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公開番号2024116224
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-08-27
出願番号2024091116,2022180094
出願日2024-06-05,2014-05-01
発明の名称共役(conjugated)アンチセンス化合物およびそれらの使用
出願人アイオーニスファーマシューティカルズ, インコーポレーテッド,Ionis Pharmaceuticals,Inc.
代理人個人,個人,個人,個人
主分類C12N 15/113 20100101AFI20240820BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】強度および有効性が改善された共役アンチセンス(AS)化合物を提供する。
【解決手段】修飾オリゴヌクレオチド、および以下の構造:
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を有する共役AS化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、ヒト第XI因子タンパク質をコードする標的核酸の等長部分に少なくとも80%相補的である、前記化合物。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
修飾オリゴヌクレオチド、および、以下の構造：
JPEG
2024116224000923.jpg
68
124
を有する共役体を含む、共役アンチセンス化合物であって、
ここにおいて、前記修飾オリゴヌクレオチドが、ヒト第ＸＩ因子タンパク質をコードする標的核酸の等長部分に少なくとも８０％相補的である、
前記化合物。
続きを表示（約 1,400 文字）【請求項２】
前記標的核酸が、配列番号９の塩基配列を有する、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、ヒト第ＸＩ因子タンパク質をコードする標的核酸の等長部分に少なくとも９０％相補的である、請求項２に記載の化合物。
【請求項４】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、ヒト第ＸＩ因子タンパク質をコードする標的核酸の等長部分に少なくとも９５％相補的である、請求項１～３のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項５】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、１０～３０個の連結したヌクレオシドからなる、請求項１～４のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項６】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、１５～３０個、１８～２４個、１９～２２個、または２０個の連結したヌクレオシドからなる、請求項１～５のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項７】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号４４－４８のいずれかの塩基配列の、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または、少なくとも２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、請求項１～６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項８】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾核酸塩基、修飾糖部分、および修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項９】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、２’－ＭＯＥ（２’－Ｏ－メトキシエチル）ヌクレオシド、２’－ＯＭｅ（２’－Ｏ－メチル）ヌクレオシド、２’－Ｆヌクレオシド、（４’－ＣＨ
２
－Ｏ－２’）二環式ヌクレオシド、（４’－（ＣＨ
２
）
２
－Ｏ－２’）二環式ヌクレオシド、（４’－Ｃ（ＣＨ
３
）Ｈ－Ｏ－２’）二環式ヌクレオシド、およびモルフォリノの中から選択される少なくとも１個の修飾ヌクレオシドを含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１０】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
２～８個の連結した５’領域ヌクレオシドからなる５’領域であって、少なくとも２個の５’領域ヌクレオシドが修飾ヌクレオシドであり、最も３’側の５’領域ヌクレオシドが修飾ヌクレオシドである、５’領域；
２～８個の連結した３’領域ヌクレオシドからなる３’領域であって、少なくとも２個の３’領域ヌクレオシドが修飾ヌクレオシドであり、最も５’側の３’領域ヌクレオシドが修飾ヌクレオシドである、３’領域；および、
５～１０個の連結した中央領域ヌクレオシドからなる前記５’領域と前記３’領域との間の中央領域であって、各々が修飾ヌクレオシドおよび非修飾デオキシヌクレオシドの中から独立して選択され、最も５’側の中央領域ヌクレオシドが非修飾デオキシヌクレオシドであり、最も３’側の中央領域ヌクレオシドが非修飾デオキシヌクレオシドである、中央領域、
