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公開番号
2025105605
公報種別
公開特許公報(A)
公開日
2025-07-10
出願番号
2025031958,2023540538
出願日
2025-02-28,2023-04-07
発明の名称
固形腫瘍標的化骨格を有する細胞及びその使用
出願人
フェイト セラピューティクス,インコーポレイティド
代理人
個人
,
個人
,
個人
,
個人
主分類
C12N
5/10 20060101AFI20250703BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約
【課題】 応答率、細胞の消耗、輸注された細胞の損失(生存率及び/又は持続性)、標的の喪失又は系統転換による腫瘍エスケープ、腫瘍の標的化の精度、標的外毒性、腫瘍外効果、固形腫瘍に対する有効性、すなわち腫瘍微小環境及び関連する免疫抑制、動員、輸送、及び浸潤など、様々な問題に対処する機能的に改善されたエフェクター細胞が必要である。
【解決手段】 ゲノム操作されたiPSCの指向性分化から得られる機能的に増強された派生エフェクター細胞を取得するための方法及び組成物が提供される。改善又は増強された治療効果をもたらす安定した機能的なゲノム編集を備えている派生細胞も提供される。更に、機能的に増強された派生エフェクター細胞を単独で、又は併用療法において抗体若しくはチェックポイント阻害剤とともに含む、治療組成物及びその使用が提供される。
【選択図】なし
特許請求の範囲
【請求項1】
細胞又はその集団であって、
(i)前記細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)前記iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、
(ii)前記細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含み、前記固形腫瘍標的化骨格が、
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む、細胞又はその集団。
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【請求項2】
前記細胞が、前記固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する、請求項1に記載の細胞又はその集団。
【請求項3】
前記固形腫瘍標的化骨格が、
(i)CD38ノックアウトと、
(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。
【請求項4】
前記細胞が、
(i)キメラ抗原受容体(CAR)、
(ii)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、
(iii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、
(iv)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、
(v)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A
2A
R、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、又は
(vi)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。
【請求項5】
前記C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。
【請求項6】
前記TGFβ-SRRが、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。
【請求項7】
(a)前記サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号11によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(b)前記サイトカイン受容体がIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)が、配列番号12若しくは配列番号13によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(c)前記サイトカイン受容体がIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号14によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(d)前記サイトカイン受容体がIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号15によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)が、配列番号10によって表されるアミノ酸配列を含む、請求項6に記載の細胞又はその集団。
【請求項8】
前記サイトカイン受容体が、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17によって表されるアミノ酸配列が、可変である、請求項6に記載の細胞又はその集団。
【請求項9】
前記ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、請求項1に記載の細胞又はその集団。
【請求項10】
前記固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される、請求項1に記載の細胞又はその集団。
(【請求項11】以降は省略されています)
発明の詳細な説明
【技術分野】
【0001】
(関連出願)
本出願は、2022年4月8日に出願された米国特許仮出願第63/329,364号、及び2022年10月20日に出願された米国特許仮出願第63/380,378号の優先権を主張し、それらの開示は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
続きを表示(約 5,900 文字)
【0002】
(配列表の参照による組み込み)
184143-641601_SL.xmlというタイトルの配列表は、2023年3月15日に作成され、サイズが192,945バイトであり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【0003】
(発明の分野)
本開示は、既製の免疫細胞製品の分野に広く関する。より具体的には、本開示は、インビボで治療に適切な特性をもたらすことができる多機能エフェクター細胞を開発するための戦略に関する。本開示の下で開発された細胞製品は、患者由来の細胞療法の重大な限界に対処する。
【背景技術】
【0004】
養子細胞療法の分野は現在、患者由来及びドナー由来の細胞を使用することに焦点が当てられているため、がん免疫療法の一貫した製造を達成することと、それから恩恵を受ける可能性のある全ての患者に療法を提供することとが特に困難なものとなっている。養子移入されたリンパ球の有効性及び持続性を改善して、患者の良好な転帰を促進する必要もある。T細胞及びナチュラルキラー(natural killer、NK)細胞などのリンパ球は、自然免疫及び適応免疫に重要な役割を果たす強力な抗腫瘍エフェクターである。しかしながら、養子細胞療法のためにこれらの免疫細胞を使用することは、依然として困難であり、改善に対する満たされていない必要性が存在する。したがって、養子免疫療法においてT細胞及びNK細胞、又は他の免疫エフェクター細胞の可能性を最大限に活用するための大きなチャンスがまだ残っている。
【発明の概要】
【0005】
応答率、細胞の消耗、輸注された細胞の損失(生存率及び/又は持続性)、標的の喪失又は系統転換による腫瘍エスケープ、腫瘍の標的化の精度、標的外毒性、off tumor効果、固形腫瘍に対する有効性、すなわち腫瘍微小環境及び関連する免疫抑制、動員、輸送、及び浸潤など、様々な問題に対処する機能的に改善されたエフェクター細胞が必要である。
【0006】
本発明の実施形態の目的は、単一細胞由来のiPSC(人工多能性幹細胞)クローン株から分化した派生非多能性細胞を生成する方法及び組成物を提供することであり、このiPSC株はそのゲノムに1つ又はいくつかの遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、1つ又はいくつかの遺伝子改変には、DNA挿入、欠失、及び置換のうちの1つ以上が含まれ、これらの改変は、分化、増殖、継代及び/又は移植の後、その後の由来細胞において保持され、機能し続ける。
【0007】
本出願のiPSC由来の非多能性細胞には、CD34
+
細胞、造血内皮細胞、HSC(造血幹細胞及び前駆細胞)、造血多能性前駆細胞、T細胞前駆体、NK細胞前駆体、T細胞、NKT細胞、NK細胞、及びB細胞が含まれるが、これらに限定されない。本出願のiPSC由来の非多能性細胞は、同一の遺伝子改変を含むiPSCからの分化を通じて、それらのゲノムに1つ又はいくつかの遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子操作された派生細胞を取得するための操作されたクローンiPSC分化戦略は、指示された分化におけるiPSCの発生の可能性がiPSCの操作されたモダリティによって重大な悪影響を受けないこと、及び操作されたモダリティが派生細胞で意図したとおりに機能することから利益を得る。更に、この戦略は、末梢血から取得されたT細胞又はNK細胞などの初代リンパ球を操作する際の現在の障壁、すなわち、そのような細胞はしばしば、再現性と均一性を欠き、高い細胞死と低い細胞増殖を伴う不十分な細胞の持続性を呈する細胞をもたらし、そのような細胞を操作することが困難であることに起因する障壁を克服する。更に、この戦略は、最初は不均質である初代細胞源を使用して別の方法で得られる不均質のエフェクター細胞集団の生成を回避する。
