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公開番号2025157281
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-10-15
出願番号2025109951,2022502275
出願日2025-06-30,2020-07-17
発明の名称免疫エフェクター細胞操作およびその使用
出願人フェイト セラピューティクス,インコーポレイテッド
代理人弁理士法人谷川国際特許事務所
主分類C12N 5/10 20060101AFI20251007BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】機能的に改善されたエフェクター細胞を提供する。
【解決手段】ゲノム操作されたiPSCの指向された分化から得られた機能的に増強された派生エフェクター細胞を得るための方法および組成物が提供される。本明細書で提供される派生細胞は、改善または増強された治療効果をもたらす安定した機能的なゲノム編集を備えている。機能的に増強された派生エフェクター細胞を単独で、または併用療法における抗体もしくはチェックポイント阻害剤と含む治療用組成物およびそれらの使用も提供される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項1】
細胞またはその集団であって、
(i)前記細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、クローンiPSC、もしくはiPS細胞株細胞、または(c)(b)の前記細胞を分化させることから得られた派生細胞であり、
(ii)前記細胞が、
(1)MICA/B-CAR(キメラ抗原受容体)をコードするポリヌクレオチド、または
(2)CD58およびCD54の一方または両方のノックアウトを含む、細胞またはその集団。
続きを表示(約 5,200 文字)【請求項2】
前記派生細胞が、造血細胞であり、末梢血、臍帯血、もしくは任意の他のドナー組織から得られたその天然の対応細胞と比較してより長いテロメアを含むか、または前記MICA/B-CARが、以下の特徴:
(i)T細胞特異的であること;
(ii)NK細胞特異的であること;
(iii)表面MICA/Bに結合すること;
(iv)MICA/Bの保存されたα3ドメインに結合するscFV(単鎖可変断片)を含むこと;
(v)配列番号33に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される重鎖可変領域を含むこと;
(vi)配列番号34に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される軽鎖可変領域を含むこと;
(vii)配列番号35または36に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含むこと;
(viii)T細胞受容体(TCR)の第1の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの重鎖可変領域、およびT細胞受容体(TCR)の第2の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの軽鎖可変領域を含むこと;ならびに
(ix)B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む遺伝子遺伝子座のうちの1つに挿入され、任意選択で前記挿入が前記遺伝子座の前記遺伝子の発現をノックアウトすることのうちの少なくとも1つを有する、請求項1に記載の細胞またはその集団。
【請求項3】
前記細胞が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)HLA-I欠損および/またはHLA-II欠損
(iii)天然の対応する細胞と比較して、B2Mヌルまたは低、任意選択でCIITAヌルまたは低、
(iv)HLA-Gもしくは切断不可能なHLA-Gの発現の導入、またはCD58およびCD54の一方もしくは両方のノックアウト、
(v)高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアント、
(vi)MICA/B以外の標的特異性を有するキメラ抗原受容体(CAR)、
(vii)細胞表面発現外因性サイトカインまたはその受容体の部分的または完全なペプチド、
(viii)表1に列記される遺伝子型のうちの少なくとも1つ、
(ix)天然の対応する細胞と比較して、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITのうちの少なくとも1つにおける欠失または低減された発現、ならびに
(x)天然の対応する細胞と比較して、HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A
2A
R、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重もしくは多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーと結合するための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたまたは増加した発現のうちの1つ以上をさらに含む、請求項1に記載の細胞またはその集団。
【請求項4】
前記細胞が、派生NKまたは派生T細胞であり、末梢血、臍帯血、または任意の他のドナー組織から得られたその天然の対応細胞と比較して、以下を含む以下の特徴:
(i)持続性および/もしくは生存の改善、
(ii)天然免疫細胞に対する耐性の増加、
(iii)細胞傷害性の増加、
(iv)腫瘍浸潤の改善、
(v)ADCCの増強もしくは獲得、
(vi)バイスタンダー免疫細胞を腫瘍部位に遊走させる、および/もしくは活性化するか、もしくは動員する能力の増強、
(vii)腫瘍免疫抑制を低下させる能力の増強、
(viii)腫瘍抗原エスケープの救済の改善された能力、
(ix)腫瘍抗原を安定化する能力、ならびに
(x)フラトリサイドを回避する能力、
を含む特徴のうちの少なくとも1つを有する、請求項1に記載の細胞またはその集団。
【請求項5】
前記細胞が、高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアントをさらに含む、請求項3に記載の細胞またはその集団。
