特許ウォッチ

公開番号2025072432
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-05-09
出願番号2025013834,2023126659
出願日2025-01-30,2018-04-24
発明の名称TCR及びペプチド
出願人オスペダーレサンラファエレエス.アール.エル,フォンダツィオーネセントロサンラファエレ
代理人弁理士法人平木国際特許事務所
主分類C07K 14/725 20060101AFI20250430BHJP(有機化学)
要約【課題】新たなウィルムス腫瘍1タンパク質(WT1)エピトープ、特に一般的なHLA対立遺伝子に拘束されるWT1エピトープ、及びそれが主要組織適合性複合体(MHC)により提示される場合に結合する新たなT細胞受容体(TCR)を提供する。
【解決手段】新たなWT1エピトープと、WT1に対する結合特異性の原因となるCDR領域の特定のアミノ酸配列を含むTCRが提供される。さらに、WT1タンパク質を過剰発現する細胞を特異的に標的とし死滅させることのできる、TCRを発現するT細胞も提供される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
ウィルムス腫瘍1タンパク質（WT1）ペプチドに、それが主要組織適合性複合体（MHC）により提示される場合に結合するT細胞受容体（TCR）であって、以下のTCR：
(i) CGTAWINDYKLSFのアミノ酸配列（配列番号3）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASRKTGGYSNQPQHFのアミノ酸配列（配列番号8）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(ii) CVVNLLSNQGGKLIFのアミノ酸配列（配列番号36）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSQDYLVSNEKLFFのアミノ酸配列（配列番号41）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(iii) CAVRLSGSARQLTFのアミノ酸配列（配列番号14）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSLLGDEQYFのアミノ酸配列（配列番号24）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(iv) CAVRLSGSARQLTFのアミノ酸配列（配列番号14）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSLVALQGAGEQYFのアミノ酸配列（配列番号30）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(v) CAYRSLKYGNKLVFのアミノ酸配列（配列番号19）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSLLGDEQYFのアミノ酸配列（配列番号24）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(vi) CAYRSLKYGNKLVFのアミノ酸配列（配列番号19）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSLVALQGAGEQYFのアミノ酸配列（配列番号30）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(vii) CATDAYSGNTPLVFのアミノ酸配列（配列番号47）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASRAAGLDTEAFFのアミノ酸配列（配列番号57）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(viii) CATDAYSGNTPLVFのアミノ酸配列（配列番号47）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASTQTPYEQYFのアミノ酸配列（配列番号63）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(ix) CATDAYSGNTPLVFのアミノ酸配列（配列番号47）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSTVGGEDYGYTFのアミノ酸配列（配列番号69）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(x) CAVRAEIYNQGGKLIFのアミノ酸配列（配列番号52）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASRAAGLDTEAFFのアミノ酸配列（配列番号57）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xi) CAVRAEIYNQGGKLIFのアミノ酸配列（配列番号52）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASTQTPYEQYFのアミノ酸配列（配列番号63）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xii) CAVRAEIYNQGGKLIFのアミノ酸配列（配列番号52）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSTVGGEDYGYTFのアミノ酸配列（配列番号69）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xiii) CAASMAGAGSYQLTFのアミノ酸配列（配列番号75）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CAISVGQGALYEQYFのアミノ酸配列（配列番号80）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xiv) CAASMAGAGSYQLTFのアミノ酸配列（配列番号75）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSVARDRRNYGYTFのアミノ酸配列（配列番号86）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xv) CAANNARLMFのアミノ酸配列（配列番号92）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSDTRAREQFFのアミノ酸配列（配列番号97）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xvi) CAERLNTDKLIFのアミノ酸配列（配列番号103）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CSARDSVSGNTIYFのアミノ酸配列（配列番号163）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xvii) CAERLNTDKLIFのアミノ酸配列（配列番号103）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CSVGGSGSYNEQFFのアミノ酸配列（配列番号169）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xviii) CAVEATDSWGKLQFのアミノ酸配列（配列番号108）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CSARDSVSGNTIYFのアミノ酸配列（配列番号163）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xix) CAVEATDSWGKLQFのアミノ酸配列（配列番号108）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CSVGGSGSYNEQFFのアミノ酸配列（配列番号169）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xx) CAVRTSYDKVIFのアミノ酸配列（配列番号113）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CSARDSVSGNTIYFのアミノ酸配列（配列番号163）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xxi) CAVRTSYDKVIFのアミノ酸配列（配列番号113）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CSVGGSGSYNEQFFのアミノ酸配列（配列番号169）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xxii) CAVTVGNKLVFのアミノ酸配列（配列番号175）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASRGWREQFFのアミノ酸配列（配列番号180）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xxiii) CAARSYNTDKLIFのアミノ酸配列（配列番号186）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSWGYQETQYFのアミノ酸配列（配列番号196）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xxiv) CAARSYNTDKLIFのアミノ酸配列（配列番号186）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
CASSPTGGEYYGYTFのアミノ酸配列（配列番号202）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3βを含む;
