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公開番号2024056730
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-04-23
出願番号2024008864,2020573233
出願日2024-01-24,2019-09-17
発明の名称ケトヘキソキナーゼ(KHK)iRNA組成物およびその使用方法
出願人アルナイラムファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド,ALNYLAM PHARMACEUTICALS, INC.
代理人個人,個人,個人,個人
主分類C12N 15/113 20100101AFI20240416BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】ケトヘキソキナーゼ(KHK)遺伝子を標的とするRNAi剤を提供する。
【解決手段】ケトヘキソキナーゼ(KHK)遺伝子の発現を阻害するための二本鎖リボ核酸(dsRNA)剤であって、該dsRNA剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含んでおり、センス鎖は、特定の配列を有するヌクレオチド配列と3つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも15個の連続するヌクレオチドを含み、アンチセンス鎖は、特定の配列を有するヌクレオチド配列と3つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも15個の連続するヌクレオチドを含む、二本鎖リボ核酸(dsRNA)剤を提供する。本発明は、対象におけるKHK遺伝子発現を阻害するためのRNAi剤を使用する方法およびKHK関連疾患の治療方法または予防方法も提供する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
ケトヘキソキナーゼ(ＫＨＫ)遺伝子の発現を阻害するための二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤であって、該ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含んでおり、該センス鎖は、配列番号：１のヌクレオチド８９～１０７、１７６～１９４、２６４～２８２、４７４～４９２、５０８～５２６、５２９～５４７、５６２～５８０、６１６～６４６、６８２～７００、７０５～７２３、７０５～７５７、７０５～７９９、７３９～７５７、７３９～７９９、７６０～７９９、８０４～８２２、８３７～８５５、８９２～９１０、９５９～９７７、９９２～１０１０、９２２～１０４１、１０１３～１０４１、１０６９～１１０８、１１６９～１１４０、１１１１～１１４０、１１５５～１１９６、１２２１～１２６１、１２６７～１２９４または１３２０～１３５０のいずれか１つのヌクレオチド配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、該アンチセンス鎖は、配列番号：２のヌクレオチド配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤。
続きを表示（約 2,100 文字）【請求項２】
ケトヘキソキナーゼ(ＫＨＫ)遺伝子の発現を阻害するための二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤であって、該ｄｓＲＮＡは、センス鎖およびアンチセンス鎖を含んでおり、該アンチセンス鎖は、表３または５に列挙したアンチセンス配列のいずれか１つと３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む相補性領域を含む、二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤。
【請求項３】
アンチセンス鎖が、ＡＤ－７２５０６、ＡＤ－７２３１９、ＡＤ－７２５０２、ＡＤ－７２５１３、ＡＤ－７２４９９、ＡＤ－７２３０３、ＡＤ－７２５００、ＡＤ－７２５２２、ＡＤ－７２５１２、ＡＤ－７２３０４、ＡＤ－７２５１４、ＡＤ－７２２５７、ＡＤ－７２２９５、ＡＤ－７２３３２、ＡＤ－７２５０７、ＡＤ－７２３１１、ＡＤ－７２５０１、ＡＤ－７２５０８、ＡＤ－７２２９３、ＡＤ－７２３２２、ＡＤ－７２２６４、ＡＤ－７２２９０、ＡＤ－７２３３８、ＡＤ－７２３１５、ＡＤ－７２２７２、ＡＤ－７２３３７、ＡＤ－７２２９８、ＡＤ－７２５０３、ＡＤ－７２３２７、ＡＤ－７２５２１、ＡＤ－７２３０９、ＡＤ－７２３１３、ＡＤ－７２５１７、ＡＤ－７２３１６、ＡＤ－７２３３５またはＡＤ－７２３１７からなる群から選択されるいずれか１つの二本鎖アンチセンス配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項２記載のｄｓＲＮＡ剤。
