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公開番号2025160237
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-10-22
出願番号2025117051,2023135380
出願日2025-07-11,2018-01-19
発明の名称ヒドロキシステロイド17-βデヒドロゲナーゼ13(HSD17B13)バリアント及びその使用
出願人リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド,REGENERON PHARMACEUTICALS, INC.
代理人個人,個人,個人,個人
主分類C12Q 1/6869 20180101AFI20251015BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】対象が肝疾患を発症する感受性の判断方法、または肝疾患である対象の診断方法を提供する。
【解決手段】ヒト対象におけるバリアントHSD17B13遺伝子の検出方法であって、前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、前記アッセイによって、野生型HSD17B13遺伝子の特定の配列の12665位と12666位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントHSD17B13遺伝子の別の特定の配列の12666位に対応する位置にチミンが存在するか判断し、前記チミンの存在によって、バリアントHSD17B13遺伝子が示される検出方法が提供される。
【選択図】図1A-1
特許請求の範囲【請求項１】
ヒト対象におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の検出方法であって、前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、前記アッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断し、前記チミンの存在によって、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が示される前記方法。
続きを表示（約 1,600 文字）【請求項２】
前記アッセイが、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含むか、もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含むか、またはそのことからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記アッセイが、
ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の領域であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内であるか、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内である領域にハイブリダイズするプライマーと、前記生体試料とを接触させることと、
ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置、もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、前記プライマーを伸長させることと、
ｉｉｉ）前記プライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することと、
を含むか、またはそれらからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ヒト対象が、前記バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型であるか判断することをさらに含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在の検出方法であって、前記対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、前記アッセイによって、前記生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する前記方法。
【請求項６】
前記アッセイが、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの核酸配列もしくはその相補体に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーもしくはプローブと、前記生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはそれらからなる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体、
ｉｉ）転写産物Ｄのエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子及び／または
ｉｉｉ）転写産物Ｄのエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含むかまたはそれらからなる約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子を用いることによって、転写産物Ｄを特異的に検出すること、
をさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる、請求項５～７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３に特異的にハイブリダイズする、請求項６～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記アッセイが、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む、請求項５～９のいずれか１項に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本願には、２０１８年１月１８日に作成した１８９２３８００８０２ＳＥＱという名称の１４７キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子的に提出した配列表が含まれる。この配列表は、参照により、本明細書に援用される。
続きを表示（約 3,200 文字）【０００２】
本開示は広くは、遺伝学の分野に関するものである。さらに詳細には、本開示は、例えば肝疾患と関連のあるヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）における遺伝子の改変とポリペプチドバリアントに関するものである。
【背景技術】
【０００３】
本明細書全体を通じて、様々な参照文献（特許、特許出願、アクセッション番号、技術論文及び学術論文を含む）が引用されている。各参照文献は、参照により、その全体が、あらゆる目的で、本明細書に援用される。
【０００４】
慢性肝疾患と肝硬変は、米国において主要な罹患原因及び死因であり、２０１４年における死亡数は３８，１７０件に及んでいる（総死亡数の１．５％）（非特許文献１）。米国において、肝硬変の病因として特に多いのは、アルコール性肝疾患、慢性Ｃ型肝炎及び非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）であり、２００４～２０１３年では、肝移植を待っている患者の約８０％をこれらの３つが占めていた（非特許文献２）。米国におけるＮＡＦＬＤの推定存在率は１９～４６パーセントであり（非特許文献３～５）、おそらくは、ＮＡＦＬＤの主な危険因子である肥満率の上昇と連動して（非特許文献６）、時間の経過とともに上昇している（非特許文献７）。Ｃ型肝炎の治療は大きく進歩しているが（非特許文献８～９）、現時点では、アルコール性または非アルコール性肝疾患及び肝硬変に対するエビデンスベースの治療は存在しない。
