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公開番号2024120036
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-09-03
出願番号2024099147,2021536664
出願日2024-06-19,2019-08-30
発明の名称ヒト白血球抗原によって提示されるランダム化ペプチドライブラリー
出願人スリーティーバイオサイエンシズ,インコーポレイテッド
代理人個人,個人,個人,個人,個人
主分類C40B 40/10 20060101AFI20240827BHJP(コンビナトリアル技術)
要約【課題】T細胞受容体(TCR)およびそれらが認識するpHLAを同定する新しい方法を提供する。
【解決手段】複数のヒト白血球抗原(HLA)-抗原ポリペプチド複合体を含む抗原スクリーニングライブラリーであって、HLA-抗原ポリペプチド複合体は、(a)HLAポリペプチドと、(b)特定のアミノ酸配列を含み、かつHLAポリペプチドのペプチド結合溝に特異的に結合するために選択されるランダム化抗原ポリペプチドと、(c)β2-ミクログロブリンポリペプチドとを含む抗原スクリーニングライブラリーが記載されている。これらのライブラリーを使用して、選択されたT細胞受容体(TCR)と相互作用してそれを刺激することができる抗原ポリペプチドを決定することができる。
【選択図】図1A
特許請求の範囲【請求項１】
明細書または図面に実質的に記載された発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
（関連出願の相互参照）
本出願は、２０１８年８月３１日に出願された米国仮出願第６２／７２６，０６０号の利益を主張するものであり、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 3,600 文字）【背景技術】
【０００２】
Ｔ細胞は感染および癌への応答に関与する適応免疫応答にとって極めて重要である。Ｔ細胞は外来病原体由来ならびに自己免疫の場合のように自己由来のタンパク質を認識する。これらのタンパク質の断片（例えばペプチド）はヒト白血球抗原（ＨＬＡ）分子によって提示され、かつＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を介してＴ細胞によって認識される。
【０００３】
主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩのＨＬＡ分子は、主として自己抗原などの細胞によって産生された内因性抗原だけでなくウイルスタンパク質由来のペプチドなどの外来細胞内抗原をもより小さいペプチドに処理することにより生成されたペプチドを提示する。ペプチドがＨＬＡペプチド結合溝に結合すると、ＭＨＣクラスＩのＨＬＡ分子はＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞と相互作用してそれを刺激する。ＭＨＣクラスＩは３つの主要な遺伝子座Ａ、ＢおよびＣを有し、各遺伝子座は多くの対立遺伝子に分けられている。対立遺伝子は所与の遺伝子座にある遺伝子のＤＮＡ配列を指し、通常は少なくとも４桁の数（例えばＡ
＊
２４：０２）で表され、最初の文字は遺伝子座を示し、１番目の数字は対立遺伝子群（もしくは種類）を定め、２番目の数字は対立遺伝子群内の特異的タンパク質を定める。２番目および３番目の数字は付加することができ、それらはサイレントコーディングバリアントおよびノンコーディングバリアントをそれぞれ示す。
【０００４】
特異的ペプチド－ＨＬＡ複合体（ｐＨＬＡ）を認識するとＴ細胞は活性化された状態になり、（１）細胞傷害性になり、（２）サイトカインを分泌し、かつ／または（３）他の免疫細胞を動員することができる。外来もしくは自己ペプチド、ＨＬＡ分子およびＴＣＲ間のこの複雑な相互作用は、免疫系が分子レベルで認識された病原体にどのように応答するかを特定する上で中核となる。免疫応答中のこの複雑な相互作用における最大の難問の１つは、認識されるペプチドの同一性に関するＴＣＲの特異性を理解することである。ＴＣＲおよびそれらが認識するｐＨＬＡを同定する新しい方法が必要とされている。
【発明の概要】
【０００５】
本明細書におけるいくつかの実施形態では、複数のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）－抗原ポリペプチド複合体を含む抗原スクリーニングライブラリーであって、ＨＬＡ－抗原ポリペプチド複合体は、（ａ）ペプチド結合溝を含むＨＬＡポリペプチドと、（ｂ）配列番号１～２０９のいずれか１つに示されているアミノ酸配列を含み、かつＨＬＡポリペプチドのペプチド結合溝に特異的に結合するランダム化抗原ポリペプチドと、（ｃ）ベータ２（β２）ミクログロブリンポリペプチドとを含む抗原スクリーニングライブラリーが提供される。
【０００６】
いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原複合体は、Ａ３、Ａ１１、Ａ２３、Ａ２４、Ａ２６、Ａ３０、Ａ３１、Ａ３３、Ａ６８、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ１５、Ｂ２７、Ｂ４０、Ｂ４４、Ｂ５１、Ｂ５３、Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ６、Ｃ７、Ｃ８およびＥからなるリストから選択されるＨＬＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原複合体は、Ａ３、Ａ１１、Ａ２３、Ａ２４、Ａ２６、Ａ３０、Ａ３１、Ａ３３、Ａ６８、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ１５、Ｂ２７、Ｂ４０、Ｂ４４、Ｂ５１、Ｂ５３、Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ６、Ｃ７、Ｃ８およびＥからなるリストから選択される少なくとも５、１０、１５、２０または２５種の異なるＨＬＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原複合体は、Ａ３、Ａ１１、Ａ２３、Ａ２４、Ａ２６、Ａ３０、Ａ３１、Ａ３３、Ａ６８、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ１５、Ｂ２７、Ｂ４０、Ｂ４４、Ｂ５１、Ｂ５３、Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ６、Ｃ７、Ｃ８およびＥＨＬＡポリペプチドの全てを含む。
