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公開番号2025138762
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-09-25
出願番号2025107802,2021529087
出願日2025-06-26,2019-11-21
発明の名称がんを処置するための方法および組成物
出願人ボードオブリージェンツ,ザユニバーシティオブテキサスシステム,BOARD OF REGENTS,THE UNIVERSITY OF TEXAS SYSTEM,アンスティチュギュスターヴルーシー
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類A61K 35/741 20150101AFI20250917BHJP(医学または獣医学;衛生学)
要約【課題】がんを処置するため、および併用チェックポイント阻害物質療法に対する対象の応答を予測するための組成物を提供する。
【解決手段】フラボニフラクター属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、対象におけるがんを処置するための組成物であって、(i)PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、(ii)CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象に投与される、前記組成物が提供される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
フラボニフラクター属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、対象におけるがんを処置するための組成物であって、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象に投与される、前記組成物。
続きを表示（約 1,800 文字）【請求項２】
以下の属または種：
ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団をさらに含む、請求項1記載の組成物。
【請求項３】
以下の属または種：
バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団をさらに含む、請求項1記載の組成物。
【請求項４】
フラボニフラクター属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団と、
以下の属または種：
ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団と
を含む、対象におけるがんを処置するための組成物であって、
（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象に投与される、前記組成物。
【請求項５】
フラボニフラクター属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団と、
以下の属または種：
バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたはそれ以上に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団と
を含む、対象におけるがんを処置するための組成物であって、
（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象に投与される、前記組成物。
【請求項６】
細菌の集団がそれぞれ、少なくとも1×10
3
CFUの濃度で組成物中に存在する、請求項1～5のいずれか一項記載の組成物。
【請求項７】
生存細菌製品である、請求項4または6記載の組成物。
【請求項８】
前記細菌が、凍結乾燥、フリーズドライ、または冷凍される、請求項1～7のいずれか一項記載の組成物。
【請求項９】
経口送達用に製剤化される、請求項1～8のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１０】
経口送達用に製剤化された組成物が、錠剤またはカプセルである、請求項9記載の組成物。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、2018年11月21日出願の米国仮特許出願第62/770,603号および2019年3月29日出願の米国仮特許出願第62/826,631号の優先権の恩典を主張し、これらは全て参照によりその全文が本明細書に組み入れられる。
続きを表示（約 3,900 文字）【０００２】
1. 発明の分野
本発明は、分子生物学および医学の分野に関する。
【背景技術】
【０００３】
2. 背景
過去10年間で、標的療法および免疫療法の使用を通じてがん療法は飛躍的に進歩した。CTLA-4およびPD-1が関与する免疫阻害性リガンド－受容体相互作用を遮断することによって、チェックポイント遮断免疫療法は、Tリンパ球の主要な阻害シグナルを軽減して、その根底にあるT細胞が媒介する抗腫瘍免疫活性を増強する。しかし、全身的に阻害シグナルが遍在的に軽減されると、自己抗原に対して反応するTリンパ球も活性化される場合があり、自己寛容性の喪失および免疫関連有害事象につながる。高グレードの毒性を発症した患者は、一般に、一時的または永久的に処置を中断する必要があり、そして、毒性を管理するために長期間にわたる過酷な免疫抑制を必要とする場合がある。免疫療法の様々な処置レジメンの中でも、抗CTLA-4および抗PD-1の併用療法は、同じ剤を単剤療法として与えるよりも優れた奏効率を提供するが、これは、重度の毒性を発症するリスクがはるかに高いことで相殺される。抗CTLA-4および抗PD-1の併用療法に対して生命を脅かすほどの重度の毒性を発症する頻度が高いことが、臨床医がこの形態の療法を処方する際の制限要因となっている。
【０００４】
免疫チェックポイント阻害剤療法に対する患者の応答に関連する幾つかの要因が見出されているが、当技術分野では、免疫チェックポイント遮断療法に起因する毒性の予測因子、および併用免疫チェックポイント遮断療法に対する応答者の予測因子が必要とされている。1つまたは複数のバイオマーカーに基づいて、毒性を経験するおよび／またはチェックポイント遮断療法に応答する可能性が高いものおよび低いものに患者を層別化すると、疾患が更に広がる前に最も有効な療法を患者に提供することができるので、患者にとってより有効かつ処置効果の高い処置方法が提供される。
【発明の概要】
【０００５】
