特許ウォッチ

公開番号2025074818
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-05-14
出願番号2023185879
出願日2023-10-30
発明の名称卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカー、判定方法、および治療薬
出願人個人
代理人個人,個人
主分類C12Q 1/68 20180101AFI20250507BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカー、および判定方法、並びに難治療性卵巣癌の予後を改善することができる治療薬の提供。
【解決手段】卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカーであって、p62タンパク質およびp62 mRNAの少なくともいずれかであることを特徴とするバイオマーカー。
【選択図】図7E

特許請求の範囲【請求項１】
卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカーであって、
p62タンパク質およびp62 mRNAの少なくともいずれかであることを特徴とするバイオマーカー。
続きを表示（約 920 文字）【請求項２】
卵巣癌の予後を判定するための判定方法であって、
対象から得た検体におけるp62タンパク質およびp62 mRNAの少なくともいずれかであるバイオマーカーの存在または量を検出する工程と、
前記バイオマーカーが存在する場合に、卵巣癌のリスクがあると判定する工程と、
を含むことを特徴とする判定方法。
【請求項３】
前記検体が、卵巣癌の病理組織検体および採血検体の少なくともいずれかである請求項２に記載の判定方法。
【請求項４】
特定の対象から得た前記検体における前記バイオマーカーの存在または量と、
一定時間経過後の前記対象から得た前記検体における前記バイオマーカーの存在または量と、を比較する工程と、
前記比較により、
前記一定時間経過後の前記バイオマーカーが検出されなくなる、若しくは量が低減している場合に、予後が良好である、
前記一定時間経過後の前記バイオマーカーの量の変化がない場合に、予後に変化がない、または
前記一定時間経過後の前記バイオマーカーが検出されるようになる、若しくは量が上昇している場合に、予後が不良である、と判定する工程と、
を更に含む請求項２または３に記載の判定方法。
【請求項５】
卵巣癌を治療するための治療薬であって、
mTOR阻害剤を含有することを特徴とする治療薬。
【請求項６】
前記mTOR阻害剤が、エベロリムスである請求項５に記載の治療薬。
【請求項７】
前記卵巣癌が、請求項１に記載のバイオマーカーが存在する卵巣癌である請求項５または６に記載の治療薬。
【請求項８】
前記卵巣癌が、プラチナ感受性の低い卵巣癌である請求項５または６に記載の治療薬。
【請求項９】
前記卵巣癌が、BRCA1/2遺伝子野生型の卵巣癌である請求項５または６に記載の治療薬。
【請求項１０】
パクリタキセル、カルボプラチンおよびPARP阻害薬の少なくともいずれかと併用される請求項５または６に記載の治療薬。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカー、判定方法、および治療薬に関する。
続きを表示（約 7,200 文字）【背景技術】
【０００２】
上皮性卵巣癌において、高異型度漿液性癌high-grade serous carcinoma（HGSC）は、最も頻度の高い組織型である。早期発見が困難であり進行癌として診断されることが特徴であり、再発率が高いため予後不良である。
進行した上皮性卵巣癌患者に対する標準的な治療は、長らく腫瘍減量手術（debulking手術）とカルボプラチン（CBDCA）、パクリタキセル（PTX）などの化学療法による組み合わせであったが、個々の患者の遺伝子プロファイルに応じた最適な化学療法が徐々に発展してきた。BRCA1/2遺伝子変異はDNA２本鎖切断修復に関与することによりゲノムの不安定性をもたらし卵巣癌の発癌に寄与するが、プラチナ製剤やPARP阻害剤を用いた化学療法は、BRCA1/2遺伝子変異陽性のHGSC患者に対して、ゲノムの不安定性を弱点に転化することで合成致死の機序により強い抗腫瘍効果を示す。
【０００３】
実際に、癌ゲノムアトラスプロジェクトThe Cancer Genome Atlas（TCGA）コホート研究では、HGSC患者におけるBRCA1/2病原性変異がより良好な全生存期間（OS）をもたらすことを示しており（例えば、非特許文献１参照）、PARP阻害剤であるオラパリブは、プラチナ製剤に対する感受性の高いBRCA1/2遺伝子変異陽性のHGSC患者に対して、最も無増悪生存期間（PFS）と全生存期間（OS）を延長したことが報告されている（例えば、非特許文献２参照）。