【請求項４】
センスおよびアンチセンス鎖が、表３または５の配列のいずれかから選択される配列を含む、請求項１～３いずれか一項記載のｄｓＲＮＡ剤。
【請求項５】
ｄｓＲＮＡが、少なくとも１つの修飾ヌクレオチドを含む、請求項１～４いずれか一項記載のｄｓＲＮＡ剤。
【請求項６】
センス鎖の全てのヌクレオチドおよびアンチセンス鎖の全てのヌクレオチドが、修飾を含む、請求項１～４いずれか一項記載のｄｓＲＮＡ剤。
【請求項７】
ケトヘキソキナーゼ(ＫＨＫ)遺伝子の発現を阻害するための二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤であって、該ｄｓＲＮＡ剤が、二本鎖領域を形成するセンス鎖およびアンチセンス鎖を含んでおり、
該センス鎖は、配列番号：１のヌクレオチド８９～１０７、１７６～１９４、２６４～２８２、４７４～４９２、５０８～５２６、５２９～５４７、５６２～５８０、６１６～６４６、６８２～７００、７０５～７２３、７０５～７５７、７０５～７９９、７３９～７５７、７３９～７９９、７６０～７９９、８０４～８２２、８３７～８５５、８９２～９１０、９５９～９７７、９９２～１０１０、９２２～１０４１、１０１３～１０４１、１０６９～１１０８、１１６９～１１４０、１１１１～１１４０、１１５５～１１９６、１２２１～１２６１、１２６７～１２９４または１３２０～１３５０のいずれか１つのヌクレオチド配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、該アンチセンス鎖は、配列番号：２のヌクレオチド配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、
該センス鎖の実質的に全てのヌクレオチドおよび該アンチセンス鎖の実質的に全てのヌクレオチドが修飾ヌクレオチドであり、
該センス鎖は、３'末端に結合したリガンドにコンジュゲートされている、
二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤。
【請求項８】
センス鎖の全てのヌクレオチドおよびアンチセンス鎖の全てのヌクレオチドが、修飾を含んでいる、請求項７記載のｄｓＲＮＡ剤。
【請求項９】
少なくとも１つの修飾ヌクレオチドが、デオキシ-ヌクレオチド、３'末端デオキシ-チミン(ｄＴ)ヌクレオチド、２'-Ｏ-メチル修飾ヌクレオチド、２'-フルオロ修飾ヌクレオチド、２'-デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックヌクレオチド、アンロックヌクレオチド、立体配座的に拘束されたヌクレオチド、拘束エチルヌクレオチド、非塩基性ヌクレオチド、２'-アミノ修飾ヌクレオチド、２'-Ｏ-アリル修飾ヌクレオチド、２'-Ｃ-アルキル修飾ヌクレオチド、２'-ヒドロキシル修飾ヌクレオチド、２'-メトキシエチル修飾ヌクレオチド、２'-Ｏ-アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホロアミデート、非天然塩基を含むヌクレオチド、テトラヒドロピラン修飾ヌクレオチド、１,５－アンヒドロヘキシトール修飾ヌクレオチド、シクロヘキセニル修飾ヌクレオチド、ホスホロチオエート基を含むヌクレオチド、メチルホスホネート基を含むヌクレオチド、５'－ホスフェートを含むヌクレオチドおよび５'－ホスフェート模倣体を含むヌクレオチドからなる群から選択される、請求項７記載のｄｓＲＮＡ剤。
【請求項１０】
修飾ヌクレオチドが、３'末端デオキシ-チミンヌクレオチド(ｄＴ)の短い配列を含む、請求項９記載のｄｓＲＮＡ剤。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
(関連出願の相互参照)
本出願は、２０１８年９月１８日に提出された米国仮出願番号６２/７３２,６００号について優先権を主張するものであり、引用によりその全体を本明細書中に組み込む。
続きを表示（約 4,500 文字）【０００２】
配列表
本願発明は、ＡＳＣＩＩフォーマットの電子書式により提出した配列表を含み、出典明示によりその全てが本明細書に組み込まれる。当該ＡＳＣＩＩのコピーは、２０１９年９月１３日に作成し、ファイル名は１２１３０１-０６０２０_ＳＬ.ｔｘｔであり、３０９,３２５バイトのサイズである。
【背景技術】
【０００３】
