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公開番号
2025061666
公報種別
公開特許公報(A)
公開日
2025-04-11
出願番号
2024224838,2021564783
出願日
2024-12-20,2020-03-03
発明の名称
RNAアプタマー及びその使用
出願人
ユニバーシティ オブ マイアミ
代理人
個人
,
個人
,
個人
,
個人
主分類
C12N
15/115 20100101AFI20250403BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約
【課題】腫瘍浸潤性骨髄細胞に特異的に結合するRNAアプタマーの提供。
【解決手段】腫瘍浸潤性骨髄細胞に特異的に結合するRNAアプタマー及びその使用が本明細書に記載される。
【選択図】なし
特許請求の範囲
【請求項1】
治療剤にコンジュゲートしたRNAアプタマーであって、前記アプタマーが、腫瘍浸潤性骨髄細胞上に発現された標的に特異的に結合する、アプタマー。
続きを表示(約 620 文字)
【請求項2】
前記治療剤が核酸分子である、請求項1に記載のアプタマー。
【請求項3】
前記核酸分子が、DNA、RNA、shRNA、siRNA又はmiRNAである、請求項1に記載のアプタマー。
【請求項4】
前記治療剤が化学療法剤である、請求項1に記載のアプタマー。
【請求項5】
前記化学療法剤がドキソルビシンである、請求項4に記載のアプタマー。
【請求項6】
腫瘍浸潤性骨髄細胞上に発現される前記標的がアネキシン又はビメンチンである、請求項1~5のいずれか1項に記載のアプタマー。
【請求項7】
治療剤を腫瘍浸潤性骨髄細胞に送達する方法であって、前記細胞を請求項1~6のいずれか1項に記載のアプタマーと接触させることを含む、方法。
【請求項8】
生体試料中の腫瘍浸潤性骨髄細胞の存在を検出する方法であって、検出可能な標識にコンジュゲートした請求項1~6のいずれか1項に記載のアプタマーと前記試料を接触させることを含む、方法。
【請求項9】
がんの治療を必要とする対象においてがんを治療する方法であって、請求項4~6のいずれか1項に記載のアプタマーを前記対象に投与することを含む、方法。
【請求項10】
前記対象が、乳がん、結腸がん、腎臓がん、頭頸部がん又は黒色腫を患っている、請求項10に記載の方法。
発明の詳細な説明
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、2019年3月7日に出願された米国仮出願第62/815,142号の優先権の利益を主張し、該仮出願の開示は参照により全体が本明細書に援用される。
続きを表示(約 8,700 文字)
【0002】
米国政府の利益に関する声明
本発明は、米国国防総省により授与されたBC084337の下での政府の支援と共に為された。政府は本発明においてある特定の権利を有する。
【0003】
電子的に提出された資料の参照による援用
本出願は、本開示の別々の部分として、コンピュータ読み取り可能な形態の配列表(ファイル名:53952A_Seqlisting.txt;サイズ:13,241バイト;作成:2020年3月2日)を含有し、これは参照により全体が援用される。
【背景技術】
【0004】