【０００４】
しかしながら、プラチナ製剤やポリ（ADP-リボース）ポリメラーゼ（PARP）阻害剤を用いた化学療法を行っても腫瘍が進行し続ける「難治性」HGSC患者には有望な治療選択肢がなく、患者の予後は極めて不良である。BRCA1/2遺伝子変異のないHGSC患者（BRCA1/2野生型）は難治性を示す症例となる可能性があり、実際にHGSC患者の全ゲノム解析では、コホート内の難治性HGSC症例はすべてBRCA1/2病原性変異を有していなかった。BRCA1/2野生型HGSCが難治性を示す原因としては、DNA２本鎖切断修復欠損のないこと、免疫原性が低いこと、腫瘍内不均一性が高い点などを指摘する報告もあるが、BRCA1/2野生型HGSCの予後を改善する新たな治療法やバイオマーカーは開発されておらず、新たな治療法の開発が急務となっている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
Bell D et al （2011） Nature 474:609-615
Moore K et al （2018） N Engl J Med 379:2495-2505
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
もし卵巣癌の予後不良因子を検出し、何らかの標的治療を開発することができれば、難治性HGSC患者等の卵巣癌患者の生存に大きな影響を与えるであろう。
【０００７】
本発明は、前記従来における諸問題を解決し、以下の目的を達成することを課題とする。即ち、本発明は、卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカー、および判定方法、並びに難治療性卵巣癌の予後を改善することができる治療薬を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
前記課題を解決するための手段としては、以下の通りである。即ち、
＜１＞卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカーであって、
p62タンパク質およびp62 mRNAの少なくともいずれかであることを特徴とするバイオマーカーである。
＜２＞卵巣癌の予後を判定するための判定方法であって、
対象から得た検体におけるp62タンパク質およびp62 mRNAの少なくともいずれかであるバイオマーカーの存在または量を検出する工程と、
前記バイオマーカーが存在する場合に、卵巣癌のリスクがあると判定する工程と、
を含むことを特徴とする判定方法である。
＜３＞前記検体が、卵巣癌の病理組織検体および採血検体の少なくともいずれかである前記＜２＞に記載の判定方法である。
＜４＞特定の対象から得た前記検体における前記バイオマーカーの存在または量と、
一定時間経過後の前記対象から得た前記検体における前記バイオマーカーの存在または量と、を比較する工程と、
前記比較により、
前記一定時間経過後の前記バイオマーカーが検出されなくなる、若しくは量が低減している場合に、予後が良好である、
前記一定時間経過後の前記バイオマーカーの量の変化がない場合に、予後に変化がない、または
前記一定時間経過後の前記バイオマーカーが検出されるようになる、若しくは量が上昇している場合に、予後が不良である、と判定する工程と、
を更に含む前記＜２＞または＜３＞に記載の判定方法である。
＜５＞卵巣癌を治療するための治療薬であって、
mTOR阻害剤を含有することを特徴とする治療薬である。
＜６＞前記mTOR阻害剤が、エベロリムスである前記＜５＞に記載の治療薬である。
＜７＞前記卵巣癌が、請求項１に記載のバイオマーカーが存在する卵巣癌である前記＜５＞または＜６＞に記載の治療薬である。
＜８＞前記卵巣癌が、プラチナ感受性の低い卵巣癌である前記＜５＞から＜７＞のいずれか一項に記載の治療薬である。
＜９＞前記卵巣癌が、BRCA1/2遺伝子野生型の卵巣癌である前記＜５＞から＜８＞のいずれか一項に記載の治療薬である。
＜１０＞パクリタキセル、カルボプラチンおよびPARP阻害薬の少なくともいずれかと併用される前記＜５＞から＜９＞のいずれか一項に記載の治療薬である。
【発明の効果】
【０００９】
本発明によれば、従来における前記諸問題を解決し、前記目的を達成することができ、卵巣癌の予後を判定するためのバイオマーカー、判定方法、および難治療性卵巣癌の予後を改善することができる卵巣癌治療薬を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
図１Ａは、Rパッケージ「GSVA」（gene set variation analysis）とTCGA進行卵巣癌症例のトランスクリプトームデータセットを用いた計算アプローチを示す概略図である。
