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公開番号2025032205
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-03-11
出願番号2024211835,2021566070
出願日2024-12-04,2020-05-06
発明の名称前立腺がんおよびリンパ腫の染色体コンフォメーションマーカー
出願人オックスフォードバイオダイナミックスピーエルシー
代理人弁理士法人朝日奈特許事務所
主分類C12Q 1/6886 20180101AFI20250304BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】前立腺がんまたはDLBCLの予後に関連する染色体の領域および相互作用を分析するためのプロセスを提供する。
【解決手段】前立腺がんの予後または診断を特定するプロセスであって、前記予後を特定するために染色体相互作用、または前記診断を特定するために染色体相互作用の個体における存在または不存在を検出することによるプロセスであり、前記染色体相互作用の存在または不存在が、(i)染色体相互作用で一緒になった前記個体の染色体領域を架橋する工程と、(ii)前記架橋された領域を切断にさらす工程と、(iii)前記架橋され切断されたDNA末端をライゲートして、ライゲートされた核酸を形成する工程と、(iv)各染色体相互作用に対応するライゲートされた核酸の存在または不存在を検出する工程と、を含む方法により検出されるプロセス。
【選択図】図5
特許請求の範囲【請求項１】
前立腺がんの予後または診断を特定するプロセスであって、
前記予後を特定するために染色体相互作用（ａ）～（ｆ）のすべての、または
前記診断を特定するために染色体相互作用（ｇ）～（ｋ）のすべての
個体における存在または不存在を検出することによるプロセスであり、
前記染色体相互作用の存在または不存在が、
（ｉ）染色体相互作用で一緒になった前記個体の染色体領域を架橋する工程と、
（ii）前記架橋された領域を切断にさらす工程と、
（iii）前記架橋され切断されたＤＮＡ末端をライゲートして、ライゲートされた核酸を形成する工程と、
（iv）各染色体相互作用に対応するライゲートされた核酸の存在または不存在を検出する工程
を含む方法により検出され；
前記予後では、前記個体は、クラス１の低リスク、緩慢性前立腺がん、またはクラス３の高リスク、侵攻性前立腺がんに分類され、かつ前記染色体相互作用が、
（ａ）位置番号７７３３４６５～７７３３４９６の領域と位置番号７８０６２８６～７８０６３１６の領域との間のＢＭＰ６遺伝子の第六染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｂ）位置番号１０７９６０１３５～１０７９６０１６６の領域と位置番号１０８０１８３３７～１０８０１８３６７の領域との間のＡＣＡＴ１遺伝子の第十一染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｃ）位置番号３９８９５６７８～３９８９５７０８の領域と位置番号３９９９１８７５～３９９９１９０５の領域との間のＥＲＧ遺伝子の第二十一染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｄ）位置番号１６２０３２８４～１６２０３３１５の領域と位置番号１６４００３６８～１６４００３９８の領域との間のＭＳＲ１遺伝子の第八染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｅ）位置番号１５５１４９９５５～１５５１４９９８６の領域と位置番号１５５１９１８０７～１５５１９１８３７の領域との間のＭＵＣ１遺伝子の第一染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｆ）位置番号９００７３５８６～９００７３６１７の領域と位置番号９０１４０８０６～９０１４０８３６の領域との間のＤＡＰＫ１遺伝子の第九染色体上に形成される染色体相互作用であり；
そして
前記診断では、前立腺がんの存在または不存在が特定され、かつ前記染色体相互作用が、
