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公開番号2025155369
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-10-14
出願番号2024059173
出願日2024-04-01
発明の名称マイコプラズマ・ジェニタリウム検出用の塩基配列及びその関連技術
出願人株式会社ミズホメディー,国立感染症研究所長
代理人個人
主分類C12N 15/11 20060101AFI20251006BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】他のマイコプラズマ属とは反応性を示せず、マイコプラズマ・ジェニタリウムの野生型・変異型を問わず網羅的に検出できる検出用の塩基配列を提供する。
【解決手段】マイコプラズマ・ジェニタリウム(Mycoplasma genitalium)の23S rRNA遺伝子配列の2096位～2119位の塩基配列であり、その中で連続する少なくとも20塩基を含む塩基配列もしくはこの塩基配列と相補的な塩基配列を、第1のプライマーとして使用する。
【選択図】図11
特許請求の範囲【請求項１】
マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）の２３ＳｒＲＮＡ遺伝子配列の２０９６位～２１１９位の塩基配列であって、連続する少なくとも２０塩基を含む塩基配列もしくは前記塩基配列と相補的な塩基配列。
続きを表示（約 810 文字）【請求項２】
請求項１記載の塩基配列を第１のプライマーとして使用するマイコプラズマ・ジェニタリウムを検出する方法。
【請求項３】
さらに、マイコプラズマ・ジェニタリウムの２３ＳｒＲＮＡ遺伝子配列の２０２７位～２０５０位の塩基配列であって、連続する少なくとも２０塩基を含む塩基配列もしくは前記塩基配列と相補的な塩基配列を第２のプライマーとして使用する請求項２記載のマイコプラズマ・ジェニタリウムを検出する方法。
【請求項４】
さらに、マイコプラズマ・ジェニタリウムの２３ＳｒＲＮＡ遺伝子配列の２０５４位～２０７８位の塩基配列もしくは前記塩基配列と相補的な塩基配列を標識プローブとして使用する請求項３記載のマイコプラズマ・ジェニタリウムを検出する方法。
【請求項５】
前記標識プローブは、標的とハイブリダイズすると消光する蛍光消光色素で標識されている請求項４記載のマイコプラズマ・ジェニタリウムを検出する方法。
【請求項６】
ＰＣＲの検出温度条件が、第１の温度と、前記第１の温度とは異なる第２の温度とを用いて設定され、マイコプラズマ・ジェニタリウムを検出し、且つ、２３ＳｒＲＮＡ遺伝子中のマクロライド耐性変異の有無を検出する請求項５記載のマイコプラズマ・ジェニタリウムを検出する方法。
【請求項７】
前記第１の温度が５０～５８℃の範囲で設定され、前記第２の温度が６６～７０℃の範囲で設定される請求項６記載のマイコプラズマ・ジェニタリウムを検出する方法。
【請求項８】
請求項１記載の塩基配列からなる第１のプライマーと、請求項３記載の塩基配列からなる第２のプライマーと、請求項４記載の塩基配列からなる標識プローブとを使用して、マイコプラズマ・ジェニタリウムを検出しマクロライド耐性を識別するための試薬。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）を特異的に検出するための塩基配列及びその関連技術、特に、マイコプラズマ・ジェニタリウムのマクロライドの検出方法及びマクロライド耐性の判別方法並びに試薬に関する。
続きを表示（約 2,400 文字）【背景技術】
【０００２】
性感染症は性的な接触によって感染する病気である。感染しても無症状の場合があり、知らない間に他人に感染させてしまうことがある。代表的な性感染症原因菌としては、クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、マイコプラズマ・ジェニタリウムがあり、その混合感染も頻繁に確認されている。これら性感染症原因菌のうち、マイコプラズマ・ジェニタリウムは、女性では無症状感染が多い一方、男性では有症状の割合が高く、尿道炎全体の６０～７０％にあたる非淋菌性尿道炎のうち、１４～１６％がマイコプラズマ・ジェニタリウム尿道炎と報告されている。
【０００３】
性感染症の治療には、静菌作用又は殺菌作用を示す物質である抗菌薬が広く用いられている。抗菌薬には、マクロライド系、テトラサイクリン系、ニューキノロン系等の種類があり、それぞれ作用機序が異なり標的とするターゲットも異なる。ただし、各抗菌薬の標的となるターゲットに一塩基変異や欠損が生じた場合に、これらの抗菌薬が作用できず効果が得られないことがある。