を含むギャップマー糖モチーフを有する、請求項１～９のいずれか１項に記載の化合物。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、配列表とともに電子形式で出願されている。この配列表は、２０１４年５月１日に作成された６９２ＫｂのサイズのＣＯＲＥ０１１５ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名前のファイルとして提供される。この配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 4,600 文字）【背景技術】
【０００２】
アンチセンス技術の背後にある原理は、アンチセンス化合物が標的核酸にハイブリダイズし、標的核酸の量、活性、および／または機能を調節することである。例えば、ある特定の事例において、アンチセンス化合物は、標的の転写または翻訳の変化をもたらす。発現のそのような調節は、例えば、標的ｍＲＮＡ分解または占有に基づく阻害によって達成され得る。分解によるＲＮＡ標的機能の調節の一例には、ＤＮＡ様アンチセンス化合物とのハイブリダイゼーション時の標的ＲＮＡのＲＮａｓｅＨに基づく分解がある。標的分解による遺伝子発現の調節のもう１つの例には、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）がある。ＲＮＡｉは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）を利用する機構を介したアンチセンス媒介性遺伝子サイレンシングを指す。ＲＮＡ標的機能の調節のさらなる例は、マイクロＲＮＡによって自然に用いられる機構等の占有に基づく機構によるものである。マイクロＲＮＡは、タンパク質コードＲＮＡの発現を調整する小非コードＲＮＡである。マイクロＲＮＡへのアンチセンス化合物の結合は、そのマイクロＲＮＡのそのメッセンジャーＲＮＡ標的への結合を防ぎ、それ故にマイクロＲＮＡの機能を妨げる。マイクロＲＮＡ模倣物は、生来のマイクロＲＮＡ機能を高めることができる。ある特定のアンチセンス化合物は、プレｍＲＮＡのスプライシングを変化させる。特異的機構にかかわらず、配列特異性は、標的の検証および遺伝子の機能化の手段、ならびに疾患の発病に関与する遺伝子の発現を選択的に調節する治療薬としてアンチセンス化合物を魅力的なものにする。
【０００３】
アンチセンス技術は、１つ以上の特異的な遺伝子産物の発現を調節するのに効果的な手段であり、それ故に、多くの治療的用途、診断的用途、および研究用途に一意的に有用であることが判明し得る。化学修飾ヌクレオシドは、アンチセンス化合物に組み込まれ、標的核酸のヌクレアーゼ耐性、薬物動態、または親和性等の１つ以上の特性を強化することができる。１９９８年、アンチセンス化合物であるＶｉｔｒａｖｅｎｅ（登録商標）（ホミビルセン、ＩｓｉｓＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓＩｎｃ．（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）によって開発されたもの）が、アメリカ食品医薬品局（ＦＤＡ）の販売許可を得た最初のアンチセンス薬物であり、現在、ＡＩＤＳ患者におけるサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）誘導性網膜炎の治療薬である。別の例として、ＡｐｏＢを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドであるＫＹＮＡＭＲＯ（商標）が、ホモ接合性家族性高コレステロール血症（ＨｏＦＨ）を有する患者における低密度リポタンパク質コレステロール（ＬＤＬ－Ｃ）、ＡｐｏＢ、総コレステロール（ＴＣ）、および非高密度リポタンパク質コレステロール（非ＨＤＬ－Ｃ）を低下させるための脂質低下薬および食生活の補助治療薬としてアメリカ食品医薬品局（ＦＤＡ）の承認を受けている。
【０００４】
新たな化学修飾は、アンチセンス化合物の強度および有効性を改善しており、経口送達の可能性を見出し、皮下投与を強化し、副作用の可能性を減少させ、患者の利便性の向上につながっている。アンチセンス化合物の強度を増加させる化学修飾は、低用量の投与を可能にし、毒性の可能性を減少させ、全体の治療費を削減する。分解に対する耐性を増加させる修飾は、体内からのより緩徐な排除をもたらし、投薬頻度の低下を可能にする。異なる種類の化学修飾を１個の化合物内で組み合わせて、化合物の有効性をさらに最適化す
ることができる。
【発明の概要】
【０００５】
ある特定の実施形態において、本開示は、共役（conjugated）アンチセンス化合物を提供する。ある特定の実施形態において、本開示は、核酸転写物に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む共役アンチセンス化合物を提供する。ある特定の実施形態において、本開示は、細胞を核酸転写物に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む共役アンチセンス化合物と接触させることを含む方法を提供する。ある特定の実施形態において、本開示は、細胞をアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む共役アンチセンス化合物と接触させることと、細胞内の核酸転写物の量または活性を低減させることと、を含む方法を提供する。
【０００６】
アシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰ－Ｒ）が以前に説明されている。例えば、Ｐａｒｋｅｔａｌ．，ＰＮＡＳｖｏｌ．１０２，Ｎｏ．４７，ｐｐ１７１２５－１７１２９（２００５）を参照されたい。そのような受容体は、肝臓細胞、具体的には、肝細胞上で発現する。さらに、３個のＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）リガンドのクラスターを含む化合物はＡＳＧＰ－Ｒに結合することができ、細胞内への化合物の取り込みをもたらすことが示されている。例えば、Ｋｈｏｒｅｖｅｔａｌ．，ＢｉｏｏｒｇａｎｉｃａｎｄＭｅｄｉｃｉｎａｌＣｈｅｍｉｓｔｒｙ，１６，９，ｐｐ５２１６－５２３１（Ｍａｙ２００８）を参照されたい。したがって、そのようなＧａｌＮＡｃクラスターを含む共役体を用いて、肝臓細胞、具体的には、肝細胞へのある特定の化合物の取り込みを促進している。例えば、ある特定のＧａｌＮＡｃ含有共役体が生体内で肝臓細胞における二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物の活性を増加させることが示されている。そのような事例において、ＧａｌＮＡｃ含有共役体は、典型的には、ｓｉＲＮＡ二本鎖のセンス鎖に結合される。アンチセンス鎖が最終的に標的核酸とハイブリダイズする前にセンス鎖が処分されるため、共役体が活性を妨げるといった懸念はほとんどない。典型的には、共役体は、ｓｉＲＮＡのセンス鎖の３’末端に結合される。例えば、米国特許第８，１０６，０２２号を参照されたい。本明細書に記載されるある特定の共役基は、以前に説明された共役基よりも活性であり、かつ／または合成し易い。
【０００７】
本発明のある特定の実施形態において、共役体は、プレｍＲＮＡ標的核酸のスプライシングを変化させるＲＮａｓｅＨベースのアンチセンス化合物およびアンチセンス化合物を含むが、これらに限定されない一本鎖アンチセンス化合物に結合される。そのような実施形態において、共役体は、利益（細胞内への取り込みの改善）を提供するのに十分な期間、アンチセンス化合物に結合したままであるべきであるが、切断されるか、またはさもなければスプライシングまたはスプライシング調節に関連した標的核酸へのハイブリダイゼーションおよびＲＮａｓｅＨまたは酵素との相互作用等の活性に必要なその後のステップを妨げないか、のいずれかであるべきである。このような特性のバランスは、ｓｉＲＮＡ化合物よりも一本鎖アンチセンス化合物状況下においてより重要であり、共役体は、単にセンス鎖に結合され得る。共役体を欠く同一のアンチセンス化合物と比較して、生体内で肝臓細胞の強度が向上している共役体一本鎖アンチセンス化合物が本明細書に開示される。これらの化合物の要求される特性バランスを考慮すると、そのような強度の向上は、驚くべきことである。
【０００８】
ある特定の実施形態において、本明細書における共役基は、切断可能な部分を含む。上述のように、機構によって束縛されることを望むことなく、共役体が、取り込みの強化を提供するのに十分長い期間、化合物に残存したままであるべきだが、その後、共役体の一部、または理想的には、共役体のすべてが切断されて、親化合物（例えば、アンチセンス化合物）をその最も活性な形態で放出することが望ましいことは論理的である。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、切断可能なヌクレオシドである。そのような実
施形態は、ホスホジエステル結合等の１個以上の切断可能な結合によってヌクレオシドを介して共役体の残り（クラスター）をアンチセンスオリゴヌクレオチドに結合させることによって、細胞内の内因性ヌクレアーゼをうまく利用する。ある特定の実施形態において、クラスターは、ホスホジエステル結合によって切断可能なヌクレオシドに結合される。ある特定の実施形態において、切断可能なヌクレオシドは、ホスホジエステル結合によってアンチセンスオリゴヌクレオチド（アンチセンス化合物）に結合される。ある特定の実施形態において、共役基は、２個または３個の切断可能なヌクレオシドを含み得る。そのような実施形態において、そのような切断可能なヌクレオシドは、切断可能な結合（ホスホジエステル結合等）によって、互いに、アンチセンス化合物に、かつ／またはクラスターに連結される。本明細書におけるある特定の共役体は、切断可能なヌクレオシドを含まず、代わりに切断可能な結合を含む。オリゴヌクレオチドからの共役体の十分な切断が、細胞における切断に対して脆弱な少なくとも１個の結合（切断可能な結合）によって提供されることが示される。
【０００９】
ある特定の実施形態において、共役アンチセンス化合物は、プロドラッグである。そのようなプロドラッグは、動物に投与され、最終的により活性な形態に代謝される。例えば、共役アンチセンス化合物は、切断されて、共役体のすべてまたは一部を除去し、共役体のすべてまたは一部を欠くアンチセンス化合物の活性（またはより活性な）形態をもたらす。
【００１０】
ある特定の実施形態において、共役体は、オリゴヌクレオチドの５’末端で結合される。ある特定のそのような５’共役体は、３’末端で結合される同様の共役基を有する対応物よりも効率的に切断される。ある特定の実施形態において、活性の改善は、切断の改善と相関し得る。ある特定の実施形態において、５’末端に共役体を含むオリゴヌクレオチドの有効性は、３’末端に共役体を含むオリゴヌクレオチドよりも高い（例えば、実施例５６、８１、８３、および８４を参照のこと）。さらに、５’結合は、より単純なオリゴヌクレオチド合成を可能にする。典型的には、オリゴヌクレオチドは、３’から５’の方向に固体支持体上で合成される。３’共役オリゴヌクレオチドを作製するために、典型的には、プレ共役３’ヌクレオシドを固体支持体に結合させ、その後、オリゴヌクレオチドを通常通りに構築する。しかしながら、その共役ヌクレオシドを固体支持体に結合させることは、合成を複雑にする。さらに、この手段を用いることにより、共役体は、次いでオリゴヌクレオチドの合成を通じて存在し、その後のステップ中で分解された状態になり得るか、または使用され得る反応物および試薬の種類を限定し得る。本明細書に記載される５’共役オリゴヌクレオチドの構造および技術を用いることにより、標準の自動化技術を用いてオリゴヌクレオチドを合成して、最終（最も５’側の）ヌクレオシドとの共役体を導入することができるか、またはオリゴヌクレオチドが固体支持体から切断された後にオリゴヌクレオチドを合成することができる。
（【００１１】以降は省略されています）

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