特許ウォッチ

公開番号2025081708
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-05-27
出願番号2025030482,2020545828
出願日2025-02-27,2018-11-22
発明の名称特異的創薬の方法およびシステム
出願人サイクリカインコーポレイテッド
代理人個人,個人,個人,個人
主分類G16C 20/50 20190101AFI20250520BHJP(特定の用途分野に特に適合した情報通信技術)
要約【課題】特異的創薬の方法、システム及びを非一時的なコンピュータ可読媒体提供する。
【解決手段】方法は、受容体パネルを取得し受容体パネルは複数の標的及び複数のアンチ標的を指定し、小分子化合物(SMC)シードモデルを取得することと、SMCシードモデルから第1の複数の候補SMCを誘導体化し、第1の複数の候補SMCにおける候補SMCの各々について候補SMCと複数の標的の各々との間の第1の所望の相互作用をシミュレートし、第1の複数の候補SMCにおける候補SMCの各々について候補SMCと複数のアンチ標的の各々との間の第1の不所望の相互作用をシミュレートし、第1の所望の相互作用及び第1の不所望の相互作用に基づいて第1の複数の候補SMCにおける候補SMCの各々について第1のSMC相互作用スコアを取得し、第1のSMC相互作用スコアに基づいて薬物についての少なくとも最小スコアに達したかどうかを判定する。
【選択図】図2
特許請求の範囲【請求項１】
特異的創薬の方法であって、
複数の標的および複数のアンチ標的を指定する受容体パネルを取得することと、
小分子化合物（ＳＭＣ）シードモデルを取得することと、
前記ＳＭＣシードモデルから第１の複数の候補ＳＭＣを誘導体化することと、
前記第１の複数の候補ＳＭＣにおける前記候補ＳＭＣの各々について、前記候補ＳＭＣと前記複数の標的の各々との間の第１の所望の相互作用をシミュレートすることと、
前記第１の複数の候補ＳＭＣにおける前記候補ＳＭＣの各々について、前記候補ＳＭＣと前記複数のアンチ標的の各々との間の第１の不所望の相互作用をシミュレートすることと、
前記第１の所望の相互作用および前記第１の不所望の相互作用に基づいて、前記第１の複数の候補ＳＭＣにおける前記候補ＳＭＣの各々について第１のＳＭＣ相互作用スコアを取得することと、
前記第１のＳＭＣ相互作用スコアに基づいて、薬物についての少なくとも最小スコアに到達したかどうかを判定することと、を含む、方法。
続きを表示（約 1,400 文字）【請求項２】
前記第１の複数の候補ＳＭＣから第２の複数の候補ＳＭＣを誘導体化することと、
前記第２の複数の候補ＳＭＣにおける前記候補ＳＭＣの各々について、前記候補ＳＭＣと前記複数の標的の各々との間の第２の所望の相互作用をシミュレートすることと、
前記第２の複数の候補ＳＭＣにおける前記候補ＳＭＣの各々について、前記候補ＳＭＣと前記複数のアンチ標的の各々との間の第２の不所望の相互作用をシミュレートすることと、
前記第２の所望の相互作用および前記第２の不所望の相互作用に基づいて、前記第２の複数の候補ＳＭＣにおける前記候補ＳＭＣの各々について第２のＳＭＣ相互作用スコアを取得することと、
前記第２のＳＭＣ相互作用スコアに基づいて、前記薬物についての少なくとも前記最小スコアに達したかどうかを判定することと、をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の所望の相互作用をシミュレートする前に、スクリーニング基準に基づいて候補ＳＭＣのサブセットを除去することによって前記第１の複数の候補ＳＭＣを更新することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記スクリーニング基準が、ＡＤＭＥＴ特性、合成可能性、および既知の薬物に対する類似性からなる群から選択される少なくとも１つを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記受容体パネルが、前記標的および前記アンチ標的の相互作用部位のモデルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記受容体パネルが、前記相互作用部位のうちの１つの異なる分子コンフォメ－ションを記述する複数のモデルを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ＳＭＣシードモデルから前記第１の複数の候補ＳＭＣを誘導体化することは、
前記ＳＭＣシードモデルをフラグメントに分割することと、
前記フラグメントのうちの少なくとも１つを交換することと、を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ＳＭＣシードモデルをフラグメントに分割することが網羅的に実行される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１の所望の相互作用をシミュレートすることが、
前記候補ＳＭＣと、前記標的パネルで列挙された前記標的の相互作用部位から選択された相互作用部位との各組み合わせについて、前記候補ＳＭＣと前記相互作用部位との間の相互作用の程度を定量化したスコアを取得することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記第１のＳＭＣ相互作用スコアを取得することが、
前記候補ＳＭＣと、前記標的パネルで列挙された標的およびアンチ標的の相互作用部位との間の相互作用の程度を定量化するスコアに基づいて、前記第１のＳＭＣ相互作用スコアを計算することを含み、
前記候補ＳＭＣと標的の相互作用部位との間の相互作用の程度を定量化するスコアが前記第１のＳＭＣ相互作用スコアを増加させ、
前記候補ＳＭＣとアンチ標的の相互作用部位との間の相互作用の程度を定量化するスコアが前記第１のＳＭＣ相互作用スコアを減少させる、請求項１に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）の下で、２０１７年１１月２２日に提出され、本出願と同じ発明者のうちの少なくとも１人を有し、「ＭＥＴＨＯＤＡＮＤＳＹＳＴＥＭＦＯＲＤＩＦＦＥＲＥＮＴＩＡＬＤＲＵＧＤＩＳＣＯＶＥＲＹ」と題された米国仮特許出願第６２／５９０，１４１号に対する優先権を主張する。米国仮特許出願第６２／５９０，１４１号は、参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 2,400 文字）【背景技術】
