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公開番号2025159729
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-10-21
出願番号2025089714,2023021673
出願日2025-05-29,2018-10-18
発明の名称アンチセンスオリゴマー化合物
出願人サレプタセラピューティクス, インコーポレイテッド
代理人個人,個人
主分類C12N 15/113 20100101AFI20251014BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】約10～約40個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドを提供すること。
【解決手段】このオリゴヌクレオチドは、標的配列中の少なくとも1つの一続きの3個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な領域を有するターゲティング配列を含み、ここで標的配列は、ターゲティング配列の領域と比較して少なくとも1個の追加の核酸塩基を含み、少なくとも1個の追加の核酸塩基はターゲティング配列の領域に相補的な核酸塩基を有さず、かつここで少なくとも1つの一続きの3個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にある。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
本明細書および図面に記載の物、方法またはシステム。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１７年１０月１８日に出願された「ＡＮＴＩＳＥＮＳＥＯＬＩＧＯＭＥＲＣＯＭＰＯＵＮＤＳ」と題される米国仮特許出願第６２／５７３，９８５号明細書に対する優先権を主張するものであり、この開示は参照により本明細書に援用される。
続きを表示（約 6,200 文字）【０００２】
本開示は、オリゴマー化合物に存在する一続きの核酸塩基が少なくとも１個の核酸塩基の欠失によって破綻しているアンチセンスオリゴマー化合物、及びかかる化合物の使用方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
アンチセンスオリゴマーは、現在臨床開発中のアンチセンス薬の数からも明らかで、且つアンチセンスオリゴマーの幾つもの潜在的限界に対する取り組みがここ数年で成功を収めているという事実によって支持されるとおり、医薬として多大な可能性をもたらしている（例えば、Ｄｅｖｉｅｔａｌ．，２００２；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＮｕｃｌｅｉｃ
ＡｃｉｄＤｒｕｇＤｅｖ．を参照のこと；また、例えば、Ｓｔｅｉｎｅｔａｌ．，２００１；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＤｒｕｇＤｅｖ．も参照のこと）。細胞への取り込みを改善するため、及びヌクレアーゼ分解に対する耐性を高めるため、新規非荷電オリゴマー骨格が開発された（例えば、Ｉｖｅｒｓｅｎｅｔａｌ．，２００１；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＤｒｕｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙを参照のこと）。一部のオリゴマー構造、例えばモルホリノベースの構造については、修飾された骨格がその標的核酸に対する結合親和性の亢進をもたらすことが分かっている（例えば、Ｉｖｅｒｓｅｎｅｔａｌ．，２００１；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＤｒｕｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙを参照のこと；また、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎｅｔａｌ．，１９９７；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＤｒｕｇＤｅｖ．も参照のこと）。
一部のアンチセンス適用では、アンチセンスオリゴマーが指向する最適なターゲティング配列は、生物学的パリンドローム配列、又はそれに代えて、一続きの３又は４個又はそれ以上の核酸塩基を含み得る。意外にも、一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基、又はそれに代えて生物学的パリンドローム配列を有する標的配列を指向するアンチセンスオリゴマー化合物は、その化合物のアンチセンス活性を損ない得るとともに、製造過程で難題を呈し得ることが分かっている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
Ｄｅｖｉｅｔａｌ．，２００２；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＤｒｕｇＤｅｖ．
Ｓｔｅｉｎｅｔａｌ．，２００１；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＤｒｕｇＤｅｖ．も
Ｉｖｅｒｓｅｎｅｔａｌ．，２００１；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＤｒｕｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
Ｉｖｅｒｓｅｎｅｔａｌ．，２００１；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＤｒｕｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎｅｔａｌ．，１９９７；ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＤｒｕｇＤｅｖ．
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
様々な態様において、一続きの３又は４個又はそれ以上の核酸塩基、又はそれに代えて、生物学的パリンドローム配列を有するアンチセンスオリゴマー化合物に対する修飾が提供される。様々な実施形態において、この修飾は、化合物のアンチセンス活性及び／又は限定はされないが、ある種の製造方法の間に起こり得る凝集を含め、その製造方法を向上させる。
【０００６】
更なる態様において、約１０～約４０個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが提供される。主題のオリゴヌクレオチドは、標的配列中の少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な領域を有するターゲティング配列を含み、ここで標的配列は、ターゲティング配列の領域と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、この少なくとも１個の追加の核酸塩基はターゲティング配列の領域に相補的な核酸塩基を有さず、ここで少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にある。実施形態において、ターゲティング配列は少なくとも１つの一続きの３個の核酸塩基を含む。実施形態において、ターゲティング配列は少なくとも１つの一続きの４個の核酸塩基を含む。実施形態において、少なくとも１つの一続きの３個以上の核酸塩基は、少なくとも１つの一続きの３個以上のグアニン塩基を含む。実施形態において、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドはペプチドにコンジュゲートされる。実施形態において、標的配列は、デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２～７のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン４５、５１又は５３を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号７２～１２０のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号９～２５のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、糖原病ＩＩ型（ＧＳＤ－ＩＩ）に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒト酸性αグルコシダーゼのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン２に関連する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２６～６８のいずれか１つを含む。
【０００７】
