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公開番号2025013479
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-01-24
出願番号2024193388,2022180774
出願日2024-11-05,2016-09-29
発明の名称乾癬性関節炎の疾患活動性を評価するためのバイオマーカーおよび方法
出願人クレッシェンドバイオサイエンスインコーポレイテッド,ザリージェンツオブザユニバーシティオブカリフォルニア,The Regents of the University of California,サッソエリック,イーストマンポールスコット,ボルスレベッカ,カヴァノーアーサー
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類G01N 33/53 20060101AFI20250117BHJP(測定;試験)
要約【課題】個々の患者に対して最大限の治療効果を達成するためには、特定の時期に対象の疾患活動性を明確に定量化して評価することができ、疾患活動性に及ぼす治療の効果を判定し、将来の結果(アウトカム)を予測する。
【解決手段】乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断された対象におけるPsA疾患活動性を評価するのに有用なスコアを作成するためのバイオマーカーおよび方法が提供される。本発明はまた、該バイオマーカーに基づく予測モデル、ならびに、サンプルをスコアリングおよび任意で分類するための、該モデルのコンピュータシステムとソフトウェア態様、ならびに、最適な治療レジメンを推奨する方法を提供する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
第1の対象由来の第1の血液サンプルに対して少なくとも1つのイムノアッセイを実施して、少なくとも4種類のタンパク質マーカーのタンパク質レベルデータを含む第1のデータセットを作成すること
を含む、第1の対象についてのタンパク質レベルデータを作成するための方法であって、
該少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のマーカーを含み、
第1の対象が乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断されている、
前記方法。
続きを表示（約 1,200 文字）【請求項２】
少なくとも1つのイムノアッセイの実施が、
第1の血液サンプルを取得する段階であって、第1の血液サンプルが前記タンパク質マーカーを含む、段階；
第1の血液サンプルを複数の異なる試薬と接触させる段階；
該試薬と該マーカーとの間に複数の異なる複合体を生成させる段階；および
該複合体を検出して前記データを作成する段階
を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
少なくとも1つのイムノアッセイがマルチプレックスアッセイを含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも5種類のマーカーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも6種類のマーカーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも7種類のマーカーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項７】
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも8種類のマーカーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項８】
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも9種類のマーカーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項９】
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも10種類のマーカーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも11種類のマーカーを含む、請求項1記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、2015年9月29日に出願された米国仮出願第62/234,526号の優先権を主張するものであり、その全内容は参照により本明細書に組み入れられる。
続きを表示（約 14,000 文字）【背景技術】
【０００２】
背景
本出願は、バイオインフォマティクスおよび炎症性・自己免疫性疾患の分野に関し、炎症性疾患の治療法に対する応答、特に乾癬性関節炎(psoriatic arthritis: PsA)の疾患活動性、を評価する方法に関する。PsAは炎症性疾患の一例であって、慢性の全身性自己免疫疾患であり、乾癬患者の約30％に発生する。乾癬は、鱗状の赤色と白色の斑点が皮膚上に現れる疾患である。
【０００３】
PsAは、身体のあらゆる関節とその周辺に痛み、硬直、腫れを引き起こす。PsAは、典型的には、大関節、特に下肢の関節、手足の指の遠位関節、さらには背中および骨盤の仙腸関節にも影響を及ぼす。PsAには5つの一般的なパターンが存在する：遠位指節間関節の関節炎、破壊性関節炎、関節リウマチと区別できない対称性多発性関節炎、非対称性少関節炎、および脊椎関節症。PsAからの持続性炎症は関節の損傷につながる可能性がある。
【０００４】
PsAの影響は、罹患した関節および症状の重症度に基づいて変化する。PsAのよく見られる副次的影響は、疲労と貧血である。乾癬と同様に、PsAの症状は再燃(フレア)して鎮静化することがあり、同じ対象において部位を変えることさえある。PsAは著しく高い罹患率および身体障害と関連しており、したがって大きな社会経済的な重荷となっている。個々の患者に対して最大限の治療効果を達成するためには、特定の時期に対象の疾患活動性を明確に定量化して評価することができ、疾患活動性に及ぼす治療の効果を判定し、将来の結果(アウトカム)を予測することが重要である。
【発明の概要】
【０００５】
概要
本教示は、乾癬性関節炎をはじめとする自己免疫疾患を含めて、炎症性疾患に関連するバイオマーカー、ならびに対象における疾患活動性を、さらには治療に応答して、測定するためのバイオマーカーの使用方法に関する。
【０００６】