(xxv) CAARSYNTDKLIFのアミノ酸配列（配列番号186）、又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するそのバリアントを含むCDR3α、及び
続きを表示（約 15,000 文字）【請求項２】
以下のCDR配列を含む、請求項1記載のTCR：
(i) CDR1α - KALYS (配列番号1)、
CDR2α - LLKGGEQ (配列番号2)、
CDR3α - CGTAWINDYKLSF (配列番号3)、
CDR1β - SGHDY (配列番号6)、
CDR2β - FNNNVP (配列番号7)、及び
CDR3β - CASRKTGGYSNQPQHF (配列番号8)、
又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアント;
(ii) CDR1α - NSASQS (配列番号34)、
CDR2α - VYSSGN (配列番号35)、
CDR3α - CVVNLLSNQGGKLIF (配列番号36)、
CDR1β - LGHNA (配列番号39)、
CDR2β - YSLEER (配列番号40)、及び
CDR3β - CASSQDYLVSNEKLFF (配列番号41)、
又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアント;
(iii) CDR1α - SSVPPY (配列番号12)、
CDR2α - YTSAATLV (配列番号13)、
CDR3α - CAVRLSGSARQLTF (配列番号14)、
CDR1β - SGHAT (配列番号22)、
CDR2β - FQNNGV (配列番号23)、及び
CDR3β - CASSLLGDEQYF (配列番号24)、
又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアント;
(iv) CDR1α - SSVPPY (配列番号12)、
CDR2α - YTSAATLV (配列番号13)、
CDR3α - CAVRLSGSARQLTF (配列番号14)、
CDR1β - SGHTA (配列番号28)、
CDR2β - FQGNSA (配列番号29)、及び
CDR3β - CASSLVALQGAGEQYF (配列番号30)、
又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアント;
(v) CDR1α - TSESDYY (配列番号17)、
CDR2α - QEAYKQQN (配列番号18)、
CDR3α - CAYRSLKYGNKLVF (配列番号19)、
CDR1β - SGHAT (配列番号22)、
CDR2β - FQNNGV (配列番号23)、及び
CDR3β - CASSLLGDEQYF (配列番号24)、
又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアント;
(vi) CDR1α - TSESDYY (配列番号17)、
CDR2α - QEAYKQQN (配列番号18)、
CDR3α - CAYRSLKYGNKLVF (配列番号19)、
CDR1β - SGHTA (配列番号28)、
CDR2β - FQGNSA (配列番号29)、及び
CDR3β - CASSLVALQGAGEQYF (配列番号30)、
又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアント;
(vii) CDR1α - TSINN (配列番号45)、
CDR2α - IRSNERE (配列番号46)、
CDR3α - CATDAYSGNTPLVF (配列番号47)、
CDR1β - MNHNS (配列番号55)、
CDR2β - SASEGT (配列番号56)、及び
CDR3β - CASRAAGLDTEAFF (配列番号57)、
又は3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアント;
【請求項３】
以下を含む、請求項1又は2記載のTCR：
(i) 配列番号4のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号9のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(ii) 配列番号37のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号42のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(iii) 配列番号15のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号25のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(iv) 配列番号15のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号31のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(v) 配列番号20のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号25のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(vi) 配列番号20のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号31のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(vii) 配列番号48のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号58のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(viii) 配列番号48のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号64のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(ix) 配列番号48のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号70のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(x) 配列番号53のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号58のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xi) 配列番号53のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号64のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xii) 配列番号53のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号70のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xiii) 配列番号76のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号81のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xiv) 配列番号76のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号87のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xv) 配列番号93のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号98のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xvi) 配列番号104のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号164のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xvii) 配列番号104のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号170のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xviii) 配列番号109のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号164のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xix) 配列番号109のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号170のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xx) 配列番号114のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号164のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxi) 配列番号114のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号170のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxii) 配列番号176のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号181のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxiii) 配列番号187のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号197のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxiv) 配列番号187のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号203のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxv) 配列番号187のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号209のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxvi) 配列番号192のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号197のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxvii) 配列番号192のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号203のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン ;
