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公開番号2025042710
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-03-28
出願番号2023149800
出願日2023-09-15
発明の名称加齢黄斑変性の治療抵抗性を評価する方法、試薬及びキット
出願人国立大学法人京都大学,株式会社カネカ
代理人弁理士法人平木国際特許事務所
主分類C12N 15/11 20060101AFI20250321BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】従来よりも高い感度及び精度で、AMD治療抵抗性を評価する方法、並びにこれに使用可能な試薬及びキットを提供する。
【解決手段】対象から取り出した試料中の核酸におけるrs10490924及びrs800292の一塩基多型(SNP)を検出し、検出されたrs10490924及びrs800292のアレルの組み合わせから、対象のAMD治療抵抗性を評価する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
対象の加齢黄斑変性（ＡＭＤ）治療抵抗性を評価する方法であって、
前記対象から取り出した試料中の核酸におけるｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する検出工程；及び、
検出されたｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２のアレルの組み合わせから、対象のＡＭＤ治療抵抗性を評価する評価工程；
を含む方法。
続きを表示（約 1,300 文字）【請求項２】
前記検出工程が、前記対象から取り出した試料中の核酸におけるｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２のＳＮＰを含む核酸領域を、同一系内で同時に増幅及び検出することを含み、
前記検出工程において、以下の１）～３）の特徴を有する、ｒｓ１０４９０９２４のＧアレル、Ｔアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第１核酸プローブ及び第２核酸プローブ、並びにｒｓ８００２９２のＡアレル、Ｇアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第３核酸プローブ及び第４核酸プローブが使用される、請求項１に記載の方法：
１）プローブ長が８～２９ｍｅｒである；
２）人工核酸が１～１２個である；及び
３）一方の末端領域に蛍光団、もう一方の末端領域に消光団を有する。
【請求項３】
前記検出工程で、ＡＲＭＳ２遺伝子又はｒｓ１０４９０９２４を含むその断片を増幅するための第１プライマーセット、及び補体因子Ｈ（ＣＦＨ）遺伝子又はｒｓ８００２９２を含むその断片を増幅するための第２プライマーセットを用いるマルチプレックスＰＣＲが行われる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記人工核酸がロックド核酸（ＬＮＡ）である、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記第１核酸プローブ、第２核酸プローブ、第３核酸プローブ及び第４核酸プローブにおいて、検出対象のＳＮＰの結合部位に隣接する塩基の少なくとも１つがＬＮＡである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜擦過物、組織試料又は他の体液試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記試料は、唾液又は口腔粘膜擦過物であり、核酸精製工程を含まず、ｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２を含む複数のＳＮＰを増幅及び検出する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
対象のＡＭＤ治療抵抗性を評価する試薬又はキットであって、
ＡＲＭＳ２遺伝子又はｒｓ１０４９０９２４を含むその断片を増幅するための第１プライマーセット；ＣＦＨ遺伝子又はｒｓ８００２９２を含むその断片を増幅するための第２プライマーセット；及び
以下の１）～３）の特徴を有する、ｒｓ１０４９０９２４のＧアレル、Ｔアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第１核酸プローブ及び第２核酸プローブ、並びにｒｓ８００２９２のＡアレル、Ｇアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第３核酸プローブ及び第４核酸プローブ：
