特許ウォッチ

公開番号2025015258
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-30
出願番号2023118557
出願日2023-07-20
発明の名称情報処理装置、情報処理方法、およびプログラム
出願人株式会社ファーマフーズ
代理人弁理士法人レクシード・テック
主分類G01N 33/53 20060101AFI20250123BHJP(測定;試験)
要約【課題】対象のペプチドの抗原性の評価に使用可能な情報処理装置、情報処理方法、およびプログラムを提供する。
【解決手段】本開示の情報処理装置は、候補ペプチドについて、各アミノ酸の抗原性への寄与度に基づき、前記候補ペプチドの抗原性を評価する第1の評価工程を含み、前記抗原性への寄与度は、抗原抗体複合体の立体構造のデータから、前記抗体と相互作用する前記抗原上のエピトープ残基のアミノ酸残基に基づき算出された寄与度である。
【選択図】図7
特許請求の範囲【請求項１】
候補ペプチドについて、各アミノ酸の抗原性への寄与度に基づき、前記候補ペプチドの抗原性を評価する第１の評価部を含み、
前記抗原性への寄与度は、抗原抗体複合体の立体構造のデータから、前記抗体と相互作用する前記抗原上のエピトープ残基のアミノ酸残基に基づき算出された寄与度である、情報処理装置。
続きを表示（約 1,300 文字）【請求項２】
抗原抗体複合体の立体構造のデータから、前記抗体と相互作用する前記抗原上のエピトープ残基を分析する分析部と、
前記エピトープ残基を構成する各アミノ酸残基に基づき、各アミノ酸の抗原性への寄与度を算出する算出部とを含む、請求項１に記載の情報処理装置。
【請求項３】
前記候補ペプチドの抗原性への寄与度が前記予め指定された寄与度の条件を満たす場合、前記候補ペプチドを、候補抗原ペプチドとして選抜する第１の選抜部を含む、請求項２に記載の情報処理装置。
【請求項４】
前記候補抗原ペプチドについて、前記候補抗原ペプチドが由来するタンパク質における位置を決定する決定部と、
前記タンパク質における前記候補抗原ペプチドの位置が予め指定された位置の条件を満たす場合、前記候補抗原ペプチドを選抜する第２の選抜部を含む、請求項３に記載の情報処理装置。
【請求項５】
前記候補抗原ペプチドのアミノ酸配列または前記候補抗原ペプチドが由来するタンパク質のアミノ酸配列と、前記候補抗原ペプチドの投与対象における対応するタンパク質のアミノ酸配列とを比較して、２つのアミノ酸配列の類似性を評価する第２の評価部と、
前記アミノ酸配列の類似性が予め指定された類似性の条件を満たす場合、前記候補抗原ペプチドを選抜する第３の選抜部を含む、請求項３または４に記載の情報処理装置。
【請求項６】
前記候補抗原ペプチドのアミノ酸配列または前記候補抗原ペプチドが由来するタンパク質のアミノ酸配列と、前記候補抗原ペプチドの投与対象における対応するタンパク質のアミノ酸配列とを比較して、２つのアミノ酸配列の類似性を評価する第２の評価部と、
前記アミノ酸配列の類似性が前記予め指定された類似性の条件を満たさない場合、前記候補抗原ペプチドの１以上のアミノ酸に変異が導入された別の候補ペプチドを生成する生成部と、
前記別の候補ペプチドについて、前記各アミノ酸の抗原性への寄与度に基づき、前記別の候補ペプチドの抗原性を再評価する再評価部とを含む、請求項５に記載の情報処理装置。
【請求項７】
前記別の候補ペプチドの抗原性への寄与度が前記予め指定された寄与度の条件を満たす場合、前記別の候補ペプチドを、候補抗原ペプチドとして選抜する第４の選抜部を含む、請求項６に記載の情報処理装置。
【請求項８】
前記分析部では、少なくとも前記抗体と前記抗原との水素結合を分析することにより、前記抗体と相互作用する前記抗原上のエピトープ残基を分析する、請求項２または３に記載の情報処理装置。
【請求項９】
前記各アミノ酸の抗原性への寄与度は、前記エピトープ残基における各アミノ酸の出現頻度である、請求項１または２に記載の情報処理装置。
【請求項１０】
前記抗原性は、生体に免疫した際の抗体誘導能である、請求項１または２に記載の情報処理装置。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本開示は、情報処理装置、情報処理方法、およびプログラムに関する。
