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公開番号2025014035
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-28
出願番号2024190548,2021517947
出願日2024-10-30,2020-03-02
発明の名称ハイスループット単一核及び単一細胞ライブラリー、並びに製造及び使用方法
出願人イルミナインコーポレイテッド,ユニバーシティオブワシントン,University of Washington
代理人個人
主分類C40B 40/06 20060101AFI20250121BHJP(コンビナトリアル技術)
要約【課題】ハイスループット単一核及び単一細胞ライブラリー、並びに製造及び使用方法の提供。
【解決手段】本明細書で提供されるのは、複数の単一細胞から核酸を含むシークエンシングライブラリーを調製するための方法である。一実施形態では、本方法は、高い衝突速度でのサンプルスループットの増加及び二重項検出の増加を可能にする、核又は細胞ハッシングを含む。一実施形態では、本方法は、細胞間の変動における技術的ノイズの推定及び除去を支援し、感度及び特異性を高める、正規化ハッシングを含む。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
図面に記載の発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
分野
続きを表示（約 1,200 文字）【０００２】
本開示の実施形態は、核酸のシークエンシングに関する。具体的には、本明細書で提供される方法及び組成物の実施形態は、ハッシングオリゴ及び／又は正規化オリゴを使用して、インデックス付けされた単一核及び単一細胞ライブラリーを生成し、そこから配列データを得ることに関する。
【０００３】
（関連出願の相互参照）
【０００４】
本出願は、２０１９年３月１日に出願された米国仮特許出願第６２／８１２，８５３号の利益を主張し、この出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０００５】
（配列表）
【０００６】
本出願は、２０２０年２月２８日に作成されたサイズ４キロバイトのＡＳＣＩＩテキストファイル「ＩＰ－１８１５－ＰＣＴ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」として、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して米国特許商標庁に電子的に提出された配列表を含む。配列表に含まれる情報は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００７】
（政府出資）
【０００８】
本発明は、国立衛生研究所によって授与された助成金番号ＨＧ００７８１１、ＨＤ０８８１５８、及びＲ０１ＨＧ００６２８３、並びに国立科学財団によって授与された助成金番号ＤＧＥ１２５８４８５の下で政府の支援を受けてなされた。政府は本発明において一定の権利を有する。
【０００９】
【背景技術】
【００１０】
ハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）は、医薬品創薬パイプラインの基礎である（Ｊ．Ｒ．Ｂｒｏａｃｈ、Ｊ．Ｔｈｏｒｎｅｒ、ネイチャー、３８４巻（補遺）、１４－１６（１９９６年）、Ｐｅｒｅｉｒａ、Ｊ．Ａ．Ｗｉｌｌｉａｍｓ、Ｂｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ、１５２，５３－６１（２００７年））。しかしながら、従来のＨＴＳは、少なくとも２つの主要な制限を有する。第１に、ほとんどのリードは、例えば、増殖（Ｄ．Ｓｈｕｍら、Ｊ．ＥｎｚｙｍｅＩｎｈｉｂ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２３，９３１－９４５（２００８年）、Ｃ．Ｙｕら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３４、４１９－４２３（２０１６年））、形態学（Ｚ．Ｅ．Ｐｅｒｌｍａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ３０６、１１９４－１１９８（２００４年）、Ｙ．Ｆｕｔａｍｕｒａら、Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ１９、１６２０－１６３０（２０１２年））、又は高度に特異的な分子リード（Ｊ．Ｋａｎｇら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３４、７０－７７（２０１６年）、Ｋ．Ｌ．Ｈｕｓｓ、Ｐ．Ｅ．Ｂｌｏｎｉｇｅｎ、Ｒ．Ｍ．Ｃａｍｐｂｅｌｌ、Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｃｒｅｅｎ．１２，５７８－５８４（２００７年））などの総細胞表現型に制限される。細胞の状態や遺伝子発現の微妙な変化は、そうでなければ機構的な洞察を提供したり、オフターゲット効果を明らかにしたりする可能性があるが、日常的に見落とされている。
（【００１１】以降は省略されています）

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