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公開番号2024167312
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-12-03
出願番号2024146187,2022526549
出願日2024-08-28,2021-05-24
発明の名称切断可能なDNAコード化ライブラリ
出願人日産化学株式会社
代理人弁理士法人津国
主分類C12N 15/11 20060101AFI20241126BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】DNAコード化ライブラリのDNA鎖構造としてのヘアピン鎖DNAと2本鎖DNAの長所を両立させる技術を提供する。
【解決手段】本発明は、選択的に切断可能な部位を含む核酸化合物の利用法に関する。また本発明では、選択的に切断可能な部位を含むDNAコード化ライブラリ、その合成用組成物及びその使用方法に関する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
式（Ｉ）
TIFF
2024167312000061.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有する化合物。
続きを表示（約 2,400 文字）【請求項２】
請求項１に記載の化合物を含む、化合物ライブラリのヘッドピースの調製に用いるための組成物。
【請求項３】
請求項１に記載の化合物を含む、ＤＮＡコード化ライブラリのヘッドピースの調製に用いるための組成物。
【請求項４】
式（Ｉ）
TIFF
2024167312000062.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有し、
化合物ライブラリのヘッドピースとして用いる化合物。
【請求項５】
式（Ｉ）
TIFF
2024167312000063.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有し、
ＤＮＡコード化ライブラリのヘッドピースとして用いる化合物。
【請求項６】
式（Ｉ）
TIFF
2024167312000064.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有する化合物ライブラリのヘッドピース。
【請求項７】
式（Ｉ）
TIFF
2024167312000065.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有するＤＮＡコード化ライブラリのヘッドピース。
【請求項８】
式（ＩＩ）
TIFF
2024167312000066.tif
46
161
（式中、
ＸおよびＹは、オリゴヌクレオチド鎖であり、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基由来の２価の基であり、
Ｓｐは、結合又は２官能性スペーサーであり、
Ａｎは、少なくとも１つのビルディングブロックにより構成される部分構造である。）
で表される化合物であり、
ＸとＹは、少なくとも一部で二重鎖を形成しうる配列を有し、
Ｘは５‘末端でＥに結合し、
Ｙは３‘末端でＦに結合し、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有する化合物。
【請求項９】
式（ＩＩＩ）
Ａｎ－Ｓｐ－Ｃ－Ｂｎ（ＩＩＩ）
（式中、
ＡｎおよびＳｐは、請求項８と同じ意味を表し、