(xxviii) 配列番号192のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号209のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxix) 配列番号215のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号220のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxx) 配列番号93のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号272のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxi) 配列番号267のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号98のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxxii) 配列番号267のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号272のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxiii) 配列番号278のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号164のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxiv) 配列番号278のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号170のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxv) 配列番号278のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号283のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxxvi) 配列番号278のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号289のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxvii) 配列番号104のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号289のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxviii) 配列番号109のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号289のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxix) 配列番号114のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号289のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;
(xxxx) 配列番号104のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号283のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;(xxxxi) 配列番号109のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号283のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン;又は
(xxxxii) 配列番号114のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖可変ドメイン;及び配列番号283のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、β鎖可変ドメイン。
【請求項４】
以下を含む、請求項1～3のいずれか1項記載のTCR:
(i) 配列番号5のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号10、配列番号11、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号10及び11のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(ii) 配列番号38のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号43、配列番号44、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号43及び44のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(iii) 配列番号16のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号26、配列番号27、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号26及び27のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(iv) 配列番号16のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号32、配列番号33、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号32及び33のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(v) 配列番号21のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号26、配列番号27、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号26及び27のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(vi) 配列番号21のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号32、配列番号33、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号32及び33のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(vii) 配列番号49のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号59、配列番号60、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号59及び60のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(viii) 配列番号49のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号65、配列番号66、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号65及び66のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(ix) 配列番号49のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号71、配列番号72、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号71及び72のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(x) 配列番号54のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号59、配列番号60、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号59及び60のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xi) 配列番号54のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号65、配列番号66、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号65及び66のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xii) 配列番号54のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号71、配列番号72、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号71及び72のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xiii) 