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公開番号2025108528
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-07-23
出願番号2025064215,2021518942
出願日2025-04-09,2019-10-06
発明の名称多量体タンパク質の形成を阻害するバインダー
出願人アフィロジック
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C07K 14/195 20060101AFI20250715BHJP(有機化学)
要約【課題】多量体タンパク質のサブユニットに結合してその多量体の形成を阻害することができる、特にSac7dファミリーの、OBフォールドタンパク質のバリアントを提供する。
【解決手段】Sac7dファミリーのタンパク質のバリアントを含むポリペプチドであって、該バリアントが、該Sac7dファミリーのタンパク質の結合部位に4～22個の変異アミノ酸を含み、多量体タンパク質のサブユニットに結合し、かつ該サブユニットタンパク質がその天然状態で完全に形成された該多量体タンパク質に関与している場合は該タンパク質の該サブユニットに結合しない、ポリペプチドを提供する。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
Sac7dファミリーのタンパク質のバリアントを含むポリペプチドであって、該バリアントが、該Sac7dファミリーのタンパク質の結合部位に4～22個の変異アミノ酸を含み、多量体タンパク質のサブユニットに結合し、かつ該サブユニットタンパク質がその天然状態で完全に形成された該多量体タンパク質に関与している場合は該タンパク質の該サブユニットに結合しない、ポリペプチド。
続きを表示（約 1,000 文字）【請求項２】
前記Sac7dバリアントの変異アミノ酸が、Sac7dのV2、K3、K5、K7、Y8、K9、G10、E11、K13、E14、T17、K21、K22、W24、V26、G27、K28、M29、S31、T33、Y34、D35、D36、N37、G38、K39、T40、G41、R42、A44、S46、E47、K48、D49、A50およびP51からなる群より選択される、請求項1記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記Sac7dバリアントが、Sac7dのK7、Y8、K9、E11、K21、K22、W24、V26、M29、S31、T33、D35、T40、G41、R42、A44およびS46からなる群より選択される4～17個の変異アミノ酸を含む、請求項1または2記載のポリペプチド。
【請求項４】
前記多量体タンパク質が、腫瘍壊死因子スーパーファミリーの一員であり、好ましくはTNF-α、RANKLおよびTRAILからなる群より選択される、請求項1～3のいずれか一項記載のポリペプチド。
【請求項５】
配列SEQ ID NO:17またはSEQ ID NO:18を含む、請求項1～4のいずれか一項記載のポリペプチド。
【請求項６】
配列SEQ ID NO:16を含む、請求項1～5のいずれか一項記載のポリペプチド。
【請求項７】
V7、M8、F9、K11、V21、H22、M24、Q26、L29、E35、D41、F44およびP46からなる群より選択される1～8個のアミノ酸が別のアミノ酸で置換されている配列SEQ ID NO:16を含む、請求項1～5のいずれか一項記載のポリペプチド。
【請求項８】
配列SEQ ID NO:19またはSEQ ID NO:20を含む、請求項1～4のいずれか一項記載のポリペプチド。
【請求項９】
前記多量体タンパク質のサブユニットに結合する前記Sac7dファミリーのタンパク質のバリアントが、別のタンパク質またはポリペプチドに連結または融合されている、請求項1～8のいずれか一項記載のポリペプチド。
【請求項１０】
前記別のタンパク質またはポリペプチドが、前記Sac7dファミリーのタンパク質の別のバリアントを含む、請求項9記載のポリペプチド。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、分子生物学の分野におけるものであり、特に、多量体タンパク質複合体の形成を阻害する能力を有する新規分子およびコンジュゲートの開発に関する。
続きを表示（約 2,100 文字）【背景技術】
【０００２】
緒言