Ｂｎは、オリゴヌクレオチド鎖Ｘとオリゴヌクレオチド鎖Ｙとで形成される２本鎖オリゴヌクレオチドタグを表し、
Ｃは、式（Ｉ）
TIFF
2024167312000067.tif
35
161
（式中、Ｅ、ＬＰ、Ｌ、ＤおよびＦは、請求項８と同じ意味を表し、ただし、ＤはＡｎと直接結合するか、または２官能性スペーサーを介して結合し、ＥとＦとは２本鎖オリゴヌクレオチドタグＢｎのそれぞれ対応する末端側に結合する。）
で表される、
請求項８に記載の化合物。
【請求項１０】
Ａｎが、請求項８と同じであり、かつ、ｎ個のビルディングブロックα１～αｎ（ｎは、１～１０の整数である。）により構築される部分構造であり、
Ｂｎが、オリゴヌクレオチド鎖Ｘとオリゴヌクレオチド鎖Ｙとで形成される２本鎖オリゴヌクレオチドタグであり、かつ、Ａｎの構造を同定することができる塩基配列を含むオリゴヌクレオチドを含む部分構造である、
請求項８又は９に記載の化合物。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、切断可能な部位をＤＮＡ鎖中に含むＤＮＡコード化ライブラリに関する。
続きを表示（約 8,100 文字）【背景技術】
【０００２】
化合物ライブラリとは、医薬品候補化合物など、特定の活性を有する可能性のある化合物を系統的に集めた化合物誘導体群である。この化合物ライブラリは、多くの場合コンビナトリアル化学の合成技術と方法論に基づき合成される。コンビナトリアル化学とは、組み合わせ論に基づいて列挙し設計された一連の化合物ライブラリを系統的な合成経路で効率的に多品種合成するための実験手法とそれに関する研究分野である。
コンビナトリアル化学に基づく化合物ライブラリの一つの種として、ＤＮＡコード化ライブラリがある。以下、ＤＮＡコード化ライブラリを適宜ＤＥＬと略す。ＤＥＬでは、ライブラリ化された各化合物に、ＤＮＡのタグが付加される。ＤＮＡのタグは、各化合物の各構造を同定できるように配列が設計されており、化合物の標識として機能する（特許文献１乃至３）。
従来知られているＤＥＬのＤＮＡ鎖構造は、２本鎖とヘアピン鎖の２つが代表的である。
以下、２本鎖ＤＥＬとヘアピン鎖ＤＥＬの概要と長所短所について概説する。
（１）ヘアピン鎖ＤＥＬ
ヘアピン鎖ＤＮＡをもちいるＤＥＬは、相補的な２本のＤＮＡ鎖がつながった１本鎖構造であり、種々のビルディングブロック導入のための官能基を有するヘアピン型ＤＮＡを出発原料（ヘッドピース）として用いて合成される（特許文献３、非特許文献１及２）。
（Ａ）長所
（ａ）短いＤＮＡタグが使用できる。
本手法では、多くの場合、２ｍｅｒの粘着末端を有する９～１３ｍｅｒ程度の比較的短い２本鎖ＤＮＡタグが使用されており、２本鎖ＤＮＡタグはＤＮＡリガーゼによるライゲーション反応により導入される。このような短いＤＮＡタグの使用は、ヘアピン鎖ＤＮＡが分子内で強く二重鎖を形成し、粘着末端以外のＤＮＡ部位がＤＮＡタグと干渉しないことにより可能となっている。短い２本鎖ＤＮＡタグの使用は、ＤＥＬ合成において、いくつかの利点を有する。一つの利点として、ＤＮＡタグの合成にかかるコストが低いことが挙げられる。また、もう一つの利点として、より短いＤＮＡタグの使用は、同じ反応サイクル数をコードする場合、ＤＥＬの全長が短く抑えられることが挙げられる。すなわち、より多くのサイクル数をコードしても、次世代シーケンサーによって効率的にＤＮＡ配列を読み取り可能な範囲までＤＥＬの全長を抑えられる。実際に非特許文献３では、ヘアピン鎖ＤＮＡをもちいることにより、６サイクルもの反応をコードしたヘアピン鎖ＤＮＡをもちいたＤＥＬの構築が達成されている。
（ｂ）化学的安定性が高い
