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公開番号2025014018
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-28
出願番号2024189679,2021559245
出願日2024-10-29,2020-04-02
発明の名称核酸を解析するための方法および組成物
出願人クラレットバイオサイエンス, エルエルシー
代理人個人,個人,個人,個人,個人
主分類C40B 40/06 20060101AFI20250121BHJP(コンビナトリアル技術)
要約【課題】核酸を解析するための方法および組成物を提供すること。
【解決手段】一部の態様では、本技術は、一本鎖核酸断片から核酸ライブラリーを調製するための方法および組成物に関する。一部の態様では、一本鎖核酸(ssNA)を含む核酸組成物と、第1のオリゴヌクレオチドと、ssNAハイブリダイゼーション領域および第1のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を各々が含む複数の第1の足場ポリヌクレオチド種とを含む、組成物も提供される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
本明細書に記載の発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連特許出願
本特許出願は、発明の名称がMETHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING NUCLEIC
ACIDであり、発明者としてKelly M. HARKINS KINCAIDらを記名し、代理人整理番号
ＣＢＳ－２００２－ＰＶにより指定される、２０１９年４月５日に出願した米国仮特許出願第６２／８３０，２１１号の利益を主張するものである。本特許出願は、発明の名称がMETHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING NUCLEIC ACIDであり、発明者としてKelly M. HARKINS KINCAIDらを記名し、代理人整理番号ＣＢＳ－２００２－ＰＶ２により指定される、２０１９年６月１４日に出願した米国仮特許出願第６２／８６１，５９４号の利益を主張するものでもある。本特許出願は、発明の名称がMETHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING NUCLEIC ACIDであり、発明者としてKelly M. HARKINS KINCAIDらを記名し、代理人整理番号ＣＢＳ－２００２－ＰＶ３により指定される、２０１９年１０月２３日に出願した米国仮特許出願第６２／９２５，１３２号の利益を主張するものでもある。上述の出願の全内容は、本文、表および図面すべてを含めて、参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 2,600 文字）【０００２】
分野
本技術は、一部は、核酸を解析するための方法および組成物に関する。一部の態様では、本技術は、一本鎖核酸断片からの核酸ライブラリーを調製するための方法および組成物に関する。
【背景技術】
【０００３】
背景
生命体（例えば、動物、植物および微生物）および遺伝情報を複製する他の形態（例えば、ウイルス）の遺伝情報は、核酸（すなわち、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ））にコードされている。遺伝情報は、化学的核酸または仮説的核酸の一次構造に相当するひと続きのヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチドである。
【０００４】
様々なハイスループットシーケンシングプラットフォームが、核酸を解析するために使用される。例えば、ＩＬＬＵＭＩＮＡプラットフォームは、アダプターがライゲーションされたＤＮＡ断片のクローン増幅を含む。別のプラットフォームは、核酸分子または個々のヌクレオチドが小さいチャネルを通って移行することに依拠する、ナノポアに基づくシーケンシングである。ある特定のシーケンシングプラットフォームのライブラリー調製は、ＤＮＡの断片化、断片末端の修飾、およびアダプターのライゲーションを含むことが多く、核酸断片の増幅（例えば、ＰＣＲ増幅）を含むことがある。
【０００５】
特定のタイプの核酸解析のための適切なシーケンシングプラットフォームの選択は、誤りの原因、誤り率、ならびにシーケンシングの速度およびコストを含む、利用可能な技術についての詳細な理解を必要とする。シーケンシングコストは低下してきたが、ライブラリー調製のスループットおよびコストは、制限要因であり得る。ライブラリー調製の一態様は、核酸断片の末端を、それらが特定のシーケンシングプラットフォームに好適であるように、修飾することを含む。核酸末端は、有用な情報を含有し得る。したがって、核酸末端に含有されている情報を保存しつつ、核酸末端を（例えば、ライブラリー調製のために）修飾する方法は、核酸の処理および解析に有用であると予想される。
【０００６】
ライブラリー調製の別の態様は、一本鎖核酸断片を捕捉することを含む。ある特定の事例では、一本鎖ライブラリー調製方法は、旧来の二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）調製方法と比較してより良好でより複雑なライブラリーを生成することができる。
【０００７】
一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）ライブラリーの生成の欠点としては、労力集約的で費用がかかり、かつ時間がかかるプロトコール、および新奇のまたは特別注文の試薬の要件が挙げられる。したがって、労力集約的で費用がかかり、かつ時間がかかるプロトコールおよび／または新奇のもしくは特別注文の試薬を必要とすることなく、一本鎖核酸を（例えば、ライブラリー調製のために）捕捉する方法は、核酸（例えば、一本鎖核酸、変性された二本鎖核酸、または一本鎖核酸を含有する混合物）の処理および解析に有用であると予想される。
【０００８】
ライブラリー調製の別の態様は、一本鎖ＲＮＡ断片を捕捉することを含む。一般に、既存のＲＮＡライブラリー調製方法は、逆転写酵素を使用するＲＮＡからの第１鎖ＤＮＡ合成のみならず、下流の二本鎖シーケンシングアダプターライゲーションに適合するｃＤＮＡ分子を作製するための第２鎖合成も必要とする。多くの場合、転写物が転写されることになるゲノムＤＮＡ鎖について正確な評定を行なうことができるように鎖ＲＮＡシーケンシングライブラリーを生成することが望ましい。鎖ＲＮＡシーケンシングライブラリーを作出するために、方法は、シーケンシングアダプターライゲーション後に第２のＤＮＡ鎖を分解するステップを含み得る。しかし、ＲＮＡの事前分解前に第２鎖ＤＮＡ合成を行なうことは、結果として得られるＲＮＡシーケンシングデータを畳み込んでライブラリーの鎖の数を部分的に分かりにくくする第３およびときには第４鎖合成副産物を作出し得る点で、問題が多い。したがって、第２鎖合成を必要することなく一本鎖ＲＮＡを（例えば、ライブラリー調製のために）捕捉する方法は、ＲＮＡを含有する核酸の処理および解析に有用であると予想される。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
要旨
一部の態様では、核酸ライブラリーを生成する方法であって、（ｉ）一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物と、（ｉｉ）第１のオリゴヌクレオチドと、（ｉｉｉ）複数の第１の足場ポリヌクレオチド種とを結合させるステップを含み、（ａ）複数の第１の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドが、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を含み；（ｂ）核酸組成物、第１のオリゴヌクレオチド、および複数の第１の足場ポリヌクレオチド種が、第１の足場ポリヌクレオチド種の分子が、（ｉ）第１のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）第１のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされる条件下で結合され、それによって、第１のオリゴヌクレオチドの分子の末端が第１のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物が形成される、方法が、提供される。一部の態様では、方法は、結合させるステップの前に、第１のオリゴヌクレオチドおよび／または複数の第１の足場ポリヌクレオチド種と、ホスファターゼ活性を有する薬剤とを、第１のオリゴヌクレオチドおよび／または複数の第１の足場ポリヌクレオチド種が脱リン酸化される条件下で接触させるステップを含み、それによって、脱リン酸化された第１のオリゴヌクレオチドおよび／または脱リン酸化された第１の足場ポリヌクレオチド種が生成される。一部の態様では、方法は、ｓｓＮＡからライブラリーを生成するための、ＳＳＢ不使用の方法である。
【００１０】
一部の態様では、一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物と、第１のオリゴヌクレオチドと、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を各々が含む複数の第１の足場ポリヌクレオチド種とを含む、組成物も提供される。
（【００１１】以降は省略されています）