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公開番号2025092585
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-06-19
出願番号2025053460,2024022133
出願日2025-03-27,2018-12-19
発明の名称頭頸部癌を検出するための組成物および方法
出願人ラボラトリーコーポレイションオブアメリカホールディングス
代理人個人,個人,個人,個人,個人
主分類C12Q 1/68 20180101AFI20250612BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】頭頸部癌を検出するための組成物および方法を提供する。
【解決手段】本発明は、個体において頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)に関連するバイオマーカーを検出する方法を提供し、前記個体から試料を得るステップと;表4および/または表6中の少なくとも1つの遺伝子を含む遺伝子からの発現産物の量を測定するステップとを含む。一実施形態において、前記遺伝子が、CAB39L、ADAM12、SH3BGRL2、NRG2、COL13A1、GRIN2D、LOXL2、KRT4、EMP1またはHSD17B6の少なくとも1つを含む。
【選択図】図3
特許請求の範囲【請求項１】
明細書に記載の発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１７年１２月２０日に出願された米国仮特許出願第６２／６０８，２９６号に基づく優先権を主張する。米国仮特許出願第６２／６０８，２９６号の開示は、その全体が本明細書中に参考として援用される。
続きを表示（約 3,800 文字）【背景技術】
【０００２】
背景
頭頸部癌は一般的な疾患である。頭頸部癌の大部分は、組織学的には扁平上皮細胞型に属しているため、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）に分類される。ＨＮＳＣＣは、世界で６番目に多く見られる癌であり、発展途上国では３番目に多い。
【０００３】
ＨＮＳＣＣの背後にある生物学的機構は不明であり、この状態の信頼できる指標をもたらすバイオマーカーは、たとえあったとしてもごく少数である。それでも、症状の発症の誘発および／または疾患のさらなる進行の促進を回避するためにライフスタイルを調整することはＨＮＳＣＣに罹りやすい個体にとって助けとなるであろう。したがって、ＨＮＳＣＣに対するバイオマーカーを開発し評価することが必要とされている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
要旨
本開示は、多様な方法で具体化され得る。
【０００５】
一実施形態では、個体から試料を得るステップと；試料において表４および／または表６中の少なくとも１つの遺伝子の発現量を測定するステップとを含む、個体において頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）に関連するバイオマーカーを検出する方法が開示される。一実施形態では、個体から試料を得るステップと；試料において以下の遺伝子：ＣＡＢ３９Ｌ、ＡＤＡＭ１２、ＳＨ３ＢＧＲＬ２、ＮＲＧ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＧＲＩＮ２Ｄ、ＬＯＸＬ２、ＫＲＴ４、ＥＭＰ１およびＨＳＤ１７Ｂ６の少なくとも１つの発現量を測定するステップとを含む、個体においてＨＮＳＣＣに関連するバイオマーカーを検出する方法が開示される。もう一つの実施形態では、個体から試料を得るステップと；ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）Ｅ６またはＥ７遺伝子の少なくとも１つの、少なくとも１つの発現量を測定するステップとを含む、個体においてＨＮＳＣＣに関連するバイオマーカーを検出する方法が開示される。さらに、かつ／または代わりに、本方法には、少なくとも１つの標準化（例えば、ハウスキーピング）遺伝子の測定が含まれ得る。一実施形態では、標準化遺伝子は、ＫＨＤＲＢＳ１であってよい。一実施形態では、標準化遺伝子は、ＲＰＬ３０または別の標準化遺伝子であってよい。あるいは、これらの遺伝子の様々な組合せの発現の測定が実行されてよい。
【０００６】
一実施形態では、開示される複数のバイオマーカーのパネルが使用される。一実施形態では、本開示は、表４および／または表６中の少なくとも１つの遺伝子、および／またはＣＡＢ３９Ｌ、ＡＤＡＭ１２、ＳＨ３ＢＧＲＬ２、ＮＲＧ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＧＲＩＮ２Ｄ、ＬＯＸＬ２、ＫＲＴ４、ＥＭＰ１またはＨＳＤ１７Ｂ６の少なくとも１つ、および／またはＨＰＶＥ６およびＥ７遺伝子の少なくとも１つの発現レベルを定量化する試薬を含む、個体において頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）に関連するバイオマーカーを検出するための組成物を含む。さらに、かつ／または代わりに、本組成物には、少なくとも１つの標準化（例えば、ハウスキーピング）遺伝子が含まれ得る。一実施形態では、標準化遺伝子は、ＫＨＤＲＢＳ１であってよい。一実施形態では、標準化遺伝子は、ＲＰＬ３０または別の標準化遺伝子であってよい。この組成物は、特定の実施形態では、これらの遺伝子のいずれか１つのプライマーおよび／またはプローブを含むことができ、該プライマーおよび／またはプローブは、本明細書に記載される検出可能部分で標識される。
【０００７】
その他の実施形態は、本明細書に開示される方法を実行する、かつ／または本明細書に開示される組成物を使用するためのシステムを含む。