一態様においては、第1の対象についてのタンパク質レベルデータを作成するための方法が提供される。この方法は、第1の対象由来の第1の血液サンプルに対して少なくとも1つのイムノアッセイを実施して、少なくとも4種類のタンパク質マーカーのタンパク質レベルデータを含む第1のデータセットを作成することを含み、ここで、該少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のマーカーを含み、ここで、第1の対象は乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断されている。別の態様において、少なくとも1つのイムノアッセイの実施は、第1の血液サンプルを取得する段階であって、第1の血液サンプルが該タンパク質マーカーを含む、段階；第1の血液サンプルを複数の異なる試薬と接触させる段階；該試薬と該マーカーとの間に複数の異なる複合体を生成させる段階；および該複合体を検出して前記データを作成する段階を含む。一態様では、少なくとも1つのイムノアッセイはマルチプレックスアッセイを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも5種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも6種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも7種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも8種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも9種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも10種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも11種類のマーカーを含む。一態様では、該複数のタンパク質マーカーは、多くとも500種類のタンパク質マーカーからなる。一態様では、該複数のタンパク質マーカーは、多くとも250種類のタンパク質マーカーからなる。一態様では、該複数のタンパク質マーカーは、多くとも100種類のタンパク質マーカーからなる。一態様では、該複数のタンパク質マーカーは、多くとも50種類のタンパク質マーカーからなる。一態様では、該複数のタンパク質マーカーは、多くとも25種類のタンパク質マーカーからなる。一態様では、該複数のタンパク質マーカーは、多くとも12種類のタンパク質マーカーからなる。一態様において、CHI3L1はNCBI RefSeq NP_001267.2（配列番号1）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、CRPはNCBI RefSeq NP_000558.2（配列番号2）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、EGFはNCBI RefSeq NP_001954.2（配列番号3）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、IL6はNCBI RefSeq NP_000591.1（配列番号4）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、LEPはNCBI RefSeq NP_000221.1（配列番号5）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP1はNCBI RefSeq NP_002412.1（配列番号6）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP3はNCBI RefSeq NP_002413.1（配列番号7）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、RETNはNCBI RefSeq NP_065148.1（配列番号8）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、SAA1はNCBI RefSeq NP_000322.2（配列番号9）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、TNFRSF1AはNCBI RefSeq NP_001056.1（配列番号10）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、VCAM1はNCBI RefSeq NP_001069.1（配列番号11）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、かつVEGFAはNCBI RefSeq NP_001020539.2（配列番号12）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一である。
【０００７】
別の態様においては、タンパク質レベルスコアを作成するための方法が提供される。この方法は、以下の段階を含む：乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断された対象由来の第1の血液サンプルに対して少なくとも1つのイムノアッセイを実施して、複数のタンパク質マーカーの各タンパク質マーカーに関するタンパク質レベルデータを作成する段階であって、該複数のタンパク質マーカーが、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のマーカーを含む複数の試験マーカーを含む、段階；および各試験マーカーのタンパク質レベルデータを組み合わせて、タンパク質レベルスコアを作成する段階。一態様において、少なくとも1つのイムノアッセイの実施は、第1の血液サンプルを取得する段階であって、第1の血液サンプルが前記タンパク質マーカーを含む、段階；第1の血液サンプルを複数の異なる試薬と接触させる段階；該試薬と該マーカーとの間に複数の異なる複合体を生成させる段階；および該複合体を検出して前記データを作成する段階を含む。一態様では、少なくとも1つのイムノアッセイはマルチプレックスアッセイを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも5種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも6種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも7種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも8種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも9種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも10種類のマーカーを含む。一態様では、少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも11種類のマーカーを含む。一態様では、該複数の試験マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む。