疫学研究により、欧米の食生活が、現代の肥満の流行の主要な原因の１つであることが示されている。フルクトース摂取の増加は、栄養価が高い清涼飲料水や加工食品の使用に関連しており、肥満蔓延に対する主な要因であると考えられている。高フルクトースコーンシロップは、１９６７年までに食品業界において広く使用され始めた。グルコースおよびフルクトースは、分子当たりのカロリー値が同じであるが、これら２つの糖は、異なる代謝経路により代謝され、異なるＧＬＵＴトランスポーターを利用する。フルクトースは、グルコース代謝経路とは違い、殆どが独占的に肝臓で代謝され、またフルクトース代謝経路は、生成物によるフィードバック阻害による制御は受けない(Khaitan Z et al., (2013) J. Nutr. Metab. 2013, Article ID 682673, 1-12)。ヘキソキナーゼおよびホスホフルクトキナーゼ(ＰＦＫ)は、グルコースからのグリセルアルデヒド－３－Ｐの産生を調節するが、一方肝臓でフルクトースのフルクトース－１－リン酸へのリン酸化を担うフルクトキナーゼまたはケトヘキソキナーゼ(ＫＨＫ)は、フルクトース－１－リン酸の濃度が増加してもダウンレギュレートされない。そのため、結果として細胞内に流入する全てのフルクトースは、急速にリン酸化される(Khaitan Z et al., (2013) J. Nutr. Metab. 2013, Article ID 682673, 1-12)。フルクトースをフルクトース－１－リン酸にリン酸化するためのＡＴＰの継続的な利用により、細胞内のリン酸枯渇、ＡＴＰ枯渇、ＡＭＰデアミナーゼの活性化および尿酸の形成が引き起こされる(Khaitan Z. et al., (2013) J. Nutr. Metab. Article ID 682673, 1-12)。増加した尿酸は、ＫＨＫの上方制御を更に促進し(Lanaspa M.A. et al., (2012) PLOS ONE 7(10):1-11)、内皮細胞および脂肪細胞機能障害を引き起こす。続いて、フルクトース－１－リン酸は、アルドラーゼＢの作用によってグリセロアルデヒドに転化され、グリセルアルデヒド－３－リン酸へとリン酸化される。後者は下流の解糖経路へと進み、ピルビン酸を形成してクエン酸サイクルに入り、そこから、十分な供給条件下で、クエン酸塩は、ミトコンドリアからサイトゾルに移送され、脂質合成のためのアセチルコエンザイムＡを提供する(図１)。
【０００４】
ＫＨＫによるフルクトースのリン酸化、その後の脂質合成の活性化により、例えば、脂肪肝、高トリグリセリド血症、脂質異常症およびインスリン耐性へと至る。腎近位尿細管細胞における炎症性変化も、ＫＨＫ活性によって誘導されることが示されている(Cirillo P. et al., (2009) J. Am. Soc. Nephrol. 20: 545-553)。ＫＨＫによるフルクトースのリン酸化は、肝臓疾患(例えば、脂肪肝、脂肪性肝炎)、脂質異常症(例えば、高脂血症、高ＬＤＬコレステロール、低ＨＤＬコレステロール、高トリグリセリド血症、食後高トリグリセリド血症)、血糖コントロールの障害(例えば、インスリン耐性、ＩＩ型糖尿病)、心血管疾患(例えば、高血圧、内皮細胞機能障害など)、腎臓病(例えば、急性腎障害、尿細管機能障害、近位尿細管の炎症性変化、慢性腎臓病など)、メタボリックシンドローム、脂肪細胞機能障害、内臓脂肪沈着、肥満、高尿酸血症、痛風、摂食障害および過剰な糖渇望などが挙げられる。従って、ＫＨＫ活性に関連する疾患、障害および症状を治療するための組成物および方法が、当該技術分野において必要とされている。
【０００５】
(発明の要約)
本発明は、ケトヘキソキナーゼ(ＫＨＫ)を標的とするＲＮＡｉ剤、例えば二本鎖ＲＮＡｉ剤を含む組成物を提供する。本発明は、ＫＨＫの発現を阻害するため、またはＫＨＫ遺伝子の発現を低下させることで利益を得る疾患、例えば肝臓疾患(例えば、脂肪肝、脂肪性肝炎、特に非アルコール性脂肪性肝炎(ＮＡＳＨ)、脂質異常症(例えば、高脂血症、高ＬＤＬコレステロール、低ＨＤＬコレステロール、高トリグリセリド血症、食後高トリグリセリド血症)、血糖コントロールの障害(例えば、インスリン耐性、ＩＩ型糖尿病など)、心血管疾患(例えば、高血圧、内皮細胞機能障害)、腎臓疾患(例えば、急性腎障害、尿細管機能障害、近位尿細管の炎症性変化、慢性腎臓病)、メタボリックシンドローム、脂肪細胞機能障害、内臓脂肪沈着、肥満症、高尿酸血症、痛風、摂食障害および過剰な糖への渇望などを有する対象を治療するために本発明の組成物を使用する方法も提供する。
【０００６】
ある側面において、本発明は、ケトヘキソキナーゼ(ＫＨＫ)の発現を阻害するための二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤を提供するものであって、ここで該ｄｓＲＮＡは、センス鎖とアンチセンス鎖を含んでおり、該センス鎖は、配列番号：１のヌクレオチド配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、該アンチセンス鎖は、配列番号：２のヌクレオチド配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤を提供する。
【０００７】