２本鎖と異なりヘアピン鎖では、加熱反応中に二重鎖構造が融解しても、その後の再アニール条件下で、鎖交換を生じることなく、元の分子内での二重鎖が再形成される。したがって、ヘアピン鎖ＤＮＡをもちいるＤＥＬは、より広範な化学条件で使用可能という利点を有する（非特許文献２）。また、一般に核酸鎖は、同じ鎖長であればヘアピン鎖の方が２本鎖よりも強く二重鎖を形成する（Ｔｍ値が高い）。したがって、ビルディングブロック導入時の種々の化学的条件下において、ヘアピン鎖ＤＮＡの各化学構造、特に塩基部の構造は２本鎖に比べ構造変換に抵抗するはずである。
（Ｂ）短所
ヘアピン鎖ＤＮＡは、その強い二重鎖形成能がゆえ、二重鎖を融解させプライマーオリゴヌクレオチドを結合させてポリメラーゼ反応開始させることが難しく、ＰＣＲ効率が低いという課題を有している（特許文献４）。
（２）２本鎖ＤＥＬ
２本鎖ＤＮＡをもちいるＤＥＬは、種々のビルディングブロック導入のための官能基を有する１本鎖ＤＮＡ（ヘアピン鎖でない１本鎖ＤＮＡ）又は２本鎖ＤＮＡを出発原料（ヘッドピース）として合成される。
（Ａ）短所
ヘアピン鎖ＤＮＡをもちいるＤＥＬと対照的に、多くの場合、４～１０ｍｅｒの粘着末端を有する２０～３０ｍｅｒ程度の比較的長い１本鎖または２本鎖ＤＮＡタグが使用されおり（特許文献２、非特許文献４）、３サイクル程度の反応をコードしたＤＥＬが一般的である。
（Ｂ）長所
２本鎖ＤＮＡをもちいるＤＥＬは、ＰＣＲ効率の観点ではヘアピン鎖ＤＮＡのような課題を有していない。さらに、ヘアピン鎖ＤＮＡと異なり、２本鎖ＤＮＡは変性により１本鎖ＤＮＡにすること、もしくは鎖交換反応を実施することが可能であり、様々用途に即したＤＮＡ構造に変換することで、幅広い評価手法に適応できるという利点を有する。例えばＤＮＡの２本鎖形成能を利用した感度比の高い評価手法が開発されている（非特許文献５及６）。
【０００３】
このように、ヘアピン鎖ＤＮＡと２本鎖ＤＮＡは、それぞれＤＥＬの合成時、評価時において長所を有するものの、長所を両立する技術は知られていない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
国際公開第９３／２０２４３号
国際公開第２００４／０３９８２５号
国際公開第２００５／０５８４７９号
国際公開第２０１０／０９４０３６号
【非特許文献】
【０００５】
ネイチャー・ケミカル・バイオロジー、２００９年、５巻、６４７－６５４頁
ＡＨａｎｄｂｏｏｋｆｏｒＤＮＡ－ＥｎｃｏｄｅｄＣｈｅｍｉｓｔｒｙ、ＲｏｂｅｒｔＡ．Ｇｏｏｄｎｏｗ，Ｊｒ．編、ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
エーシーエス・ケミカル・バイオロジー、２０１８年、１３巻、５３－５９頁
ネイチャー・ケミストリー、２０１８年、１０巻、４４１－４４８頁
アニューアル・レビュー・オブ・バイオケミストリー、２０１８年、８７巻、４７９－５０２頁
エーシーエス・コンビナトリアル・サイエンス、２０２０年、２２巻、２０４－２１２頁
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明は切断可能な部位をＤＮＡ鎖中に含むＤＥＬ、およびＤＥＬの製造方法を提供する。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
ＤＮＡなどの核酸化学の一つとして核酸の切断技術がある。例えば、ＤＮＡ鎖中にデオキシウリジンを導入すると、ＵＳＥＲ（登録商標）酵素により選択的に切断することができる。
本発明者は、鋭意研究の結果、例えばデオキシウリジンのような切断可能な部位をＤＮＡ鎖中に導入することで、ヘアピン鎖ＤＮＡと２本鎖ＤＮＡの長所を両立できることを見出し、本発明を完成させた。