更なる態様において、主題のヌクレオチドは、標的配列中の少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列と相補的な領域を有するターゲティング配列を含み、ここで標的配列は、ターゲティング配列の領域に相補的な核酸塩基を有しない少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、ここで少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にある。実施形態において、少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列は少なくとも５個、少なくとも６個、又は少なくとも７個又はそれ以上の核酸塩基を含む。実施形態において、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドはペプチドにコンジュゲートされる。実施形態において、標的配列は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２～７のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン４５、５１又は５３を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号７２～１２０のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、脊髄性筋萎縮症に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号９～２５のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、糖原病ＩＩ型に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒト酸性αグルコシダーゼのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン２に関連する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２６～６８のいずれか１つを含む。
【０００８】
様々な態様及び実施形態において、主題のオリゴヌクレオチドは欠失配列と称される。欠失配列は配列番号１～１２８のいずれか１つを含み、ここで配列番号１～１２８のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。実施形態において、欠失している少なくとも１個の核酸塩基は、配列番号１～１２８のいずれか１つの配列の内部にある。様々な実施形態において、欠失配列は、ＣＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＧＣＡＴＴＴＣＴＡＧ（配列番号６９；エテプリルセン）；ＧＴＴＧＣＣＴＣＣＧＧＴＴＣＴＧＡＡＧＧＴＧＴＴＣ（配列番号７０；ゴロジルセン）；又はＣＡＡＴＧＣＣＡＴＣＣＴＧＧＡＧＴＴＣＣＴＧ（配列番号７１；カシメルセン）を含む。様々な実施形態において、欠失配列は配列番号６９～７１のいずれか１つを含み、ここで配列番号６９～７１のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。実施形態において、欠失している少なくとも１個の核酸塩基は、配列番号６９～７１のいずれか１つの配列の内部にある。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
標的配列中の少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な領域を有するターゲティング配列を含む約１０～約４０個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記標的配列は、前記ターゲティング配列の前記領域と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、前記少なくとも１個の追加の核酸塩基は前記ターゲティング配列の前記領域に相補的な核酸塩基を有さず、かつ前記少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な前記ターゲティング領域は前記ターゲティング配列の内部にある、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目２）
前記ターゲティング配列が少なくとも１つの一続きの３個の核酸塩基を含む、項目１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目３）
前記ターゲティング配列が少なくとも１つの一続きの４個の核酸塩基を含む、項目１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目４）
前記少なくとも１つの一続きの３個以上の核酸塩基が、少なくとも１つの一続きの３個以上のグアニン塩基を含む、項目１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目５）
前記修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドがペプチドにコンジュゲートされている、項目１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目６）
前記標的配列が、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関連するエクソン標的を含む、項目１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目７）
前記標的配列が、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む、項目６に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。（項目８）
前記ターゲティング配列が配列番号２～７のいずれか１つを含む、項目６に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目９）
前記標的配列が、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４５、５１、又は５３を含む、項目６に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１０）
前記ターゲティング配列が配列番号７２～１２０のいずれか１つを含む、項目９に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１１）
前記標的配列が、脊髄性筋萎縮症に関連するエクソン標的を含む、項目１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１２）
前記標的配列が、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む、項目１１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１３）
前記ターゲティング配列が配列番号９～２５のいずれか１つを含む、項目１１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１４）
前記標的配列が、糖原病ＩＩ型に関連するエクソン標的を含む、項目１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１５）
前記標的配列が、ヒト酸性αグルコシダーゼのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン２に関連する領域を含む、項目１４に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１６）
前記ターゲティング配列が配列番号２６～６８のいずれか１つを含む、項目１４に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１７）
欠失配列を含む約１０～約４０個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記欠失配列が、配列番号１～１２８に係る少なくとも１つの塩基配列を含み、前記塩基配列からの少なくとも１個の核酸塩基が欠失しており、かつ前記欠失している少なくとも１個の核酸塩基が前記塩基配列の内部にある、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
（項目１８）
前記塩基配列が、配列番号６９、配列番号７０、又は配列番号７１である、項目１７に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【０００９】
以下の詳細な説明を添付の図面と併せて読めば、本開示のこれら及び他の目的及び特徴がより十分に明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
図１は、エクソン４４を指向する欠失配列のエクソンスキッピングパーセンテージを詳述する。
図２は、特定の欠失配列を詳述する。
図３は、エクソン７及び８に隣接する領域に対する図２に詳述する欠失配列のエクソンスキッピングパーセンテージを詳述する。
図４は、高活性の１塩基欠失配列のサブセットを同定する全用量反応実験を詳述する。
図５は、高活性の１塩基欠失配列のサブセットを同定する全用量反応実験を詳述する。
図６Ａ及び図６Ｂは、配列番号１２５のＳＣＸＨＰＬＣクロマトグラム（ＰＭＯ及びＰＰＭＯ）を詳述する。（Ａ）配列番号１２５ＰＭＯのクロマトグラムを詳述する。（Ｂ）ＰＰＭＯとしての配列番号１２５のクロマトグラムを詳述し、コンジュゲートされていないＰＭＯ、コンジュゲートされたＰＰＭＯの予想主ピーク、及び配列番号１２５ＰＰＭＯでの高分子量凝集体を示す。
図７Ａ及び図７Ｂは、配列番号１２６のＳＣＸＨＰＬＣクロマトグラム（ＰＭＯ及びＰＰＭＯ）を詳述する。（Ａ）配列番号１２６ＰＭＯのクロマトグラムを詳述する。（Ｂ）ＰＰＭＯとしての配列番号１２６のクロマトグラムを詳述し、コンジュゲートされていないＰＭＯ、コンジュゲートされたＰＰＭＯの予想主ピークを示し、及び配列番号１２６ＰＰＭＯでの高分子量凝集体を示す。
【発明を実施するための形態】
（【００１１】以降は省略されています）

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