異なる細胞毒性剤を使用する化学療法は、ほとんどのヒト悪性腫瘍に対する標準治療である。しかしながら、これらの治療は、がんを有する患者の全体的な生活の質を減少させる中等度~深刻な毒性と関連付けられ、多くの場合に用量制限的であり、したがって控えめな治療有効性の原因となる(1、2)。腫瘍部位において化学療法剤を濃縮することを目的とした薬物送達ナノプラットフォームは、全身毒性を減少させかつ有効性を増加させるためのモダリティーとして関心を集めている(2~4)。しかしながら、ほとんどのナノプラットフォームは、腫瘍血管系の物理的特性、例えば増強された透過性及び保持(EPR)効果(5)、又は新生物性細胞を特徴付けるマーカーの存在のいずれかに依拠している。EPR効果は、原発性腫瘍及び確立された転移の優先的な標的化を可能とするが、未だに血管形成していない微小転移巣に対しては有効性に乏しい(6)。適切な腫瘍関連抗原を標的化することは、散剤性の新生物性細胞への薬物送達を可能とするが、新生物性細胞の遺伝子不安定性のために(9)、根絶よりもむしろ腫瘍の編集を結果としてもたらすことがある(7、8)。代替的な急成長している戦略は、原発性腫瘍、転移、及び前転移ニッチを特徴付ける遺伝学的に安定な腫瘍間質細胞への治療剤の送達である(10)。腫瘍微環境中の骨髄細胞は興味深い標的であり、その理由は、それらは腫瘍集団の大きい割合を占め、がん細胞の生存及び転移を促進し(11~16)、免疫保護を提供し、かつ腫瘍進行の間の早期に原発性腫瘍及び前転移ニッチに動員される(17)からである。重要なことに、腫瘍浸潤性骨髄細胞(TIMC;骨髄由来抑制細胞-MDSC、腫瘍関連マクロファージ-TAM、好中球、及び単球を含む)は、それらをそれらの全身性対応物から区別する独特の活性化された、腫瘍促進性表現型を発現する(18~22)。TIMC上に発現されるがそれらの循環性対応物上には発現されないマーカーは未だに充分に定義されていないため、我々は教師なしのアプローチを使用して、既知及び未知のTIMC特異的エピトープに対するRNAアプタマーを生成した(23)。
【0005】
RNAアプタマーは組織の深くに透過し、非免疫原性であり、かつ生産並びに向上した薬物動態及び安定性のための操作が容易である。さらには、これらの試薬は、標的細胞中に急速に内部移行するように選択することができ(24)、そのため所望の細胞中への特異的な薬物(例えば、RNA治療剤又は小分子)吸収を可能とする。そして、標的細胞中の異なるエピトープにそれぞれが結合するアプタマーの併用は、全体的な特異性を増加させ、かつ選択された組織における薬物送達を最大化するはずである。
【図面の簡単な説明】
【0006】
腫瘍浸潤性骨髄細胞に対して特異的なポリクローナルアプタマーの選択。それぞれ腫瘍浸潤性及び脾臓骨髄細胞の代理としてIL4を用いて処理されたか又は非処理のままとしたMSC2細胞に対してHT-細胞SELEXを行った。A)対照としてのサイクル0、又はサイクル11からのCy3標識されたRNAアプタマーを用いて染色されたIL4処理されたMSC2のFACS分析。B)指し示されるライブラリーからのCy3標識されたポリクローナルアプタマーを用いたMSC2又はIL4処理されたMSC2のFACS分析。C)CT26結腸癌(直径0.5cm)を保有するマウスの脾臓又は腫瘍からの単一細胞懸濁液を、ポリクローナルアプタマーライブラリーを用いて染色し、CD11b、Gr1、F4/80、CD11c、CD19、CD49b、CD4、及びCD8に対する抗体を用いて対比染色した。データは、それぞれの代表的な1つの実験に由来した。