１）プローブ長が８～２９ｍｅｒである；
２）人工核酸が１～１２個である；及び
３）一方の末端領域に蛍光団、もう一方の末端領域に消光団を有する；
を含む、試薬又はキット。
【請求項９】
第１プライマーセット、第２プライマーセット、第１核酸プローブ、第２核酸プローブ、第３核酸プローブ及び第４核酸プローブが同一の容器内に含まれ、マルチプレックスＰＣＲに適用される、請求項８に記載の試薬又はキット。
【請求項１０】
前記人工核酸がＬＮＡである、請求項８に記載の試薬又はキット。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、加齢黄斑変性の治療抵抗性を評価する方法、試薬及びキットに関する。
続きを表示（約 3,500 文字）【背景技術】
【０００２】
加齢黄斑変性（ａｇｅ－ｒｅｌａｔｅｄｍａｃｕｌａｒｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）（以下ＡＭＤ）は加齢、喫煙、遺伝等の要因により、眼底の網膜中心部の黄斑部に変性、血管新生を生じ、視力低下、中心暗点、変視症などの症状を引き起こす神経変性疾患である。ＡＭＤの患者数は年々増加傾向である。ＡＭＤの代表的な治療法としては、例えば、ＶＥＧＦ阻害剤の投与が知られるが、ＶＥＧＦ阻害剤は高額であり、継続的な投与が必要となるため、患者の経済的、身体的な負担が大きい。また、過剰や薬剤投与が網膜の萎縮を引き起こし、視力低下につながることも知られる。ＡＭＤの進展の予防としては、ビタミンＣ、Ｅ、β-カロチン、ルテイン、ゼアキサンチン等の抗酸化ビタミン、微量ミネラル、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）、エイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）等のω－３多価不飽和脂肪酸の日常的な摂取が有効とされている（非特許文献１）。
【０００３】
ＡＭＤの発症には、複数の遺伝子の一塩基多型（ＳＮＰ）の関与が報告されている。特許文献１及び特許文献２には、ＡＭＤへの易罹患性を評価するマーカーとして複数のＳＮＰが開示されている。また、非特許文献２には、ＡＭＤ患者に対しＶＥＧＦ阻害剤の３回の初期投与後に要した追加治療と、ｒｓ１０４９０９２４のアレルとに相関があることが報告されている。さらに、試料から精製した核酸中のこれらのＳＮＰを検出するための試薬も市販されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
特表２００８－５４５４３８号公報
特開２０１１－１３５８３８号公報
【非特許文献】
【０００５】
石田晋、加齢黄斑変性の予防医学学術の動向、17巻12号、pp． 12_80－12_85（2012年12月）
K. Yamashiro, Nature Scientific Reports, 7: 9196 (2017), DOI:10.1038/s41598-017-09632-0
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
上記の通り、ＡＭＤ患者に対しＶＥＧＦ阻害剤の初期投与後に要した追加治療、すなわち治療抵抗性に関連するＳＮＰが報告されている。しかし、ＳＮＰ単独の検出結果を使用するよりも、他のＡＭＤ治療抵抗性との関連性の高い複数のＳＮＰを組み合わせて検出することで、より感度及び精度の高い治療抵抗性の評価が可能となることが期待できる。しかしながら、特にアジア人において、実際にＡＭＤ治療抵抗性と関連性の高いＳＮＰの組み合わせについては、これまで明確な実証はされていない。
【０００７】
本発明は、複数のＳＮＰの検出結果を組み合わせることで、従来よりも高い感度及び精度で、ＡＭＤの治療抵抗性を評価する方法、並びにこれに使用可能な試薬及びキットを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、以下を提供するものである。
［１］対象のＡＭＤ治療抵抗性を評価する方法であって、
前記対象から取り出した試料中の核酸におけるｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する検出工程；及び、
検出されたｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２のアレルの組み合わせから、対象のＡＭＤ治療抵抗性を評価する評価工程；
を含む方法。
［２］前記検出工程が、前記対象から取り出した試料中の核酸におけるｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２のＳＮＰを含む核酸領域を、同一系内で同時に増幅及び検出することを含み、
