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公開番号2025107175
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-07-17
出願番号2025060960,2021541152
出願日2025-04-02,2020-01-30
発明の名称オリゴヌクレオチド組成物及びその方法
出願人ウェイブライフサイエンシズリミテッド,WAVE LIFE SCIENCES LTD.
代理人個人,個人,個人,個人
主分類C12N 15/11 20060101AFI20250710BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】オリゴヌクレオチド、組成物及び方法に関する。
【解決手段】とりわけ、本開示は、様々な病態、障害又は疾患を予防及び/又は治療するためのオリゴヌクレオチド、組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾及び/又はそれらのパターンを含み、且つ向上した特性、活性及び/又は選択性を有する。一部の実施形態において、本開示は、ハンチントン病などのHTT関連病態、障害又は疾患のためのオリゴヌクレオチド、組成物及び方法を提供する。
【選択図】図1A
特許請求の範囲【請求項１】
オリゴヌクレオチドであって、
（ａ）前記オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰｒｓ３６２２７３を標的化し、及び前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、塩基配列ＧＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）の、ＳＮＰ位置を含む少なくとも１５個の隣接塩基を含むか；
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰｒｓ３６２２７２を標的化し、及び前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、塩基配列ＡＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧ、ＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧＧＣＴ、ＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧＧ、ＣＡＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡ、ＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧ、ＧＣＡＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣ又はＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧＧＣ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）の、ＳＮＰ位置を含む少なくとも１５個の隣接塩基を含むか；
（ｃ）前記オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰｒｓ３６２２７３を標的化し、及び前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、塩基配列ＡＧＣＴＧＣＴＧＣＴＡＣＡＧＡＴＣＡＡＣ、ＡＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣ、ＧＧＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ、ＧＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ又はＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）の、ＳＮＰ位置を含む少なくとも１５個の隣接塩基を含むか；
（ｄ）前記オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰｒｓ３６２３０７を標的化し、及び前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、塩基配列ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣ、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴ又はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）の、ＳＮＰ位置を含む少なくとも１５個の隣接塩基を含むか；
（ｅ）前記オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰｒｓ３６２３３１を標的化し、及び前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、塩基配列ＧＴＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）の、ＳＮＰ位置を含む少なくとも１５個の隣接塩基を含むか；又は
（ｆ）前記オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰｒｓ３６３０９９を標的化し、及び前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、塩基配列ＡＡＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣ、ＡＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴ、ＣＡＡＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣ、ＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣＣＡ、ＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣＣ、ＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣ又はＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣＣＡＡ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）の、ＳＮＰ位置を含む少なくとも１５個の隣接塩基を含み；