腫瘍浸潤性骨髄細胞に対して特異的なモノクローナルアプタマーの同定。A)4T1腫瘍(直径0.5cm)を保有する3匹のマウスからプールされたマウスの脾臓及び腫瘍からの単一細胞懸濁液を、CD11b、Ly6C、Ly6Gに対する抗体及びAPTANIにより同定された15個のCy3標識されたモノクローナルアプタマーを用いて標識した。データは、n=5の生物学的複製物に由来し、かつn=2の独立した実験に由来した。アプタマー3、6、11、及び14をさらなる分析のために選択し、太字としている。一元配置ANOVA及び無関連のアプタマーに対する事後ホルム-シダック比較により*=P<0.001。CD11b-細胞においてバックグラウンド染色のみが観察された。B)アプタマー3、6、11、及び14の二次構造。APTANIにより同定された結合モチーフに黒の下線を引いている。フッ素化ヌクレオチドを灰色で強調している。C)アプタマーの等モル混合物は腫瘍浸潤性骨髄細胞に対する特異性を増加させる。4T1保有マウスからの腫瘍又は脾臓のプールされた単一細胞懸濁液をアプタマー3、6、11、14、又は各アプタマーの等モル混合物を用いて標識し、FACSにより分析した。データはn=3の独立した実験に由来した。
腫瘍浸潤性骨髄細胞に対して特異的なモノクローナルアプタマーの同定。A)4T1腫瘍(直径0.5cm)を保有する3匹のマウスからプールされたマウスの脾臓及び腫瘍からの単一細胞懸濁液を、CD11b、Ly6C、Ly6Gに対する抗体及びAPTANIにより同定された15個のCy3標識されたモノクローナルアプタマーを用いて標識した。データは、n=5の生物学的複製物に由来し、かつn=2の独立した実験に由来した。アプタマー3、6、11、及び14をさらなる分析のために選択し、太字としている。一元配置ANOVA及び無関連のアプタマーに対する事後ホルム-シダック比較により*=P<0.001。CD11b-細胞においてバックグラウンド染色のみが観察された。B)アプタマー3、6、11、及び14の二次構造。APTANIにより同定された結合モチーフに黒の下線を引いている。フッ素化ヌクレオチドを灰色で強調している。C)アプタマーの等モル混合物は腫瘍浸潤性骨髄細胞に対する特異性を増加させる。4T1保有マウスからの腫瘍又は脾臓のプールされた単一細胞懸濁液をアプタマー3、6、11、14、又は各アプタマーの等モル混合物を用いて標識し、FACSにより分析した。データはn=3の独立した実験に由来した。
腫瘍浸潤性骨髄細胞に対して特異的なモノクローナルアプタマーの同定。A)4T1腫瘍(直径0.5cm)を保有する3匹のマウスからプールされたマウスの脾臓及び腫瘍からの単一細胞懸濁液を、CD11b、Ly6C、Ly6Gに対する抗体及びAPTANIにより同定された15個のCy3標識されたモノクローナルアプタマーを用いて標識した。データは、n=5の生物学的複製物に由来し、かつn=2の独立した実験に由来した。アプタマー3、6、11、及び14をさらなる分析のために選択し、太字としている。一元配置ANOVA及び無関連のアプタマーに対する事後ホルム-シダック比較により*=P<0.001。CD11b-細胞においてバックグラウンド染色のみが観察された。B)アプタマー3、6、11、及び14の二次構造。APTANIにより同定された結合モチーフに黒の下線を引いている。フッ素化ヌクレオチドを灰色で強調している。C)アプタマーの等モル混合物は腫瘍浸潤性骨髄細胞に対する特異性を増加させる。4T1保有マウスからの腫瘍又は脾臓のプールされた単一細胞懸濁液をアプタマー3、6、11、14、又は各アプタマーの等モル混合物を用いて標識し、FACSにより分析した。データはn=3の独立した実験に由来した。
選択されたRNAアプタマーは、再発性HNSCCを有する患者からの循環性骨髄細胞よりもヒトTIMCを優先的に認識した。A)再発性HNSCCを有する患者(n=3)の血液及び腫瘍からの単一細胞懸濁液を、AF647標識されたアプタマー、抗CD33、抗CD14、抗CD124抗体、及びzombieバイタル色素を用いて染色し、フローサイトメトリーにより分析した。B)イメージサイトメトリー:サルベージ手術を受けているHNSCCを有する患者(n=5)からのパラフィン包埋腫瘍検体を、Cy3標識されたアプタマー、FITC-抗CD33抗体、及びDAPIの等モル混合物を用いて染色し、「腫瘍区画」又は「健常組織区画」及びCD33+又はCD33-細胞のいずれかでのゲーティング後に細胞プロファイラー及びFCS-express V6により分析した。アプタマーMFIを、対応する関心対象の領域中の全ての細胞のMFIに対して正規化した。約10
