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公開番号2025014878
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-30
出願番号2023117806
出願日2023-07-19
発明の名称予測方法、予測システム及び予測プログラム、並びに新規ペプチド及びジペプチジルペプチダーゼ-IV阻害用組成物
出願人森永乳業株式会社
代理人弁理士法人秀和特許事務所
主分類C12Q 1/37 20060101AFI20250123BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】所定の生理活性を有するペプチドを同定するために要する工数を低減させる。
【解決手段】予測方法は、ペプチドの物性値と当該ペプチドの生理活性に関する評価指標との組合せを、学習対象の複数のペプチドについて読み出すことと、物性値と評価指標との関係を機械学習して予測モデルを作成することと、作成された予測モデルと、予測対象のペプチドの物性値とを用いて、予測対象のペプチドの生理活性に関する評価指標を予測することとを、1以上のコンピュータが実行する。また、ペプチドの物性値は、当該ペプチドを構成する各残基の等電点、疎水性度、分子量、極性及び芳香環の有無の少なくとも何れかである。
【選択図】図2
特許請求の範囲【請求項１】
ペプチドの物性値と当該ペプチドの生理活性に関する評価指標との組合せを、学習対象の複数のペプチドについて読み出すことと、
前記物性値と前記評価指標との関係を機械学習して予測モデルを作成することと、
作成された前記予測モデルと、予測対象のペプチドの物性値とを用いて、前記予測対象のペプチドの生理活性に関する評価指標を予測することと、
を、１以上のコンピュータが実行する予測方法であって、
前記ペプチドの物性値は、当該ペプチドを構成する各残基の等電点、疎水性度、分子量、極性及び芳香環の有無の少なくとも何れかである
予測方法。
続きを表示（約 630 文字）【請求項２】
前記予測モデルは、ＳＶＲ（Support Vector Regression）を含む１以上のモデルであ
る
請求項１に記載の予測方法。
【請求項３】
前記予測モデルは、線形モデルをさらに含む、
請求項２に記載の予測方法。
【請求項４】
前記生理活性は、疾患等の予防、治療、改善に関する因子に対する活性である
請求項１に記載の予測方法。
【請求項５】
前記生理活性は、ジペプチジルペプチダーゼ－ＩＶ（ＤＰＰ－ＩＶ）阻害活性である
請求項１に記載の予測方法。
【請求項６】
前記ペプチドの物性値は、当該ペプチドを構成する各残基の等電点及び疎水性度を含む
請求項１に記載の予測方法。
【請求項７】
前記ペプチドは、トリペプチドである
請求項１に記載の予測方法。
【請求項８】
前記学習対象の複数のペプチドは、アミノ酸配列に２０種類のアミノ酸をすべて含む
請求項１に記載の予測方法。
【請求項９】
請求項１から８の何れか一項に記載された予測方法を実行する、１以上のコンピュータを備える予測システム。
【請求項１０】
請求項１から８の何れか一項に記載された予測方法を、１以上のコンピュータに実行させるための予測プログラム。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本技術は、予測方法、予測システム及び予測プログラム、並びに新規ペプチド、及びジペプチジルペプチダーゼ－ＩＶ阻害活性を有するペプチドに関する。
続きを表示（約 2,000 文字）【背景技術】
【０００２】
従来、天然の内因性又は外因性細胞プロセシング、輸送及び主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）提示と正の関連性がある特徴量を含むペプチドを同定する方法が提案されていた（例えば、特許文献１）。また、１２０の物理化学的特性を特徴量としてロジスティック回帰を行い、ＦＦＡＲアゴニスト活性の高いものを予測する方法も提案されている（例えば、非特許文献１）。
【０００３】