前記オリゴヌクレオチドは、１つ以上のキラルインターヌクレオチド結合を含む、オリゴヌクレオチド。
続きを表示（約 1,700 文字）【請求項２】
前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、
（ａ）ＧＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）；
（ｂ）ＡＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧ、ＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧＧＣＴ、ＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧＧ、ＣＡＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡ、ＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧ、ＧＣＡＣＡＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣ又はＴＡＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＴＧＣＡＧＧＧＣ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）；
（ｃ）ＡＧＣＴＧＣＴＧＣＴＡＣＡＧＡＴＣＡＡＣ、ＡＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣ、ＧＧＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ、ＧＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ又はＴＴＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）；
（ｄ）ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣ、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴ又はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）；
（ｅ）ＧＴＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）；又は
（ｆ）ＡＡＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣ、ＡＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴ、ＣＡＡＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣ、ＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣＣＡ、ＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣＣ、ＧＧＣＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣ又はＴＧＡＧＣＧＧＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣＣＡＡ（式中、各Ｔは、独立に、Ｕに置き換えられ得る）
を含むか又はそれである、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
前記オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオチド結合は、独立に、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、又は
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である、請求項１又は２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４】
１つ以上の天然リン酸結合、１つ以上のＳｐホスホロチオエート結合及び１つ以上のＲｐｎ００１結合を含む、請求項１又は２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項５】
それぞれ独立に１つ以上の修飾糖を含む５’－ウィング及び３’－ウィング並びに前記５’－ウィングと前記３’－ウィングとの間のコアを含むか又はそれからなる、請求項１～４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
５個の連続する２’－ＯＭｅ修飾糖を含む５’－ウィングと、５個の連続する２’－ＯＭｅ修飾糖を含む３’－ウィングとを含む、請求項５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項７】
前記コアは、１つ以上の非修飾天然ＤＮＡ糖を含む、請求項５又は６に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
オリゴヌクレオチドであって、ＷＶ－２１４０４、ＷＶ－２１４０５、ＷＶ－２１４０６、ＷＶ－２１４１２、ＷＶ－１２２８２、ＷＶ－１２２８３、ＷＶ－１２２８４、ＷＶ－１９８４０、ＷＶ－２１１７８、ＷＶ－２１１７９、ＷＶ－２１１８０、ＷＶ－２１１８１、ＷＶ－２１４０３、ＷＶ－２１４０９、ＷＶ－２１４１０、ＷＶ－２１４４７、ＷＶ－２１４４８、ＷＶ－２３６８９、ＷＶ－２３６９０、ＷＶ－２３６９１、ＷＶ－２３６９２、ＷＶ－２８１５２、ＷＶ－２８１５３、ＷＶ－２８１５４、ＷＶ－２８１５５、ＷＶ－２８１５７、ＷＶ－２８１５８、ＷＶ－２８１５９、ＷＶ－２８１６０、ＷＶ－２８１６１、ＷＶ－２８１６２、ＷＶ－２８１６３、ＷＶ－２８１６４、ＷＶ－２８１６５、ＷＶ－２８１６６、ＷＶ－２８１６７又はＷＶ－２８１６８であるオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
