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公開番号2025026923
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-02-26
出願番号2024199831,2021526460
出願日2024-11-15,2019-11-14
発明の名称操作されたCD25ポリペプチドおよびその使用
出願人アイバイオ, インク.,iBio, Inc.
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C07K 14/715 20060101AFI20250218BHJP(有機化学)
要約【課題】CD25またはその部分に対する構造的および/または動力学的類似性を有する新たな操作されたポリペプチドを提供する。
【解決手段】少なくとも1つの拘束がCD25参照標的に由来する空間的に関連するトポロジー的拘束の組み合わせを含む操作されたポリペプチド、およびこの操作されたポリペプチドを選択する方法が、開示される。抗体などの結合分子のライブラリーをスクリーニングする方法において、陽性および/または陰性選択分子などを含む、操作されたポリペプチドを使用する方法が、さらに開示される。これらの操作されたポリペプチドを使用して選択されたCD25抗体が、さらに開示される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
ＣＤ２５参照標的と少なくとも４６％の構造的および／または動力学的同一性を共有す
る操作されたポリペプチドであって、前記ＣＤ２５参照標的が、
TIFF
2025026923000112.tif
112
163
から選択されるＣＤ２５の一部分である、操作されたポリペプチド。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年９月１８日出願の米国仮特許出願第６２／９０２，３３４号；お
よび２０１８年１１月１４日出願の米国仮特許出願第６２／７６７，４３１号の利益を主
張し、これらの開示は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 3,900 文字）【背景技術】
【０００２】
ＣＤ２５タンパク質は、インターロイキン－２（ＩＬ－２）受容体のアルファ鎖であり
、調節性Ｔ細胞および活性化されたＴ細胞上に存在する膜貫通タンパク質である。正常な
状態では、調節性Ｔ細胞は、ＣＤ２５を構成的に発現し、エフェクターＴ細胞の拡大増殖
を抑制するように作用する。調節性Ｔ細胞は、健康な状態を維持し、エフェクターＴ細胞
が自己抗原に対して反応することまたは外来抗原に対して過剰反応することを阻害する。
正常な保護的免疫応答では、エフェクターＴ細胞は、外来抗原との接触後に増大し、調節
性Ｔ細胞による阻害を克服する。しかし、増殖性疾患の場合、がん細胞は、調節性Ｔ細胞
の量を増加させ、それによって、がん細胞に対するエフェクターＴ細胞の生成を制限する
ことによって、健康な免疫応答を無効にする場合がある。したがって、例えば、がん治療
における使用のために免疫系を抑えるための、ＣＤ２５発現調節性Ｔ細胞の増殖を変更す
る治療薬に興味が持たれている。これらの治療薬には、ＣＤ２５標的化抗体が含まれ得る
。
【０００３】
ＣＤ２５標的化抗体は、ＣＤ２５免疫原を使用した動物の免疫化によって産生され得る
が、ＣＤ２５免疫原を開発する現行の方法は、予測不能な望ましくない特徴、例えば、抗
体の混乱または種を横断した低い交差反応性をもたらす場合が多い。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
したがって、ＣＤ２５またはその部分に対する構造的および／または動力学的類似性を
有する新たな操作されたポリペプチド、例えば、ＩＬ－２結合部位の外側のエピトープを
模倣するように設計された操作されたポリペプチドが、当該分野で必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
一態様では、本開示は、ＣＤ２５参照標的と少なくとも４６％の構造的および／または
動力学的同一性を共有する操作されたポリペプチドであって、ＣＤ２５参照標的が、ＣＤ
２５残基５５～６３、１３～２０：１２７～１３２、５～１７、５～１１：１５６～１６
３、７７～８９、１４７～１５７、１１～１４または４４～５６から選択されるＣＤ２５
の一部分である、操作されたポリペプチドを提供する。
【０００６】
実施形態では、操作されたポリペプチドは、ＣＤ２５参照標的と少なくとも６０％の構
造的および／または動力学的同一性を共有する。実施形態では、操作されたポリペプチド
は、ＣＤ２５参照標的と少なくとも８０％の構造的および／または動力学的同一性を共有
する。実施形態では、操作されたポリペプチドは、配列番号１～１６から選択されるアミ
ノ酸配列と少なくとも８０％の配列同一性を共有する。実施形態では、操作されたポリペ
プチドは、ＣＤ２５参照標的と少なくとも４６％の構造的および／または動力学的同一性