6
及び10
5
個の細胞をそれぞれ「腫瘍区画」又は「健常組織区画」において分析した。有意な対応のあるT検定を報告する。
腫瘍浸潤性骨髄細胞を優先的に認識するアプタマーの特徴。A)IL4処理されたMSC2細胞に対するアプタマーの親和性をFACSにより決定した。アプタマーベースの免疫沈降、SDS page、及び質量分析を介して推定上の標的(ANXA4及びVIM)を同定した。エポキシビーズにコンジュゲートした組換えタンパク質に対するFACSによりリガンドに対するKdを決定した。B)ANXA4又は無関連のタンパク質とコンジュゲートしたエポキシビーズを、Cy3標識されたアプタマー3又は無関連のアプタマーを用いて染色し、FACSにより分析した。C)ビメンチン又は無関連のタンパク質とコンジュゲートしたエポキシビーズを、Cy3標識されたアプタマー11又は無関連のアプタマーを用いて染色し、FACSにより分析した。D)ANXA4競合アッセイ。5×10
5
個のIL4処理されたMSC2を、組換えANXA4の存在又は非存在下でアプタマー3を用いて染色した。E)ビメンチンに対するshRNA又はスクランブル化shRNAを有する4PDナノ粒子を介してMCS2細胞へのトランスフェクトを行った。4日後に、Cy3標識されたアプタマー11及びDAPIを用いて細胞を染色した。Pa=一元配置ANOVAのp値。データはn=2の独立した実験に由来した。
アプタマーはインビボで腫瘍間質を優先的に標的化する。A)アプタマーはインビボで腫瘍を標的化する。4Tl-ルシフェラーゼ乳癌を保有するマウスの静脈内に、AF750ストレプトアビジンとコンジュゲートしたビオチン化されたアプタマー3、6、11、及び14の等モル混合物を注射した。B)2h後にIVISにより体内分布を評価した。C)IVISにより行った経時的分析又はアプタマー体内分布。D)4T1乳癌を保有するマウス(n=5)に、AF-647ストレプトアビジンに搭載したアプタマー3、6、11、及び14をi.v.で注射した。2時間後に、指し示される臓器を回収し、CD11b、CD19、CD49b、CD11c、及びCD3に対する抗体を用いて対比染色した。E、F)マウス(n=5)をDにおけるように治療し、CD11b、F4/80、Ly6C、及びLy6Gに対する抗体を用いて単一細胞懸濁液を対比染色した後の異なる時点においてフローサイトメトリーによりアプタマー分布を評価した。*=1元配置Anova p<0.001。
TIMC特異的アプタマーは腫瘍部位においてドキソルビシン濃度を増加させる。A)GCリッチテイルを用いて3’末端を伸長させることによりTIMC特異的アプタマーをドキソルビシンにコンジュゲートさせた。B)TIMCアプタマー等モル混合物のモル比を増加させた(上から下に:0、0.008、0.016、0.032、0.062、0.125、0.25、及び0.5当量)ドキソルビシン溶液(1.5μM)の蛍光スペクトル。挿入図:アプタマー滴定についてのHillプロット(Kd=0.16当量;6.2のdox分子/アプタマー)。C)BALB/cマウス(n=5)に4T1乳癌を同所性(4T1_o;原発性腫瘍:乳房、転移:肺)又は静脈内(4T1_iv;肺及び肝臓中の転移)に負荷した。マウスの追加の群に、非転移性の4T1由来の細胞系67NRを同所性に負荷した(原発性腫瘍のみ)。10日後、TIMC特異的アプタマーとコンジュゲートしたドキソルビシン(0.35mg/kg)を静脈内に用いてマウスを治療した。