薬学的に許容可能な塩の形態である、請求項１～８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
ナトリウム塩形態である、請求項１～９のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年２月１日に出願された米国仮特許出願第６２／８００，４０９号及び２０１９年１０月６日に出願された米国仮特許出願第６２／９１１，３３５号に対する優先権を主張するものであり、これらの各々の全体は、参照により本明細書に援用される。
続きを表示（約 4,600 文字）【背景技術】
【０００２】
背景
特定の遺伝子を標的化するオリゴヌクレオチドは、様々な適用、例えば、限定はされないが、標的遺伝子に関係する様々な障害の治療を含む治療、診断及び／又は研究適用において有用である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
概要
一部の実施形態において、本開示は、大幅に向上した特性及び／又は活性を有するオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。とりわけ、本開示は、かかるオリゴヌクレオチド及び組成物を設計、製造及び利用する技術を提供する。特に、一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される１つ以上の他の構造要素、例えば塩基配列（又はその一部分）、核酸塩基修飾（及びそのパターン）、インターヌクレオチド結合修飾（及びそのパターン）、追加の化学的部分などと組み合わせたとき、限定はされないが、ＨＴＴ（ハンチンチン）遺伝子の突然変異アレル（この突然変異アレルは、ハンチントン病に関連する伸長ＣＡＧリピート領域と同じ染色体上にある（それと同相である））のアレル特異的ノックダウンを含めた、高度な活性及び／又は所望の特性をオリゴヌクレオチド及び組成物に付与し得る有用なインターヌクレオチド結合パターン［例えば、タイプ、修飾及び／又はキラル結合リンの配置（Ｒｐ又はＳｐ）等］及び／又は糖修飾パターン（例えば、タイプ、パターン等）を提供する。
【０００４】
一部の実施形態において、標的ＨＴＴ核酸は、鑑別位置と、ハンチントン病に関連する伸長ＣＡＧリピート領域（例えば、約３６ＣＡＧ超）などの突然変異との両方を含む突然変異体である。一部の実施形態において、参照又は非標的ＨＴＴ核酸は、野生型であり、鑑別位置に関する別のバリアントを含み、伸長ＣＡＧリピート領域を欠いている（例えば、ＣＡＧリピート領域が約３５ＣＡＧ未満であり、ハンチントン病との関連性がない。一部の実施形態において、ＨＴＴオリゴヌクレオチド（ＨＴＴ標的ＨＴＴ核酸を標的化するオリゴヌクレオチド）は、標的ＨＴＴ核酸と参照ＨＴＴ核酸とを鑑別する能力を有し、標的ＨＴＴ核酸のアレル特異的ノックダウンの媒介能を有する。一部の実施形態において、鑑別位置は、一塩基多型（ＳＮＰ）部位、点突然変異等である。一部の実施形態において、標的ＨＴＴ核酸配列と参照ＨＴＴ核酸配列とは、ＳＮＰ部位に異なる塩基を含む。一部の実施形態において、標的ＨＴＴ核酸中のある部位は、本開示のオリゴヌクレオチド中のある部位と完全に相補的である一方、参照ＨＴＴ核酸中の対応する部位は、相補的でない。例えば、一部の実施形態において、標的ＨＴＴ核酸配列は、ｒｓ３６２２７３を含み、このＳＮＰ位置がＡであり、そのアレルが伸長ＣＡＧリピート（例えば、３６個以上）を含み、それがハンチントン病に関連し；参照ＨＴＴ核酸配列は、ｒｓ３６２２７３を含み、このＳＮＰ位置がＧであり、そのアレルが含むＣＡＧリピートがより少なく（例えば、３５個以下）、これは、ハンチントン病との関連性が低いか又は全くない。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列、例えばＧＵＵＧＡＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴは、特定の部位、例えばＳＮＰ部位で標的ＨＴＴ核酸配列と相補的である（例えば、
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について、
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は、ＳＮＰｒｓ３６２２７３位置の
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と相補的である）。
【０００５】
一部の実施形態において、ＨＴＴオリゴヌクレオチドは、標的突然変異ＨＴＴ核酸と野生型ＨＴＴ核酸とで違いがない塩基配列を有する。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチドは、突然変異ＨＴＴ及び野生型ＨＴＴの両方のレベル、発現及び／又は活性をノックダウンする能力を有し；このオリゴヌクレオチドは、汎特異的オリゴヌクレオチド又は非アレル特異的オリゴヌクレオチドとして設計され得る。
【０００６】
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、様々な病態、障害又は疾患、特にハンチントン病を含むＨＴＴ関連病態、障害又は疾患の予防及び／又は治療に有用である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、ハンチントン病に関連するＨＴＴ転写物及び／又はそれによってコードされる産物のレベルを選択的に低下させる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、伸長ＣＡＧリピート（例えば、３６個以上）を含むＨＴＴ転写物及び／又はそれによってコードされる産物のレベルを選択的に低下させる。
【０００７】
