に対する大きい影響を有し得るという認識を包含する。一部の実施形態において、標的遺伝子のノックダウンは、ＲＮアーゼＨ又は翻訳に影響を及ぼす立体障害により媒介される。一部の実施形態において、Ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドの制御された構造要素としては、限定はされないが、塩基配列、化学修飾（例えば、糖、塩基及び／若しくはヌクレオチド間結合の修飾）若しくはそのパターン、立体化学（例えば、骨格キラルヌクレオチド間結合の立体化学）の改変若しくはそのパターン、ウィング構造、コア構造、ウィング－コア構造、ウィング－コア－ウィング構造若しくはコア－ウィング構造及び／又は追加の化学的部分（例えば、炭水化物部分、ターゲティング部分等）とのコンジュゲーションが挙げられる。一部の実施形態において、本開示は、安定性が改善されたオリゴヌクレオチドの組成物を含め、オリゴヌクレオチド活性を維持し又は増加させつつ、Ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチド安定性を改善するための技術（例えば、化合物、方法等）を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ｏｒｆ７２又はその産物を標的とする。一部の実施形態において、標的遺伝子は、Ｃ９ｏｒｆ７２である。
【０００７】
一部の実施形態において、本開示は、炭水化物部分、ターゲティング部分など、様々な任意選択の追加の化学的部分が、ｃ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドに取り込まれると、１つ以上の特性を改善し得るという認識を包含する。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、グルコース、ＧｌｕＮＡｃ（Ｎ－アセチルアミングルコサミン）及びアニスアミド部分から選択される。これら及び他の部分については、本明細書、例えば実施例１及び２に更に詳細に記載される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、２つ以上の追加の化学的部分を含むことができ、ここで、追加の化学的部分は、同一であるか若しくは同一でないか、又は同じカテゴリー（例えば、炭水化物部分、糖部分、ターゲティング部分等）であるか若しくは同じカテゴリーでない。一部の実施形態において、特定の追加の化学的部分は、限定はされないが、中枢神経系の特定の細胞、部位又は一部分（例えば、大脳皮質、海馬、脊髄等）を含め、所望の細胞、組織及び／又は器官へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。一部の実施形態において、特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドのインターナリゼーションを促進する。一部の実施形態において、特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチド安定性を増加させる。一部の実施形態において、本開示は、様々な追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに取り込むための技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ヌクレオチド間結合、糖及び／又は核酸塩基を用いて（例えば、任意選択でリンカーを介した糖、核酸塩基又はヌクレオチド間結合上の部位との共有結合により）追加の化学的部分を導入するための例えば試薬及び方法を提供する。
【０００８】
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される通りの１つ以上の特徴［限
定はされないが、本明細書に開示される塩基配列（ここで、各Ｕは、任意選択で、独立にＴに置換することができ、逆も同様である）、及び／若しくは化学修飾、及び／若しくは立体化学、及び／若しくはそのパターン並びに／又はこれらの組み合わせ］がその構造に含まれるオリゴヌクレオチド、例えばＣ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドにより、驚くほど高い標的特異性を実現し得ることを実証する。
【０００９】
一部の実施形態において、本開示は、特定の提供される構造要素、技術及び／又は特徴が、Ｃ９ｏｒｆ７２をノックダウンするオリゴヌクレオチドに特に有用であることを実証する。しかしながら、それにも関わらず、本開示の教示は、いかなる特定の生化学的機構に関与するか又はそれによって機能するオリゴヌクレオチドにも限定されない。一部の実施形態において、本開示は、二本鎖ＲＮＡ干渉、一本鎖ＲＮＡ干渉などの機構又はＲＮアーゼＨ媒介機構若しくは翻訳の立体障害によってＣ９ｏｒｆ７２遺伝子若しくはその遺伝子産物の発現、活性及び／又はレベルを低下させるアンチセンスオリゴヌクレオチドとしての役割を果たす機構を介して機能する能力を有するオリゴヌクレオチドを提供する。
【００１０】
更に、本開示は、任意の機構を通じて機能する任意のＣ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドであって、本明細書に記載される任意の配列、構造又はフォーマット（又はその一部分）を含む任意のＣ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、塩基、糖又はヌクレオチド間結合の少なくとも１つの天然に存在しない修飾を含む。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも１つの立体制御されたヌクレオチド間結合（限定はされないが、Ｓｐ又はＲｐ配置のホスホロチオエート結合を含む）を含む任意のＣ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、任意の機構を通じて機能し、且つ少なくとも１つの立体制御されたヌクレオチド間結合（限定はされないが、Ｓｐ又はＲｐ配置のホスホロチオエート結合を含む）を含む任意のＣ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される任意の配列、構造又はフォーマット（又はその一部分）、任意選択の追加の化学的部分（限定はされないが、炭水化物部分及び標的部分を含む）、立体化学又は立体化学のパターン、ヌクレオチド間結合又はヌクレオチド間結合のパターン；糖の修飾又は糖の修飾のパターン；塩基の修飾又は塩基の修飾のパターンを含むＣ９ｏｒｆ７２オリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、糖、核酸塩基又はヌクレオチド間結合の修飾は、天然に存在しない修飾である。
（【００１１】以降は省略されています）

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