ある実施態様において、該センス鎖は、配列番号：１のヌクレオチド８９～１０７、１７６～１９４、２６４～２８２、４７４～４９２、５０８～５２６、５２９～５４７、５６２～５８０、６１６～６４６、６８２～７００、７０５～７２３、７０５～７５７、７０５～７９９、７３９～７５７、７３９～７９９、７６０～７９９、８０４～８２２、８３７～８５５、８９２～９１０、９５９～９７７、９９２～１０１０、９２２～１０４１、１０１３～１０４１、１０６９～１１０８、１１６９～１１４０、１１１１～１１４０、１１５５～１１９６、１２２１～１２６１、１２６７～１２９４または１３２０～１３５０のいずれか１つのヌクレオチド配列と３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む。ある実施態様において、該センス鎖は、配列番号：１のヌクレオチド配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチド、または配列番号：１のヌクレオチド配列の前記部分のうちの１つを含む。
【０００８】
ある実施態様において、特定の実施態様では、センス鎖およびアンチセンス鎖は、表３または表５のヌクレオチド配列のいずれか１つからなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む。
【０００９】
ある実施態様において、センス鎖またはアンチセンス鎖は、表３または表５に示されるＡＤ－７２５０６、ＡＤ－７２３１９、ＡＤ－７２５０２、ＡＤ－７２５１３、ＡＤ－７２４９９、ＡＤ－７２３０３、ＡＤ－７２５００、ＡＤ－７２５２２、ＡＤ－７２５１２、ＡＤ－７２３０４、ＡＤ－７２５１４、ＡＤ－７２２５７、ＡＤ－７２２９５、ＡＤ－７２３３２、ＡＤ－７２５０７、ＡＤ－７２３１１、ＡＤ－７２５０１、ＡＤ－７２５０８、ＡＤ－７２２９３、ＡＤ－７２３２２、ＡＤ－７２２６４、ＡＤ－７２２９０、ＡＤ－７２３３８、ＡＤ－７２３１５、ＡＤ－７２２７２、ＡＤ－７２３３７、ＡＤ－７２２９８、ＡＤ－７２５０３、ＡＤ－７２３２７、ＡＤ－７２５２１、ＡＤ－７２３０９、ＡＤ－７２３１３、ＡＤ－７２５１７、ＡＤ－７２３１６、ＡＤ－７２３３５、ＡＤ－７２３１７からなる群から選択される二本鎖のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む。ある実施態様において、センス鎖およびアンチセンス鎖は、表３または表５に示されるＡＤ－７２５０６、ＡＤ－７２３１９、ＡＤ－７２５０２、ＡＤ－７２５１３、ＡＤ－７２４９９、ＡＤ－７２３０３、ＡＤ－７２５００、ＡＤ－７２５２２、ＡＤ－７２５１２、ＡＤ－７２３０４、ＡＤ－７２５１４、ＡＤ－７２２５７、ＡＤ－７２２９５、ＡＤ－７２３３２、ＡＤ－７２５０７、ＡＤ－７２３１１、ＡＤ－７２５０１、ＡＤ－７２５０８、ＡＤ－７２２９３、ＡＤ－７２３２２、ＡＤ－７２２６４、ＡＤ－７２２９０、ＡＤ－７２３３８、ＡＤ－７２３１５、ＡＤ－７２２７２、ＡＤ－７２３３７、ＡＤ－７２２９８、ＡＤ－７２５０３、ＡＤ－７２３２７、ＡＤ－７２５２１、ＡＤ－７２３０９、ＡＤ－７２３１３、ＡＤ－７２５１７、ＡＤ－７２３１６、ＡＤ－７２３３５、ＡＤ－７２３１７からなる群から選択される二本鎖のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む。
【００１０】
ある態様において、本発明は、ケトヘキソキナーゼ(ＫＨＫ)遺伝子の発現を阻害するための二本鎖リボ核酸(ｄｓＲＮＡ)剤を提供するものであって、ここで該ｄｓＲＮＡは、センス鎖とアンチセンス鎖を含み、該アンチセンス鎖は、表３または５に記載のアンチセンス配列のうちのいずれか１つと３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む相補性領域を含む。ある実施態様においては、ｄｓＲＮＡは、センス鎖およびアンチセンス鎖を含み、該アンチセンス鎖は、ＡＤ-７２５０６、ＡＤ－７２３１９、ＡＤ－７２５０２、ＡＤ－７２５１３、ＡＤ－７２４９９、ＡＤ－７２３０３、ＡＤ－７２５００、ＡＤ－７２５２２、ＡＤ－７２５１２、ＡＤ－７２３０４、ＡＤ－７２５１４、ＡＤ－７２２５７、ＡＤ－７２２９５、ＡＤ－７２３３２、ＡＤ－７２５０７、ＡＤ－７２３１１、ＡＤ－７２５０１、ＡＤ－７２５０８、ＡＤ－７２２９３、ＡＤ－７２３２２、ＡＤ－７２２６４、ＡＤ－７２２９０、ＡＤ－７２３３８、ＡＤ－７２３１５、ＡＤ－７２２７２、ＡＤ－７２３３７、ＡＤ－７２２９８、ＡＤ－７２５０３、ＡＤ－７２３２７、ＡＤ－７２５２１、ＡＤ－７２３０９、ＡＤ－７２３１３、ＡＤ－７２５１７、ＡＤ－７２３１６、ＡＤ－７２３３５またはＡＤ－７２３１７からなる群から選択される二本鎖のいずれか１つのアンチセンス配列のうちのいずれか１つのアンチセンス配列とは３つ以下のヌクレオチドが異なる少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む相補性領域を含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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