【０００５】
過去のゲノムワイド関連性解析（ＧＷＡＳ）によって、慢性肝疾患と関連のある遺伝子とバリアントが限られた数、同定されている。これまでで最も明確に立証された遺伝的関連性は、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有３遺伝子における共通のミスセンスバリアントに対するものであり（ＰＮＰＬＡ３ｐ．Ｉｌｅ１４８Ｍｅｔ、ｒｓ７３８４０９）、このバリアントはまず、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）リスクの上昇と関連することが分かり（非特許文献１０～１１）、その後、疾患重症度（非特許文献１２～１３）と進行（非特許文献１４）と関連のあることが分かった。トランスメンブレン６スーパーファミリーメンバー２（ＴＭ６ＳＦ２）遺伝子の変化も、ＮＡＦＬＤリスクを上昇させることが示されている（非特許文献１５～１７）。これらの２つのタンパク質の正常な機能は、充分には分かっていないが、両方とも、肝細胞脂質の代謝に関与することが提議されている。ＰＮＰＬＡ３とＴＭ６ＳＦ２のバリアントが、肝疾患リスクの上昇に寄与する仕組みは、まだ明らかになっていない。ＧＷＡＳによって、臨床で頻繁に測定する肝細胞傷害と肝脂肪蓄積の量的マーカーである血清中アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパルテートアミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）と関連のあるいくつかの遺伝因子も特定されている（非特許文献１８～１９）。これまで、慢性肝疾患に対する保護的な遺伝的バリアントが示されたことはない。他の状態における保護的な遺伝的バリアント（心血管疾患リスクを軽減する、ＰＣＳＫ９の機能欠損バリアントなど）が、新たな種類の治療剤の開発につながってきた。
【０００６】
慢性肝疾患の発症と進行の根底にある遺伝因子を明らかにすれば、リスクの層別化を進めて、新規治療策の土台を築くことができる。肝疾患に関して、リスクの層別化を進めて、新規療法を生み出すには、根底にある遺伝因子への理解を深める必要がある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
Ｋｏｃｈａｎｅｋｅｔａｌ．，Ｎａｔｌ．ＶｉｔａｌＳｔａｔ．Ｒｅｐ．，２０１６，６５，１－１２２
Ｗｏｎｇｅｔａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１５，１４８，５４７－５５５
Ｂｒｏｗｎｉｎｇｅｔａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２００４，４０，１３８７－１３９５
Ｌａｚｏｅｔａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．，２０１３，１７８，３８－４５
Ｗｉｌｌｉａｍｓｅｔａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１１，１４０，１２４－１３１
Ｃｏｈｅｎｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１１，３３２，１５１９－１５２３
Ｙｏｕｎｏｓｓｉｅｔａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｈｅｐａｔｏｌ．，２０１１，９，５２４－５３０ｅ１；ｑｕｉｚｅ６０，２０１１
Ｍｏｒｇａｎｅｔａｌ．，Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，２０１３，１５８，３２９－３３７
ｖａｎｄｅｒＭｅｅｒｅｔａｌ．，Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｍｅｄ．Ａｓｓｏｃ．，２０１２，３０８，２５８４－２５９３
Ｒｏｍｅｏｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２００８，４０，１４６１－１４６５
Ｓｐｅｌｉｏｔｅｓｅｔａｌ．，ＰＬｏＳＧｅｎｅｔ．，２０１１，７：ｅ１００１３２４
Ｒｏｔｍａｎｅｔａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１０，５２，８９４－９０３
Ｓｏｏｋｏｉａｎｅｔａｌ．，Ｊ．ＬｉｐｉｄＲｅｓ．，２００９，５０，２１１１－２１１６
Ｔｒｅｐｏｅｔａｌ．，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．，２０１６，ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｊｈｅｐ．２０１６．０３．０１１
Ｋｏｚｌｉｔｉｎａｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１４，４６，３５２－３５６
Ｌｉｕｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２０１４，５，４３０９
Ｓｏｏｋｏｉａｎｅｔａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１５，６１，５１５－５２５
Ｃｈａｍｂｅｒｓｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１１，４３，１１３１－１１３８
Ｙｕａｎｅｔａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，２００８，８３，５２０－５２８
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３の生物学的現象の理解を助けるとともに、肝疾患の対象の診断と治療を容易にすることになる新規ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントを提供する。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ｒｓ７２６１３５６７遺伝子、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物及びバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームに関連する核酸分子、ポリペプチド、プローブ、プライマー、組成物及び方法を提供する。
【０００９】
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームをコードする核酸分子も提供する。いくつかの実施形態では、その核酸分子は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のアイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＦ、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨをコードする。いくつかの実施形態では、その核酸分子は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームＤをコードする。
【００１０】
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２における対応配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であり、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有する核酸分子も提供する。
（【００１１】以降は省略されています）

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