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公開番号2025139907
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-09-29
出願番号2024038992
出願日2024-03-13
発明の名称SARS-CoV-2に対する結合能を有する核酸アプタマー
出願人国立研究開発法人産業技術総合研究所,株式会社島津製作所
代理人弁理士法人深見特許事務所
主分類C12N 15/115 20100101AFI20250919BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】新型コロナウイルスオミクロン株のSタンパク質に結合するアプタマーを提供すること。
【解決手段】SARS-CoV-2に対する結合能を有する核酸アプタマーであって、上記核酸アプタマーは、ヌクレオチドを構成単位とする一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、上記一本鎖オリゴヌクレオチドは、ループ領域と、上記ループ領域の3’末端に結合している3’ステム領域と、上記ループ領域の5’末端に結合している5’ステム領域と、を含み、上記ループ領域の塩基数は、16～50merであり、上記3’ステム領域の塩基数は、5mer以上であり、上記5’ステム領域の塩基数は、5mer以上であり、上記3’ステム領域及び上記5’ステム領域は、互いに相補的な塩基配列を有している。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する結合能を有する核酸アプタマーであって、
前記核酸アプタマーは、ヌクレオチドを構成単位とする一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、
前記一本鎖オリゴヌクレオチドは、ループ領域と、前記ループ領域の３’末端に結合している３’ステム領域と、前記ループ領域の５’末端に結合している５’ステム領域と、を含み、
前記ループ領域の塩基数は、１６～５０ｍｅｒであり、
前記３’ステム領域の塩基数は、５ｍｅｒ以上であり、
前記５’ステム領域の塩基数は、５ｍｅｒ以上であり、
前記３’ステム領域及び前記５’ステム領域は、互いに相補的な塩基配列を有していて、
前記ループ領域の塩基配列は、
配列番号３６、５９、１０５、１０８、１１１、１１６、１２２、１３９～１４３、１４５、１４７、１４８及び１５０～１５６のいずれかに記載の塩基配列に対して、８０％以上１００％以下の配列同一性を有する塩基配列、
配列番号３６、５９、１０５、１０８、１１１、１１６、１２２、１３９～１４３、１４５、１４７、１４８及び１５０～１５６のいずれかに記載の塩基配列における少なくとも１５ｍｅｒの連続する塩基配列を含む塩基配列、又は、
これらの機能的な塩基配列、
を含む、核酸アプタマー。
続きを表示（約 1,400 文字）【請求項２】
前記ループ領域の塩基配列は、
配列番号３６、５９、１０５、１０８、１１１、１１６、１２２、１３９～１４３、１４５、１４７、１４８、１５０～１５２、１５５及び１５６のいずれかに記載の塩基配列に対して、８０％以上１００％以下の配列同一性を有する塩基配列、
配列番号３６、５９、１０５、１０８、１１１、１１６、１２２、１３９～１４３、１４５、１４７、１４８、１５０～１５２、１５５及び１５６のいずれかに記載の塩基配列における少なくとも１５ｍｅｒの連続する塩基配列を含む塩基配列、又は、
これらの機能的な塩基配列、
を含み、
前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２におけるＢＡ．２株のスパイクタンパク質に対する結合能を有する、請求項１に記載の核酸アプタマー。
【請求項３】
前記ループ領域の塩基配列は、
配列番号１５３～１５６のいずれかに記載の塩基配列に対して、８０％以上１００％以下の配列同一性を有する塩基配列、
配列番号１５３～１５６のいずれかに記載の塩基配列における少なくとも１５ｍｅｒの連続する塩基配列を含む塩基配列、又は、
これらの機能的な塩基配列、
を含み、
前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２におけるＢＡ．５株のスパイクタンパク質に対する結合能を有する、請求項１に記載の核酸アプタマー。
【請求項４】
前記ループ領域の塩基配列は、
配列番号１５５又は配列番号１５６に記載の塩基配列に対して、８０％以上１００％以下の配列同一性を有する塩基配列、
配列番号１５５又は配列番号１５６のいずれかに記載の塩基配列における少なくとも１５ｍｅｒの連続する塩基配列を含む塩基配列、又は、
これらの機能的な塩基配列、
を含み、
前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２におけるＢＡ．２株のスパイクタンパク質及びＢＡ．５株のスパイクタンパク質に対する結合能を有する、請求項１に記載の核酸アプタマー。
【請求項５】
前記３’ステム領域及び前記５’ステム領域は、ミスマッチ又はバルジを含む、請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の核酸アプタマー。
【請求項６】
前記一本鎖オリゴヌクレオチドは、構成単位としてホスホロチオエート修飾されている核酸を含む、請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の核酸アプタマー。
【請求項７】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出用キットであって、
請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の核酸アプタマーを含む、検出用キット。