24h後にドキソルビシン体内分布を評価した。データはそれぞれの代表的な1つの実験に由来した。D)遊離ドキソルビシン又はTIMC特異的若しくは対照アプタマーを介して与えたドキソルビシンの体内分布。第3乳腺中に4T1乳癌(直径0.5cm)を保有するマウス(n=5)にi.v.で、遊離ドキソルビシン(Dox high 3.5mg/kg)、TIMC-アプタマー複合化ドキソルビシン(TIMC apt;0.35mg/kg)又は無関連のアプタマー(Irr. Apt)複合化ドキソルビシンを与えた。24h後に組織中のドキソルビシンを酸アルコール抽出後の分光法により定量化した。データはそれぞれの代表的な1つの実験に由来した。dox high群に対する多重一対比較(ホルム-シダックの方法)において*=p<0.05。
TIMC特異的アプタマーはドキソルビシン治療指数を増加させる。A)第3乳腺中に4T1腫瘍を保有するマウスを遊離ドキソルビシン(3.5mg/kg若しくは0.35mg/kg)、Doxil(0.35mg/kg)、又はTIMC特異的アプタマーミックスにコンジュゲートしたドキソルビシン(0.35mg/kg)を用いてi.v.で治療した。追加の対照は、ドキソルビシンとコンジュゲートした無関連のアプタマー、コンジュゲートしていないTIMC特異的アプタマー、及び非治療のマウスを含んだ。治療を2及び6日後に繰り返した。腫瘍指数が1.2cm
2
に達したときにマウスを安楽死させた。ログランク及び事後多重比較分析(ホルム-シダックの方法)を報告する。毒性の度合いとして体重損失を報告する。C)4Tlwt乳がん又はドキソルビシン耐性バリアントdox耐性4T1を用いてBALB/cマウスを負荷した。腫瘍が直径0.5cmに達したときに、マウスをTIMC特異的アプタマーを用いて治療するか、又は非治療のままとした。生存をモニターした。
アプタマーは有効にCCR1及び5つのsiRNAを腫瘍浸潤性骨髄細胞に送達し、腫瘍進行を遅延させる。A)アプタマー/siRNAキメラの構造。B)4T1乳癌を同所性に用いてBalb/cマウスを負荷し、負荷の5、7、9、12、14、16及び19日後にスクランブル化siRNA(黒バー)又はCCR1及びCCR5に対するsiRNA(30ピコモル、白バー)を搭載したアプタマーを静脈内に用いて治療した。腫瘍浸潤性骨髄細胞に対する最後の治療の6日後にCCR1及びCCR5 mRNAについてのqRT-PCRを行った。C)負荷の25日後の腫瘍サイズ。
IL4処理されたMSC2又はそれらの推定上のリガンドに対するアプタマー#3、#6、#11及び#14の親和性。A)10
5
個のIL4処理されたMSC2を、異なる濃度の指し示されるCy3標識されたアプタマーを用いて染色した。結合をFACSにより評価した。B)異なる濃度のCy3標識されたアプタマー#3及びアプタマー#4を使用して、それぞれ組換えANXA4又は組換えVIMとコンジュゲートしたエポキシビーズを染色した。IL4Raに対するCy3標識されたアプタマーを無関連の対照として使用した。結合をFACSにより評価した。データは3つの独立した実験に由来した。
APTANIを用いて選択された15個のアプタマーのクラスター分析。APTANIを用いて選択された15個のモノクローナルアプタマーの可変領域を、clustal-Ω、及びデフォルトのパラメーターを使用してJailviewを用いて生成された近隣結合ツリーを用いてアライメントした。
少なくとも0.1%の富化及び少なくとも3つのモチーフ又は0.1%より高い頻度を有する少なくとも1つのモチーフの存在に基づいてAPTANIにより選択された15個のアプタマーの配列、頻度、及びモチーフ。
実施例において使用されたオリゴヌクレオチド。