図１Ｂは、全進行卵巣癌患者におけるGSVAスコアと予後との相関を示すヒートマップである。
図１Ｃは、BRCA1/2変異のない進行卵巣癌患者におけるGSVAスコアと予後との相関を示すヒートマップである。
図１Ｄは、「RASタンパク質のシグナル伝達」スコアの違いによる、BRCA 1/2変異のない進行卵巣癌患者の予後を示すカプランマイヤー生存曲線である。
図２Ａは、ヌードマウスの正常卵管上皮の免疫蛍光像である。
図２Ｂは、正常卵管上皮オルガノイド（cas-nFTE）およびTrp53をノックアウトしたオルガノイド（casP）の明視野像である。
図２Ｃは、cas-nFTEオルガノイドと比較したcasPオルガノイドの細胞成分におけるRNA-seq解析結果を示すグラフである。
図２Ｄは、マウスHGSCモデルオルガノイド樹立手順を示す模式図である。
図２Ｅは、樹立したオルガノイド球の明視野像、およびRPM細胞をヌードマウスに皮下移植して形成された腫瘍の病理像を示す図である。
図２Ｆは、RPM、RPMN、RPMPおよびRPMNP細胞のウェスタンブロッティング結果を示す図である
図２Ｇは、nFTE、RPM、RPMN、RPMP、およびRPMNPオルガノイドからのRNA-seq発現データの教師なし階層クラスタリングを示す図である。
図２Ｈは、RPM、RPMN、RPMP、およびRPMNP細胞のSBS96からの変異シグネチャーを示す棒グラフである。
図３Ａは、RPM、RPMN、RPMP、またはRPMNP細胞を腹腔内に接種したレシピエントマウスのカプランマイヤー生存曲線である。
図３Ｂは、カルボプラチン（CBDCA）投与によるRPM、RPMN、RPMP、およびRPMNP細胞の用量反応曲線である。
図３Ｃは、パクリタキセル（PTX）投与によるRPM、RPMN、RPMP、およびRPMNP細胞の用量反応曲線である。
図３Ｄは、オラパリブ投与によるRPM、RPMN、RPMP、およびRPMNP細胞の用量反応曲線である。
図３Ｅは、RPMNP細胞においてRPM細胞と比較して濃縮しているMSigDBホールマーク遺伝子セットにおけるRNA-seq解析結果を示すグラフである。
図３Ｆは、MSigDBホールマーク遺伝子セットにおけるmTORC1シグナリングの濃縮プロットを示すグラフである。
図３Ｇは、MSigDBホールマーク遺伝子セットにおける小胞体ストレス応答の濃縮プロットを示すグラフである。
図４Ａは、CBDCA＋0.1％DMSOで処理したRPMNP細胞とCBDCA＋100nMエベロリムスで処理したRPMNP細胞の生存細胞染色像を示す図である。
図４Ｂは、CBDCA＋0.1％DMSOで処理したRPMNP細胞とCBDCA＋100nMエベロリムス（EVL）で処理したRPMNP細胞の用量反応曲線を示すグラフである。
図４Ｃは、BRCA1/2野生型ヒト卵巣癌細胞株であるSKOV3の用量反応定量を示すグラフである。
図４Ｄは、BRCA1/2野生型ヒト卵巣癌細胞株であるCaov3の用量反応定量を示すグラフである。
図４Ｅは、DMSOで培養したRPMとDMSOで培養したRPMNPのプロテオーム発現比較を示すグラフである。
図４Ｆは、DMSOで培養したRPMとDMSOで培養したRPMNPのプロテオーム発現比較によりRPMNPで上昇を示すタンパク質のうち、mTOR阻害薬の投与により発現が低下を示したタンパク質のドットプロットである。
図４Ｇは、RPM、RPMN、RPMP、およびRPMNP細胞においてp62、S6、およびpS6タンパク質を検出したウェスタンブロッティング像を示す図である。
図４Ｈは、CBDCAで処理したp62ノックアウトRPMNP細胞（RPMNP-p62KO）およびCBDCAで処理したRPMNP細胞の生存細胞染色像を示す図である。
図４Ｉは、CBDCAで処理したp62ノックアウトRPMNP細胞（RPMNP-p62KO）およびCBDCAで処理したRPMNP細胞の用量反応曲線を示すグラフである。
図４Ｊは、p62を過剰発現したRPM細胞（RPM-p62OE）およびコントロールとしてEGFPを過剰発現したRPM細胞（EGFP）をCBDCAで処理した場合の用量反応定量を示すグラフである。
図４Ｋは、溶媒のみ、エベロリムス単独、およびエベロリムスとオートファジー阻害剤であるヒドロキシクロロキンの両方で処理したRPMNP細胞においてp62、LC-3B、およびpS6タンパク質を検出したウェスタンブロッティング像を示す図である。
図５Ａは、化学療法前（PreNAC）と化学療法後（PostNAC）に15組のヒトHGSC臨床サンプルを採取して追跡調査する手順を示す概略図である。
図５Ｂは、BRCA変異型症例の化学療法前（左）と化学療法後（右）の多重免疫蛍光染色を示す図である。
図５Ｃは、BRCA野生型症例の化学療法前（左）と化学療法後（右）の多重免疫蛍光染色を示す図である。