一態様において、CHI3L1はNCBI RefSeq NP_001267.2（配列番号1）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、CRPはNCBI RefSeq NP_000558.2（配列番号2）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、EGFはNCBI RefSeq NP_001954.2（配列番号3）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、IL6はNCBI RefSeq NP_000591.1（配列番号4）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、LEPはNCBI RefSeq NP_000221.1（配列番号5）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP1はNCBI RefSeq NP_002412.1（配列番号6）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP3はNCBI RefSeq NP_002413.1（配列番号7）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、RETNはNCBI RefSeq NP_065148.1（配列番号8）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、SAA1はNCBI RefSeq NP_000322.2（配列番号9）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、TNFRSF1AはNCBI RefSeq NP_001056.1（配列番号10）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、VCAM1はNCBI RefSeq NP_001069.1（配列番号11）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、かつVEGFAはNCBI RefSeq NP_001020539.2（配列番号12）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一である。
【０００８】
別の態様においては、乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断された対象においてPsAの疾患活動性の定量的尺度を提供するための方法が提供される。この方法は、乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断された対象においてPsAの疾患活動性の定量的尺度を提供することを含み、以下の段階を含む：該対象由来の第1のサンプルに対して少なくとも1つのイムノアッセイを実施して、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のマーカーを含む定量的データを含む第1のデータセットを作成する段階；および第1のデータセットにアルゴリズムを適用して、第1の疾患活動性スコアを決定する段階であって、第1の疾患活動性スコアが該対象におけるPsA疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。一態様において、この方法は、以下の段階をさらに含む：該対象から取得した第2のサンプルに関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが異なる時期に該対象から取得したものである、段階；第2のデータセットにアルゴリズムを適用して、第2の疾患活動性スコアを決定する段階；および第1の疾患活動性スコアと第2の疾患活動性スコアを比較して、疾患活動性スコアの変化を決定する段階であって、その変化が該対象における乾癬性関節炎の疾患活動性の変化を示す、段階。一態様では、該少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、または11種類のマーカーを含む。一態様において、CHI3L1はNCBI RefSeq NP_001267.2（配列番号1）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、CRPはNCBI RefSeq NP_000558.2（配列番号2）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、EGFはNCBI RefSeq NP_001954.2（配列番号3）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、IL6はNCBI RefSeq NP_000591.1（配列番号4）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、LEPはNCBI RefSeq NP_000221.1（配列番号5）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP1はNCBI RefSeq NP_002412.1（配列番号6）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP3はNCBI RefSeq NP_002413.1（配列番号7）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、RETNはNCBI RefSeq NP_065148.1（配列番号8）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、SAA1はNCBI RefSeq NP_000322.2（配列番号9）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、TNFRSF1AはNCBI RefSeq NP_001056.1（配列番号10）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、VCAM1はNCBI RefSeq NP_001069.1（配列番号11）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、かつVEGFAはNCBI RefSeq NP_001020539.2（配列番号12）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一である。
【０００９】
別の態様においては、サンプルをスコアリングするためのシステムが提供される。このシステムは、以下を含む：乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断された対象から取得した第1のサンプルに関連する第1のデータセットを保存するための記憶用メモリであって、第1のデータセットが、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のマーカーの定量的データを含む、記憶用メモリ；および該記憶用メモリに通信可能に接続されたプロセッサであって、該プロセッサが、第1のデータセットにアルゴリズムを適用して第1の疾患活動性スコアを決定するように構成されており、ここで、第1の疾患活動性スコアが、該対象におけるPsA疾患活動性の定量的尺度を提供し、該アルゴリズムは、既知のPsA疾患活動性を有する対象由来のサンプル中の少なくとも4種類のマーカーを表すデータを用いてトレーニングされる、プロセッサ。一態様では、該少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、または11種類のマーカーを含む。