生物学的特性を有するいくつかのタンパク質は、多量体タンパク質、すなわち、サブユニットと呼ばれる複数のポリペプチド鎖により形成されるポリペプチドとして活性であり得る。多量体タンパク質またはポリペプチドは、同じサブユニットから（ホモ多量体）または異なるサブユニットから（ヘテロ多量体）形成され得る。したがって、ヘテロ多量体ポリペプチドは、2つまたはそれ以上の異なるポリペプチド鎖を含むタンパク質を表し、ホモ多量体ポリペプチドは、すべて同一である2つまたはそれ以上のポリペプチド鎖を含むタンパク質を表す。
【０００３】
一般に、インビボにおいて、単量体サブユニットと可溶性形態の多量体タンパク質の間は平衡状態にあり、単量体サブユニットは多量体タンパク質を形成するよう集合し、多量体タンパク質は多量体形態を解体および解放している。これらの異なる種間の比は、多量体形態を相対的に高い濃度にシフトさせる濃度ベースの平衡により支配されている。そのような平衡により、恒常性を維持するよう、多量体であり活性な可溶性形態の濃度を調節することができる。
【０００４】
多量体タンパク質の、特に細胞膜に挿入され安定化されたそれらの膜結合形態に対してそれらの可溶性形態の生物学的活性を減少させるための、1つの戦略は、生物学的に活性な多量体タンパク質の形成を回避することまたはその平衡を単量体（または多量体・不活性）サブユニット側にシフトさせることである。これは、サブユニットの集合をブロックすることにより、例えば多量体の集合の部位を立体的にブロックすることにより、行われ得る。
【０００５】
したがって、多量体タンパク質の単量体部分に結合し、多量体の形成を阻害する、または単量体・多量体種の平衡を動かす分子を開発することに関心が持たれている。
【０００６】
出願人は、特に特定のスクリーニング法により取得することができる、OBフォールドドメインのバリアントに基づき、多量体タンパク質のサブユニットに結合し、多量体複合体の形成を阻害することができる新規の人工タンパク質を作製することによって、そのような分子を製造することを提案した。
【０００７】
EP1930342（特許文献1）は、Sac7dのバリアントを含むライブラリおよびそのようなライブラリをスクリーニングする方法を開示している。PulDに結合するSac7dバリアントが開示されている。図12の説明に示されているように、そのようなバリアントは、膜から単離されたタンパク質に結合することから、その天然の多量体状態のタンパク質に結合するようである。EP19300342は、したがって、多量体タンパク質のサブユニットに結合するが、当該サブユニットタンパク質がその天然状態で完全に形成された多量体タンパク質に関与している場合は当該タンパク質のサブユニットに（すなわち、多量体タンパク質に）結合しない、バリアントを開示していない。
【０００８】
WO2017161096（特許文献2）は、抗体模倣体であるターゲティング部分と活性剤とのコンジュゲートである分子を開示している。そのような抗体模倣体は、Sac7dのバリアントであると言及されており、この文献はまた、標的がSac7dスーパーファミリーのメンバーであり得ることを示している。しかし、この文献は、そのようなバリアントを開示しておらず、またあるタンパク質のサブユニットに結合し、天然の多量体化されたタンパク質には結合しないバリアントを具体的に発見することが可能であるという事実も開示していない。さらに、抗体模倣体は活性剤を標的に向かわせることを意図しているという事実からみて、この文献は、完全に形成された標的（すなわち、多量体分子）に結合するバリアントを想定していることが明らかである。
【０００９】
DiasおよびRoqie（Biotechnol Bioeng. 2017 Mar; 114(3); 481-491（非特許文献1））は、精製のための親和性試薬としてのタンパク質スキャホールドを開示しているが、OBフォールドタンパク質、特に、生物学的に活性な多量体タンパク質の形成を、そのような多量体またはサブ多量体の形成に関与するエピトープでサブユニットタンパク質に結合し、それにより生物学的に活性な多量体の形成を妨げることによって阻害するSac7dファミリーのタンパク質のバリアントの使用の可能性に言及していない。
【００１０】
Dienheltら（PLoS One. 2010 May 19;5(5):e10728（非特許文献2））は、1回の発見工程で標的タンパク質に対する高親和性リガンドを決定する方法の例として、AKT1に特異的に結合する高親和性シンボディ（synbody）を開示している。この文献は、多量体のサブユニットのみに結合しタンパク質の多量体化を妨げるそのようなリガンドの能力に関してはいかなる言及もしていない。
（【００１１】以降は省略されています）

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