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公開番号2025118480
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-08-13
出願番号2024110610
出願日2024-07-09
発明の名称遺伝子の同一性を比較する方法、及び複数の試料が由来する個体の同一性を判断する方法
出願人個人,HO,CHUN-HSUAN
代理人個人,個人,個人,個人
主分類C12Q 1/6869 20180101AFI20250805BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】遺伝子の同一性を比較する方法、及び複数の試料が由来する個体の同一性を判断する方法を提供する。
【解決手段】本開示内容のいくつかの実施形態は、被検試料と標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子、ショートタンデムリピート配列、及びキラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子との間の同一性を比較し、ヒト白血球抗原遺伝子の比較結果、ショートタンデムリピート配列の比較結果、及びキラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子の比較結果がすべて同一である場合に、標的遺伝子群が被検試料の被検遺伝子群と同一であると判断することが含まれる、遺伝子の同一性を比較する方法を提供する。本開示内容のいくつかの実施形態は、複数の試料が由来する個体の同一性を判断する方法を更に提供する。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
遺伝子の同一性を比較する方法であって、
標的遺伝子群を提供する工程と、
第１の被検試料、第２の被検試料、及び第３の被検試料を含む被検試料を提供する工程と、
前記第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子と前記標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較し、ヒト白血球抗原遺伝子の比較結果を取得する工程と、
前記第２の被検試料のショートタンデムリピート配列と前記標的遺伝子群のショートタンデムリピート配列との間の同一性を比較し、ショートタンデムリピート配列の比較結果を取得する工程と、
前記第３の被検試料のキラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子と前記標的遺伝子群のキラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子との間の同一性を比較し、キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子の比較結果を取得する工程と、
前記ヒト白血球抗原遺伝子の比較結果、前記ショートタンデムリピート配列の比較結果、及び前記キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子の比較結果がすべて同一である場合に、前記標的遺伝子群が前記被検試料の被検遺伝子群と同一であると判断する工程と、
を含む、遺伝子の同一性を比較する方法。
続きを表示（約 1,500 文字）【請求項２】
前記第１の被検試料は、血液を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の被検試料の前記ヒト白血球抗原遺伝子と前記標的遺伝子群の前記ヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較する工程は、
前記第１の被検試料の前記ヒト白血球抗原遺伝子を抽出して増幅する工程と、
次世代シークエンシング法を使用し、前記第１の被検試料の前記ヒト白血球抗原遺伝子と前記標的遺伝子群中の前記ヒト白血球抗原遺伝子との同一性を分析して比較する工程と、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の被検試料の前記ヒト白血球抗原遺伝子と前記標的遺伝子群の前記ヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較する工程は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、又はそれらの組み合わせの遺伝子の同一性を比較する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第１の被検試料の前記ヒト白血球抗原遺伝子と前記標的遺伝子群の前記ヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較する工程は、
前記第１の被検試料の前記ヒト白血球抗原遺伝子中のコード領域と前記標的遺伝子群の前記ヒト白血球抗原遺伝子中のコード領域との同一性を比較する工程と、
前記第１の被検試料の前記ヒト白血球抗原遺伝子中の非コード領域と前記標的遺伝子群の前記ヒト白血球抗原遺伝子中の非コード領域との同一性を比較する工程と、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第２の被検試料は、ヒト組織細胞を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記第２の被検試料の前記ショートタンデムリピート配列と前記標的遺伝子群の前記ショートタンデムリピート配列との間の同一性を比較する工程は、
前記第２の被検試料の前記ショートタンデムリピート配列を抽出する工程と、
シーケンスによるタイピング法を使用し、前記第２の被検試料の前記ショートタンデムリピート配列と前記標的遺伝子群中の前記ショートタンデムリピート配列との同一性を分析して比較する工程と、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第２の被検試料の前記ショートタンデムリピート配列と前記標的遺伝子群の前記ショートタンデムリピート配列との間の同一性を比較する工程は、遺伝子座Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ７Ｓ８２０、ＣＳＦ１ＰＯ、Ｄ３Ｓ１３５８、ＴＨ０１、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ２Ｓ１３３８、Ｄ１９Ｓ４３３、ｖＷＡ、ＴＰＯＸ、Ｄ１８Ｓ５１、アメロゲニン遺伝子、Ｄ５Ｓ８１８、ＦＧＡ、又はそれらの組み合わせの遺伝子の同一性を比較する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記第３の被検試料は、血液を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記第３の被検試料の前記キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子と前記標的遺伝子群の前記キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子との間の同一性を比較する工程は、