【０００２】
多くの疾患は、複数の経路を含む複雑な生物学的病態を有する。小分子薬物は従来、単一のタンパク質標的に対して設計されているが、複数の標的以外のタンパク質相互作用（すなわち、多重薬理）を有する。平均的な小分子化合物（ＳＭＣ）は、生体内で３０～３００個の異なるタンパク質に結合すると考えられている。通常、薬物分子はそれらのうちの１つ、すなわち、標的のみに結合することが意図されている。他のものは、有益または不利である可能性がある意図しない標的以外の相互作用であり、相同または非相同タンパク質で生じ得る。多標的薬物設計の分野では、複数のタンパク質を標的とする１つの小分子薬物が、複雑な病態の治療を改善する可能性がある。しかしながら、様々な複雑さのために、同時に複数の標的に結合し得る小分子薬物を設計することは困難であった。
【発明の概要】
【０００３】
一般に、１つ以上の実施形態は、特異的創薬の方法であって、複数の標的および複数のアンチ標的を指定する受容体パネルを取得することと、小分子化合物（ＳＭＣ）シードモデルを取得することと、ＳＭＣシードモデルから第１の複数の候補ＳＭＣを誘導体化することと、第１の複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々について、候補ＳＭＣと複数の標的の各々との間の第１の所望の相互作用をシミュレートすることと、第１の複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々について、候補ＳＭＣと複数のアンチ標的の各々との間の第１の不所望の相互作用をシミュレートすることと、第１の所望の相互作用および第１の不所望の相互作用に基づいて、第１の複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々について第１のＳＭＣ相互作用スコアを取得することと、第１のＳＭＣ相互作用スコアに基づいて、薬物についての少なくとも最小スコアに達したかどうかを決定することと、を含む、方法に関する。
【０００４】
一般に、１つ以上の実施形態は、特異的創薬のシステムであって、小分子化合物（ＳＭＣ）シードモデルから複数の候補ＳＭＣを誘導体化するように構成された誘導体化エンジンと、複数の候補ＳＭＣ内の候補ＳＭＣの各々について、候補ＳＭＣと受容体パネルで指定された複数の標的の各々との間の所望の相互作用をシミュレートし、かつ複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々について、候補ＳＭＣと受容体パネルで指定された複数のアンチ標的の各々との間の不所望の相互作用をシミュレートする分子ドッキングシミュレーションエンジンと、所望の相互作用および不所望の相互作用に基づいて、複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々についてＳＭＣ相互作用スコアを取得し、かつ第１のＳＭＣ相互作用スコアに基づいて、薬物についての少なくとも最小スコアに到達したかどうかを判定するように構成されたスコアリングエンジンと、を含む、システムに関する。
【０００５】
一般に、１つ以上の実施形態は、特異的創薬のコンピュータ可読プログラムコードを含む非一時的なコンピュータ可読媒体であって、コンピュータ可読プログラムコードで、コンピュータシステムが、複数の標的および複数のアンチ標的を指定する受容体パネルを取得し、小分子化合物（ＳＭＣ）シードモデルを取得し、ＳＭＣシードモデルから第１の複数の候補ＳＭＣを誘導体化し、第１の複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々について、候補ＳＭＣと複数の標的の各々との間の第１の所望の相互作用をシミュレートし、第１の複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々について、候補ＳＭＣと複数のアンチ標的の各々との間の第１の不所望の相互作用をシミュレートし、第１の所望の相互作用および第１の不所望の相互作用に基づいて、第１の複数の候補ＳＭＣにおける候補ＳＭＣの各々について第１のＳＭＣ相互作用スコアを取得し、かつ第１のＳＭＣ相互作用スコアに基づいて、薬物についての少なくとも最小スコアに到達したかどうかを判定する、非一時的なコンピュータ可読媒体に関する。
【０００６】
実施形態の他の態様は、以下の説明および添付の特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【０００７】
本実施形態は、例として示されており、添付の図面の図によって限定されることを意図していない。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
１つ以上の実施形態によるシステムのブロック図を示す。
１つ以上の実施形態によるフローチャートを示す。
１つ以上の実施形態による標的リストの例を示す。
１つ以上の実施形態によるタンパク質ポケットモデルのコンパイルを示す。
１つ以上の実施形態による受容体パネルの例を示す。
１つ以上の実施形態によるスコア付けされた相互作用の例を示す。
１つ以上の実施形態によるコンピューティングシステムを示す。
１つ以上の実施形態によるコンピューティングシステムを示す。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
本明細書で開示される特定の実施形態について、添付の図面を参照して以下で詳細に説明する。様々な図中の同様の要素は、一貫性を保つために、同様の参照番号および／または同様の名前によって示されてもよい。
【００１０】
以下の詳細な説明は、本質的に単なる例示であり、本明細書に開示される実施形態または本明細書に開示される実施形態の用途および使用を限定することを意図するものではない。さらに、上記の技術分野、背景技術、簡単な概要、または以下の詳細な説明で提示されたいかなる明示的または暗示的な理論によっても拘束されることを意図していない。
（【００１１】以降は省略されています）

関連特許