を共有し、ＣＤ２５参照標的は、ＣＤ２５残基５５～６３、１３～２０：１２７～１３２
、５～１７、５～１１：１５６～１６３、７７～８９、１４７～１５７、１１～１４また
は４４～５６から選択されるＣＤ２５の一部分である。実施形態では、操作されたポリペ
プチドは、ＣＤ２５参照標的と少なくとも８０％の構造的および／または動力学的同一性
を共有する。実施形態では、ＣＤ２５参照標的に対する構造的および／または動力学的同
一性は、ＰＤＢＩＤ番号２ＥＲＪ、Ａ鎖で寄託されたＣＤ２５の構造を使用して決定さ
れる。実施形態では、操作されたポリペプチドは、Ｎ末端改変またはＣ末端改変を含み、
適宜、Ｎ末端ビオチン－ＰＥＧ
２
－またはＣ末端－ＧＳＧＳＧＫ－ビオチンを含む。
【０００７】
実施形態では、操作されたポリペプチドのアミノ酸の１０％～９８％の間は、１つ以上
のＣＤ２５参照標的由来拘束を満たす。実施形態では、１つ以上のＣＤ２５参照標的由来
拘束を満たすアミノ酸は、ＣＤ２５参照標的と、８．０Å未満の骨格平均二乗偏差（ＲＳ
ＭＤ）の構造的相同性を有する。実施形態では、１つ以上のＣＤ２５参照標的由来拘束を
満たすアミノ酸は、３０Å
２
～３０００Å
２
の間の、参照とのファンデルワールス表面積
重複を有する。実施形態では、ＣＤ２５参照標的由来拘束は、原子間距離；原子ゆらぎ；
原子エネルギー；化学的記述子；溶媒曝露；アミノ酸配列類似性；生物情報学的記述子；
非共有結合傾向；ファイ角；プサイ角；ファンデルワールス半径；二次構造傾向；アミノ
酸隣接性；およびアミノ酸接触からなる群から独立して選択される。実施形態では、操作
されたポリペプチドは、１つ以上の参照標的由来拘束を満たすポリペプチドのアミノ酸に
わたって、参照標的と４６％～９６％のＲＭＳＩＰまたはそれよりも高い構造的類似性を
共有する。
【０００８】
別の態様では、本開示は、ＣＤ２５残基５５～６３、１３～２０：１２７～１３２、５
～１７、５～１１：１５６～１６３、７７～８９、１４７～１５７、１１～１４または４
４～５６から選択されるＣＤ２５エピトープに特異的に結合する抗原結合ドメインを含む
ＣＤ２５特異的抗体を提供する。実施形態では、抗体は、ＣＤ２５の結合について、エピ
トープ特異的参照結合剤と競合し、エピトープ特異的結合剤は、ＩＬ－２、ダクリズマブ
、バシオリキシマブ（ｂａｓｉｏｌｉｘｉｍａｂ）および／または７Ｇ７Ｂ６である。実
施形態では、抗体は、オフターゲット参照結合剤と競合せず、オフターゲット結合剤は、
ＩＬ－２、ダクリズマブ、バシオリキシマブおよび／または７Ｇ７Ｂ６である。実施形態
では、抗体は、１０
－２
／ｓ未満、１０
－３
／ｓ未満または１０
－４
／ｓ未満のｋ
ｏｆｆ
を有し、ｋ
ｏｆｆ
は、可溶性ヒトＣＤ２５を用いたバイオレイヤーインターフェロメトリ
ーを使用して測定される。実施形態では、抗体は、１０
－２
／ｓと１０
－５
／ｓとの間の
ｋ
ｏｆｆ
を有し、ｋ
ｏｆｆ
は、可溶性ヒトＣＤ２５を用いたバイオレイヤーインターフェ
ロメトリーを使用して測定される。実施形態では、抗体は、１００ｎＭ未満、２５ｎＭ未
満または５ｎＭ未満のＫ
Ｄ
を有し、Ｋ
Ｄ
は、可溶性ヒトＣＤ２５を用いたバイオレイヤー
インターフェロメトリーを使用して測定される。実施形態では、抗体は、１００ｎＭと１
ｎＭとの間のＫ
Ｄ
を有し、Ｋ
Ｄ
は、可溶性ヒトＣＤ２５を用いたバイオレイヤーインター
フェロメトリーを使用して測定される。
【０００９】
実施形態では、抗体は、ＣＤ２５を発現する細胞に特異的に結合する。実施形態では、
抗体は、少なくとも１０
４
または少なくとも１０
５
の平均蛍光強度（ＭＦＩ）で、ＣＤ２
５を発現する細胞に結合する。実施形態では、抗体は、１０
４
と１０
６
との間の平均蛍光
強度（ＭＦＩ）で、ＣＤ２５を発現する細胞に結合する。実施形態では、抗体は、ＣＤ２
５（－）細胞に結合しない。実施形態では、抗体は、１０
３
未満の平均蛍光強度（ＭＦＩ
）で、ＣＤ２５（－）細胞に結合する。実施形態では、抗体は、表７Ｄの組み合わせ１～
１２６のいずれか１つの６つのＣＤＲを含む。
【００１０】
実施形態では、抗体は、表３Ａおよび表３Ｂ中に提供されるＹＵ３９０－Ｂ１２、ＹＵ
３９７－Ｆ０１、ＹＵ３９７－Ｄ０１、ＹＵ３９８－Ａ１１、ＹＵ４０４－Ｈ０１、ＹＵ
４００－Ｂ０７、ＹＵ４００－Ｄ０９、ＹＵ４０１－Ｂ０１、ＹＵ４０１－Ｇ０７、ＹＵ
４０４－Ｃ０２、ＹＵ４０３－Ｇ０７、ＹＵ４０３－Ｇ０５、ＹＵ３９１－Ｂ１２、ＹＵ
４００－Ａ０３、ＹＵ４００－Ｄ０２、ＹＵ３９２－Ａ０９、ＹＵ３９２－Ｂ１１、ＹＵ
３９２－Ｂ１２、ＹＵ３９２－Ｅ０５、ＹＵ３９２－Ｅ０６、ＹＵ３９２－Ｇ０８、ＹＵ
３８９－Ａ０３、ＹＵ３９２－Ｇ０９、ＹＵ３９２－Ｇ１２、ＹＵ３９２－Ｈ０２、ＹＵ
３９２－Ｈ０４、ＹＵ４０２－Ｆ０１、ＹＵ３８９－Ｂ１１、ＹＵ３９４－Ｄ０８、また
はＹＵ３９０－Ａ１１のいずれか１つについての６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む
。
（【００１１】以降は省略されています）

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