また、ジペプチジルペプチダーゼ－ＩＶ（di-peptidyl peptidase-IV：以下、「ＤＰＰ－ＩＶ」ともいう）は、Ｎ末端ジペプチダーゼ活性を有する多機能性の貫通膜型糖タンパク質である。ＤＰＰ－ＩＶは、大部分の哺乳類の、肝臓、腎臓、小腸、唾液腺、血液細胞及び血漿等の種々の組織の細胞上に存在する。
ＤＰＰ－ＩＶは生体内での様々な役割が果たすことが想定されており、その１つとしてインクレチンであるグルカゴン様ペプチド１（Glucagon-like peptide-1：以下、「ＧＬ
Ｐ－１」という）及びグルコース依存性インスリン分泌刺激ポリペプチド（Glucose-dependent insulinotropic polypeptide：以下、「ＧＩＰ」という）の分解酵素であることが知られている。
【０００４】
ＧＬＰ－１は、食後に放出されるものであり、インスリンの生合成及び分泌に対するグルコース誘導性の刺激、グルカゴン分泌抑制、遺伝子発現の調整、β細胞に対する栄養性の効果、食物摂取の抑制、及び胃内容排出の緩徐化をはじめとする、多面的な作用を有する。ＧＩＰもまた、食後に放出され、血糖濃度依存的に膵臓からのインスリン分泌を促進する作用を有する。
ＤＰＰ－ＩＶを阻害すると、ＧＬＰ－１及びＧＩＰの分解が抑制され、血中のこれらインクレチン濃度が上昇する。その結果、インスリン分泌が促進され、血糖値を低下させることが知られている。このインクレチンによるインスリン分泌促進の作動条件は血糖値が高いことであるため、２型糖尿病の中でもインスリン分泌低下による糖尿病において、ＤＰＰ－ＩＶを阻害することは、従前のインスリン分泌促進剤で生じる低血糖の副作用が生じにくいと考えられる。
【０００５】
このように、ＤＰＰ－ＩＶ活性を阻害する作用を有するＤＰＰ－ＩＶ阻害剤は、新しいタイプの糖尿病治療薬の有効成分として期待されており、すでに複数の医薬が上市されている。また、さらなるＤＰＰ－ＩＶ阻害剤となり得る成分の探索も、引き続き行われている（特許文献２等）。
【０００６】
また、糖尿病治療においては食餌療法と運動療法が第一選択であり、それでも血糖値コントロールが不十分な場合に糖尿病治療薬を用いるのが通常である。かかる状況においては、ＤＰＰ－ＩＶ阻害活性剤をサプリメントや食品添加物等の形態で食餌により摂取することの需要がある。
そこで、ＤＰＰ－ＩＶ阻害活性を有し、さらに飲食品として適用し得る成分の探索も種々行われている。例えば、乳タンパク質由来のオリゴペプチドのいくつかについてＤＰＰ－ＩＶ阻害活性が見出されている（特許文献３～６）。特に、カゼイン由来のトリペプチドについてもＤＰＰ－ＩＶ阻害活性が確認されている（特許文献７～９）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
国際公開第２０１７／１８６９５９号
特表２００８－５２７０１１号公報
米国特許出願公開第２００９／００７５９０４号明細書
特許６０２６７２０号
特許４９１５８３３号
国際公開２００６／０６８４８０号
特許１４５３２７０号
特許５８３２０４９号
国際公開２０２２／１８６２９０号
【非特許文献】
【０００８】
Keitaro Yoshioka et al., Biochemical and Biophysical Research Communications, 2021, Volume 550, p.177-183
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
所望の生理活性を有するペプチドを同定するために、様々なアミノ酸配列を有するペプチドの各々に対してそれぞれ活性の程度を測定するようなスクリーニングを行う場合、一般的に多くの工数がかかる。一側面において、本発明は、所定の生理活性を有するペプチドを同定するために要する工数を低減させることを課題とする。
【００１０】
他の側面において、本発明は、優れたＤＰＰ－ＩＶ阻害活性を有するペプチドを提供することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
（【００１１】以降は省略されています）

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