【０００４】
マイコプラズマ・ジェニタリウム感染症についても、抗菌薬の効果が得られ難い、クラミジア感染症と同じ抗菌薬での治療困難例が増加している。その中でもわが国ではマクロライド系抗菌薬の耐性の割合が高く、４０％以上と考えられている。マクロライド系抗菌薬に対して耐性を持つマイコプラズマ・ジェニタリウムの変異株は、その２３ＳｒＲＮＡをコードする遺伝子配列の２０５８位および２０５９位（Ｅ．ｃｏｌｉｎｕｍｂｅｒｒｉｎｇで定められる位置）に一塩基変異を有することによって耐性を示すことが報告されている（非特許文献１参照。）。
【０００５】
マイコプラズマ・ジェニタリウムのマクロライド系抗菌薬に対する耐性を識別する方法として、以下の２つ方法が報告されている。
（１）マイコプラズマ・ジェニタリウムの２３ＳｒＲＮＡ遺伝子配列の特定の塩基配列をシークエンス用プライマーに用いたシークエンス解析による方法（非特許文献２）
（２）マイコプラズマ・ジェニタリウムの２３ＳｒＲＮＡ遺伝子配列の特定の塩基配列を標識プローブとして用いた融解曲線分析による方法（特許文献１（特開２０２３－１３０６６３号公報）及び特許文献２（特表２０２３－５３４４５７号公報）参照。）
【０００６】
非特許文献２記載の方法では、核酸精製後にシークエンス解析を実施するため、精製の操作が煩雑であり、迅速性に欠け、解析を行うためには専用の大型装置が必要になるという問題がある。
【０００７】
特許文献１、２には、マクロライド系抗菌薬に対する耐性識別が可能であることが記載されている。しかし、マイコプラズマ属の２３ＳｒＲＮＡの配列は、保存性が高く、特異性に問題がある。特に、肺炎マイコプラズマの原因菌であるマイコプラズマ・ニューモニエの２３ＳｒＲＮＡ遺伝子配列は、マイコプラズマ・ジェニタリウムの２３ＳｒＲＮＡ遺伝子配列との相同性が高い。マイコプラズマ・ジェニタリウムは尿道炎や子宮頚管炎を引き起こす代表的な性感染症の原因菌であるが、咽頭中にも存在する。咽頭ぬぐい液を試料とした場合、マイコプラズマ・ジェニタリウムの確定診断をするためには、他のマイコプラズマ属との交差性がないプライマーの塩基配列の設計が求められる。
【０００８】
また、マイコプラズマ・ジェニタリウムを検出する方法として、ＭｇＰａ接着オペロン内のｍｇｐＢ遺伝子の部分反復（ＭｇＰａｒ）を標的遺伝子とする方法が報告されている（特許文献３（特許第７１４１４８８号公報）参照。）
【０００９】
特許文献３に記載の方法は標的遺伝子を複数含むことによって高感度化を実現しているものの、マクロライド系抗菌薬に対する耐性識別を実施できないという問題点がある。
特開２０２３－１３０６６３号公報
特表２０２３－５３４４５７号公報
特許第７１４１４８８号公報
ＫａｉｔｌｉｎＡ．Ｔａｇｇｅｔａｌ．，ＦｌｕｏｒｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅａｎｄＭａｃｒｏｌｉｄｅＲｅｓｉｓｔａｎｃｅ－ＡｓｓｏｃｉａｔｅｄＭｕｔａｔｉｏｎｓｉｎＭｙｃｏｐｌａｓｍａｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ．，ＪｏｕｒｎａｌｏｆＣｌｉｎｉｃａｌＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙＪｕｌｙ２０１３Ｖｏｌｕｍｅ５１Ｎｕｍｂｅｒ７
ＲｙｏｉｃｈｉＨａｍａｓｕｎａｅｔａｌ．，ＭｕｔａｔｉｏｎｓｉｎＰａｒＣａｎｄＧｙｒＡｏｆｍｏｘｉｆｌｏｘａｃｉｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔａｎｄｓｕｓｃｅｐｔｉｂｌｅＭｙｃｏｐｌａｓｍａｇｅｎｉｔａｌｉｕｍｓｔｒａｉｎｓ．，ＰＬＯＳＯＮＥ１３（６）：ｅ０１９８３５５
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
他のマイコプラズマ属とは反応性を示せず、マイコプラズマ・ジェニタリウムの野生型・変異型を問わず網羅的に検出できる特異性の高い方法の開発が求められている。さらに、薬剤耐性の観点から、野生型及び変異型の両方を検出できるだけでなく、マイコプラズマ・ジェニタリウムのマクロライド系抗菌薬に対する耐性の有無についても、簡便、迅速、高感度に検出する方法が望まれている。
【課題を解決するための手段】
（【００１１】以降は省略されています）

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