図５Ｄは、腫瘍組織におけるp62の面積あたり蛍光強度の化学療法後増加率を示すグラフである。
図６Ａは、RPM、RPM-p62OE、RPMNP、およびRMNP-p62KO細胞におけるHo-1のRNA発現量を示すグラフである。
図６Ｂは、RPM、RPM-p62OE、RPMNP、およびRMNP-p62KO細胞におけるNqo1のRNA発現量を示すグラフである。
図６Ｃは、溶媒投与下、または1μMエベロリムス投与下のRPMNP細胞におけるHo-1とNqo1のRNA発現量を示すグラフである。
図６Ｄは、Ho-1（bK286B10）RNA発現と卵巣癌患者の予後の全生存期間（OS）を示すカプランマイヤー曲線である。
図６Ｅは、Ho-1（bK286B10）RNA発現と卵巣癌患者の予後の無増悪生存期間（PFS）を示すカプランマイヤー曲線である。
図６Ｆは、NQO1 RNA発現と卵巣癌患者の予後の全生存期間（OS）を示すカプランマイヤー曲線である。
図６Ｇは、NQO1 RNA発現と卵巣癌患者の予後の無増悪生存期間（PFS）を示すカプランマイヤー曲線である。
図７Ａは、TC処理＋0.1％DMSOで処理したRPMNP細胞と、TC処理＋100nMエベロリムスで処理したRPMNP細胞の生存細胞染色像を示す図である。
図７Ｂは、TC処理＋0.1％DMSOで処理したRPMNP細胞と、TC処理＋100nMエベロリムス（EVL）で処理したRPMNP細胞の用量反応曲線を示すグラフである。
図７Ｃは、4群の治療レジメンを示す図である。
図７Ｄは、溶媒のみ、TC、エベロリムス（EVL）、TC＋エベロリムス（EVL）投与下での腫瘍の成長曲線を示すグラフである。
図７Ｅは、難治療性卵巣癌におけるp62バイオマーカー、及びmTOR阻害剤の作用機序を示すモデル図である。
図８Ａは、「PI3K関連シグナル」スコア（PI3Kスコア）スコアの違いによる、BRCA1/2遺伝子変異のない進行卵巣癌患者の予後を示すカプランマイヤー生存曲線である。
図８Ｂは、BRCA1/2変異のない進行卵巣癌患者におけるRASスコアとPI3Kスコアの相関を示す散布図である。
図９Ａは、PAX8抗体およびα-チューブリン抗体で染色したマウス正常卵管上皮の免疫組織化学像を示す図である。
図９Ｂは、casPオルガノイドにおけるTrp53遺伝子座のサンガー配列を示す図である。
図９Ｃは、cas-nFTEオルガノイドと比較したcasPオルガノイドの細胞成分におけるRNA-seq解析結果を示すグラフである。
図９Ｄは、PAX8、α-チューブリン、およびDAPIで染色したnFTEオルガノイドのホールマウント免疫蛍光像を示す図である。
図９Ｅは、MKI67抗体で染色したnFTEオルガノイドとmFTEオルガノイドの代表的な免疫組織化学像を示す図である。
図９Ｆは、RPM、RPMN、RPMP、およびRPMNPオルガノイドのNf1遺伝子とPten遺伝子の変異情報を示す模式図である。
図１０は、RPM細胞と比較したRPMNP細胞における生物学的プロセスオントロジーの遺伝子セットの濃縮を調べるPreranked GSEAによって解析したオートファゴソーム成熟経路の濃縮プロットを示すグラフである。
図１１Ａは、EVL処理によるRPM、RPMN、RPMP、およびRPMNP細胞の用量反応曲線を示すグラフである。
図１１Ｂは、EVLを7日間処理したRPMNP細胞の染色ウェル像を示す図である。
図１１Ｃは、RPM、RPM-p62OE、RPMNP、およびRMNP-p62KO細胞においてp62、およびEGFPタンパク質を検出したウェスタンブロッティング像を示す図である。
図１１Ｄは、CBDCA + PTX（TC）で処理したRMNP-p62KO細胞およびRPMNP細胞の生存細胞染色像を示す図である。
図１１Ｅは、CBDCA + PTX（TC）で処理したRMNP-p62KO細胞およびRPMNP細胞の用量反応曲線を示すグラフである。
図１２Ａは、GSVAを用いて算出された「活性酸素種に対する細胞応答」スコアとBRCA1/2変異のない進行卵巣癌患者の予後を示すカプランマイヤー生存曲線である。
図１２Ｂは、BRCA1/2変異のない進行卵巣癌患者におけるROSスコアとRASスコアとの相関を示す散布図である。
図１２Ｃは、BRCA1/2変異のない進行卵巣癌患者におけるROSスコアとPI3Kスコアとの相関を示す散布図である。
図１２Ｄは、GPX4 RNA発現と卵巣癌患者の予後の全生存期間（OS）を示すカプランマイヤー曲線である。
図１２Ｅは、GPX4 RNA発現と卵巣癌患者の予後の無増悪生存期間（PFS）を示すカプランマイヤー曲線である。
図１２Ｆは、CAT RNA発現と卵巣癌患者の予後の全生存期間（OS）を示すカプランマイヤー曲線である。
図１２Ｇは、CAT RNA発現と卵巣癌患者の予後の無増悪生存期間（PFS）を示すカプランマイヤー曲線である。
【発明を実施するための形態】
（【００１１】以降は省略されています）

関連特許