【0008】
したがって、一態様では、本発明は、細胞又はその集団であって、(i)細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(induced pluripotent cell、iPSC)、又は(c)iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、(ii)細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含み、固形腫瘍標的化骨格が、(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、(b)形質転換成長因子ベータ受容体(transforming growth factor beta receptor、TGFβR)の細胞外ドメイン(extracellular domain、ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(signaling redirector receptor、TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、及び(c)同種免疫防御受容体(allo-immune defense receptor、ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む、細胞又はその集団を提供する。いくつかの実施形態では、ADRは、4-1BBに特異的である。いくつかの実施形態では、細胞は、固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(tumor microenvironment、TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する。細胞又はその集団の様々な実施形態では、固形腫瘍標的化骨格は、(i)CD38ノックアウトと、(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、細胞は、(i)キメラ抗原受容体(chimeric antigen receptor、CAR)、(ii)HLA-Iの欠損及び/又はHLA-IIの欠損、(iii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、又はCD58及びCD54の一方若しくは両方のノックアウト、(iv)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、(v)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A
2A
R、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(chimeric fusion receptor、CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、(vi)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む。
【0009】
細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、CXCR2又はCXCR3を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、TGFβ-SRRは、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(intracellular domain、ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、(a)サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号11(NCRNTGPWLKKVLKCNTPDPSKFFSQLSSEHGGDVQKWLSSPFPSSSFSPGGLAPEISPLEVLERDKVTQLLLQQDKVPEPASLSSNHSLTSCFTNQGYFFFHLPDALEIEACQVYFTYDPYSEEDPDEGVAGAPTGSSPQPLQPLSGEDDAYCTFPSRDDLLLFSPSLLGGPSPPSTAPGGSGAGEERMPPSLQERVPRDWDPQPLGPPTPGVPDLVDFQPPPELVLREAGEEVPDAGPREGVSFPWSRPPGQGEFRALNARLPLNTDAYLSLQELQGQDPTHLV)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(b)サイトカイン受容体はIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、(i)配列番号12(HYFQQKVFVLLAALRPQWCSREIPDPANSTCAKKYPIAEEKTQLPLDRLLIDWPTPEDPEPLVISEVLHQVTPVFRHPPCSNWPQREKGIQGHQASEKDMMHSASSPPPPRALQAESRQLVDLYKVLESRGSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQHISLSVFPSSSLHPLTFSCGDKLTLDQLKMRCDSLML)若しくは(ii)配列番号13(SDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(c)サイトカイン受容体はIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号14(YRVDLVLFYRHLTRRDETLTDGKTYDAFVSYLKECRPENGEEHTFAVEILPRVLEKHFGYKLCIFERDVVPGGAVVDEIHSLIEKSRRLIIVLSKSYMSNEVRYELESGLHEALVERKIKIILIEFTPVTDFTFLPQSLKLLKSHRVLKWKADKSLSYNSRFWKNLLYLMPAKTVKPGRDEPEVLPVLSES)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(d)サイトカイン受容体はIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号15(SLKTHPLWRLWKKIWAVPSPERFFMPLYKGCSGDFKKWVGAPFTGSSLELGPWSPEVPSTLEVYSCHPPRSPAKRLQLTELQEPAELVESDGVPKPSFWPTAQNSGGSAYSEERDRPYGLVSIDTVTVLDAEGPCTWPCSCEDDGYPALDLDAGLEPSPGLEDPLLDAGTTVLSCGCVSAGSPGLGGPLGSLLDRLKPPLADGEDWAGGLPWGGRSPGGVSESEAGSPLAGLDMDTFDSGFVGSDCSSPVECDFTSPGDEGPPRSYLRQWVVIPPPLSSPGPQAS)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)は、配列番号10(TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQ)によって表されるアミノ酸配列を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、配列番号16(TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQVTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVNSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ)によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17(VTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVN)によって表されるアミノ酸配列は、可変であり得る。
【0010】
細胞又はその集団の様々な実施形態では、固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドは、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、及び固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドは、トリシストロン性構築物内で共発現される。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントは、(a)高親和性の非切断性CD16(high affinity non-cleavable CD16、hnCD16)、(b)CD16の細胞外ドメインにおけるF176V及びS197P、(c)CD64に由来する完全な又は部分的な細胞外ドメイン、(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、(g)非天然の刺激ドメイン、並びに(h)CD16に由来せず、同じ若しくは異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含んでもよい。
(【0011】以降は省略されています)
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