【請求項８】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出剤であって、
請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の核酸アプタマーを含む、検出剤。
【請求項９】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染症診断用キットであって、
請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の核酸アプタマーを含む、感染症診断用キット。
【請求項１０】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法であって、
請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の核酸アプタマーを、被検査試料に適用する工程と、
前記被検査試料に結合している前記核酸アプタマーを検出する工程と、
を含む、検出方法。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する結合能を有する核酸アプタマーに関する。
続きを表示（約 1,700 文字）【背景技術】
【０００２】
新規のウイルスによる新興感染症は、原因ウイルス及び感染症の症状の知見が十分に得られていないことから診断および治療が困難である傾向がある。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（新型コロナウイルス）が引き起こすＣＯＶＩＤ－１９感染症についても、中国武漢における感染爆発（アウトブレイク）から、瞬く間にパンデミックへと拡大した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ウイルス粒子表面のスパイクタンパク質がヒト細胞表面のＡＣＥ２をウイルス受容体として結合し、細胞内に侵入し細胞を破壊する。この細胞の破壊により、発熱、空咳、倦怠感などの症状を引き起こし、重篤な場合には肺炎を引き起こし死亡する場合もある。また、回復した場合でも一定頻度で後遺症が生じ、その後の社会活動にも多くの制約が加わることが報告されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００３】
国際公開第２０２２／０３８５２１号
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の拡大を防止する観点から、ウイルスの検出剤の開発が進められている。例えば、国際公開第２０２２／０３８５２１号（特許文献１）では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質（以下、「Ｓタンパク質」と表記する場合がある。）に結合できるＤＮＡアプタマーに分離可能に結合したナノ粒子を含む組成物であって、上記ＤＮＡアプタマーが所定の塩基配列を有する、組成物が開示されている（請求項１）。
【０００５】
しかしながら、特許文献１に開示されるＤＮＡアプタマーは、新型コロナウイルスのＳタンパク質を特異的に検出できるが、変異株の区別がしにくいという課題があった。特にオミクロン株のＳタンパク質に結合できるアプタマーの開発が望まれていた。
【０００６】
本発明は、上記事情に鑑みてなされたものであり、新型コロナウイルスオミクロン株のＳタンパク質に結合する核酸アプタマーを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明者らは、鋭意研究を行った結果、所定の塩基配列を有する核酸アプタマーが、新型コロナウイルスオミクロン株のＳタンパク質に結合できることを見いだし、本発明を完成させた。
【０００８】
本発明の第１の態様は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する結合能を有する核酸アプタマーであって、
上記核酸アプタマーは、ヌクレオチドを構成単位とする一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、
上記一本鎖オリゴヌクレオチドは、ループ領域と、上記ループ領域の３’末端に結合している３’ステム領域と、上記ループ領域の５’末端に結合している５’ステム領域と、を含み、
上記ループ領域の塩基数は、１６～５０ｍｅｒであり、
上記３’ステム領域の塩基数は、５ｍｅｒ以上であり、
上記５’ステム領域の塩基数は、５ｍｅｒ以上であり、
上記３’ステム領域及び上記５’ステム領域は、互いに相補的な塩基配列を有していて、
上記ループ領域の塩基配列は、
配列番号３６、５９、１０５、１０８、１１１、１１６、１２２、１３９～１４３、１４５、１４７、１４８及び１５０～１５６のいずれかに記載の塩基配列に対して、８０％以上１００％以下の配列同一性を有する塩基配列、
配列番号３６、５９、１０５、１０８、１１１、１１６、１２２、１３９～１４３、１４５、１４７、１４８及び１５０～１５６のいずれかに記載の塩基配列における少なくとも１５ｍｅｒの連続する塩基配列を含む塩基配列、又は、
これらの機能的な塩基配列、
を含む。
【０００９】
本発明の第２の態様は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出用キットであって、
上記第１の態様の核酸アプタマーを含む。
【００１０】
本発明の第３の態様は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出剤であって、
上記第１の態様の核酸アプタマーを含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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