前記第３の被検試料の前記キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子を抽出する工程と、
ポリメラーゼ連鎖反応－配列特異的オリゴヌクレオチド法、ポリメラーゼ連鎖反応－配列特異的プライマー法、シーケンスによるタイピング法又はそれらの組み合わせを使用し、前記第３の被検試料の前記キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子と前記標的遺伝子群中の前記キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子との同一性を分析して比較する工程と、
を含む、請求項１に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本開示内容は、遺伝子の同一性を比較する方法、及び複数の試料が由来する個体の同一性を判断する方法に関するものである。
続きを表示（約 1,800 文字）【背景技術】
【０００２】
細胞療法又は臓器移植では、作用細胞と元の個体細胞との遺伝子の同一性が高いほど、免疫拒絶を引き起こすリスクが低くなり、作用細胞と元の個体細胞が同じ個体に由来する場合に、免疫拒絶のリスクを最小限に抑えることができる。従って、個体が健康な状態にある場合には、後で細胞療法又は臓器移植を行う必要がある場合に使用するように、個体細胞を予め凍結保存して使用に備えることができる。しかしながら、細胞凍結保存庫には、通常、異なる個体に由来する大量の細胞が同時に保存されるため、治療に使用される作用細胞を取り違えると、個体に深刻な免疫拒絶反応を引き起こすことになる。
【０００３】
従って、免疫拒絶のリスクを軽減するために、治療前に作用細胞（以下、被検試料という）と元の個体細胞（以下、標的試料という）が同じ個体由来であるか否かを確認してから後の治療を継続する必要がある。
【０００４】
しかしながら、従来の遺伝子比較方法は、精度が限られており（例えば、ショートタンデムリピート配列（ｓｈｏｒｔｔａｎｄｅｍｒｅｐｅａｔｓ、ＳＴＲ）の同定、遺伝子が８０％以上同一であると、同じ個体と判定される）、依然として大きな誤判定するリスクが存在する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
従って、遺伝子の同一性を比較し及び複数の試料が由来する個体の同一性を判断する方法の正確性を如何に向上させるのは、解決すべき問題である。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本開示内容のいくつかの実施形態は、標的遺伝子群を提供する工程と、第１の被検試料、第２の被検試料、及び第３の被検試料を含む被検試料を提供する工程と、第１の被検試料のヒト白血球抗原（ｈｕｍａｎｌｅｕｋｏｃｙｔｅａｎｔｉｇｅｎ、ＨＬＡ）遺伝子と標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較し、ヒト白血球抗原遺伝子の比較結果を取得する工程と、第２の被検試料のショートタンデムリピート配列（ＳＴＲ）と標的遺伝子群のショートタンデムリピート配列との間の同一性を比較し、ショートタンデムリピート配列の比較結果を取得する工程と、第３の被検試料のキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ｋｉｌｌｅｒ－ｃｅｌｌｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ－ｌｉｋｅｒｅｃｅｐｔｏｒ、ＫＩＲ）遺伝子と標的遺伝子群のキラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子との間の同一性を比較し、キラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子の比較結果を取得する工程と、ヒト白血球抗原遺伝子の比較結果、ショートタンデムリピート配列の比較結果、及びキラー細胞免疫グロブリン様受容体遺伝子の比較結果がすべて同一である場合に、標的遺伝子群が被検試料の被検遺伝子群と同一であると判断する工程と、を含む、遺伝子の同一性を比較する方法を提供する。
【０００７】
いくつかの実施形態では、第１の被検試料は、血液を含む。
【０００８】
いくつかの実施形態では、第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子と標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較する工程は、第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子を抽出して増幅する工程と、次世代シークエンシング法を使用し、第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子と標的遺伝子群中のヒト白血球抗原遺伝子との同一性を分析して比較する工程と、を含む。
【０００９】
いくつかの実施形態では、第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子と標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較する工程は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、又はそれらの組み合わせの遺伝子の同一性を比較する工程を含む。
【００１０】
いくつかの実施形態では、第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子と標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子との間の同一性を比較する工程は、第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子中のコード領域と標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子中のコード領域との同一性を比較する工程と、第１の被検試料のヒト白血球抗原遺伝子中の非コード領域と標的遺伝子群のヒト白血球抗原遺伝子中の非コード領域との同一性を比較する工程と、を含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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