配列番号77のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号82、配列番号83、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号82及び83のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xiv) 配列番号77のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号88、配列番号89、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号88及び89のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xv) 配列番号94のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号99、配列番号100、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号99及び配列番号100のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xvi) 配列番号105のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号165、配列番号166、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号165及び166のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xvii) 配列番号105のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号171、配列番号172、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号171及び172のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xviii) 配列番号110のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号165、配列番号166、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号165及び166のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xix) 配列番号110のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号171、配列番号172、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号171及び172のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xx) 配列番号160のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号165、配列番号166、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号165及び166のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxi) 配列番号160のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号171、配列番号172、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号171及び172のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxii) 配列番号177のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号182、配列番号183、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号182及び183のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxiii) 配列番号188のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号198、配列番号199、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号198及び199のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxiv) 配列番号188のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号204、配列番号205、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号204及び205のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxv) 配列番号188のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号210、配列番号211、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号210及び211のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxvi) 配列番号193のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号198、配列番号199、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号198及び199のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxvii) 配列番号193のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号204、配列番号205、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号204及び205のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxviii) 配列番号193のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号210、配列番号211、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号210及び211のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;又は
(xxix) 配列番号216のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号221、配列番号222、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号221及び222のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxx) 配列番号94のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号273、配列番号274、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号273及び274のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxi) 配列番号268のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号99、配列番号100、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号99及び100のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxii) 配列番号268のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号273、配列番号274、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号273及び274のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxiii) 配列番号279のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号165、配列番号166、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号165及び166のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxiv) 配列番号279のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号171、配列番号172、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号171及び172のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxv) 配列番号279のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号284、配列番号285、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号284及び285のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxvi) 配列番号279のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号290、配列番号291、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号290及び291のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxvii) 配列番号105のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号290、配列番号291、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号290及び291のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxviii) 配列番号110のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号290、配列番号291、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号290及び291のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxix) 配列番号160のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号290、配列番号291、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号290及び291のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxx) 配列番号105のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号284、配列番号285、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号284及び285のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;