前記検出工程において、以下の１）～３）の特徴を有する、ｒｓ１０４９０９２４のＧ
アレル、Ｔアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第１核酸プローブ及び第２核酸プローブ、並びにｒｓ８００２９２のＡアレル、Ｇアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第３核酸プローブ及び第４核酸プローブが使用される、［１］に記載の方法：
１）プローブ長が８～２９ｍｅｒである；
２）人工核酸が１～１２個である；及び
３）一方の末端領域に蛍光団、もう一方の末端領域に消光団を有する。
［３］前記検出工程で、ＡＲＭＳ２遺伝子又はｓ１０４９０９２４を含むその断片を増幅するための第１プライマーセット、及び補体因子Ｈ（ＣＦＨ）遺伝子又はｒｓ８００２９２を含むその断片を増幅するための第２プライマーセットを用いるマルチプレックスＰＣＲが行われる、［２］に記載の方法。
［４］前記人工核酸がロックド核酸（ＬＮＡ）である、［２］又は［３］に記載の方法。
［５］前記第１核酸プローブ、第２核酸プローブ、第３核酸プローブ及び第４核酸プローブにおいて、検出対象のＳＮＰの結合部位に隣接する塩基の少なくとも１つがＬＮＡである、［４］に記載の方法。
［６］前記試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜擦過物、組織試料又は他の体液試料である、［１］～［５］のいずれかに記載の方法。
［７］前記試料は、唾液又は口腔粘膜擦過物であり、核酸精製工程を含まず、ｒｓ１０４９０９２４及びｒｓ８００２９２を含む複数のＳＮＰを増幅及び検出する工程を含む、［１］～［６］のいずれかに記載の方法。
［８］対象のＡＭＤ治療抵抗性を評価するための試薬又はキットであって、
ＡＲＭＳ２遺伝子又はｒｓ１０４９０９２４を含むその断片を増幅するための第１プライマーセット；ＣＦＨ遺伝子又はｒｓ８００２９２を含むその断片を増幅するための第２プライマーセット；及び
以下の１）～３）の特徴を有する、ｒｓ１０４９０９２４のＧアレル、Ｔアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第１核酸プローブ及び第２核酸プローブ、並びにｒｓ８００２９２のＡアレル、Ｇアレルを含む領域にそれぞれハイブリダイズする第３核酸プローブ及び第４核酸プローブ：
１）プローブ長が８～２９ｍｅｒである；
２）人工核酸が１～１２個である；及び
３）一方の末端領域に蛍光団、もう一方の末端領域に消光団を有する；
を含む、試薬又はキット。
［９］第１プライマーセット、第２プライマーセット、第１核酸プローブ、第２核酸プローブ、第３核酸プローブ及び第４核酸プローブが同一の容器内に含まれ、マルチプレックスＰＣＲに適用される、［８］に記載の試薬又はキット。
［１０］前記人工核酸がＬＮＡである、［８］又は［９］に記載の試薬又はキット。
［１１］対象から取り出した試料中の核酸におけるｒｓ８００２９２及びｒｓ１０４９０９２４のＳＮＰを検出するために使用される、［８］～［１０］のいずれかに記載の試薬又はキット。
［１２］前記試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜擦過物、組織試料又は他の体液試料である、［１１］に記載の試薬又はキット。
［１３］前記第１核酸プローブ、第２核酸プローブ、第３核酸プローブ及び第４核酸プローブにおいて、検出対象のＳＮＰの結合部位に隣接する塩基の少なくとも１つがＬＮＡである、［１０］～［１２］のいずれかに記載の試薬又はキット。
【発明の効果】
【０００９】
本発明によれば、従来よりも高い感度及び精度で、ＡＭＤ治療抵抗性を評価することが可能な方法、試薬及びキットを提供することが可能である。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
本発明の第１核酸プローブの塩基長及びＬＮＡの数と、実用可能性との関係を示す対応表である。
本発明の第２核酸プローブの塩基長及びＬＮＡの数と、実用可能性との関係を示す対応表である。
本発明の第３核酸プローブの塩基長及びＬＮＡの数と、実用可能性との関係を示す対応表である。
本発明の第４核酸プローブの塩基長及びＬＮＡの数と、実用可能性との関係を示す対応表である。
実施例１の各ｒｓ１０１９０９２４／ｒｓ８００２９２アレル群のＡＭＤ患者の３ヶ月後の視力変化を示す箱ひげ図である。
実施例１の各ｒｓ１０１９０９２４／ｒｓ８００２９２アレル群のＡＭＤ患者の１年後の視力変化を示す箱ひげ図である。
【発明を実施するための形態】
（【００１１】以降は省略されています）

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