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公開番号2024139949
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-10-10
出願番号2023050905
出願日2023-03-28
発明の名称評価プログラム、評価装置及び評価方法
出願人富士通株式会社
代理人個人,個人
主分類G16C 20/00 20190101AFI20241003BHJP(特定の用途分野に特に適合した情報通信技術)
要約【課題】化合物の構造を効率よく評価する。
【解決手段】評価プログラムが、所定環境における化合物の構造から計算される集団変数の分布を1以上のクラスタに分割し、クラスタそれぞれに含まれる構造から、クラスタを代表する代表構造を決定し、分布に含まれる構造のうち代表構造から所定距離の範囲に存在する構造の割合に基づくスコアを計算する処理をコンピュータに実行させる。
【選択図】図3
特許請求の範囲【請求項１】
所定環境における化合物の構造から計算される集団変数の分布を１以上のクラスタに分割し、
前記クラスタそれぞれに含まれる前記構造から、前記クラスタを代表する代表構造を決定し、
前記分布に含まれる前記構造のうち前記代表構造から所定距離の範囲に存在する前記構造の割合に基づくスコアを計算する、
処理をコンピュータに実行させるための評価プログラム。
続きを表示（約 990 文字）【請求項２】
前記スコアは、前記クラスタごとの前記割合の総和である、
請求項１に記載の評価プログラム。
【請求項３】
前記代表構造は、前記クラスタ内の密度に基づいて決定する、
請求項１に記載の評価プログラム。
【請求項４】
ｒを前記集団変数とし、ｉを前記クラスタの番号とし、ｒ
ｃ
を前記距離とし、ρ
ｉ
を前記割合とし、ｃｃ
ｉ
ｒｅｆ
を前記代表構造とし、次式により前記スコアを計算する、
TIFF
2024139949000004.tif
33
169
請求項１に記載の評価プログラム。
【請求項５】
前記化合物は、物性が既知の化合物を改変した化合物である、
請求項１から４のいずれかに記載の評価プログラム。
【請求項６】
前記物性は、標的物質への結合活性、膜透過性及び熱耐性のいずれかを含む、
請求項５に記載の評価プログラム。
【請求項７】
前記集団変数は、前記構造を示す指標である、
請求項１から４のいずれかに記載の評価プログラム。
【請求項８】
前記集団変数は、前記化合物中の原子位置の平均二乗偏差である、
請求項７に記載の評価プログラム。
【請求項９】
所定環境における化合物の構造から計算される集団変数の分布を１以上のクラスタに分割する分割部と、
前記クラスタそれぞれに含まれる前記構造から、前記クラスタを代表する代表構造を決定する決定部と、
前記分布に含まれる前記構造のうち前記代表構造から所定距離の範囲に存在する前記構造の割合に基づくスコアを計算する計算部と、
を備える評価装置。
【請求項１０】
所定環境における化合物の構造から計算される集団変数の分布を１以上のクラスタに分割し、
前記クラスタそれぞれに含まれる前記構造から、前記クラスタを代表する代表構造を決定し、
前記分布に含まれる前記構造のうち前記代表構造から所定距離の範囲に存在する前記構造の割合に基づくスコアを計算する、
処理をコンピュータが実行する評価方法。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本開示は、評価プログラム、評価装置及び評価方法に関する。
続きを表示（約 1,100 文字）【背景技術】
【０００２】
創薬の分野では、物性が向上するリード化合物の探索が行われる。リード化合物の探索は、標的タンパク質に結合するヒット化合物の一部を改変した改変化合物の物性を評価することが行われる。
【０００３】
例えば、特許文献１には、ドッキングされるべき第１入力構造と第２入力構造の相対配置に応じた相互作用エネルギーを表すドッキングスコアを計算する複合体構造予測装置が開示されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
特開２００８－２８７５２９号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、従来技術では、化合物の物性を評価するための時間的コスト及び経済的コストが大きいという課題がある。構造が類似する化合物同士は物性も類似することが期待されるため、化合物の構造的特徴を評価する手法が求められている。
【０００６】
一つの側面では、化合物の構造を効率よく評価することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
一態様によれば、評価プログラムは、所定環境における化合物の構造から計算される集団変数の分布を１以上のクラスタに分割し、クラスタそれぞれに含まれる構造から、クラスタを代表する代表構造を決定し、分布に含まれる構造のうち代表構造から所定距離の範囲に存在する構造の割合に基づくスコアを計算する処理をコンピュータに実行させる。
【発明の効果】
【０００８】
化合物の構造を効率よく評価することができる。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
分子構造評価システムの全体構成の一例を示すブロック図である。
コンピュータのハードウェア構成の一例を示すブロック図である。
評価装置の機能構成の一例を示すブロック図である。
スコア関数の一例を示す図である。
平均二乗偏差の第１の例を示す図である。
平均二乗偏差の第２の例を示す図である。
安定性スコアの第１の例を示す図である。
安定性スコアの第２の例を示す図である。
評価方法の一例を示すフローチャートである。
結合活性の増減予測の一例を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
以下、本発明の各実施形態について添付の図面を参照しながら説明する。なお、本明細書及び図面において、実質的に同一の機能構成を有する構成要素については、同一の符号を付することにより重複した説明を省略する。
（【００１１】以降は省略されています）

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