一態様において、CHI3L1はNCBI RefSeq NP_001267.2（配列番号1）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、CRPはNCBI RefSeq NP_000558.2（配列番号2）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、EGFはNCBI RefSeq NP_001954.2（配列番号3）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、IL6はNCBI RefSeq NP_000591.1（配列番号4）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、LEPはNCBI RefSeq NP_000221.1（配列番号5）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP1はNCBI RefSeq NP_002412.1（配列番号6）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP3はNCBI RefSeq NP_002413.1（配列番号7）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、RETNはNCBI RefSeq NP_065148.1（配列番号8）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、SAA1はNCBI RefSeq NP_000322.2（配列番号9）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、TNFRSF1AはNCBI RefSeq NP_001056.1（配列番号10）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、VCAM1はNCBI RefSeq NP_001069.1（配列番号11）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、かつVEGFAはNCBI RefSeq NP_001020539.2（配列番号12）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一である。
【００１０】
別の態様においては、乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断された対象において治療レジメンを推奨するための方法が提供される。この方法は、以下の段階を含む：a) 第1の時点で、該対象由来の第1のサンプルに対して第1のイムノアッセイを実施して、定量的データの第1のセットに基づいて第1のスコアを作成する段階であって、定量的データの第1のセットが、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のバイオマーカーの発現データを含む、段階；b) 第1の時点後の第2の時点で、該対象由来の第2のサンプルに対して第2のイムノアッセイを実施して、定量的データの第2のセットに基づいて第2のスコアを作成する段階であって、定量的データの第2のセットが該少なくとも4種類のバイオマーカーの発現データを含む、段階；c) 第1のスコアと第2のスコアとの間に差があるかどうかを判定する段階；およびd) 第1のスコアと第2のスコアとの間の差に基づいて、治療レジメンを推奨するか、または既存の治療レジメンを変更する段階。一態様において、第1のスコアと第2のスコアとの間の差がPsA疾患活動性の低下または変化なしを示す場合には、非生物学的治療レジメンが推奨される。一態様において、第1のスコアと第2のスコアとの間の差がPsA疾患活動性の増加を示す場合には、生物学的治療レジメンが推奨される。一態様において、少なくとも1つのイムノアッセイの実施は、第1のサンプルを取得する段階であって、第1のサンプルが前記タンパク質マーカーを含む、段階；第1のサンプルを複数の異なる試薬と接触させる段階；該試薬と該マーカーとの間に複数の異なる複合体を生成させる段階；および該複合体を検出して前記データを作成する段階を含む。一態様では、第1および第2のイムノアッセイはマルチプレックスアッセイを含む。一態様では、該少なくとも4種類のタンパク質マーカーは、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、または11種類のマーカーを含む。一態様において、CHI3L1はNCBI RefSeq NP_001267.2（配列番号1）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、CRPはNCBI RefSeq NP_000558.2（配列番号2）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、EGFはNCBI RefSeq NP_001954.2（配列番号3）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、IL6はNCBI RefSeq NP_000591.1（配列番号4）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、LEPはNCBI RefSeq NP_000221.1（配列番号5）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP1はNCBI RefSeq NP_002412.1（配列番号6）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP3はNCBI RefSeq NP_002413.1（配列番号7）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、RETNはNCBI RefSeq NP_065148.1（配列番号8）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、SAA1はNCBI RefSeq NP_000322.2（配列番号9）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、TNFRSF1AはNCBI RefSeq NP_001056.1（配列番号10）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、VCAM1はNCBI RefSeq NP_001069.1（配列番号11）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、かつVEGFAはNCBI RefSeq NP_001020539.2（配列番号12）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一である。
[本発明1001]
第1の対象由来の第1の血液サンプルに対して少なくとも1つのイムノアッセイを実施して、少なくとも4種類のタンパク質マーカーのタンパク質レベルデータを含む第1のデータセットを作成すること
を含む、第1の対象についてのタンパク質レベルデータを作成するための方法であって、
該少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のマーカーを含み、