【請求項6】
前記高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアントが、
(a)CD16の外部ドメインドメインのF176VおよびS197P、
(b)CD64に由来する完全または部分外部ドメイン、
(c)非天然(または非CD16)膜貫通ドメイン、
(d)非天然(または非CD16)細胞内ドメイン、
(e)非天然(または非CD16)シグナル伝達ドメイン、
(f)刺激ドメイン、ならびに
(g)CD16に由来せず、同じまたは異なるポリペプチドに由来する膜貫通、シグナル伝達、および刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、請求項5に記載の細胞またはその集団。
【請求項7】
(a)前記非天然膜貫通ドメインが、CD3D、CD3E、CD3G、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、もしくはT細胞受容体(TCR)ポリペプチドに由来するか、
(b)前記非天然刺激ドメインが、CD27、CD28、4-1BB、OX40、ICOS、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA-4、もしくはNKG2Dポリペプチドに由来するか、
(c)前記非天然シグナル伝達ドメインが、CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137(41BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、もしくはNKG2Dポリペプチドに由来するか、または
(d)前記非天然膜貫通ドメインがNKG2Dに由来し、前記非天然刺激ドメインが2B4に由来し、前記非天然シグナル伝達ドメインがCD3ζに由来する、請求項6に記載の細胞またはその集団。
【請求項8】
前記細胞が第2のCARをさらに含み、前記CARが、
(i)T細胞特異的もしくはNK細胞特異的であり、
(ii)二重特異性抗原結合CARであり、
(iii)切り替え可能なCARであり、
(iv)二量体化されたCARであり、
(v)分割CARであり、
(vi)多鎖CARであり、
(vii)誘導性CARであり、
(viii)組換えTCRであり、
(ix)別のCARと共発現され、
(x)、細胞表面発現外因性サイトカインもしくはその受容体の部分的もしくは完全なペプチドと、任意選択で別個の構築物もしくはバイシストロン性構築物において共発現され、
(xi)チェックポイント阻害剤と、任意選択で別個の構築物もしくはバイシストロン性構築物において共発現され、
(xii)CD19、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、HER2、CD52、EGFR、GD2、MSLN、VEGF-R2、PSMA、およびPDL1のうちの少なくとも1つに特異的であり、ならびに/または
(xiii)ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(CAlX)、CCRI、CCR4、がん胎児性抗原(CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原、上皮糖タンパク質2(EGP2)、上皮糖タンパク質-40(EGP-40)、上皮細胞接着分子(EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシンタンパク質キナーゼerb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(FBP)、胎児のアセチルコリン受容体(AChR)、葉酸受容体-a、ガングリオシドG2(GD2)、ガングリオシドG3(GD3)、ヒト上皮増殖因子受容体2(HER-2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(IL-13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRB2、黒色腫抗原ファミリーA1(MAGE-A1)、MICA/B、ムチン1(Muc-1)、ムチン16(Muc-16)、メソテリン(MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮増殖因子R2(VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT-1)、および病原体抗原のうちのいずれか1つに特異的であり、
前記(i)~(xiii)のうちのいずれか1つのCARは、任意選択でTRAC遺伝子座に挿入され、かつ/もしくはTCRの内因性プロモーターによって駆動され、かつ/または前記TCRが前記CAR挿入によってノックアウトされている、請求項3に記載の細胞またはその集団。
【請求項9】
前記細胞が、細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全なペプチドを含み、前記外因性サイトカインまたはその受容体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、およびそのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含むか、または
(b)
(i)自己切断ペプチドを使用することによるIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)切断されたIL15Rαの細胞内ドメインを有するIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、前記共通受容体γCが、天然であるか、もしくは改変されている、融合タンパク質、および
(vii)(i)~(vii)のうちのいずれか1つが、別個の構築物またはバイシストロン性構築物において、CARと共発現され得る、IL15Rβのホモ二量体のうちの少なくとも1つを含み、
任意選択で、または
(c)一過性発現される、請求項3に記載の細胞またはその集団。
【請求項10】
前記細胞が、派生NK細胞または派生T細胞であり、前記派生NK細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員および/または遊走させることができ、前記派生NK細胞または前記派生T細胞は、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、請求項3に記載の細胞またはその集団。
