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公開番号2025081784
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-05-28
出願番号2022031096
出願日2022-03-01
発明の名称アミノ酸残基配列を同定するための方法,プログラム及び記録媒体
出願人bitBiome株式会社
代理人個人,個人
主分類G16B 15/30 20190101AFI20250521BHJP(特定の用途分野に特に適合した情報通信技術)
要約【課題】がんワクチンの有効成分であるポリペプチドのアミノ酸残基配列を同定する方法,プログラム及び記録媒体を提供する。
【解決手段】システム1において、腸内細菌に由来するアミノ酸断片である腸内細菌由来アミノ酸断片と,MHC(主要組織適合遺伝子複合体)との結合解析を行い,腸内細菌由来アミノ酸断片のうちMHCと結合しうるアミノ酸断片であるMHC結合性腸内細菌由来アミノ酸断片に関する情報を得る第1の結合解析部3と、がんに由来するアミノ酸断片であるがん由来アミノ酸断片であって、MHCと結合しうるものをMHC結合性がん由来アミノ酸断片としたときに、MHC結合性腸内細菌由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列と、MHC結合性がん由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列とを用いて、がんワクチンの有効成分であるポリペプチドのアミノ酸残基配列を同定するためのアミノ酸残基配列同定部5と、を備える。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
コンピュータを用いた，がんワクチンの有効成分であるポリペプチドのアミノ酸残基配列を同定するための方法であって，
腸内細菌に由来するアミノ酸断片である腸内細菌由来アミノ酸断片と，ＭＨＣ（主要組織適合遺伝子複合体）との結合解析を行い，前記腸内細菌由来アミノ酸断片のうちＭＨＣと結合しうるアミノ酸断片であるＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片に関する情報を得るための第１の結合解析工程と，
がんに由来するアミノ酸断片であるがん由来アミノ酸断片であって，前記ＭＨＣと結合しうるものをＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片としたときに，前記ＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列と，前記ＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列とを用いて，がんワクチンの有効成分であるポリペプチドのアミノ酸残基配列を同定するためのアミノ酸残基配列同定工程と，
を含む方法。
続きを表示（約 530 文字）【請求項２】
請求項１に記載の方法であって，前記腸内細菌由来アミノ酸断片は，８以上１４以下のアミノ酸残基を含む，方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって，前記ＭＨＣは，ＭＨＣＩ，ＭＨＣＩＩ及びＨＬＡ（ヒト白血球型抗原）のいずれか又は２つ以上である，方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって，
前記がん由来アミノ酸断片と，前記ＭＨＣとの結合解析を行う第２の結合解析工程をさらに含み，
前記ＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片は，第２の結合解析工程により求められたアミノ酸断片である，方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって，前記アミノ酸残基配列同定工程は，
前記ＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列と，前記ＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列との相同性を求める相同性取得工程を含む，
方法。
【請求項６】
コンピュータに請求項１に記載の方法を実装させるためのプログラム。
【請求項７】
請求項６に記載のプログラムを記憶した，コンピュータが読み取ることのできる非一時的情報記録媒体。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
この発明は，がんワクチンの有効成分であるポリペプチドを同定するための方法に関する。
続きを表示（約 1,600 文字）【背景技術】
【０００２】
国際公開ＷＯ２０１９－０７２８７１号パンフレットには，腫瘍関連抗原エピトープ配列の微生物叢配列変異体の同定のための方法が記載されている。この方法は，既知のがん抗原配列に基づいて，この配列と類似した配列を有する微生物叢配列変異体を同定する。この方法は，がんワクチンに必要なポリペプチドを予測できる。しなしながら，この方法では，予測精度は高くない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００３】
国際公開ＷＯ２０１９－０７２８７１号パンフレット
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
この発明の課題のひとつは，予測精度の高いがんワクチンの有効成分であるポリペプチドのアミノ酸残基配列を同定するための方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
この発明は，ＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片を求め，ＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片との相同性などを比較することで，精度よくがんワクチンの有効成分のアミノ酸残基配列を同定できるという知見に基づく。
【０００６】
この明細書に記載されるある発明は，がんワクチンの有効成分であるポリペプチドのアミノ酸残基配列を同定するための方法に関する。この方法は，コンピュータにより実装される方法である。この方法は，第１の結合解析工程（Ｓ１０１）と，アミノ酸残基配列同定工程（Ｓ２０１）とを含む。
【０００７】
第１の結合解析工程（Ｓ１０１）は，腸内細菌由来アミノ酸断片と，ＭＨＣ（主要組織適合遺伝子複合体）との結合解析を行い，ＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片に関する情報を得るための工程である。腸内細菌由来アミノ酸断片は，腸内細菌に由来するアミノ酸断片である。腸内細菌由来アミノ酸断片は，８以上１４以下のアミノ酸残基を含むポリペプチドであることが好ましい。ＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片は，腸内細菌由来アミノ酸断片のうちＭＨＣと結合しうるアミノ酸断片である。ＭＨＣは，ＭＨＣＩ，ＭＨＣＩＩ及びＨＬＡ（ヒト白血球型抗原）のいずれか又は２つ以上であることが好ましい。
【０００８】
アミノ酸残基配列同定工程（Ｓ２０１）は，ＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列と，ＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列とを用いて，がんワクチンの有効成分であるポリペプチドのアミノ酸残基配列を同定するための工程である。ＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片は，がん由来アミノ酸断片であって，ＭＨＣと結合しうるものを意味する。そして，がん由来アミノ酸断片とは，がんに由来するアミノ酸断片である。アミノ酸残基配列同定工程（Ｓ２０１）は，相同性取得工程を含む工程であることが好ましい。相同性取得工程は，ＭＨＣ結合性腸内細菌由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列と，ＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片のアミノ酸残基配列との相同性を求めるための工程である。
【０００９】
上記の方法は，第２の結合解析工程（Ｓ１０２）をさらに含む方法であることが好ましい。第２の結合解析工程は，がん由来アミノ酸断片と，ＭＨＣとの結合解析を行いＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片に関する情報を得る工程である。アミノ酸残基配列同定工程（Ｓ２０１）において用いられるＭＨＣ結合性がん由来アミノ酸断片の配列情報は，好ましくは，第２の結合解析工程により求められたアミノ酸断片の配列情報である。
【００１０】
この明細書は，上記した方法を実装するコンピュータ，及びプロセッサも提供する。この明細書は，コンピュータに上記した方法を実装させるためのプログラムや，そのプログラムを記憶した，コンピュータが読み取ることのできる（非一時的）情報記録媒体をも提供する。
【発明の効果】
（【００１１】以降は省略されています）

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