がんを処置するため、ならびに併用チェックポイント阻害剤療法に対する対象の反応を予測するための方法および組成物が、本明細書において記載される。一局面では、開示は、以下の属もしくは種：フラボニフラクター（Flavonifractor）、ディエルマ（Dielma）、アッケルマンシア（Akkermansia）、アリスティペス（Alistipes）、バクテロイデス（Bacteroides）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ（Tyzzerella）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Parabacteroides distasonis）、フルニエレラ（Fournierella）、フルニエレラ・マシリエンシス（Fournierella massiliensis）、エイセンベルギエラ・タイ（Eisenbergiella tayi）、ティシエレラ目（Tissierellales）、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム（Hungateiclostridium thermocellum）、ドレア・ホルミシゲネランス（Dorea formicigenerans）、カロラマター・クールハアシ（Caloramator coolhaasi）、ムリコメス（Muricomes）、ゲオスポロバクター（Geosporobacter）、プレボテラ・パルジビベンス（Prevotella paludivivens）、ラクトバチルス・セカリフィルス（Lactobacillus secaliphilus）、バクテロイデス・フィネゴルジイ（Bacteroides finegoldii）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Lactobacillus johnsonii）、パラペドバクター・コンポスティ（Parapedobacter composti）、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス（Anaerotignum lactatifermentans）、または図28Cに開示される細菌種のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物を対象に投与する工程を含み、かつ、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程を更に含む、対象におけるがんを処置するおよび／または療法に対する毒性を低減する方法に関する。幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス（Bacteroides stercoris）、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス（Bacteroides coprophilus）、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む。
【０００６】
別の局面では、開示は、健常患者から、免疫チェックポイント遮断の単剤もしくは併用の療法に応答すると判定された患者から、または免疫チェックポイント遮断の単剤もしくは併用の療法に対して非毒性の応答を有すると判定された患者からの糞便物質を含む組成物を対象に投与する工程を含み、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程を更に含む、対象におけるがんを処置するおよび／または療法の毒性を低減する方法に関する。幾つかの態様では、糞便物質を、対象の結腸または直腸に移植する。
【０００７】
別の局面では、開示は、以下の属もしくは種：フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、または図28Cに開示される細菌種のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物を対象に組成物を投与する工程を含む、併用チェックポイント遮断療法に関連する有害事象を低減または予防する方法に関する。
【０００８】
別の局面では、開示は、腸内マイクロバイオームにおいて好ましい微生物プロファイルを有すると判定された対象に、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせを投与する工程を含む、対象におけるがんを処置するおよび／または療法に対する毒性を低減する方法に関する。
【０００９】
別の局面では、開示は、がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を予測する方法であって、
対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；
以下の属：バクテロイデス、ディアリスター（Dialister）、コプロバクター（Coprobacter）、インテスチニバクター（Intestinibacter）、およびパラステレラ（Parasutterella）のうちの1つまたは複数の細菌が対象からのサンプル中で検出されたとき、療法に対する毒性応答を予測する工程；または
以下の属または種：バクテロイデス・フラジリス（Bacteroides fragilis）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ（Muricomes intestini）、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス（Geosporobacter subterraneus）、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つもしくは複数の細菌が対象からのサンプル中で検出されたとき、療法に対する非毒性応答を予測する工程
を含む方法に関する。
【００１０】
別の局面では、開示は、がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法への応答を予測するための方法であって、対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；対象からのサンプル中で好ましい微生物プロファイルが検出されたとき、療法に対する毒性応答を予測する工程；または対象からのサンプル中で好ましくない微生物プロファイルが検出されたとき、療法に対する非毒性応答を予測する工程を含む方法に関する。
（【００１１】以降は省略されています）

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