(【請求項11】以降は省略されています)

発明の詳細な説明【技術分野】
【0001】
関連出願
本出願は、2019年7月17日に出願された米国仮特許出願第63/875,490号、および2020年5月07日に出願された、米国仮特許出願第62/021,560号の優先権を主張し、それらの開示は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
続きを表示(約 2,500 文字)【0002】
参照による配列表の組み込み
2020年7月17日に作成されたサイズが62,025バイトの「056932-501001WO_SL_ST25.TXT」という名称の配列表は、参照によりその全体がここに組み込まれる。
【0003】
本開示は、既製の免疫細胞製品の分野に広く関係している。より具体的には、本開示は、インビボで治療的に関連する特性を送達することができる多機能エフェクター細胞を開発するための戦略に関係している。本開示の下で開発された細胞製品は、患者由来の細胞療法の重大な制限に対処している。
【背景技術】
【0004】
養子細胞療法の分野は現在、患者由来およびドナー由来の細胞の使用に重点が置かれているため、がん免疫療法の一貫した製造を達成し、利益を得る可能性のあるすべての患者に治療を提供することが特に困難である。患者の良好な転帰を促進するために、養子移入されたリンパ球の有効性および持続性を改善する必要もある。T細胞およびナチュラルキラー(NK)細胞などのリンパ球は、自然免疫および獲得免疫において重要な役割を果たす強力な抗腫瘍エフェクターである。しかしながら、養子細胞療法のためのこれらの免疫細胞の使用は依然として困難であり、改善に対する満たされていない要求が存在する。したがって、養子免疫療法においてT細胞およびNK細胞、または他のリンパ球の可能性を最大限に利用する重要な機会が残っている。
【発明の概要】
【0005】
応答率、細胞枯渇、輸血された細胞の喪失(生存および/または持続性)、標的喪失または系譜転換による腫瘍エスケープ、腫瘍標的化の精度、標的外毒性、腫瘍外効果から、固形腫瘍に対する有効性、すなわち、腫瘍微小環境および関連する免疫抑制、動員、輸送、および浸潤に及ぶ問題に対処する機能的に改善されたエフェクター細胞が必要である。
【0006】
本発明の目的は、単一細胞由来のiPSC(人工多能性幹細胞)クローン株から分化した派生非多能性細胞を生成するための方法および組成物を提供することであり、iPSC株はそのゲノムに1つまたはいくつかの遺伝子修飾を含む。該1つまたはいくつかの遺伝子修飾には、DNAの挿入、欠失、および置換が含まれ、これらの修飾は、分化、拡大、継代、および/または移植後の、その後の由来細胞において保持され、機能し続ける。
【0007】
本出願のiPSC由来の非多能性細胞には、CD34細胞、造血性内皮細胞、HSC(造血幹細胞および前駆細胞)、造血多分化能前駆細胞、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、およびB細胞が含まれるが、これらに限定されない。本出願のiPSC由来の非多能性細胞は、同じ遺伝子修飾を含むiPSCからの分化を通じて、それらのゲノムに1つまたはいくつかの遺伝子修飾を含む。遺伝子操作された派生細胞を得るための操作されたクローンiPSC分化戦略では、指示された分化におけるiPSCの発生の可能性が、iPSCの操作されたモダリティによって悪影響を受けないこと、および操作されたモダリティが派生細胞で意図したとおりに機能することも必要である。さらに、この戦略は、末梢血から得られたT細胞またはNK細胞などの初代リンパ球を操作する際の現在の障壁、すなわち、そのような細胞はしばしば、再現性と均一性を欠き、高い細胞死と低い細胞増殖を伴う不十分な細胞の持続性を呈する細胞をもたらし、そのような細胞を操作することが困難であることに起因する障壁を克服する。さらに、この戦略は、最初は不均一な一次細胞源を使用して別の方法で得られる不均一なエフェクター細胞集団の生成を回避する。
【0008】
本発明のいくつかの態様は、それぞれ、再プログラミングプロセスの後、それと同時、およびその前のゲノム操作の戦略を反映する、(I)、(II)、または(III)を含む方法を使用して得られたゲノム操作されたiPSCを提供する。
【0009】
(I):iPSCを(i)および(ii)のうちの一方または両方を任意の順序で遺伝子操作する:(i)1つ以上の構築物をiPSCに導入して、選択した部位(複数可)で標的化組み込みを可能にする;(ii)(a)選択された部位の認識が可能な1つ以上のエンドヌクレアーゼを使用して、選択された部位(複数可)に1つ以上の二本鎖切断をiPSCに導入する;(b)ステップ(I)(ii)(a)のiPSCを培養し、内因性DNA修復により、選択された部位(複数可)で標的化されたイン/デルを生成できるようにする;それにより、部分的または完全に分化した細胞への分化が可能なゲノム操作されたiPSCを得る。
【0010】
(II):再プログラミング非多能性細胞を遺伝子操作して、ゲノム操作されたiPSCを得る:これには、(i)非多能性細胞を1つ以上の再プログラミング因子、ならびに任意選択で、非多能性細胞の再プログラミングを開始するためのTGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤および/またはROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させることと、(ii)ステップ(II)(i)の再プログラミング非多能性細胞に、(a)および(b):(a)選択された部位での標的化された組み込みを可能にする1つ以上の構築物、(b)選択された部位認識が可能な少なくとも1つのエンドヌクレアーゼを使用して、選択された部位での1つ以上の二本鎖切断、の一方または両方を任意の順序で導入し、次いで、ステップ(II)(ii)(b)の細胞を培養して、内因性DNA修復により、選択された部位に標的化されたイン/デルを生成することができるようにすることと、が含まれ、したがって、得られるゲノム操作されたiPSCは少なくとも1つの機能的な標的化されたゲノム編集を含み、該ゲノム操作されたiPSCは部分的または完全に分化した細胞に分化することができる。
(【0011】以降は省略されています)

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