したがって、本発明は、以下のとおりである。
【０００８】
［１］式（Ｉ）
TIFF
2024167312000001.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有する化合物。
［２］［１］に記載の化合物を含む、化合物ライブラリのヘッドピースの調製に用いるための組成物。
［３］［１］に記載の化合物を含む、ＤＮＡコード化ライブラリのヘッドピースの調製に用いるための組成物。
［４］式（Ｉ）
TIFF
2024167312000002.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有し、
化合物ライブラリのヘッドピースとして用いる化合物。
［５］式（Ｉ）
TIFF
2024167312000003.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有し、
ＤＮＡコード化ライブラリのヘッドピースとして用いる化合物。
［６］式（Ｉ）
TIFF
2024167312000004.tif
35
161
（式中、
ＥおよびＦは、それぞれ独立して
ヌクレオチド又は核酸アナログにより構成されるオリゴマーであり、
ただし、ＥとＦが互いに相補的な塩基配列を含み、二重鎖オリゴヌクレオチドを形成し、
ＬＰは、ループ部位であり、
Ｌは、リンカーであり、
Ｄは、反応性官能基である。）
で表される化合物であり、
Ｅ、Ｆ、又はＬＰの少なくともいずれか１つの部位に、少なくとも１つの選択的に切断可能な部位を有する化合物ライブラリのヘッドピース。
［７］式（Ｉ）
TIFF
2024167312000005.tif
35
161
【発明の効果】
【０００９】
本発明では、切断可能な部位をＤＮＡ鎖中に含むＤＥＬ、及びその合成用組成物を提供し、従来よりも利便性の高いＤＥＬの製造が可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
様式１の例示的なＤＥＬ製造方法を示す。切断可能な部位をＤＮＡ鎖中に含む第１のオリゴヌクレオチド鎖、ループ部位および第２のオリゴヌクレオチド鎖を含むヘッドピースを出発原料とし、ビルディングブロックの結合と、該ビルディングブロックに対応するオリゴヌクレオチドタグの２本鎖ライゲーションとを繰り返し（図１では３回）、さらに所望によりプライマー領域を含むオリゴヌクレオチドタグの２本鎖ライゲーションをすることによって、ＤＥＬの製造が達成される。
様式１の例示的なＤＥＬの使用方法を示す。切断可能な部位をヘッドピースの第１のオリゴヌクレオチド鎖中に含むＤＥＬに対し、酵素などの切断手段を用いて切断可能な部位を切断し、ループ部位で結合されていない２本鎖オリゴヌクレオチドへと誘導することで、高い効率でＰＣＲを行うことができる。
様式２の例示的なＤＥＬの使用方法を示す。切断可能な部位をヘッドピースの第２のオリゴヌクレオチド鎖中に含むＤＥＬに対し、酵素などの切断手段を用いて切断可能な部位を切断し、ループ部位で結合されていない２本鎖オリゴヌクレオチドへと誘導することで、高い効率でＰＣＲを行うことができる。
様式３の例示的なＤＥＬの使用方法を示す。切断可能な部位をヘッドピースの第１のオリゴヌクレオチド鎖中および第２のオリゴヌクレオチド鎖中に含むＤＥＬに対し、酵素などの切断手段を用いて切断可能な部位の双方を切断し、ループ部位が結合していない２本鎖オリゴヌクレオチドへと誘導することで、高い効率でＰＣＲを行うことができる。