【０００７】
いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原複合体は、配列番号４２７～４５５のいずれか１つに示されているアミノ酸配列と少なくとも８７．５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＨＬＡポリペプチドを含む。
【０００８】
いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原ポリペプチド複合体は、少なくとも約１０
５
種の異なるランダム化抗原ポリペプチドを含む少なくとも約１０
５
種の異なるＨＬＡ－抗原ポリペプチド複合体を含む。
【０００９】
いくつかの実施形態では、ＨＬＡポリペプチド、ランダム化抗原ポリペプチドおよびβ２－ミクログロブリンポリペプチドは単一のポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、単一のポリペプチドは第１の柔軟なポリペプチドリンカーおよび第２の柔軟なポリペプチドリンカーをさらに含む。いくつかの実施形態では、ランダム化抗原ポリペプチドは単一のポリペプチド上のＨＬＡポリペプチドのＮ末端にあり、かつＨＬＡポリペプチドは単一のポリペプチド上のβ２－ミクログロブリンポリペプチドのＮ末端にある。これらの実施形態では、第１の柔軟なポリペプチドリンカーはＨＬＡポリペプチドをランダム化抗原ポリペプチドから分離し、かつ第２の柔軟なポリペプチドリンカーはＨＬＡポリペプチドをβ２－ミクログロブリンポリペプチドから分離する。いくつかの実施形態では、ランダム化抗原ポリペプチドは単一のポリペプチド上のＨＬＡポリペプチドのＣ末端にあり、かつＨＬＡポリペプチドは単一のポリペプチド上のβ２－ミクログロブリンポリペプチドのＮ末端にある。これらの実施形態では、第１の柔軟なポリペプチドリンカーはＨＬＡポリペプチドをランダム化抗原ポリペプチドから分離し、かつ第２の柔軟なポリペプチドリンカーはＨＬＡポリペプチドをβ２－ミクログロブリンポリペプチドから分離する。いくつかの実施形態では、ランダム化抗原ポリペプチドは単一のポリペプチド上のＨＬＡポリペプチドのＮ末端にあり、かつＨＬＡポリペプチドは単一のポリペプチド上のβ２－ミクログロブリンポリペプチドのＣ末端にある。これらの実施形態では、第１の柔軟なポリペプチドリンカーはランダム化抗原ポリペプチドをβ２－ミクログロブリンポリペプチドから分離し、かつ第２の柔軟なポリペプチドリンカーはβ２－ミクログロブリンポリペプチドをＨＬＡポリペプチドから分離する。いくつかの実施形態では、ランダム化抗原ポリペプチドは単一のポリペプチド上のＨＬＡポリペプチドのＣ末端にあり、かつＨＬＡポリペプチドは単一のポリペプチド上のβ２－ミクログロブリンポリペプチドのＣ末端にある。これらの実施形態では、第１の柔軟なポリペプチドリンカーはＨＬＡポリペプチドをβ２－ミクログロブリンポリペプチドから分離し、かつ第２の柔軟なポリペプチドリンカーはランダム化抗原ポリペプチドをＨＬＡポリペプチドから分離する。いくつかの実施形態では、β２－ミクログロブリンポリペプチドは単一のポリペプチド上のＨＬＡポリペプチドのＣ末端にあり、かつＨＬＡポリペプチドは単一のポリペプチド上のランダム化抗原ポリペプチドのＮ末端にある。これらの実施形態では、第１の柔軟なポリペプチドリンカーはＨＬＡポリペプチドをランダム化抗原ポリペプチドから分離し、かつ第２の柔軟なポリペプチドリンカーはランダム化抗原ポリペプチドをβ２－ミクログロブリンポリペプチドから分離する。いくつかの実施形態では、ランダム化抗原ポリペプチドは単一のポリペプチド上のβ２－ミクログロブリンのＣ末端にあり、かつＨＬＡポリペプチドは単一のポリペプチド上のランダム化抗原ポリペプチドのＣ末端にある。これらの実施形態では、第１の柔軟なポリペプチドリンカーはβ２－ミクログロブリンポリペプチドをランダム化抗原ポリペプチドから分離し、かつ第２の柔軟なポリペプチドリンカーはランダム化抗原ポリペプチドをＨＬＡポリペプチドから分離する。
【００１０】
いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原複合体の各ＨＬＡ－抗原複合体はエピトープタグを含んでいない。いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原複合体の少なくとも１つのＨＬＡ－抗原複合体はエピトープタグを含む。いくつかの実施形態では、複数のＨＬＡ－抗原複合体の少なくとも１つのＨＬＡ－抗原複合体はエピトープタグを含んでおらず、かつ複数のＨＬＡ－抗原複合体の少なくとも１つのＨＬＡ－抗原複合体はエピトープタグを含んでいる。いくつかの実施形態では、エピトープタグはＦＬＡＧタグ、ｃ－Ｍｙｃタグ、ＨＩＳ－タグ、赤血球凝集素（ＨＡ）タグ、ＶＳＶｇタグまたはＶ５タグを含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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