続きを表示（約 1,900 文字）【背景技術】
【０００２】
タンパク質における特定のアミノ酸配列に対する抗体の取得では、前記アミノ酸配列を有するペプチドを、動物等の投与対象に投与することにより、前記特定のアミノ酸配列からなるポリペプチドに対する抗体産生を誘導することが一般的に行われている（非特許文献１）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００３】
Takeo Tanaka et.al., “Efficient generation of antibodies to oncoproteins by using synthetic peptide antigens”, Proc.Nati.Acad.Sci.USA, Vol.82, pp.3400-3404
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
しかしながら、前記投与対象では、全てのペプチドに対する抗体産生が誘導されるとは限らず、目的のペプチドに対する抗体産生を誘導できないことがある。また、免疫に用いるペプチドは、ペプチドの親水性、溶媒への溶解性、二次構造等を考慮して設計されているが、ペプチドの抗原性とは必ずリンクしているわけではない。
【０００５】
そこで、本開示は、対象のペプチドの抗原性の評価に使用可能な情報処理装置、情報処理方法、およびプログラムの提供を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
前記目的を達成するため、本開示の情報処理装置は、候補ペプチドについて、各アミノ酸の抗原性に基づき、前記候補ペプチドの抗原性を評価する第１の評価工程を含み、
前記抗原性への寄与度は、抗原抗体複合体の立体構造のデータから、前記抗体と相互作用する前記抗原上のエピトープ残基のアミノ酸残基に基づき算出された寄与度である。
【０００７】
本開示の情報処理方法は、候補ペプチドについて、各アミノ酸の抗原性への寄与度に基づき、前記候補ペプチドの抗原性を評価する第１の評価工程を含み、
前記抗原性への寄与度は、抗原抗体複合体の立体構造のデータから、前記抗体と相互作用する前記抗原上のエピトープ残基のアミノ酸残基に基づき算出された寄与度である。
【０００８】
本開示のプログラムは、コンピュータに、
候補ペプチドについて、各アミノ酸の抗原性への寄与度に基づき、前記候補ペプチドの抗原性を評価する第１の評価処理を実行させ、
前記抗原性への寄与度は、抗原抗体複合体の立体構造のデータから、前記抗体と相互作用する前記抗原上のエピトープ残基のアミノ酸残基に基づき算出された寄与度である。
【発明の効果】
【０００９】
本開示によれば、対象のペプチドの抗原性を評価できる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
図１は、実施形態１における情報処理装置を含む情報処理システムの一例を示すブロック図である。
図２は、実施形態１の情報処理装置のハードウェア構成の一例を示すブロック図である。
図３は、実施形態１の情報処理方法およびプログラムの一例を示すフローチャートである。
図４は、実施形態２における情報処理装置を含む情報処理システムの一例を示すブロック図である。
図５は、実施形態２の情報処理方法およびプログラムの一例を示すフローチャートである。
図６は、実施形態２の情報処理方法およびプログラムの一例を示すフローチャートである。
図７は、実施例１における各抗原ペプチドを免疫して得られた抗血清の初回免疫後の最大抗体価を示すグラフである。
図８は、実施例２における各抗原ペプチドを免疫して得られた抗血清の抗体価を示すグラフである。
図９は、実施例２における各抗原ペプチドを免疫して得られた抗血清の抗体価を示すグラフである。
図１０は、実施例２における各抗血清の交差反応性を示すグラフである。
図１１は、実施例２における各抗血清の交差反応性を示すグラフである。
図１２は、実施例３における各抗原ペプチドを免疫して得られた抗血清の抗体価を示すグラフである。
図１３は、実施例３における各抗原ペプチドを免疫して得られた抗血清の抗体価を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
（【００１１】以降は省略されています）

関連特許