【０００８】
本明細書の開示のその他の特徴、対象、および利点は、続く詳細な説明、図面、および特許請求の範囲において明白である。しかし、詳細な説明、図面、および特許請求の範囲は、開示される方法、組成物およびシステムの実施形態を示しているが、限定ではなく例示のみを目的として提供されることは当然理解される。本発明の範囲内の様々な変更および修正は、当業者に明白となる。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
個体において頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）に関連するバイオマーカーを検出する方法であって、
前記個体から試料を得るステップと；
表４および／または表６中の少なくとも１つの遺伝子を含む遺伝子からの発現産物の量を測定するステップと
を含む、方法。
（項目２）
前記遺伝子が、ＣＡＢ３９Ｌ、ＡＤＡＭ１２、ＳＨ３ＢＧＲＬ２、ＮＲＧ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＧＲＩＮ２Ｄ、ＬＯＸＬ２、ＫＲＴ４、ＥＭＰ１またはＨＳＤ１７Ｂ６の少なくとも１つを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
ＨＰＶＥ６遺伝子および／またはＨＰＶＥ７遺伝子のうちの少なくとも１つからの発現産物の前記量を測定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
標準化遺伝子の前記量を測定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記測定するステップが、ｍＲＮＡを測定することを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記測定するステップが、イムノアッセイを含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記遺伝子のうちの少なくとも４つの前記発現を測定することを含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記試料が、血清、組織、ＦＦＰＥ、唾液または血漿を含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
個体において頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）に対する易罹患性を検出する方法であって：
前記個体から試料を得ることと；
表４および／または表６中の少なくとも１つの遺伝子からの少なくとも１つの発現産物の前記量を測定することと；
前記試料における前記表４および／または表６中の少なくとも１つの遺伝子の前記発現と、前記遺伝子の前記発現産物の対照値を比較するステップとを含み、前記個体における遺伝子発現と前記対照値との間の差異は、前記個体がＨＮＳＣＣを有している可能性があるか、またはＨＮＳＣＣを発症しやすい（すなわち、ＨＮＳＣＣのリスクが高い）ことを示す、方法。
（項目１０）
前記遺伝子が、ＣＡＢ３９Ｌ、ＡＤＡＭ１２、ＳＨ３ＢＧＲＬ２、ＮＲＧ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＧＲＩＮ２Ｄ、ＬＯＸＬ２、ＫＲＴ４、ＥＭＰ１またはＨＳＤ１７Ｂ６の少なくとも１つを含む、項目９に記載の方法。
（項目１１）
少なくとも１つのＨＰＶＥ６および／またはＥ７遺伝子の少なくとも１つの発現産物の前記量を測定することと；前記試料における前記少なくとも１つの前記ＨＰＶＥ６および／またはＥ７遺伝子の発現を発現の対照値と比較することとをさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１２）
標準化遺伝子の前記量を測定することをさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１３）
前記測定することが、ｍＲＮＡの測定を含む、項目９に記載の方法。
（項目１４）
前記測定することが、タンパク質の測定を含む、項目９に記載の方法。
（項目１５）
少なくとも４つの前記遺伝子の前記発現を測定することを含む、項目９に記載の方法。（項目１６）
前記試料が、血清組織、ＦＦＰＥ、唾液または血漿を含む、項目９に記載の方法。
（項目１７）
表４および／または表６中の少なくとも１つの遺伝子の前記発現レベルを定量化する試薬を含む、個体において頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）に関連するバイオマーカーを検出するための組成物。
（項目１８）
前記少なくとも１つの遺伝子が、ＣＡＢ３９Ｌ、ＡＤＡＭ１２、ＳＨ３ＢＧＲＬ２、ＮＲＧ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＧＲＩＮ２Ｄ、ＬＯＸＬ２、ＫＲＴ４、ＥＭＰ１またはＨＳＤ１７Ｂ６の少なくとも１つを含む、項目１７に記載の組成物。
（項目１９）
ＨＰＶＥ６および／またはＥ７の少なくとも１つの前記発現レベルを定量化する少なくとも１つの試薬をさらに含む、項目１７に記載の組成物。
（項目２０）
少なくとも１つの標準化遺伝子をさらに含む、項目１７に記載の組成物。
（項目２１）
前記試薬がｍＲＮＡを検出する、項目１７に記載の組成物。
（項目２２）
【図面の簡単な説明】
【０００９】
本発明は、以下の限定されない図面を参照することによって、より良く理解され得る。
【００１０】
図１は、ＴＣＧＡデータセットおよびランダムフォレスト分析を使用して、本開示の実施形態に従ってＨＮＳＣＣで差次的に発現した遺伝子を識別した実験の結果を示す。
（【００１１】以降は省略されています）

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