とりわけ、本開示は、ＨＴＴオリゴヌクレオチドの構造要素を制御すると、ＨＴＴ標的遺伝子（又はその産物）のノックダウン（例えば、活性、発現及び／又はレベルの減少）を含め、オリゴヌクレオチド特性及び／又は活性に大きく影響し得るという認識を包含する。一部の実施形態において、ハンチントン病は、ＣＡＧ伸長（例えば、複数のＣＡＧリピートを含む領域の長さの増加）を含む突然変異ＨＴＴアレルの存在に関連する。一部の実施形態において、ノックダウンは、アレル特異的である（ここで、ＨＴＴの突然変異アレルが野生型と比べて優先的にノックダウンされる）。一部の実施形態において、ノックダウンは、汎特異的である（ここで、ＨＴＴの突然変異アレル及び野生型アレルの両方が有意にノックダウンされる）。一部の実施形態において、ＨＴＴ標的遺伝子のノックダウンは、ＲＮアーゼＨ及び／又は翻訳に影響する立体障害によって媒介される。一部の実施形態において、ＨＴＴ標的遺伝子のノックダウンは、ＲＮＡ干渉が関わる機構によって媒介される。一部の実施形態において、ＨＴＴオリゴヌクレオチドの制御される構造要素としては、限定はされないが、塩基配列、化学修飾（例えば、糖、塩基及び／又はインターヌクレオチド結合の修飾）又はそのパターン、立体化学（例えば、骨格キラルインターヌクレオチド結合の立体化学）の変化又はそのパターン、第１若しくは第２のウィング又はコアの構造及び／又は追加の化学的部分（例えば、炭水化物部分、ターゲティング部分等）とのコンジュゲーションが挙げられる。特に、一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド設計の他の側面の制御及び／又は炭水化物部分の取込みを任意選択で伴う、骨格キラル中心の立体化学（結合リンの立体化学）の制御により、ＨＴＴオリゴヌクレオチドの特性及び／又は活性が大幅に向上し得ることを実証する。
【０００８】
一部の実施形態において、本開示は、任意の機構で動作し、且つ本明細書に記載される任意の配列、構造又はフォーマット（又はその一部分）を含む任意のＨＴＴオリゴヌクレオチドであって、塩基、糖又はインターヌクレオチド結合の少なくとも１つの天然に存在しない修飾を含むオリゴヌクレオチドに関する。
【０００９】
一部の実施形態において、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、このオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合［その結合リンがＲｐ若しくはＳｐ配置であるか又はそれについて高純度化されており（例えば、組成物中の同じ化学構成を有する全オリゴヌクレオチドの８０～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、９５％～１００％若しくは８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれを超えるものが結合リンに同じ立体化学を共有している）、ＲｐとＳｐとのランダムな混合物でないインターヌクレオチド結合、かかるインターヌクレオチド結合は、「立体的に定義されたインターヌクレオチド結合」］、例えばその結合リンがＲｐ又はＳｐであるホスホロチオエート結合も含む。一部の実施形態において、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の数は、１～１００、１～５０、１～４０、１～３５、１～３０、１～２５、１～２０、５～１００、５～５０、５～４０、５～３５、５～３０、５～２５、５～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５個である。一部の実施形態において、少なくとも１つのインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、Ｓｐであり、及び／又は少なくとも１つのインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、Ｒｐである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその一部分（例えば、コア）の骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ（Ｓｐ）
２
であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその一部分（例えば、コア）の骨格キラル中心のパターンは、（Ｎｐ）ｔ［（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ］ｙ（式中、ｔ、ｎ、ｍ及びｙの各々は、独立に、本明細書に記載されるとおりである）であるか又はそれを含む。
【００１０】
一部の実施形態において、本開示は、鑑別位置（そこにある塩基又はそこにある相補塩基によって標的突然変異ＨＴＴ核酸と参照野生型ＨＴＴ核酸とを鑑別することができる位置）に対して－１位、＋１位又は＋３位にキラル制御されたＲｐインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは、高い活性及び／又は選択性を付与することができ、一部の実施形態では、疾患関連転写物及び／又はそれによってコードされる産物のレベルを低下させるために特に有用であり得ることを実証する。特に指定されない限り、Ｒｐインターヌクレオチド結合の位置の決め方に関して、「－」は、鑑別位置のヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの５’末端に向かって数え、鑑別位置のヌクレオシドの５’炭素に結合したインターヌクレオチド結合を－１位のインターヌクレオチド結合とし、「＋」は、鑑別位置のヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの３’末端に向かって数え、鑑別位置のヌクレオシドの３’炭素に結合したインターヌクレオチド結合を＋１位のインターヌクレオチド結合とする。一部の実施形態では、－１位のＲｐが活性及び選択性の増加をもたらした。一部の実施形態において、＋１位のＲｐが活性及び選択性の増加をもたらした。一部の実施形態において、＋３位のＲｐが活性の増加をもたらした。例えば、本明細書に示されるとおり、ＨＴＴオリゴヌクレオチドＷＶ－１２２８１（ＳＮＰ位置に対して－１位にあるＲｐ配置の１個のホスホロチオエート）、ＷＶ－１２２８２（＋１）及びＷＶ－１２２８４（＋３）は、突然変異アレルのアレル特異的ノックダウンに利用したとき、高い選択性を付与することができる。
（【００１１】以降は省略されています）

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