（ｇ）位置番号１２８４１９８４３～１２８４１９８７３の領域と位置番号１２８４８１２６２～１２８４８１２９２の領域との間のＥＴＳ１遺伝子の第十一染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｈ）位置番号１６０８０５７４８～１６０８０５７７８の領域と位置番号１６０８３９０１８～１６０８３９０４８の領域との間のＳＬＣ２２Ａ３遺伝子の第六染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｉ）位置番号１６０８０５７４８～１６０８０５７７８の領域と位置番号１６０８８４０９９～１６０８８４１２９の領域との間のＳＬＣ２２Ａ３遺伝子の第六染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｊ）位置番号４３３６４２５１～４３３６４２８２の領域と位置番号４３４０９９６１～４３４０９９９１の領域との間のＭＡＰ３Ｋ１４遺伝子の第十七染色体上に形成される染色体相互作用、および
（ｋ）位置番号１４２９４７１３８～１４２９４７１６９の領域と位置番号１４２９６３９７３～１４２９６４００３の領域との間のＣＡＳＰ２遺伝子の第七染色体上に形成される染色体相互作用である、
プロセス。
続きを表示（約 320 文字）【請求項２】
前記染色体相互作用の存在または不存在の検出が、前記ライゲートされた核酸を増幅することができるプライマーおよびＰＣＲ反応中にライゲートされた部位に結合するプローブを使用する定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）による前記ライゲートされた核酸の特異的検出を含む、請求項１記載のプロセス。
【請求項３】
フルオロフォアが前記プローブの５’末端に共有結合している請求項２記載のプロセス。
【請求項４】
消光剤が前記プローブの３’末端に共有結合している請求項２記載のプロセス。
【請求項５】
前記プローブが、１０から４０のヌクレオチド塩基の長さの核酸配列を含む、請求項２記載のプロセス。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は疾患プロセスに関する。
続きを表示（約 4,800 文字）【背景技術】
【０００２】
がんの疾患プロセスの規制および原因となる側面は複雑であり、利用可能なＤＮＡおよびタンパク質の分類方法を使用して容易に解明することはできない。
【０００３】
びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）は、抗体産生に関与する白血球の一種であるＢ細胞のがんである。これは成人の間で最も一般的なタイプの非ホジキンリンパ腫であり、米国および英国では年間１０万人当たり７～８例の発症率がある。しかし、疾患プロセスの帰結についての理解は不十分である。
【０００４】
前立腺がんは、前立腺の細胞の異常で制御されていない成長によって引き起こされる。前立腺がんの生存率は１０年ごとに改善しているが、当該疾患は依然として大部分が不治であると考えられている。米国がん協会（American Cancer Society）によると、前立腺がんのすべてのステージを合わせて、１年の相対生存率は２０％であり、５年の相対生存率は７％である。
【発明の概要】
【０００５】
本発明者らは、前立腺がん、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）およびリンパ腫の染色体コンフォメーションシグネチャによって定義される患者のサブグループを特定している。
【０００６】
本発明によれば、集団内のサブグループを表す染色体状態を検出するためのプロセスが提供され、当該プロセスは、その染色体状態に関連する染色体相互作用がゲノムの定義された領域内に存在するか否かを判定する工程を含み；かつ
－上記染色体相互作用は、随意に、どの染色体相互作用が集団のサブグループに対応する染色体状態に関連するかを判定する方法によって特定されており、当該方法は、染色体の異なる状態を有するサブグループ由来の核酸の第１のセットをインデックス核酸の第２のセットと接触させる工程、および相補的配列のハイブリダイズを可能にする工程を含み、核酸の第１および第２のセットにおける核酸は、染色体相互作用で一緒になった両方の染色体領域由来の配列を含むライゲートされた産物を表し、核酸の第１のセットと第２のセットとの間のハイブリダイゼーションのパターンにより、どの染色体相互作用がサブグループに特異的であるかの判定が可能になり；および