様式４の例示的なＤＥＬの使用法を示す。互いに異なる２種の切断可能な部位をヘッドピースの第１のオリゴヌクレオチド鎖中および第２のオリゴヌクレオチド鎖中に含むＤＥＬに対し、切断条件を選択することで、第１のオリゴヌクレオチド鎖中または第２のオリゴヌクレオチド鎖の一方を選択的に切断することができる。
様式５の例示的なＤＥＬの使用法を示す。ＤＮＡタグの末端近くに切断可能な部位を設け、所望に応じて当該部位を切断することで、新たな突出末端を生成することができる。当該突出末端は粘着末端として利用して、所望の核酸配列、例えばＵＭＩｓ（特定分子識別配列）などをライゲートすることができ、新たな機能を付与することができる。
様式６の例示的なＤＥＬの使用法を示す。本発明では、切断可能な部位と、修飾基や機能性分子を組み合わせて使用することでき、例えば、ヘアピン鎖ＤＮＡを１本鎖ＤＮＡに変換したＤＥＬを調製することが可能である。例えば、合成されたＤＥＬ化合物に対し、３‘末端に機能性分子（例えばビオチン）を有する２本鎖オリゴヌクレオチド鎖をライゲートし（Ａ）、切断可能な部位を切断し（Ｂ）、機能性分子の機能に応じた処理を加える（Ｃ）。例えば機能性分子がビオチンの場合、ビオチン親和性を有するストレプトアビジンビーズなどを用い、ビオチンが結合したオリゴヌクレオチド鎖を選択的に系中から除去する。それにより、１本鎖ＤＮＡを有するＤＥＬを取得することが可能である。
様式６で取得したＤＥＬの例示的な使用法を示す。様式６で取得した１本鎖ＤＮＡを有するＤＥＬは、所望の機能部位を有する修飾オリゴヌクレオチド（例えば光反応性クロスリンカーなどのクロスリンカー修飾ＤＮＡ）と２本鎖を形成させることで、新たな機能を付与することが可能となる。
様式７の例示的なＤＥＬの使用法を示す。本発明では、切断可能な部位を利用し、クロスリンカーを導入することができる。合成されたＤＥＬ化合物に対し、切断可能な部位を切断し（Ａ）、修飾プライマーを付与し（Ｂ）、付与したプライマーをもとに、クロスリンカー修飾２本鎖ＤＥＬ化合物を合成することができる（Ｃ）。クロスリンカー修飾２本鎖ＤＥＬ化合物は、ＤＥＬライブラリのスクリーニングにおいて検出感度を顕著に向上させることができる（非特許文献５，６など参照）。
実施例１において、デオキシウリジンを含むヘアピン型ＤＥＬの部分構造（Ｕ－ＤＥＬ１－ｓｈ、Ｕ－ＤＥＬ２－ｓｈ、Ｕ－ＤＥＬ３－ｓｈ、Ｕ－ＤＥＬ４－ｓｈ、Ｕ－ＤＥＬ５－ＨＰ、Ｕ－ＤＥＬ６－ＨＰ、Ｕ－ＤＥＬ７－ＨＰ、Ｕ－ＤＥＬ８－ＨＰ、Ｕ－ＤＥＬ９－ＨＰ、及びＵ－ＤＥＬ１０－ＨＰの１０種）のＵＳＥＲ（登録商標）ｅｎｚｙｍｅによる切断反応の検証を実施した際の、各インキュベーション時間における切断反応の転化率を表したグラフである。
実施例２、３、４、５、及び７において、各種ヘアピンＤＥＬ（Ｕ－ＤＥＬ１、Ｕ－ＤＥＬ２、Ｕ－ＤＥＬ４、Ｕ－ＤＥＬ７、Ｕ－ＤＥＬ８、Ｕ－ＤＥＬ９、Ｕ―ＤＥＬ１０、Ｈ－ＤＥＬ、Ｕ－ＤＥＬ５、Ｕ－ＤＥＬ１１、Ｕ－ＤＥＬ１２、Ｕ－ＤＥＬ１３、Ｉ－ＤＥＬ１、Ｉ－ＤＥＬ２、Ｉ－ＤＥＬ３、Ｒ－ＤＥＬ１、及びＢＩＯ－ＤＥＬ）の合成手順を示す概略図である。それぞれに対応するヘッドピースを原料とし、２本鎖オリゴヌクレオチドＰｒ＿ＴＡＧ、及びＣＰとの２段階の２本鎖ライゲーションによりヘアピンＤＥＬ合成が達成される。
実施例２において、８種のヘアピンＤＥＬ（Ｕ－ＤＥＬ１、Ｕ－ＤＥＬ２、Ｕ－ＤＥＬ４、Ｕ－ＤＥＬ７、Ｕ－ＤＥＬ８、Ｕ－ＤＥＬ９、Ｕ－ＤＥＬ１０、及びＨ－ＤＥＬ）、及び２本鎖ＤＥＬ（ＤＳ－ＤＥＬ）のリアルタイムＰＣＲにより測定したＣｔ値を示す、サンプル量ごとのグラフである。各種ＤＥＬをＵＳＥＲ（登録商標）ｅｎｚｙｍｅにより処理した試料を “ＵＳＥＲ（＋）”と表示し、未処理の試料を“ＵＳＥＲ（－）”と表示している。デオキシウリジンを含む切断可能なヘアピンＤＥＬ（Ｕ－ＤＥＬ１、Ｕ－ＤＥＬ２、Ｕ－ＤＥＬ４、Ｕ－ＤＥＬ７、Ｕ－ＤＥＬ８、Ｕ－ＤＥＬ９、及びＵ－ＤＥＬ１０）は、ＵＳＥＲ（登録商標）ｅｎｚｙｍｅ処理後に２本鎖ＤＥＬ（ＤＳ－ＤＥＬ）と同等のＣｔ値を示している。
