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公開番号2024166293
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-11-28
出願番号2024154767,2021212137
出願日2024-09-09,2017-03-03
発明の名称微生物共同体およびその使用
出願人ザリージェンツオブザユニバーシティオブカリフォルニア,The Regents of the University of California
代理人個人,個人
主分類A61K 35/747 20150101AFI20241121BHJP(医学または獣医学;衛生学)
要約【課題】微生物組成物およびそれを使用する方法を提供すること。
【解決手段】提供される微生物組成物は、とりわけ、治療有効量のLactobacillus johnsonii、Faecalibacterium prausnitzii、Akkermansia muciniphila、Myxococcus xanthusおよびPediococcus pentosaceusを含み、炎症性疾患を処置および防止する方法に特に有用である。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
本明細書および図面に記載の物、方法またはシステム。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願との相互参照
本出願は、２０１６年３月４日に出願された米国仮特許出願第６２／３０４，０８７号に対する優先権の利益を主張し、その全体が全ての目的のために本明細書に援用される。
連邦政府による資金提供を受けた研究開発の下でなされた発明に対する権利に関する記載
続きを表示（約 7,200 文字）【０００２】
本発明は、ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｏｆＨｅａｌｔｈから付与された助成金番号第Ｒ２１ＡＴ００４７３２号、同第Ｐ０１ＡＩ０８９４７３号、および同第ＨＬ０８００７４号の下で政府の支援を受けてなされた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
配列表の参照による組込み
【０００３】
２０１７年３月３日に作成され、サイズが１０７，５３６バイトである「４８５３６－５７５００１ＷＯ＿ＳｅｑｕｅｎｃｅＬｉｓｔｉｎｇ．ＴＸＴ」という名称のテキストファイルの内容はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００４】
最近の試験から、ヒト腸に存在する微生物群集が宿主免疫応答の発生および調節において重要な役割を果たすという証拠が提供されている。例えば、特定のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種が存在することにより特異的なＴ細胞レパートリーが誘導されることが示されている［Ａｔａｒａｓｈｉら（２０１１年）ＩｎｄｕｃｔｉｏｎｏｆｃｏｌｏｎｉｃｒｅｇｕｌａｔｏｒｙＴｃｅｌｌｓｂｙｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐｅｃｉｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ３３１巻（６０１５号）：３３７～３４１頁］。腸マイクロバイオームは複雑であるにもかかわらず、特定の細菌種の存在または非存在により、適応免疫環境が劇的に変化し得る。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
Ａｔａｒａｓｈｉら（２０１１年）ＩｎｄｕｃｔｉｏｎｏｆｃｏｌｏｎｉｃｒｅｇｕｌａｔｏｒｙＴｃｅｌｌｓｂｙｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐｅｃｉｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ３３１巻（６０１５号）：３３７～３４１頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本明細書では、ディスバイオシス、感染、および炎症性疾患の処置に驚くほど有用である、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｘａｎｔｈｕｓ、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む新規の方法および微生物組成物が提供される。
ある態様は、１、２、３、４、５、６、７または８種類（あるいは少なくとも１、２、３、４、５、６、７または８種類）の細菌種を含む、本質的にからなる、またはからなる細菌集団を含む方法および組成物を提供する。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒｓｐ．、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐ．のうちの任意の１、２、３、４、５、６、７または８種類を含む、本質的にからなる、またはからなる。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ
ｓｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．およびＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ
ｘａｎｔｈｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．およびＣｙｓｔｏｂａｃｔｅｒｆｕｓｃｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐａｒｖｕｌｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓａｅｃｕｌａｒｅ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｕｂｔｉｌｅを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈｉｒａｎｏｎｉｓを含む。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ
ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ
ｇａｒｖｉｅａｅまたはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔｉｓである。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉである。複数の実施形態では、細菌集団は、以下：Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ
ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ
ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｇａｒｖｉｅａｅ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｘａｎｔｈｕｓ、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒｆｕｓｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｄａｍｎｏｓｕｓ、ＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐａｒｖｕｌｕｓの任意の組合せのうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０、あるいは１～５、１～１０、１～５または１～２０を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。
【０００７】
ある態様では、単離された細菌を投与するための方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ
ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【０００８】
ある態様では、細菌補給の方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【０００９】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症を処置または防止する方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ
ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１０】
ある態様では、微生物組成物が提供される。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｓｐを含む。複数の実施形態では、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓｘａｎｔｈｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓおよび腸への投与に適している生物学的担体を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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