－サブグループは前立腺がんの予後に関連し、染色体相互作用は、
（ｉ）表６に挙げられる領域または遺伝子のいずれかに存在する、および／または
（ii）表６に示される任意のプローブによって表される染色体相互作用のいずれかに対応する、および／または
（iii）（ｉ）または（ii）を含むまたは（ｉ）または（ii）に隣接する４，０００塩基領域に存在する；
または、
－サブグループはＤＬＢＣＬの予後に関連し、染色体相互作用は、
ａ）表５に挙げられる領域または遺伝子のいずれかに存在する、および／または
ｂ）表５に示される任意のプローブによって表される染色体相互作用のいずれかに対応する、および／または
ｃ）（ａ）または（ｂ）を含むまたは（ａ）または（ｂ）に隣接する４，０００塩基領域に存在する；
または、
－サブグループはリンパ腫の予後に関連し、染色体相互作用は、
（iv）表８に挙げられる領域または遺伝子のいずれかに存在する、および／または
（ｖ）表８に示される染色体相互作用のいずれかに対応する、および／または
（vi）（iv）または（ｖ）を含むまたは（iv）または（ｖ）に隣接する４，０００塩基領域に存在する。
【図面の簡単な説明】
【０００７】
前立腺がんの研究の主成分分析（ＰＣＡ）を示す。
２つのＰＣＡ予後分類子のＶＥＮＮ比較を示す。
ＤＬＢＣＬのＰＣＡ分析を示す。
ＤＬＢＣＬの７つのＢＴＫマーカー（ＯＢＤＲＤ０５１）に関するＰＣＡを示す。
染色体相互作用の分類がどのように実行され得るかの例を示す。
本発明の方法で使用することができるイヌリンパ腫研究からのマーカーを示す。図６はマーカー減少を示している。３８個のサンプルの７０％が、トレーニングセット（２８）として使用され、マーカー選択に使用された。残りの１０個は試験セットとして使用された。複数のトレーニングおよび試験のセットが使用された。単変量解析、フィッシャーの直接確率検定（列ＤおよびＥの結果）、および多変量分析ペナルティ付きロジスティックモデリング（ＧＬＭＮＥＴ、列ＢおよびＣの結果）。マーカー２～１８はリンパ腫マーカーであり、１９～２３は対照である。リンパ腫に存在するすべてのループである上位１１が分類のために選択された。
ヒト遺伝子に対するイヌマーカーを示す。表は、最も近いマッピングゲノム領域を有するヒトゲノム（Ｈｇ３８）にマッピングされた上位１１のイヌマーカーを示している。隣接するネットワークは、１１個のマーカー（暗色）、明るい色のノードおよびＮＣＩデータベースを使用したリンカータンパク質を使用して構築されている。
ヒト遺伝子に対するイヌマーカーを示す。前と同様であるが、ネットワークに対する経路エンリッチメントを伴う。１１個のイヌマッピング遺伝子座のみがエンリッチメントに使用され、ライゲートされたモードはエンリッチメントから省略された。明るい色のノードは、ＫＥＧＧＣＭＬ経路に属している。
トレーニングセット１および試験セット１のＸＧＢｏｏｓｔ１１マークモデルを示す。
トレーニングセット２および試験セット２のＸＧＢｏｏｓｔ１１マークモデルを示す。
トレーニングセット３および試験セット３のＸＧＢｏｏｓｔ１１マークモデルを示す。
トレーニングセット１のロジスティックＰＣＡを示す。
トレーニングセット１および試験セット１のロジスティックＰＣＡを示す。ロジスティックＰＣＡモデルは、試験セット１（三角形）を予測するために使用された。より暗色の三角形は試験セット由来のリンパ腫（ラベル付き）であり、より明るい色の三角形は試験セット由来の対照である。トレーニングのリンパ腫サンプルはより暗色のものであり、対照はより明るい色のものである。
トレーニングセット１および試験セット１のＲＯＣおよびＡＵＣを示す。
ＮＦＫＢ１での患者のＰＦＳＥｐｉＳｗｉｔｃｈ（商標）の呼び出しおよびループダイナミックを示す。ＥｐｉＳｗｉｔｃｈ（商標）１０マーカーヒトモデルを使用するＡＢＣまたはＧＣＢと呼び出しされた１１８人の患者、この呼び出しおよびループのダイナミクスを使用するＰＦＳモデリング、ループを有するＧＣＢは死亡せず、これは、ヒトモデルが疾患予後に好適にはたらくことを示している。