実施例３において、６種のデオキシウリジンを含むヘアピンＤＥＬ（Ｕ－ＤＥＬ５、Ｕ－ＤＥＬ７、Ｕ－ＤＥＬ９、Ｕ－ＤＥＬ１１、Ｕ－ＤＥＬ１２及びＵ－ＤＥＬ１３）のＵＳＥＲ（登録商標）ｅｎｚｙｍｅによる切断反応の進行を示す、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により得られたゲルの画像である。なお、図中の数字は各レーンの番号を示している。
実施例４において、４種のデオキシイノシンを含むヘアピンＤＥＬ（Ｉ－ＤＥＬ１、Ｉ－ＤＥＬ２、Ｉ－ＤＥＬ３及びＩ－ＤＥＬ４）のエンドヌクレアーゼＶによる切断反応の進行を示す、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により得られたゲルの画像である。なお、図中の数字は各レーンの番号を示している。
実施例５において、リボヌクレオシドを含むヘアピンＤＥＬ（Ｒ－ＤＥＬ１）のＲＮａｓｅＨＩＩによる切断反応の進行を示す、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により得られたゲルの画像である。なお、図中の数字は各レーンの番号を示している。
Ｕ－ＤＥＬ９－ＨＰを原料とした、３×３×３（２７）化合物種を含むモデルライブラリの合成手順を示す概略図である。実施例６において、Ｕ－ＤＥＬ９－ＨＰを原料とし、３回（サイクルＡ、Ｂ，Ｃ）のスプリット・アンド・プール工程によりモデルライブラリの合成が達成される。また、各サイクルでは、２本鎖オリゴヌクレオチドタグのライゲーション反応と、ビルディングブロック導入のための化学反応が含まれている。
実施例６のモデルライブラリ合成における、各サイクルのライゲーション反応の進行を示す、アガロースゲル電気泳動により得られたゲルの画像である。なお、図中の数字は各レーンの番号を示している。
図１８Ａは、実施例６のモデルライブラリ合成における、サイクルＣ完了後のサンプルより得られたクロマトグラフである。図１８Ｂは、実施例６のモデルライブラリ合成における、サイクルＣ完了後のサンプルより得られたＭＳスペクトルのデコンボリューション結果である。
実施例６において、モデルライブラリのＵＳＥＲ（登録商標）ｅｎｚｙｍｅによる切断反応の進行を示す、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により得られたゲルの画像である。なお、図中の数字は各レーンの番号を示している。
実施例７において、３’末端にビオチンを有するＤＥＬ化合物「ＢＩＯ－ＤＥＬ」のＵＳＥＲ（登録商標）ｅｎｚｙｍｅによる切断反応の進行を示す、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により得られたゲルの画像である。なお、図中の数字は各レーンの番号を示している。
実施例７において、１本鎖ＤＮＡを有するＤＥＬ化合物「ＳＳ－ＤＥＬ」、及び光反応性クロスリンカー修飾プライマー「ＰＸＬ－Ｐｒ」を用いて、プライマー伸長反応を実施した結果を示す、ポリアクリルアミドゲル電気泳動により得られたゲルの画像である。なお、図中の数字は各レーンの番号を示している。
【発明を実施するための形態】
（【００１１】以降は省略されています）

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