第1の対象が乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断されている、
前記方法。
[本発明1002]
少なくとも1つのイムノアッセイの実施が、
第1の血液サンプルを取得する段階であって、第1の血液サンプルが前記タンパク質マーカーを含む、段階；
第1の血液サンプルを複数の異なる試薬と接触させる段階；
該試薬と該マーカーとの間に複数の異なる複合体を生成させる段階；および
該複合体を検出して前記データを作成する段階
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
少なくとも1つのイムノアッセイがマルチプレックスアッセイを含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも5種類のマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも6種類のマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも7種類のマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1007]
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも8種類のマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも9種類のマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1009]
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも10種類のマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1010]
少なくとも4種類のタンパク質マーカーが、CHI3L1、CRP、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、またはVEGFAから選択される少なくとも11種類のマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1011]
前記複数のタンパク質マーカーが多くとも500種類のタンパク質マーカーからなる、本発明1001の方法。
[本発明1012]
前記複数のタンパク質マーカーが多くとも250種類のタンパク質マーカーからなる、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記複数のタンパク質マーカーが多くとも100種類のタンパク質マーカーからなる、本発明1001の方法。
[本発明1014]
前記複数のタンパク質マーカーが多くとも50種類のタンパク質マーカーからなる、本発明1001の方法。
[本発明1015]
前記複数のタンパク質マーカーが多くとも25種類のタンパク質マーカーからなる、本発明1001の方法。
[本発明1016]
前記複数のタンパク質マーカーが多くとも12種類のタンパク質マーカーからなる、本発明1001の方法。
[本発明1017]
CHI3L1がNCBI RefSeq NP_001267.2（配列番号1）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、CRPがNCBI RefSeq NP_000558.2（配列番号2）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、EGFがNCBI RefSeq NP_001954.2（配列番号3）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、IL6がNCBI RefSeq NP_000591.1（配列番号4）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、LEPがNCBI RefSeq NP_000221.1（配列番号5）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP1がNCBI RefSeq NP_002412.1（配列番号6）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、MMP3がNCBI RefSeq NP_002413.1（配列番号7）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、RETNがNCBI RefSeq NP_065148.1（配列番号8）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、SAA1がNCBI RefSeq NP_000322.2（配列番号9）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、TNFRSF1AがNCBI RefSeq NP_001056.1（配列番号10）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、VCAM1がNCBI RefSeq NP_001069.1（配列番号11）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一であり、VEGFAがNCBI RefSeq NP_001020539.2（配列番号12）のアミノ酸配列と少なくとも90％同一である、本発明1001の方法。
[本発明1018]
タンパク質レベルスコアを作成するための方法であって、以下の段階を含む方法：
乾癬性関節炎(PsA)と以前に診断された対象由来の第1の血液サンプルに対して少なくとも1つのイムノアッセイを実施して、複数のタンパク質マーカーの各タンパク質マーカーに関するタンパク質レベルデータを作成する段階であって、
該複数のタンパク質マーカーが、キチナーゼ3様1 (軟骨糖タンパク質39)(CHI3L1)；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連(CRP)；上皮成長因子(β-ウロガストロン)(EGF)；インターロイキン6 (インターフェロン、β2)(IL6)；レプチン(LEP)；マトリックスメタロペプチダーゼ1 (間質コラゲナーゼ)(MMP1)；マトリックスメタロペプチダーゼ3 (ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ)(MMP3)；レジスチン(RETN)；血清アミロイドA1 (SAA1)；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A (TNFRSF1A)；血管細胞接着分子1 (VCAM1)；または血管内皮成長因子A (VEGFA)から選択される少なくとも4種類のマーカーを含む複数の試験マーカーを含む、段階；および
各試験マーカーのタンパク質レベルデータを組み合わせて、タンパク質レベルスコアを作成する段階。
[本発明1019]
【図面の簡単な説明】
（【００１１】以降は省略されています）

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