ＮＦＡＴＣ１での１１８人の患者のＰＦＳＥｐｉＳｗｉｔｃｈ（商標）の呼び出しおよびループダイナミックを示す。以前と同様であるが、ＮＦＡＴＣ１に関して、再び、これは、マーカーを１０のヒトマーカーの１つとして使用する予後のヒトモデルが分類に非常に良好であることを示している。
前立腺がん（ＰＣａ）の診断および予後のバイオマーカーを同定、評価、および検証するための３段階のアプローチを示す。
２つの群を含む７８のサンプルに適用された５つのマーカーに対するＰＣＡを示す。第１の群は、４９個の既知のサンプル（２４個のＰＣａおよび２５個の健常対照（Ｃｎｔｒｌ））であり、２４個のＰＣａサンプルおよび５個の健常Ｃｎｔｒｌサンプルを含む２９個のサンプルの第２の群と組み合わされる。
分類子を開発するためのワークフローを示す。
分類子に関連する遺伝子群を示す。
ＥｐｉＳｗｉｔｃｈＤＬＢＣＬ－ＣＣＳおよびＦｌｕｉｄｉｇｍサブタイプ呼び出しの重なりと発見（Discovery）コホートに適用した場合のＲＯＣ曲線を示す。Ａ．既知のサブタイプのサンプルに対してＥｐｉＳｗｉｔｃｈＤＬＢＣＬ－ＣＣＳおよびＦｌｕｉｄｉｇｍのアッセイによって行われたサブタイプ呼び出し。６０個のサンプルのうち６０個が、両方のアッセイによって同定して呼び出しされた。Ｂ．発見コホートに適用された場合のＤＬＢＣＬ－ＣＣＳに対する受信者動作曲線（ＲＯＣ）。Ｃ．ＤＬＢＣＬ－ＣＣＳによってＡＢＣまたはＧＣＢと呼び出しされたサンプルの（無増悪生存による）カプラン・マイヤー法。ＡＢＣと呼び出しされたサンプルは、ＧＣＢと呼び出しされたサンプルよりも著しく乏しい長期生存を示した。
ＥｐｉＳｗｉｔｃｈおよびＦｌｕｉｄｉｇｍのアッセイによるタイプＩＩＩサンプルにおけるＤＬＢＣＬサブタイプの割り当てを示す。
長期生存でのＥｐｉＳｗｉｔｃｈおよびＦｌｕｉｄｉｇｍを使用したタイプＩＩＩサンプルにおけるベースラインＤＬＢＣＬサブタイプ呼び出しの比較を示す。ＡＢＣ、ＧＣＢによって分類された、またはＦｌｕｉｄｉｇｍアッセイ（Ａ）もしくはＥｐｉＳｗｉｔｃｈＤＬＢＣＬ－ＣＣＳ（Ｂ）によって未分類の５８人のＤＬＢＣＬ患者のカプラン・マイヤー生存曲線。Ｆｌｕｉｄｉｇｍは、１５個のサンプルをＡＢＣに、２２個をＧＣＢに、および２１個をＵＮＣに分類した。ＥｐｉＳｗｉｔｃｈは、３４個をＡＢＣに、および２４個をＧＣＢとして分類した。
検証（Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ）コホートにおけるＥｐｉＳｗｉｔｃｈおよびＦｌｕｉｄｉｇｍの分類による平均生存期間を示す。
ＤＬＢＣＬサブタイプの可能性のある初期評価を示す。
発見コホートにおけるＥｐｉＳｗｉｔｃｈによるベースラインＡＢＣ／ＧＣＢサブタイプ呼び出しでのＤＬＢＣＬ患者のＰＣＡを示す。
【発明を実施するための形態】
【０００８】
発明の態様
本発明は、前立腺がんの予後の判定、特に前立腺がんが侵攻性であるか緩慢性であるかの判定に関する。この判定は、本明細書、例えば表６に開示される関連マーカーのいずれか、またはマーカーの好ましい組み合わせ、または本明細書に開示される定義された特異的な領域のマーカーを分類することによって行われる。したがって、本発明は、前立腺がんを有する患者を分類して、前立腺がんが侵攻性であるか緩慢性であるかを特定する方法に関する。
【０００９】
本発明はまた、ＤＬＢＣＬにおける予後の判定、特に予後が生存に関して良好であるか不良であるかの判定に関する。この判定は、本明細書、例えば表５に開示される関連マーカーのいずれか、またはマーカーの好ましい組み合わせ、または本明細書に開示される定義された特異的な領域のマーカーを分類することによって行われる。したがって、本発明は、ＤＬＢＣＬを有する患者を分類して、患者が生存に関して良好または不良の予後を有するかどうかを特定する、例えば、疾患の予想される発症率および／または死亡までの時間を判定する方法に関する。
【００１０】
本質的に、本発明の方法において、前立腺がんまたはＤＬＢＣＬの亜集団はマーカーの分類によって特定される。したがって、本発明は、例えば、これらの疾病における予後に関連するエピジェネティックマーカーのパネルに関する。本発明は、それゆえ、患者のニーズを正確に反映する個別化された治療を患者に施すことを可能にする。
（【００１１】以降は省略されています）

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