(xxxxi) 配列番号110のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号284、配列番号285、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号284及び285のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖;又は
(xxxxii) 配列番号160のアミノ酸配列、又はそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有するそのバリアントを含む、α鎖;及び配列番号284、配列番号285、及びそれに対し少なくとも75％の配列同一性を有する配列番号284及び285のバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、β鎖。
【請求項５】
ウィルムス腫瘍1タンパク質（WT1）ペプチドに、それが主要組織適合性複合体（MHC）により提示される場合に結合するT細胞受容体（TCR）であって、前記WT1ペプチドが、EPASQHTLRSG（配列番号123）、YESDNHTTPIL（配列番号126）、NHTTPILCGAQYRIH（配列番号127）、QCLSAFTVHFSGQFT（配列番号118）、EDPMGQQGSLGEQQY（配列番号119）、SQLECMTWNQMNLGA（配列番号120）、APVLDFAPPGA（配列番号117）、NQMNLGATLKG（配列番号250）、DPGGIWAKLGAAEAS（配列番号251）、NHTTPILCGAQYRIH（配列番号252）、KRHQRRHTGVKPFQC（配列番号253）、PSCQKKFARSDELVR（配列番号254）、及び3個までのアミノ酸置換、付加若しくは欠失を有するこれらそれぞれのバリアントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、前記TCR。
【請求項６】
MHC I及び／又はMHC IIペプチド複合体に結合する、請求項1～5のいずれか1項記載のTCR。
【請求項７】
ヒト白血球抗原（HLA）対立遺伝子に拘束される、請求項1～6のいずれか1項記載のTCRであって、好ましくは、前記TCRはHLA-A又はHLA-B対立遺伝子に拘束され、より好ましくは、前記TCRはHLA-A
*
0201、HLA-A
*
0101、HLA-A
*
2402及びHLA-A
*
0301からなる群から選択されるHLA-A対立遺伝子に拘束されるか、又は前記TCRはHLA-B
*
0702、HLA-B
*
3501及びHLA-B
*
3502からなる群から選択されるHLA-B対立遺伝子に拘束される、前記TCR。
【請求項８】
以下：
a. HLA-A
*
0201に拘束される、請求項1～4のいずれか1項の(i)、(ii)、(xv)、(xvi)、(xxix)、(xxx)～(xxxiii)、(xxxv)若しくは(xxxx)；
b. HLA-B
*
3502に拘束される、請求項1～4のいずれか1項の(vii)；又は
c. HLA-B
*
3501に拘束される、請求項1～4のいずれか1項の(xiii)～(xiv)のいずれかである、TCR。
【請求項９】
α鎖及びβ鎖がT細胞において発現される際、前記鎖と内在性TCR α及びβ鎖との間のミスペアリング（mispairing）の頻度が低下するように、α鎖／β鎖の接触面（interface）に1個以上の変異を含む、請求項1～8のいずれか1項記載のTCR。
【請求項１０】
前記1個以上の変異は、α鎖及びβ鎖の各々の定常領域ドメインにシステイン残基を導入し、前記システイン残基はα鎖とβ鎖との間にジスルフィド結合を形成することができる、請求項9記載のTCR。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、ウィルムス腫瘍1（Wilms tumour 1）タンパク質（WT1）に由来するペプチドに、それが主要組織適合性複合体により提示される場合に結合するT細胞受容体（TCR）に関する。この関連で、本発明は、WT1ペプチドを特異的に認識する相補性決定領域（CDR）に関する。本発明はさらに、WT1に由来する免疫原性ペプチドに関する。
続きを表示（約 2,200 文字）【背景技術】
【０００２】
T細胞受容体（TCR）遺伝子療法は、Tリンパ球への高アビディティ腫瘍特異的TCR遺伝子の遺伝子導入に基づいており、従って、それにより、所望の腫瘍関連抗原を特異的に標的とすることが可能となり、毒性がより低く、より特異的で効果的な療法がもたらされる。このアプローチは臨床試験で有望であることが示されている。癌の臨床治療のためのTCR遺伝子療法の利用を制限する主な障壁の一つは、腫瘍特異的T細胞及び対応するTCRの欠如である。従って、腫瘍特異的TCRの利用可能性が低いことは、依然として、TCRに基づく免疫療法アプローチの広範な利用を制限する未解決の問題となっている。
【０００３】
腫瘍関連抗原（TAA）の大半は自己抗原であり、従って、このような分子に特異的なT細胞は、中枢性及び末梢性寛容のために破壊又はアネルギー化される。それにも関わらず、健常ドナー及び患者において、特に血液学的悪性腫瘍に罹患した患者において、同種造血幹細胞移植（allo-HSCT）後の天然の腫瘍特異的T細胞が観察され、ここで、腫瘍特異的リンパ球の頻度は疾患の軽減と相関していた（Kapp, M.等 Bone Marrow Transplantation 43,399-410 (2009);及びTyler, E.M.等 Blood 121,308-317 (2013)）。
【０００４】
免疫療法アプローチにより標的とされるべき腫瘍抗原の選択は、依然として議論されている。理想的なTAAは、腫瘍細胞上で高く発現されるが、健常な組織では最小限しか発現されない。
【０００５】
ウィルムス腫瘍1（WT1）は、細胞成長及び分化に重要な役割を果たすジンクフィンガー転写因子をコードする細胞内タンパク質である（Yang, L.等 Leukemia 21, 868-876 (2007)）。WT1は、様々な血液学的腫瘍及び固形腫瘍上で広く発現されるが、種々の健常組織上（例えば生殖腺、子宮、腎臓、中皮、様々な組織における前駆細胞）では限られた発現を示す。白血病誘発及び腫瘍形成におけるWT1の役割が、最近の証拠により示唆される。
【０００６】
いくつかの現在行われている臨床試験は、WT1ペプチドでのワクチン接種後の細胞傷害性Tリンパ球（CTL）反応の生成に依拠する。しかし、WT1は免疫療法に有用であるという認識にも関わらず、限られた数のHLA対立遺伝子に拘束される少数のWT1エピトープしか、現在ワクチン接種の目的に使用されていない（Di Stasi, A.等 Front. Immunol. (2015)）。1つのこのようなエピトープは、HLA-A
*
0201対立遺伝子によりコードされるMHCにより提示されるWT1 126-134エピトープ（RMFPNAPYL；配列番号255）である（即ち、当該エピトープはHLA-A
*
0201拘束性である）。
【０００７】
HLA-A
*
0201ハプロタイプを有する主要組織適合性複合体（MHC）は白人集団の大半（60％）において発現されるため、HLA-A
*
0201拘束性エピトープ及び対応するTCRは関心の対象である。従って、HLA-A
*
0201拘束性WT1エピトープを標的とするTCRは、このようなTCRを使用する免疫療法は広く適用され得るため、特に有利である。
【０００８】
WT1 126-134エピトープは、単独で、又は追加の腫瘍抗原と組み合わせて、いくつかの試験において広く研究されている。しかし、最近の報告により、免疫療法のための用途を害し得るこの特定のエピトープのプロセシングに関する大きな懸念が浮き彫りとなった。注目すべきことに、WT1 126-134エピトープは、標準的なプロテアソームに比べ、免疫プロテアソームによって、より効率的にプロセシングされ（Jaigirdar, A.等 J Immunother. 39(3):105-16 (2016)）、それにより、WT1を内因的に発現する多くのHLA-A
*
0201腫瘍細胞株又は初代白血病細胞の認識が悪くなる。
【０００９】
従って、新たなWT1エピトープ、特に広く見られるHLAハプロタイプ（例えば、HLA-A
*
0201）を有するMHCにより提示されるWT1エピトープが、依然として必要とされている。
【００１０】
特定されている1つの天然にプロセシングされるHLA-A
*
0201拘束性エピトープは、WT1 37-45であり、それはアミノ酸配列VLDFAPPGAを有する（配列番号157、例えば、Smithgall等 2001; Blood 98 (11 Part 1): 121aを参照）。しかし、このペプチド配列に特異的な、TCRアミノ酸配列、特にCDR配列はほとんど報告されていない（Schmitt, T.M.等 (2017) Nat Biotechnol 35: 1188-1195）。
（【００１１】以降は省略されています）

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