実施例において使用されたマウス及びヒト抗体のリスト。
【発明を実施するための形態】
【0007】
本開示は、異なる前臨床モデルにわたり、及びより重要なことにヒトにおいて、腫瘍浸潤性骨髄細胞(TIMC)を特異的に認識するRNAアプタマーの発見に部分的に基づく。
【0008】
全身性の化学療法は依然としてがん療法のための最も重要な治療の1つであるが、この治療オプションの使用に対して制限を課す全身性の副作用、例えば心毒性及び重度の好中球減少がある(38)。追加的に、化学療法は、がん生存者の生活の質を減少させる長期罹病率を誘導する。
【0009】
腫瘍浸潤性骨髄細胞の腫瘍促進性活性化型表現型を物理的に標的化することにより化学療法剤又は他の治療剤(例えば、RNA治療剤)を腫瘍中及び転移部位中に濃縮させることができる新たなモードが本明細書に記載される。骨髄細胞は、いくつかの種類のマウス及びヒトがんの間質中に最も豊富に存在する先天免疫細胞である(39~41)。ヒト腫瘍中の骨髄細胞の存在は、血管密度の増加、より高い転移性拡大、及びより不良の臨床アウトカムと相関し、それらの存在は腫瘍進行のために必要である(42、43)。腫瘍部位において、骨髄細胞は、それらをそれらの全身循環性細胞対応物から区別し、かつそれらの免疫抑制性、寛容原性、及び腫瘍促進性の役割のために必要な独特の抗原性プロファイル及び機能的な特徴を獲得する(20、44、45)。骨髄細胞が腫瘍進行又は新生物性細胞とのそれらの相互作用を促進するために用いる機構を阻害するための多くのアプローチが試験されているが(46~48)、我々の知る限り、腫瘍浸潤性骨髄細胞及び循環性骨髄細胞を識別することができる試薬は未だに利用可能ではない。さらには、マウスにおいて腫瘍関連及び循環性の両方のMDSCに結合することができるアプタマー及びペプチドが単離され(49~51)、MDSC枯渇のため(50、51)又はDoxil送達を向上させるため(49)に用いられたが、これらの試薬は腫瘍浸潤性骨髄細胞を優先的に認識しない。実際に、Doxil送達のために使用された場合、心臓並びに脾臓及び肝臓中でのDoxの重要な蓄積が認められた(49)。
【0010】
使用された腫瘍モデル又はマウス系統にかかわらず腫瘍浸潤性骨髄細胞に対して特異的であるがそれらの循環性対応物には特異的でない4つのRNAアプタマー(アプタマー3、6、11、及び14、図2)が単離された。興味深いことに、アプタマー3及びアプタマー11はそれらのリガンドとしてそれぞれANXA4及びビメンチンを有する。ビメンチンは、単球分化及び活性酸素種の産生において鍵となる役割を果たし、炎症促進性刺激の下で、活性化マクロファージの膜に移行する(52~56)。実際に、ビメンチンは異なるがんの腫瘍間質中に存在するが、培養された腫瘍細胞中での発現は乏しい(54~56)。機能的に、このタンパク質は上皮間葉移行及び転移に関与している(57)。ANXA4は、膜融合及びエキソサイトーシスを促進するカルシウム依存性のリン脂質結合性タンパク質である(58)。それは活性化MDSC、TIMC、及び活性化M2マクロファージにおいて過剰発現される(44、59)。休止マクロファージの細胞質中に局在化するが、ANXA4は活性化の間に膜に移行する(60、61)。両方のタンパク質はヒト悪性腫瘍中に発現され、それらの発現は、TCGAデータ及びProtein Atlasによれば腎臓がん、乳がん及び卵巣がんにおけるより不良な予後と相関する。そのため、両方の同定された標的は、TIMC活性化表現型に対するアプタマーの特異性をサポートする。
(【0011】以降は省略されています)
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